RNA id: XM_022678902.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_022678902.1
length 3186
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 7
gene id LOC111194532
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035913.1
NCBI id CM008316.1
chromosome length 28317440
location 10390479 ~ 10407671 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

CAGAAGGAATTCTCAGTCCTCTCAGCACAGCTGCGTTTGGGAGAGGAGCTGGAGCAGGTCCCTTACGGCTCTTCATCATGACTCCACTCCTCTTtctgctcctcttcctccttcatCGACTTCCAGGTGCACTATGTACTGTGACCACAATCGAAAACCAGGCTGTATTAGAGGGTCAGTCAGTGATCATTCCTTGCCATTACAACCCTCAGTATACGCAGAACGTGAAGTACTGGTGTAAAGGCTCGATGAAGGAGTTCTGCAGCAGCTTGGCTCGTACTGATGATCCGGAATCGGCTCCGTTTGGGAAGGGAAAACTAACCATAGCTGATGACCCGGCCCAGTATGTGTTCACCGTCACCATGCGAGAGCTGAAGGAGGAAGACTCAGGCTGGTACTGGTGTGGAGTGGAGGTTGGCGGCATGTGGAGTGTGGACAGCACTGCGTCCATTTATATCAGTGTTGTACATGGTATGAGAGTGGAGAGCAGCATGGTCAGTGGTGAGGAAGGCGGCAGTGTTGTTGTGCAGTGCCTCTACAGCGAAAAATACAGAGACAGTGAGAAGCGATGGTGCAGGAGTGGCCACTTGAACTCATGCATAGTGACGGATGCTAACGGAACATTCAGCAGCAGATCTGTGCTCATCAGAGACGACAGGAAGGATACTGTTACCGTGACGATGAGGAGGCTGGAGTTGCGGGATGCAGGATGGTACTGGTGCGGAGCCGGCCAGCAGCACGTGACCGTTCACGTGTTAGTCACGCCAAGACCAACCACCACACAGTCTATTACAACGCCTGGCAGCTTAACCACAAAGTATCCAGTCATGGTAAAGGCACCAGACACCAAAAGTCCTGTGTTCTGGCAGCCTGTCCTGACGGTGTGTGGAgctctgctgctcctgctgaGTGCAGTCTTGGTATCATGGAGGATGATGGAGCAGTGGATTGAGCCCAATGAATGGTAGGGATGGAGAGAACACTTCACTCCTCTTCCTGAACTCCTCAGTCCAGCAGGTCCAAATACCCTGATCGAGAACACATGGGTTCTAAAAGAAGGTctggaaaaagaagaagagaggaagacACTGAAAGAAGAACTTAAGAGATAATAAGAAGCTTTAAGatgtttatttgttgtattattttaaagttgaaCATTAGGTACATccgttttttttatcagtttgtaATGTAGCTTTTTATTTCAGGATTTTATCAAAATGTTTATACATATCAGTTTTCACTAGTGATTGTCAATACATTTGAATATATGTTGATTCTTCCACACATTAAACACTTAAATCATACACACTGGCCcagatttactttaaaaacataagaccctgtttacacctggtaaCGTTATACATCTTAAGTATTAAGATTATTTCAGGATTAGGCTAAACCACataaaatgcaagtgtaaaaataatccaaaattgATTTAATCCAGTTATAAATCTACTTACTTAAACTAAttcaggagatggtctgagacgtatttaaaacagatacaaatctacttacttaaactaatttaagaggtggtctgagaccTGAAGTAGTTTGAGTGATCCAATTTTATATCTAGTTTAAATCTGTCTCAGATCACCTCCTTAAGTGGTttgtttgagtgatcagatttgtatcagtttttaaattagtcTCAGACCACCAAGCTGAAGTGGTTTGTTTGAGTTTTCATATTTGTACCTTTTAAgtttgtctcagaccacctcctgaaatAGTTTGAGTGATAcaattttatatctattttaaattcATCTTAGACACCTTGTTtaagtaatcagatttgtattggTTTAAatttgtctcagaccaccttccgAAGTGATTTGTTTAAGTGATtgaatttgtatctgttttaaattagtctcagaccaccttctgaagtggttctgtttgagtgatcagatttgtatctattTTAAATTAGTCTCAGACCACCCACTGAAGTGGTTGGTTTGCGTGAtctgatttgtatctgttttaaatgtgtctcagaccacctcctgaactGGTTCTGTTTGAGTGATCAAATTTGTATCAGTTTTTGTAATGCGTCTTAGaccatctcctgaagtggtttgagtgatccaattttatatctattttaaatgtgtctcagacaaCCTCCTGAAGTACTTTGAGTGATTGAATTTGTTTCTGTTTagaatgtgtctcagaccatctcctgaaGTGACTTGTTTAAGTGATCAAATTTGTATCAATTTTTAAATTTCGTCTCAGACCACATTCTGAAGTAGTTTATTTGAATAATCGTATTTGTATCAGTTTctaatgtgtctcagaccacatTCTGAAGTAGTTTAATTGAATGACCGAATTTGTATCAGTTtttaatgtgtctcagaccacatTCTGAAGTAGTTTAATTGAATGACCGGATTTGTATCAGTTTTTAATGTGTCTCAGGCCATATTCTGAAGTAGTTTATTTGAATAATCGTATTTGTATCAGTTTTTAATGTGTCTCAGGCCATATTCTGAAGTAGTTTAATTCTATAAGTGGTTTTGTTTGAGTGAGTGGACTTGTATCGGTTTAATGCATCTCAGATCACCTCATGAAGTGGTTTGTTTGAATGATAacatttgtatctgttttatatctattttaaattcGTCTCAAACAATTCTATAAGTGGTTTTGTTTGAGTGAGTGGACTTGTATCGGTTTAATGCATCTCAGATATCTGGTTTGTTTGATTTAACGTAtttgtacatgttttaaatttatctcagaccacctcctgaagtggtttcaGTGAGTTATTTTTATGTGGCTTGACCTTATCCAGATATAATTCTTGATACTGAAGATGACCAGATGTAAACAGGTGTCACTCCTCATCGGAAAGCTGTTTGCTAATTGTGTGGAAAAGTATTATTCGTATGAAATCCAGATATTTTCTAAAGCAAATGACTGATTTTGATTATCACAATTGTACTTTCTCTGTGAGCCCAGGATATTGATGCccagtttgttttattgtagGGACTGTATGAAGAGGTTATCATTATGAATGTGCTTAGCAGATTAGCAGATGTTTGTGAGTTTGTATATTAATGTACATCATCTGTTGTTGGTCTAATTCTTTAATAGAATctacataaatattaaaatccgTTTTCAGTCCTGTCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU204161 lncRNA upstream 27104 10330746 ~ 10363375 (+) False LOC103040721
TU204168 lncRNA upstream 83074 10301373 ~ 10307405 (+) True G150757
TU204163 lncRNA upstream 109264 10280470 ~ 10281215 (+) True G150752
TU204152 lncRNA upstream 110649 10191520 ~ 10279830 (+) False LOC103021810
TU204118 lncRNA upstream 212002 10168326 ~ 10178477 (+) True G150735
TU204192 lncRNA downstream 7242 10414913 ~ 10434013 (+) False LOC111194616
TU204400 lncRNA downstream 104417 10512088 ~ 10515654 (+) False G150883
TU204407 lncRNA downstream 104417 10512088 ~ 10518923 (+) True G150883
TU204410 lncRNA downstream 106877 10514548 ~ 10518383 (+) False G150883
TU204412 lncRNA downstream 106877 10514548 ~ 10518923 (+) False G150883
XM_007242241.3 mRNA upstream 4321 10382880 ~ 10386158 (+) True LOC103040403
XM_022678898.1 mRNA upstream 29011 10320269 ~ 10361468 (+) True LOC103040721
XM_007241656.2 mRNA upstream 182633 10193960 ~ 10207846 (+) True LOC103021810
XM_022678882.1 mRNA upstream 240443 10142124 ~ 10150036 (+) True LOC103031168
XM_022679379.1 mRNA downstream 2288 10409959 ~ 10436494 (+) True LOC111194616
XM_022679380.1 mRNA downstream 33052 10440723 ~ 10452490 (+) True LOC111194617
XM_022678905.1 mRNA downstream 150443 10558114 ~ 10583740 (+) False LOC103021908
XM_022678904.1 mRNA downstream 150443 10558114 ~ 10581973 (+) True LOC103021908
XM_022678907.1 mRNA downstream 161614 10569285 ~ 10583740 (+) False LOC103021908
XR_002651121.1 other upstream 238586 10142124 ~ 10151893 (+) False LOC103031168
XR_002651122.1 other upstream 238605 10142124 ~ 10151874 (+) False LOC103031168
XR_002651120.1 other upstream 240350 10142124 ~ 10150129 (+) False LOC103031168
XR_002651123.1 other upstream 242161 10142124 ~ 10148318 (+) False LOC103031168
TU204035 other upstream 537625 9851218 ~ 9852854 (+) True G150674
TU204186 other downstream 2122 10409793 ~ 10442243 (+) False LOC111194616
XR_002651126.1 other downstream 35319 10442990 ~ 10443712 (+) True LOC103024215
TU204458 other downstream 214988 10622659 ~ 10626011 (+) False mau2
TU204536 other downstream 333062 10740733 ~ 10741138 (+) True G150935
TU204715 other downstream 1144868 11552539 ~ 11561544 (+) True LOC103037021

Expression Profile