RNA id: XM_022670253.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_022670253.1
length 6049
RNA type mRNA
GC content 0.42
exon number 22
gene id LOC103047855
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035897.1
NCBI id CM008300.1
chromosome length 26953843
location 24102558 ~ 24120298 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

GCGTTTCCCTTTCCCCGTTATGCAGAGGATCGAGTAACCGAGCGGATCTGTTTATATGAAATCCGGATTAAACaacaatcaataatcaatatcaGCTAATTTGCAGCGCCCAGGGATGCGCTAGATCCAGATCCGAATTTAAATCCGGATTATCCGCTTCAGTATGGACGCGCTGCTGCAATTTGAGGAGTGTATACGGGACTCGCCCTGCTTCAGaCGGACACTGGAGCAGCACGAGAGCGACGTAGAAGAGCTGGAGGGACGCGTAGAGAAGGTGGTGAAGTTGTGCAGTAAGGTGGTGGAGGCAGGGCAGGTGTATACAGAGTGTAATCAGCTGTTCCTCTCCGCTCTCGCAGAGTTCACACACTACCATAGCAAACACACCGTCATAGCGaattgCCTGCATCAGTTTAACCAGGGCCTGCAGGAGATGATCCAGTTCCACACTATGCTGCTTGATCAGAGTCAGAGAGCGATAACCCAACAACTCACACACCTGCTGTCACAGTTTCTGCCGCACATCCGTGAGGCGCAGCGTGAGTTTGTGAGGATAGGGGGCGATGTAGAGTTAGCTGCGGTAAAAAACGCTCAGATCTCCCAAAACAAACCTGCAGAGGCAGAACGAGCCAGCCACCTGCTGCTCGCCACGCGCAAGTGCTTCCAACACTTCGCCCTGGACTACTGCCTACAGctaAATAATTTCAAGGTTCAGCAGAAGCTGGACATCCTGAATTCAgTGTTCTCTTACTTTCATGCACAGTATACATTCTTCCACCAAGGGTTTGACCTGCTGAGAGACCTGGAGCCAACCATGAAGACCATGGCATCTGAGCTGGCCCAGCTGTCCACTGAGTGTGTGTCTAAAAGGAAAGATCTAGAAAACCAGCACCTGCTCGTCCAACAGAGGGATGCCTGTGGAGAAGCAGTTGTAGTGTTGAGTCCGTCCAATGAAGGATCCATTCAGGGCTACCTTTTCAAACGCTCTCGCAGGAAGAATAAGACGTGGAAGAGGTGTTGGTTCTCCACCAATAATAACCAGCTGCTGTACTCAAAAACACACAAGgagctGCCAACAGTGTTGTTTGATGATTTGCGGCTGTGTGCAGTAAAATCTCTGGATTCCATTGATCGGCGCTTTTGTTTTGAGCTTCTGAGTGTACAGAAgggctGTGTGTTACAGGCGGACTCTGAGGAACTGAAGATGGCGTGGATAAACGCTGTGCAGAGCTGTATTGATCTGGCGTATCGGGAGAAAGTGGAGTCTGAACATACTCAGgtAAAACCCTCACCACCTGTCCCAGTTCCTGACCCTCCCTCCTTACCTGCTGCTCTGGGCGTGGCCCTTCGTGGTCATGGTAACAATCGCTGCTGTGACTGTGGGGAGGCGGAACCACGCTGGGCAAGTGTAAACCTGGGTATCACAGTCTGTATCGAGTGCTCAGGTATACACAGGAGTCTTGGTGTTCACCTATCTAAGGTGCGTTCTCTTACTCTGGATTCATGGGACCCGGAACAGCTGAAGCTGCTGTGTGTTCTGGGTAATGATGTCATCAACAGCATATATGAGTGTGGTCCCTGTGACGGAGTGGAGAAGCCCAGTCCTCAGAGCCCTCGgcaGGTGAGGGAGGTGTGGATAAGGAAGAAGTATGTGGAGAGGAGTTTTGTGAAGAGAGACAGTGAGCCTGCTGATGCTGAGGCGGGGAGGCAGCAGGCTGGAGCCAGGCTGTACCAGGCAGCGCTGGATGGGGAGCTGGTCTGCATGGCCCGGGCTCTGGCTCAGGGGGCAGAGGTGAACTGGAGTAACGCTCAGGCGGGACGGACCGCTCTGATTGGTGCAGCTATTGGGGGTTCTTTACTGGCGTGTGAGTTTTTACTGCAGAATGGAGCGAATGTGAACTACAGAGACCAGCATGGACAAGCTGCACTACACAATGCCGCCACACGGGGGCACACTGGGCAGGTGTGTCTGCTGTTAAAGAGAGGAGCCAATCAGTACGCAGCGGATGAAAGGGGAATGGACCCACTGAGTATCGCCATAGAAACGGCTCACGCTGACATTGTCACACTgttAAGGATGGCCCGGATGAATGAGGAAATGAGGGACTCTGAGGGTTTTTTTGGATCTGTAGGAGACGACGAAACATTCCAGGATATTTTCCGTGATTTCAGTGACATGGCATCACATAACCCTGAGCGTCTGTCTCGCCGGCAGTTCAGCCGCAGTgctgaggaagaagaggaggaggatgggGTGGATGGAGCAGCTGGTGGGACGGAAGATGAAAAGACGTAGTGGAATAGCAGTGGAGGAGCTGTGGAGGAGCCTGTGGAGTTTGGAGTGGAGATTGCTGGTCTGGGGTCAGGTGGGGGTTTAAGTTTAGGGTCAGTGTTGGGCATTTTGGTGCTAAAAGCTGTTGACTGAACTGCATTTGCAAAGGGAACATCTCTATTTAGTTTTTAGGAGCAGCatttttattagcatttaaTAGTAACAGATACATTATACATAGAAGTTTAATGATTAAGTAATTAAATCTATTGTGTCTTTAAACTAATGCACTGTTAAAGCCAATTTATACTTTTGTGTCTAACATACGCTGGTGCGTATGTGTAATGGCAAATCATACACTGTAATTCTTTTTCAAAAGTGAAGACTAGCGGTGTGAAGGTGATTTTAGTTGTAGAGCAGCCGAGTGCTCAGGGTGCCCAACACTGTCCTAGTTAAGGTTTGGGGGTTTATGGGTAATGAGATCAGTCAGATTGACAGTTTAAGGGAAAACTATTAATTGGTGTAGATTGAAGCTCCTCCCCGTTACATTCCAGTCCAGCTGATCTGAGCTCTGAAAGGTCATATAATACATTTCATAACAGTTCTGTGaatagatttatatttattaatatttaaagttttaactgCATTTCAAATATTGAATTTAGCTGTCAGAGAATAACTGAACTGAGCTGAAATATTAATCAGGTATTAACAcaacattaattattaatgataattattaataaccttacactgctttaaaaaaatagctcAATCAATCATATTCTGAATCAAATTAACATATAAACTATATAGTTGTAGATATTACCTTTGtggtttaatatttttgtaatattagcTTAAAGTCGATTATGCAAGAtatcaaacacaaaaaaaaaattataatgatgaaactggcactcattaggatcGCCCCCAGCAAAGTAAGAGAAAAAGTTCCCTCTGTTCCATAGGAtatgttcatcagagttaccagtctcAGAAACCACGAGTTAACAGCtccacagataagagcacctaaatgctttacagagtatttagtattttggtttgtttaacacttttaagttactacatgattccttatgtgttccttcatagatcacttcactattcatttactatgtaggaaaaaatattgTCCAAACTTATATGATACAAGCTCCTAACTATGAACCAGAACCAATTTAAAACAAGAAATGTCTAAAAATTGTGATTTGCCTCACATATTAAAGACTTTCGaataaatacatagaaaaaTGTAAGAACACTACATTTAaatctacagtaaaacataacaaaaaaacatgcagtggAACCTTAGTTGTGTTTTTATGGCAGTTAATATTTCAGCTCCGTCTCTCTGTaagcaggtaaactcagtatTTAATCCAgggattttatttaaatgtagattatatatattgtgaccCTTCAGCCTCCCCCGGGGGGGGGTTAGTCTGGACTGACCCTGCTGCTAACAGAGGCTGCTCATTCGAAGCTGAAGccgctaacagactgctggtgttatgAACTGATTTCAGCAGCGTGTATGAAgagaatcagagaaacggaaCTCTGAGGAACAGTACTGAACCTCCGTTACTGCTGGTGGAGAAGCGGAAGCGGAGGAATATAGGAATTTGTGTAATAAGGGACCTAAGGGACGTGTGCAGCTCTTACCGTCGGCTAATTCAGCCTCACTCTACTAAAAGCTTTAGTTTAACACATTTCTGcgttacagtgtgtgtacaggcatatatttacagtatactgCTATATTTACATATTCCTCTATAAACTCTAAATCTGTAACTCTGCTGTTGGCAAAGCTGCTCAGCCGTTAATTGTTCTCCTGTAGATGTTTATGCTGGTAAACGTGAACgttaaaaacttaattttaataaCGATAAATGAGATCATGAAATGTTTCAACCGGCTGGATGAGTCGAATCAGGCAGTTTAACCCTTTTATCATCTTTATCATCAAAAAAGCAATGAAATACAACCCCAATTCAAATGAAGTTGGGAcattgtgtaaaacataaataaaaacagaatacaatgGTTTGCAAATCCTTTTCACCCTATATTCAATTGAATTCTCTAAAaagacaagatatttaatgATCAAACTGATAAACCTTATTGGTTTTTGTAAATATTCCctcattttgaatttgatgatGCAATATGTAAAGAAGATGGACAGGATCATGTTTAGCACTGTGTTACATCACTTTTTCTTTATACACTCAATAAGTGTTTGGGAACTGAGGACTTTGTAGGTGGAATTCTTTCCCATTCTTGCTTGATGTAGAAGTACTTTTCCAGTCTTTTTTTGCCCCTGTCCCAAATTCTTTGGAATGTTTGAAcatttgaacattaaatatcttgtcttTGAAGTGAATTCAATTGAATATAGGttgaaaaagatttttttaaaactgaaactaaacggTTAAACAGAAGTTAAAGGGATAAATGGTGACTCCATTCAAAATTCATAATGGACCAATGACTACAGCTGAGTTAAACATGCCATATGTCAGCTAAAGTGTCTTTTAACCATATTTTTCCAGATTAAAGATGGAAAACAACTTAGTTTGTTGGTTTATGCATCTTTAACATAGGAGGtgcttttatcaaattaaaGGTGCTTGTTTTGATTTTTACTCTAGTTTGAGGGGGTTAATATATAAGTGCA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU8006 