RNA id: TU4647


Basic Information

Item Value
RNA id TU4647
length 5981
lncRNA type sense_over
GC content 0.31
exon number 6
gene id LOC103035587
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 14217807 ~ 14244380 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

GGTTCAGATAGTCCACAAAAAGTTGGATTTCAGTCATGTGACCTCTCGCTGTGGCTCCAAAGACAATATCAAGCACGTCCCAGGAGGAGGGAATGTCCAgatcacaaataaaaaacttgACGTGAGCAAAGTGACTGCAAAGTGTGGCTCCAAggataacattaaaaacaagccTGATGGTGATGATGAGAACACTGGATCACCCAGTAAGAGAGACAAGACCAAGGCCAACGCAGAATCACCGAACAATGTGGGCCATGAACCAGGAGGCAACCAAATTAAGACTGGAGCAGATCAGAAGAAGTCGGATGGAAGCCCACCCGTCCCCGCTCAAGCAGGGGCTAAGGAGAACGGTCTGAAGGACAGCTCCTCTAGTGTTCCCTCTCAGGGAGAGGGGCTCTTGAACTCCCAGGGTCTGGACAAGCGTATCCCTGCAAAAAACTGAGTCTTACAAGCTGAGCTTCCAAGAGGATGCACGAGCTCACACGGACCGTGGCACCAAAATCATCTCCTGGTCCCCCCGAGTGGCAGCCACCTCCCACCCACATTGCAACACCTCTCGCAGTGTTTCTCTGGGGTCCACAGTCTCCCTCGTCTCAATCCAGCCCGTTGCATCTAGTTGCCAGGGAATGGGTTCAAACCAGTACACTAGCAGTACACAAGCTGACCCTTTAAAACCTGCATTCATCTCACCATTACCAAAACAGCTACTTTAACCATTTTCTTTGTTTCCCCAGATACACAGATCAGATCACAAGGCAAGGCTTTGACAGGTTTGTGGTTTTATTTGGGATAAACTAGACCTGGCTTCATTGATGAATGAAGGATGTTGGCGGTAGCCTCATACAACCATCCTGAAACATGCTTTCATTTGCTTTCTGGGTTTTCAGACTACCGGCGTCAATCAGCGCCGGGAATCACCCATGCTTGTGGTGGGATATGACAATTAGTATGATGACTAATCCAAAAAGAATTCTAAAATATGGCCAAACTTTACCCAACAAAATGCTAGACAAGGTGATGAGATTAAAAAGTAGCTTCAGGATGGTTATAAGAGGCTAAAGTAGATTAAATAGTCTaaaattgaaaaccactggatAGGCTTGAATTTATTTGGTCAGTGCCCGTATCCTTTTAACCAGCTGCTTCATCTACTGCCACTATAaccttaaataaatatacactgcAGTACATTTCTCCAAGATTATAGTGAGCCAGTTTTATCCTTTCCATTTGGCCTCAGCTATATGTCTATAGGAACTCTTCAGAACTTCCAGAACTCACTTCAGTCATGTCTCGTTAAATTACTCTTGCAGTCAGTAAGCACCCTGTATTACAAGCATGCAAGACAGTCTGTTAACCCGTtaagtaaaaatgaacaaacaccATCTACCCGAACATTTACCTCCGTATACAAATCACATCCTCACCAGTATTATCCTGGGATGCACACTATTAAACACTTGTAGGCTGTCCAAATAGTGGGACATTTTACAGTTTCACCGTAATGTTCATAGATTACAGTTACAATGAGTCAAATCGTTACATTGTCTTTATCTTATGTCAACATTTCTCTTAACAGGATCGTAGTTAAACACACTTTCCCAATATTTACTGTAGCAGAGGACAGAGTTCTACATGCTATATGGTGGGCAGAATCAGAAGGAAAAGGGAGTGTAAAAGGAATGCagaaaggaaacatgctgaTGATATTTCTTGATAAGCTAAATAAGGTTCAAAAGTAAGGCCTTGTTGGATGTCTGTAGATATAGATGTAAAGGAACCAAGTATATGATAATATTAGGGATGTCCCAAACGAGTTATTTTGACCCCCTATGAACTAAGTCTCTTAAATGCTGAGTATCAGCCCAAACAGAtgttcaattcaattaaattcaaacAGATGTGATCTttgaatgcaaaaaaataatgcaacctTACAgtataaggtgtgtgtgtgtgtagtggcaCATGCTTTGGACTAGGGCTGTGCATTTAATCAATTGCTCCTCGACCAACTCATTGACTGTTTTACTGATGTGAAATCATTTTTATAATGAGGTAAATGTGCTATGATTTGGGTTTCTAAATTGTGTGCATTAACGCTATTGTGTTCTGGACATCGCGATAAAAAGAACATATTGAAATTAAAACAATGGATACATGACCATTCAAAATAGGCCTGGGTCAACCCTGATCCCAATCCATTGGATCAGGTCGGATTGGGACATCCCTAATAATAATCGCATAGAAGGACAATCAGTTAAATGTAACCGTAATTTAAAGATTGCATTATAAACCAAGGAGAATGCATTCAAATGCTGCtggttaattttgtttatttatttattaactggcTAGTTTTTAAAGAACTGCCATGTAATCAAaaccaaactttttttaagtgtcaATAATATCAAGAAGTGCATTCAGATCATAATTTGACTTTTGAGTTTGGTTACGCATAGAGATAAACTTCTGGACTCTTTATTGGTAATAATATGCtccatttaaaactaaaaactaaatactaaTACACATCATTTCAAAAAGAACCAGTATACTGAAAAGCACAGTCGTAGACTCTTCTTGGGGGGATACAGCGTAAATGTAAAATCACCAAGGAGGCCTGTTCAGAGTATAAACACTGTGTGAATGTCAAGGCTTTGCAGAGTGGATTCAGAACACAGCCTCAACTAGGTATTGTGTAATATACAAGCCAGTGTAAGCCAGTGAATAGATTTACAGTAGTCCTGTCTGTAGCTCTCTTTGTGTGTAGTTTACAGTGAAGGGATTGCGTAAGCTTCAGCGTATAATggtcacacacacttatacaaacATATTCGCTCACTCGCATATACAGTGATACAACTCAGCTCTTCTTGTGTGGTGGCTGTAGTCTTCTTTATGAATGAATGGTCAGGCCTAATGtctaaaacagtgttaaaaaaatactctgcaccaccaccccccacctcctcacacacattcatttaGAGCCATTTTGTGAATACACATCACAAGTTGTGTCACcaaaatggggggaaaaaagtgAGAGCCTGTTTTTACCTGCCATTAACATTGCAGTGTATTTTTAGTGATCATATCACATTCAGATTTGacttttccacaaaaaaacaggtGAAGAAACCCCAAAGGCGTATTGTAATCTGTTTACAATCAGATAACTTAAACCACATATAGAGCTCATTCATAATTAACATATGTGtaagtaggatgggttcctgtGATCCTGAAATGCATTGTGTTCAGATTACGATCGGATTACTCAAACAGCAGTTGGATGTGGTCAGAGCCTGATTCTAGGGCACTGTGGCACTTTTTCTGAACTATTCACAGACTCACAGAGCAAGACAATTATGGTGAAAATCTTAAAGCAAAAGTTAAGTCCTTTGTCTATTACTATATTTAATGGGAAAGTGGGATCTCATCTGTTTAAACTGGGAACACATTTTAGTGACAAGTGCAAATAGAATCTAGAAAAAGACACAAACGCATGTTAATGCCAAGTGTAAACAGGCCAAACGACTTGCTACAATGGTCAACCGTTTGAGAGATCCCACAGAAGAACCATTTTTGCAAAAGAGAGATGAGAGTGTGAGGAACCTTAAAATAGGTAAATTACCATTACATGGACTAACAGATGCTGCTTTATAAAAGATCCCTTTGTACCTTTTGCGTTTCTTTCTTTGGACAGTACTTACAATGAATGTTTACATGtagtttttttcacattatactTAAAAAAGACAAGAGGAAGACATTATTTAAGGGTGAGGAAGGCATGAGAAGAGTGTAAAGGCCTGGctctatttaatatatgtaacaaaacCACAAGACAATCTAGACAATGTTAGGTAAATTGCACTGTGTTAGAAAATTATGTGATAGCAGCCAGTGTTGTAAGCCTGATGCATTGCAAATGTAAGTAGCAAtaattagtatatatatatatatataaaaaaaaaaacatttaattttcttccTGCCCAGGAAAGCAATTTTCATTTGCacattgagattttttttaaagaataaaaatgtcCCAAACAATACTAGAATACAAAATAATCCTAATGTCATACTTATACATAAGCATCTACACTCTACATAATAAAGGTGCCACAAAGAGTTCTTTaaacaatgtggaaaaaaattacaagGATTACAAGTTTTGGATTATGCCTTATAATAGAATGTGTGAAGAGACAGTACAGAGATGGGGAAGGACTTTTCTCCTTCTGCTTTGTCGTAGAAAGCCAGATCACCCTTTTTGAAAAGGGTGAATGGGTGGTGGTGGGTTGCGAACCTCAATCGTTTCCTGTAAAGTGGACTACACAAGAAATTTGGACATACTAAATGAGATTCCAAGCTGTCGGTAGTGAAAGCATTCAGTTAATTCACTTTAAACAATGTAGCAAGAACTCAACGCTGCACAAACCTGTTgtatcctaaccctaacccactacaaaatacaaaaaaacttgtGGCCAacacaaacatttaataaagcATATAAATTGTATTGATGGGCTCAATTTGTCTTGGGATTGTTACCCCTGGTCTAACAAGTTAGAAATGGAACTGATTGAACGTTAAATTTGGAGAAGGAGCTTCAGAACCAAAGAaccctttgtagcacctttatgtcaatagtttaatattttatttaatagtttgTCGTATGGCAAAGTCAAACATCTTGTTTCATTTCACAGTCGTTTGTGGTCAGTTCATGCGATGCTGCACCAGCCGTTGGGACCCAAAAAGCACACCGAAGTATAGTCAGCCAGGGTATAACAGGAAATTCAAGGAGTTGTACATTTCCTTATTCTGATTGTACAGTTTAGGTATTATGACATATTTGAACCTGCTAAGCAAAGCTGAGCCTTGCCATAGTTTGTGAATTATGCATGCTCTATGTAAATGCTTGTGCCAGATGATGGACAAGTCTGACATTGTTAAAAGTACcaagtatt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Function

