RNA id: XM_007245898.3


Basic Information

Item Value
RNA id XM_007245898.3
length 10104
RNA type mRNA
GC content 0.44
exon number 20
gene id LOC103025376
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 25327329 ~ 25360956 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

ACAAGAAGGAGGAGAAAGGGGGAGAAGAGAAAACACTACCACAACATGGTTTTCAGCGTGGAGCCAAATCCCTGCGCTCTGTAGGTGGATTAGACGCGTTTTAAGGTTTAGCTTTTCGACCCAGATCCAGGGTGTGGTCCGCGGACGCTGTTTTTCGGCATGTTCGCTCGTTTTCTGCCCAAACAACTCGTCAGGGAGTGGACCTTCGGGACGCCGCCATCTTTAGGACTCGTCTGGGAGGGAGCCGAGCCGCTGGGCCGCCGTTAGACCCGGGGTGGAGTTTGGGCTATCGGGGGCTATCTGCTCACTGCGGTGAATGTAGCTCAACAACGACAGGCTACTGTAAGGAAATAAACTAGAGGTCACTGGGAAGAGCTGGAGAAACAGGAAAACAGGAGCGAAGAGGGGGAATAGCTGCTGATATTGACTTCTACTTGTGGACTAACGTTTTAGTAATATCGTTACTTTATGAGTTTTGAGTTGAGGGCACTTCGCCTCCCTCCCAACTTCAATTTTAGCTTCTAAATAGACAATTTCTGGCTCCACAACCTGACTGATTACAGGGTGTGTATCCGTATGAGGCCGTTGTCCTACAGATGAGCCATCGCTGGGGGCTGTTGTGTCGCAGACCCAGATAATCCCTGGTGGCTGCGGCCCAAGCCCAGCCCTTACCCAGCATGCCCAACGCGGTTCGTGCAGGGAGTCTGAAGGACCCCGACATTGCCGACCTCTTCTTTAAGGAGGACCCTGAGAAGCTCTTTATCGATCTGAGAGAGATCGGCCATGGCAGTTTTGGCGCGGTCTACTTCGCACGAGATGTGCGCACCTCAGAAGTGGTCGCCATCAAGAAAATGTCCTATAGTGGGAAACAAACCAATGAGAAATGGCAAGACATAATCAAGGAGGTGAAGTTCCTACAAAGGATAAAGCACCCAAACAGCATTGAATATAAAGGATGCtacctgagagagcacacagcTTGGCTGGTAATGGAGTATTGTCTGGGCTCTGCTTCAGATGTCCTCGAGGtacacAAAAAGCCCTTACAAGAACTGGAGATAGCAGCCATTACCCACGGTGCTTTACAAGGACTAGCGTATCTTCACTCCCACAACATGATTCACAGAGACATTAAAGCTGGAAACATCCTATTGACCGAGCCTGGCTTGGTCAAACTGGCTGATTTCGGCTCTGCTTCCATTGCTTCGCCTGCCAACTCTTTTGTGGGGACTCCATACTGGATGGCTCCTGAAGTGATCTTGGCTATGGACGAAGGCCAGTATGATGGAAAAGTAGACATCTGGTCCTTGGGTATAACCTGTATTGAGTTAGCGGAGAGAAAACCTCCACTCTTCAACATGAATGCAATGAGTGCCTTATACCATATAGCGCAGAATGAGAGCCCAACACTGCAGTCAAGTGAATGGACGGATTACTTCAGAAACTTTGTGGACTCTTGCCTTCAAAAGCTACCCCAAGACAGACCCACCTGTGAGGAGCTGCTGCAGCATGCCTTTGTGTTGCGTGAGCGGGCCGAGTCTGTGCTGAATGAACTGATCCAGCGCACCAAAGATGCTGTGAGAGAGCTGGACAACCTGCAGTCCCGGAAAATGAAAAAGATTCTCTTCCCAGAGGCACACAATGGGCCTGCAGCGGAGGTGCCGGATGAGGAAGAGgaGCCAGAACACTGTGCTGGGCGGACAGGCACAGTGAACAGTGTGGGCAGCAGCCAGTCCATCCCCAGCATGTCCATCAGCGCCAGCTCCCAGAGCAGCTCCGTCAACAGCCTGCCCGATGCCACTGCTGAGGACAGTAAGAGTGAATTGGAGCTGATGGACGGAGACCGCACAGTTATGTCCAACAGCTCCGTCATTCACCTCAAACCGgaggaggagagtTATCAAGAGGACACAGAGGCTCAAACTGTGCCACCTGAGGCACCGTCCCCACCTGCACAGACCCCTCGTCGTCAGTACCGCAACAGAGAGCACTTTGCAACCCTTCGCACAGCCTCACTGGTGACTCGTCAGATCCAGGAGCATGAGCAGGATTCTGAGCTGCGGGAGCAGATGTCTGGGTACAAGCGCATGAGGCGGCAGCACCAGAAgcagctgctggcgctggagaaCAAGCTGAAATCAGAGATGGATGAACACAGGCTCAAACTGGACAAGGAGTTGGAGAGCCAGAGGAGCAGCTTCAGCTCGGAGATGGACAAGCTCATTAAGAAGCACCAGGCTGCCATGGAGAAAGATGCCAAGACCTTTGCCAATGATGAGAAGAAGTTCCAGCAGCACATCCAGAGCCAGCAGAAGAAAGAGCTGAGCAGTTTCCTGGAGTCTCAGAAGCGAGAGTATAAAATGCGCAAAGAGCAGCTCAAAGAGGAGCTAAATGAGAATCAATCCACGCCAAAGAAGGAGAAGCAGGAGTGGCTGTCAAAGCAGAAAGAGAACATCCAGCACTTTCAGGCAGAGGAGGAGGCAAACCTTCTACGCAGACAACGTCAGTACCTGGACCTTGAGTGCCGCCGGTTCAAACGTCGCATACTTATAGCTCGCCACAATGTGGAGCAGGACCTGGCAAGAGAGGAGCTAAATAAGCGACAGACACAGAAGGACCTGGAGCATGCCATGCTGCTGAGGCACCACGAGTCCATGCAGGAGCTGGAGTTCAGGCACCTAAACACCATCCAGAAGATGAGGGCGGAACTCATCCGTTTACAGCACCAGACTGAGCTCAACAACCAGATGGAATACAACAAGCGCAGGGAGAGGGAGCTGCGCCGTAAGCATGTCATGGAAGTCCGCCAGCAGCCTAAGAGCCTCAAGTCCAAAGAGCTCCAGATCAAGAAACAGTTTCAAGAGACGTGTAAGATTCAGACAAGACAATACAAGATCCTGAGGAACCAACTCCTCGATAACACGCCCAAGTCAGACCACAAGACCATGCTGAAGAGACTGAAGGAGGAGCAAACGAGAAAGTTGGCCATTCTCGCCGAGCAGTACGACCACTCCATCAATGATATGCTGTCTACACAGGCTcTTCGACTGGATGAGGCACAGGAGGCTGAGTGTCAGGTGTTGAGGATGCAGCTGCAGCAGGAGCTAGAGCTGCTGAATGCGTATCAGAGTAAGATTAAGATGCAGACAGAGGCACAGCAGGATCGTGAGAGAAAGGAGCTGGAACAGAGAGTGTCACTGCGCAGAGCTCTTCTAGAACAGAAGATTGAAGAGGAGATGTTGGCTTTGCAGAATGAGCGGTCCGAGCGCATCCGTAGCCTGCTGGAACGCCAGGCCCGAGAGATCGAGGCATTCGACTCCGAGAGCCTCCGCCTGGGCTTCAGTAACATGGTGCTGGCCAACATTTCCCCCGAGGGCCTAAGTCACAGCTTCCCTGGAGCACCGGCCAGCTGGGCACCGCAGCAGGCCCAGGGCAGCACATCAACTTCACAAGGTTCCCACTGGAGCAGCTCAGCCTCCAGCCACCACTACTACTCAGGTCAGGGAGGAACACCTGGCCAGCAGAGCTGGGGCCCAGCTTTACCTGGAGTGGGACCTCCACAGTGGAACCACACGTCTGCAAGCCCAATGGGGGCATTGCCAAAGAGCAGCGGGAGCGTGGGCATGCGGAACAGCCCCCAGGCCCTGAGGAGGACCACCTCAGGGGGGCACAGTGAGCAGAGCATGAGCAGGAGCACCAGCATCACCTCTCAGATATCAAACGGCTCCCACCTGTCCTACACATAGATTCTGGAATACCAGTGCCAGCCCTACTCTCTTACAAACACTCATACGTGCAAACAAACAGGTTAGGGGACTgatagcagaaaaaaaataagctgaaCTGCATTCCCCTAAGATCATACTTCCCTATCCATTGTTAATATCTCCCTCCTCCCCTCTCCAACATGCAGGTTTGAGGTATGAGAAGTATGGATAAATGTCGCTCAGGTCAATAGCTATTCTGCCTCTGCAGGACAATTGATTGGCCCGCATGCAGAGCTAGAGTATGCCTGTGTCTATAACACTGCTAGCTCACTTAATGCTCAGTCAGTGGGACTCCTTGGAGTTCTTTTAATTGTCTTTACAGTTCCCTCTAGTAAATAGAACAAGTGTACAGTGTGTTATGTACAAAAACTGCTCAACTTCCATTAAGTTGATGGAACAGGGTCACCATTTAATACACAGAAGCATTAATAAGAAAAGGTTACCATATATCTTTGCTGTCATGCATGAAAATTAGTTTATCCATTCTCtatataatgtaatgtgaatctggcttttgtcctttacattgtgtcaacatttcattttaatgaatgggccaattttacattgactttcattaattgttaaaaatgtttcttcCATTGTTTGTAAAGGTTTTTGttcaaggtttttgcatgacagcaacGATGTACTACTTTCTAGCCAAACTGATCCTGATTTAGTGTTGCCACAGTTCCTACTCTGACACATTGCCAGCCTGCTGTTATGCCCCAAAATGAGGTGAAGGTTGACTTGAATCCCAATGTAGGTTGTAATTTGAGTTTATTAGTTTAACTTAAGGAAATTAATGATtagttaatattatttataacttCAATATGCAGATTATGTGTTCCAATATGGGTTAGAATGACAAGGTAACTGCAGTCTTCCCATGTAATAGTTCTGCCATATGCACTTCATACTGCCAGtggttttaaatattgtttagaaTTTATGATATATAATTTTTCTTTGgttgcatttttacatttttaagaatgTATGATTGAAATTAGTGTAGCTAAAACGTTGCAGGTTGATGCCAATAAGAGCAAAAATCCCCCTCTTTAgcacactttaaaaatgatggtGCTTCAGATTGCTCTTTCTCTATTAAACAATTCTATAGAAAAGCATTTTTATTCATGACACACATCTTAGTGTGTTTACGAAACTTTCTAAAAGAAATGTCATACTTTTGATTTTAACTATCAACAAAGTGATAGTTAA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tagggtttattgaaatattttgctTGTACTGTATAGTGTTGGTATAGATACATCAACTGGAGAATGGAGAGAGGACTTggctgtaataaaataattttagtaca

Function

GO: NA

KEGG:

id description
K04429 TAO; thousand and one amino acid protein kinase

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU8691 lncRNA upstream 6601 25319508 ~ 25320728 (+) True G6377
TU8686 lncRNA upstream 8819 25309694 ~ 25318510 (+) True G6376
TU8682 lncRNA upstream 22644 25304183 ~ 25304685 (+) True G6374
XR_002650082.1 lncRNA upstream 46712 25263143 ~ 25280617 (+) True LOC111192677
TU8662 lncRNA upstream 113628 25213417 ~ 25213701 (+) True G6363
TU8778 lncRNA downstream 109721 25470677 ~ 25474186 (+) True G6441
TU8784 lncRNA downstream 129258 25490214 ~ 25501185 (+) False G6445
TU8785 lncRNA downstream 138171 25499127 ~ 25501185 (+) True G6445
TU8786 lncRNA downstream 142046 25503002 ~ 25503585 (+) True G6446
TU8810 lncRNA downstream 187782 25548738 ~ 25549685 (+) True G6464
XM_022670549.1 mRNA upstream 296760 24883554 ~ 25030569 (+) True dph1
XM_022670553.1 mRNA upstream 296760 24885755 ~ 25030569 (+) False dph1
XM_022670536.1 mRNA upstream 819704 24466453 ~ 24507625 (+) True rpa1
XM_007245891.3 mRNA upstream 862859 24455686 ~ 24464470 (+) True serpinf2
XM_007245901.3 mRNA downstream 1176 25362132 ~ 25372748 (+) True tp53i13
XM_007245902.3 mRNA downstream 17163 25378119 ~ 25386942 (+) True LOC103026515
XM_022670632.1 mRNA downstream 30054 25391010 ~ 25397534 (+) True LOC103027284
XM_007245905.3 mRNA downstream 30056 25391012 ~ 25397534 (+) False LOC103027284
XM_007245906.3 mRNA downstream 51238 25412194 ~ 25428351 (+) True LOC103027586
TU7890 other upstream 1419855 23878152 ~ 23907474 (+) True LOC103022942
TU7964 other upstream 1493499 23832236 ~ 23833830 (+) True G5871
TU7839 other upstream 1976023 23312512 ~ 23351306 (+) False G5797
TU7837 other upstream 1976283 23344496 ~ 23351046 (+) True G5797
TU7634 other upstream 2362405 22964060 ~ 22964924 (+) True G5646
XR_002650083.1 other downstream 51238 25412194 ~ 25428351 (+) False LOC103027586
TU8949 other downstream 679200 26040156 ~ 26046246 (+) True G6576
TU8950 other downstream 679200 26040156 ~ 26046246 (+) False G6576
TU8951 other downstream 682103 26043059 ~ 26046246 (+) False G6576
XR_002650136.1 other downstream 1558335 26919291 ~ 26931495 (+) False LOC103042574

Expression Profile