lncRNA upstream 12076 24088651 ~ 24090482 (+) True G5898
TU8028 lncRNA upstream 21197 24080638 ~ 24081361 (+) True G5913
TU8003 lncRNA upstream 69297 24031078 ~ 24033261 (+) True G5895
TU8020 lncRNA upstream 73489 24028653 ~ 24029069 (+) True G5908
TU8014 lncRNA upstream 78128 24023958 ~ 24024430 (+) True G5906
XR_002650063.1 lncRNA downstream 132857 24253155 ~ 24253912 (+) True LOC111192653
TU8265 lncRNA downstream 151252 24271550 ~ 24276459 (+) True LOC111192656
XR_002650065.1 lncRNA downstream 154194 24274492 ~ 24279468 (+) False LOC111192656
TU8259 lncRNA downstream 156269 24276567 ~ 24279467 (+) False LOC111192656
TU8404 lncRNA downstream 264137 24384435 ~ 24384926 (+) True G6167
XM_007237904.3 mRNA upstream 1325 24094276 ~ 24101233 (+) True ilkap
XM_015602648.2 mRNA upstream 1325 24094277 ~ 24101233 (+) False ilkap
XM_022670215.1 mRNA upstream 14756 24064679 ~ 24087802 (+) False dgkd
XM_022670223.1 mRNA upstream 14756 24064679 ~ 24087802 (+) False dgkd
XM_022670220.1 mRNA upstream 14756 24067343 ~ 24087802 (+) True dgkd
XM_022670232.1 mRNA downstream 8986 24129284 ~ 24148571 (+) True LOC103042016
XM_022670236.1 mRNA downstream 18734 24139032 ~ 24148571 (+) False LOC103042016
XM_022670393.1 mRNA downstream 35341 24155639 ~ 24156948 (+) True LOC103043883
XM_022670361.1 mRNA downstream 37297 24157595 ~ 24161442 (+) True LOC111192631
XM_015602650.2 mRNA downstream 46179 24166477 ~ 24170637 (+) True LOC107196838
TU7890 other upstream 195084 23878152 ~ 23907474 (+) True LOC103022942
TU7964 other upstream 268728 23832236 ~ 23833830 (+) True G5871
TU7839 other upstream 751252 23312512 ~ 23351306 (+) False G5797
TU7837 other upstream 751512 23344496 ~ 23351046 (+) True G5797
TU7634 other upstream 1137634 22964060 ~ 22964924 (+) True G5646
XR_002650083.1 other downstream 1291896 25412194 ~ 25428351 (+) False LOC103027586
TU8949 other downstream 1919858 26040156 ~ 26046246 (+) True G6576
TU8950 other downstream 1919858 26040156 ~ 26046246 (+) False G6576
TU8951 other downstream 1922761 26043059 ~ 26046246 (+) False G6576
XR_002650136.1 other downstream 2798993 26919291 ~ 26931495 (+) False LOC103042574

Expression Profile