GO:

id name namespace
GO:0008227 G protein-coupled amine receptor activity molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU4631 lncRNA upstream 66669 14157586 ~ 14168960 (+) True G3515
TU4621 lncRNA upstream 90938 14144201 ~ 14144691 (+) True G3509
TU4619 lncRNA upstream 92726 14141220 ~ 14142903 (+) True G3507
TU4614 lncRNA upstream 103953 14130437 ~ 14131676 (+) True G3502
TU4613 lncRNA upstream 106773 14127362 ~ 14128856 (+) True G3501
TU4658 lncRNA downstream 3332 14247712 ~ 14247978 (+) True G3524
TU4663 lncRNA downstream 5463 14249843 ~ 14255637 (+) True LOC111190024
XR_002648994.1 lncRNA downstream 6343 14250723 ~ 14253827 (+) False LOC111190024
TU4681 lncRNA downstream 67828 14312208 ~ 14382477 (+) False G3537
XR_002649121.1 lncRNA downstream 120085 14364465 ~ 14369107 (+) True LOC111190477
XM_022663491.1 mRNA upstream 22315 14172064 ~ 14213314 (+) False LOC103039353
XM_022663444.1 mRNA upstream 22315 14172064 ~ 14213314 (+) False LOC103039353
XM_015602319.2 mRNA upstream 22315 14174494 ~ 14213314 (+) True LOC103039353
XM_007236916.3 mRNA upstream 22315 14174494 ~ 14213314 (+) False LOC103039353
XM_007260878.2 mRNA upstream 514564 13715172 ~ 13721065 (+) True LOC103043284
XM_022663843.1 mRNA downstream 39241 14283621 ~ 14327119 (+) True ankrd13b
XM_022663897.1 mRNA downstream 39241 14283621 ~ 14327119 (+) False ankrd13b
XM_022663953.1 mRNA downstream 39241 14283621 ~ 14324852 (+) False ankrd13b
XM_007236817.3 mRNA downstream 39242 14283622 ~ 14327119 (+) False ankrd13b
XM_007236818.3 mRNA downstream 39242 14283622 ~ 14327119 (+) False ankrd13b
TU4335 other upstream 1251360 12982625 ~ 12984269 (+) True G3313
TU4041 other upstream 2308379 11924450 ~ 11927250 (+) True G3096
TU3793 other upstream 2946783 11288131 ~ 11288846 (+) True G2910
TU3788 other upstream 2956470 11273998 ~ 11279159 (+) False LOC103029949
XR_001518524.2 other upstream 4493164 9634094 ~ 9742465 (+) False LOC103039705
TU4998 other downstream 716793 14961173 ~ 14963583 (+) True G3736
TU5080 other downstream 794175 15038555 ~ 15038914 (+) True G3790
trnae-uuc_1 other downstream 801933 15046313 ~ 15046384 (+) True trnae-uuc_1
XR_002649582.1 other downstream 828460 15072840 ~ 15162274 (+) False LOC103023550
TU5723 other downstream 2298562 16542942 ~ 16545854 (+) True G4221

Expression Profile