RNA id: TU210444


Basic Information

Item Value
RNA id TU210444
length 5208
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 2
gene id G155233
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 344963 ~ 360697 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

gaaaaaaacaaataaacaaataaaacaaaaccaaaacaaaaaaaaacagaaaaaccaaaacaaactccCATTTATTGCACACGCGCTTCAGCCCAGCGAGCGATGGACTGAAACAGTTTCATCATCTGAGTCTAGAGATTCTGCTCAAAAATAGACCCTATGTAGAAAATAGACAATGTGAACGCACTCAGTAGTTCTTTTATCTCTCATTTACATCCAGATCAATCCTCCTCATTCCTTATATGTACAGATCAGTAACACAGAAGCCAGGGGGCGAGGCTACTGTGGGCAAACAGCATTTATACAGTAAATCAGCATTGTAAACAATCAGAGGATATTATAGTACTTTACAACAGCGGTGAAatcaattaaattacatatctgcagggtatatacacacacacttacacatacacacatacgcAGTAGCATAGCATCAACCAGTGTTTACCAATCATCCAATCGTGCCATTGTCCTAGGCTCCGCCCATAAATATGCTTGGTGCTTCtaagcactatatatatatatatattttaatgggtTTTCTGGGGTTTCTTGGTTTACAATGAGAACATTTTGTTTAGTTAAGGTTTTTAGTCATTTCGTTCAGGTTTATCCATGATGTGGTTGGTgcggcgcagtggataacaccaccgctcGTTGCTTGTGAGCTGCTGCATCATGTGGGAAACTCTGGTTCAATTCCCGATCTAGTGAAGTGGTACCCAATATGGATACAACTGGAAAACACTGATGTTTAATGCATCTCGCTCCATGCATTCACCAGCCTTAGAGGAACAGCTCGAGCTAACATGCTAAAGCTAATAACGCTTGATATAAATAATTCACTGAAAGCTTAAAGATTTAACCATTTGCCATGATATTACAAGCTTAATGCAAATAGTTGGCTATTTAATTCACTTTTAATTCATTCTGTCTGTTAGAATCTTTTCGCATTTATGACATTGTCATTTATGTCACTTGTTTTTACAAATTTCCACATAATTAGATGGTTAAGATGTGAACATTTAGTTATTTAGTGGATTTGGTGTTCTGTTAACActctgaataattcacagtggtggtgaacagaggttgaggttgaggttTCAGATTATTTGGGgtctaaaacatgtttttaaaataattaaactccATTAAAATGATAAAGGGATACACATAAGGAGTTATATGgcaaaaatactcaaaaatagttgattttcactttttttttttttaccaatatcaacaatatatacacaaaccAATTAAGCATAACAATATGATTCTTTGTTTCTACAACCATTATCCTTTTggttttttagaaaaaaaaaaaatgcttgatTGGCTAGGATCCATTGATCACCACTGTGAAGAAACCCAATTTCAACTGGTTCATCTCAAACACTGAATTATGCAGGAATTTTTAACTGGAACTCTTAATGCTAACCTGTCCTAAGACCCACATTGttacacagcacaacacacactccttaAAAAAAGCAGCTTCCAGCAAAGCATGGCCCCCAGCATTTACAGCCCAGTCAATATCATAGGCAGGTATAAAGGGTAAGAAAGTGCTATGGACTACGCTGAGGCTGTACATTTCAGTGTATGCATGTAGATGAGCGAAAATTACacgtatttaaagtatttaaagtatttaaagtaaCGTACAATGGGAATGCACAGGTATCAGGCACAAAATGTATTTACGTATTCACATACATCACATAGTGCATTAAATATCACCTCCtcgttataattattattattattatatattacacacacttCAGAATTACAGCATACAGCTCTCTCAACTCTCACAAAGATTCATCTGCAGTGAAATTGATTAACGTTCTCTgagattttttctctctcatcatatcaacacacacacacccacacccacatgaacacccccccccccacacacacacacacagttcagtgCATAGCCTCATCAGCAGCAAACATGAATAATGTGTGAGAGTTATACTAGTGggtacacgtgtgtgtgtgtacaagtgtgtttatgggtgtgtgtgtgtgtggcttcaAGTTATTTGGTGTACGCAGTTTGTGTGGGTCTAAGGGTATAAGCAGCACAGATGTAGACAGCATATGGAAATGTGTGCACAGCATGTGCTAATGATGTGTTTAGCCTGTTTAGCCTTTTCTACATAACTAGCATAACTATTTTACTAGTATCACCAGTTTAACCAGTATCACctgtttaaaaaacagcttaacATGCATTCATGTACTCTTCCAGCTCAGCTTAATGGCTTAAATTCACATCTATAGTGTTGGATTACGGAGAACTCCAGCgtttaacttaaattaaaatacaattaaatttaaACTGTAGTTGCTCTATCTGTAATATATGATTTATGGTACTACCATGGTCAGAAtggctatgttcagactgcaagCCTAAATCTGAATTTAGTATATCTGAATTGaatccagattgattttttaAAGTCTGACAATCCATAAAATCCAATTTTTGCTAATCCAAATCTGAATACAAACCACATTTGATTACCGTATTTATgcactataagacacacttaaaatcctttacttttcccaaaaatagtcagtgcaccttttaatccaccttatgtatgaatgttaccagtcaggtattaattaaggagcagtaaagtcactccactgaagtacagagctatacaggagtttcagtttagttctccagcagtattagcattagtttcTAACCGCacaaagcgctagctctttggccgtccagagatgagtattatcagcctgtagaatgctgctaaccctggatagcactgctggagcagcatgaACATTAGCTACTTACTATGCTAAGAGCTAGCATTTTGGCCATTTTGGAGGTGagaattatcagcctgtagcctgctgctaaccccggatagcactgctggagcagcattagcattagccgctaaccgctctaagctctttggccattcagaggtgagtatatcggactgtagtctgcatgtttaccatgttaaatcAAGCTACAGTCCTctagcagttagccactaatgctccagctttagtggaactctggaaacctaagcttactgtaaataaacgaaagcagtttactcacccaaataaacagctttcaggagagaaatctgagtAGATTTACattcagtgctcgtttgacttgtttaaattattgttattatttttttagtaagaattaaagttttgtttacttaacttagtggCAAGACCTGATGAACTTAGAAGGAAAATATGACACACCCCTGTTTCTACTACAAGTTACTAGTTTCGCATAAAATGCACCTTGTAATCTGgtacgccttatagtgtgaaaaatacggtatataaatcagatttgtaCTAGGGGTGACAGTCACATGGCATTTAACAAtactatattattactatataataCTGTCCCTACTGTAACAATGATATATCaaatatcacagaatcacagtatcgtgatatcaaaagacaattctctacgatacttcacagcatctgtgttacagaagaggataaaatactcctaaataattaaatagggATTAAtaggtgtcagtttcacagaatttaacaaccaattaTATTCTTAACCACAGGTTTAccttattcatttaattatagcATTAGCACGTGGAgcaatgaagcagtaacttaaatTAAGCAAGTCAAATTAGGAGTGTGTCTTAGGTACTTAAGAGCACCTATGTTTCAattaaaatatccatatttgactCCTCGCATCAGgacattaaaatataatcaaacaaaataatagatttatatatttttgatatattgtcccacccctaacaCTAAACACTTTCATCGACAAATAATGACCTCAATGCAGATATGTTTGTGATGCTCAGACATGCAAATCCCAACTGATCTCtcacaaaaataagagaaaaaaaaaaaatctaattaaagaaacaaatgtgatttgcctgcagtctgaacatatgTAAAAGCCTATTATATTAGAAAAGCCATTAAACttgaaataaactaaattaaactcaattaaacacaatttaacTTAACTTATTGGGCACGTATTGGTTTTAATTTACGCTCTACAGTGAACCAAAGAGAGAGTCCAGCTTTATTCAGCTACTTACAACCTGTTGTctcctaataataatagaagcCGATGAACAGATGGGCACTGGGCTCTACCCAACTGGCAAGTGTCCAGCGACTTCTATTAAAAGTTCTGGTTCAAATGATTTTCAAATTCTATTTTTTCATATCTATCAATATCTCCAAATAGAATCTTTGACGTAAAAGGGAAAAAACTTTGAAGtgaattttggaaaaaaacactgccagATTCATAGTATGTCAAATTATGtcaaaaaagagcagaaactgagTTTTTTTGTATGCTGGCAACGATTAGCAGCAAATACATTAGGATGAAAAACGCTGATTATTCCTTTATTATAAGGAATGTACCTCAAACTGAACCCAATGACTACATTCAAAGAGTTTTTGACTTTAGACCTCCAGTTCCATTAATCCTCAACatctactatactactatagaGCTTTATTCACTACTTTAGATTTGCTATACAGTTAATTTTTTGAGATATGGATATTGAAAAAGGCCAAATATGCAACATGCTGGCCTCTGAACaggtgactgtgtgtgtgtgtgtgcgtttgtgtttGGAAGAATAAATGCTTAGATCCATTATACTGTAGAGAAAACTGGCCATTTTCTTTAACCATGTCATATACTATATTCAGAATACACCAATATATGACATTGGTTGGGTCATATAACATTATGACATATATACACGACATTTCAGTCTTAATGTAAATGATGTTCTCAGCCCTATATGAATCCAGTTGCTGCACTGGAAAATACAAACCGTCCAACACTTTCTGAAGCAGGTGCAGGAGCTGGAGAGGTTAGGAAGCTTCTGCTGCAGGATGAAGCTCAAGCTGTGGTCCACGCGTCTAAAAGTGATTTTTCACGTGCATTAAATCCTCTACAGTGCACCAGCGACGCACATGAAGACCAGGATGTGGAGGGTGAGAAGATAAGCCATGAAGAAGTAGCGAGACTTGGCCCTGGACGTCAGCATTTTAGTGCAGTACAAACTGCGGCCTCTCAGCCAGCGTCTGCAGGAATGCACTCCGCTC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU210445 lncRNA upstream 13744 330837 ~ 331274 (+) True G155234
TU210432 lncRNA upstream 15854 327423 ~ 329164 (+) True G155229
TU210434 lncRNA upstream 56053 288741 ~ 288965 (+) True G155230
TU210419 lncRNA upstream 132964 211852 ~ 212054 (+) True G155217
TU210363 lncRNA upstream 298220 46589 ~ 46798 (+) True G155189
TU210470 lncRNA downstream 45518 395765 ~ 399614 (+) True G155250
TU210471 lncRNA downstream 45518 395765 ~ 399614 (+) False G155250
TU210467 lncRNA downstream 47829 398076 ~ 399614 (+) False G155250
TU210468 lncRNA downstream 47829 398076 ~ 399614 (+) False G155250
TU210557 lncRNA downstream 143164 493411 ~ 497140 (+) True G155290
XM_022679438.1 mRNA downstream 71281 421528 ~ 537878 (+) True LOC103033531
XM_007251567.3 mRNA downstream 201682 551929 ~ 563776 (+) True LOC103040340
XM_007251642.2 mRNA downstream 328748 678995 ~ 681903 (+) True LOC103034482
XM_007251569.3 mRNA downstream 354108 704355 ~ 713021 (+) True blvrb
XM_007251568.3 mRNA downstream 363662 713909 ~ 718705 (+) True sertad3
TU210384 other upstream 191755 149347 ~ 153263 (+) True G155206
TU210867 other downstream 853494 1203741 ~ 1214663 (+) False LOC103036073
TU210855 other downstream 915573 1265820 ~ 1269379 (+) False G155491
TU210857 other downstream 915573 1265820 ~ 1268195 (+) False G155491
TU210859 other downstream 915573 1265820 ~ 1268195 (+) False G155491
TU211262 other downstream 2388114 2738361 ~ 2755112 (+) True G155776

Expression Profile