RNA id: TU211812


Basic Information

Item Value
RNA id TU211812
length 2694
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 1
gene id G156233
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 5645881 ~ 5648574 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

ctgtgtttGCAGATAAATtatagggctgggcaatattattgtaaatattgatatatttgaaactattttatacaatatatacaaatggGCCAAATTTGTAATATTGTGAAATCTGTAATATCTGTAATATCTTAAGCCTTTTCAATGAATAACCTAATATCATCCATTTCTCCACTCTTATTTTACATAAAGCTAAAATGGGCTTTATTTATAGAGAAATTATAAAATAGGAGAAATGGTTCGTACATGGTTATTTGTTGAAAGGGCTCAATTAATCcacaaaaaattagaaaattggTCATTTGTGAGGAAAATAATTGGTTTGCTTGCATAGATAAACAGATATTTGCTATGTAAACATGTAATATAGTTTTCCcattacaaataaacatttagaatttaatttataaaataatatattaacagTATGCTTAATTATGGTTATCGTTTTGTATTGATTGTTCCTATTTCTCTTAAGCATATCGATATATTGAGCAATTTTAAgttatattgcccagccctagtggacataaatacagtaaagagTGAAAGTAGTTGCGAGATGTGAGTTGTGTTTTGCTAAACACTTAATACCCAGATTTTTAATGCTAATTATAATTTTCATAGATGCCTATTACGtttacacagtactgtataattTCCCATTGACTCACACAAACgagcagcaatatatatatagcccttATATGAGACGTGCAATAAGATCTAAGACCCTAAATGCTTGAAATATATATGaagtagtttttatttagtGCTGCTCTTTGAACAATATGGAATGATGTTAGTTGTCATGCTGTTAGAggaatttataaattatataaataatgttgtGTGGAAATGTGTTGTTGTGAGTGTTAATGAAACATTGTGAATAGAGGAAGTCCTGACATGCCTTAAGGGGGTTCGGTACTGTGGTTTGATATTCTGAAGTGAAATCTATTGATTGTAAAACTAAGGTTGAGACTTGAAGAGCTATATGGTGGGCACTAGCACAGCATAATTCATTGCTTTGTATGCTTTTGTATTATGAAAGTGAGCTCCCAAACTCGTTTAAATGTCCTGTGTCATGTTTGTGTCCGTCTCTGTACGTGTTTTTGTACATAAATATTGACCAAGAATTTATCAGCTAggaataaatagtttttaaaggCACAAAAtgaactaatatatatatatatatatagtatacagaGAGTTTTAATGGTTGACTGTTCACTGAAAGAGCCCTTCCTCTCCACACTGGTTGAGATTGTGTCCATTTTGGAGTGGAGTGAGTTTAATTGGCGGGTTCAGGGATTTGCTGAGCctatattctttaaaatgaaGGGTCCATGGAATAGTTTTTGAAAGTGATTATTCTACACACATTCTTTCACATATTGTTGTTCCTTTTTTactctcttaaaaataaagatgctacaAGGTTGCTACTACATGATTTTAGCCCCaatttgtatctgtttaaatCTTTACGCCAGTTGGAATGGAGAGTTTTAAAGATTATAGCGTAGTGTGTTAAGGGCTTGTAGACCAGTATTGCGGCTTAAATCATTTGTTTCCACCAAACTCTAGGCATATATTCTGATTTATACTGGTCAGAAACTCTGATGCTGAAATTTGGTTACAAAACATCCTAACTTAGCTAAATTTATAAAAAGTGACTTCTTTATGAGTTAATGAGACAATAGTATGGTAGAGGTGCATGTTACGGTGATCTCCAGGTCCAGGATTGGGAACCTTTGGCATAAAAAGCACTTTGTTTCCAGGGCAATGTTTGAGATGGACATGTCAGGTCACAGGTCCCATCCAGGCCCCATGTGCAGTGTACAACACAGATGGGGCCCAAGCTTGACCCCTCCTTAACCCCTTCTGGCTTCTGATGCCTTTCAATGACATTCATATGTGGGACCCACAAAAACACTGTCTGGTCCCCAGTTGGGCCACCCATACACGTCTCACAAAAGCATGTTACGTGGAGTGTAGAATTCCAGCACTTCCAAGAACTGTTCAAGAACCTTCATTTTTAAGAGTCTAGGCAGATGTATCAGGTAGGCCTTTACAAGTTCTTATATGGCTGACTGTGCACTGGAGAATACGAGTGAATGATTTAGTTCAAGTCAAGCCATTTGTAGCTGGTGAATAAATCAATGGTTTTGTTGGCTTTGGTTGATTCTATTTAGTTGACACTTGTAGCTGCTACACCTGTTTggctttttttaatgctaaaacAAGCCATGTGACTTCCTTCCAAGCCATCCTTTTTAGCAGATATCCATTCATTATTCTTATCCTAAGACACATTTATAGGTTAAAAGTACctttaatcaaattaaaggctcaaaacaacaacaacccaCAATCATCCACTAAGAAGAGAATATTATCGCATTTGTAGAGATGCTTTTTTGTGTCAGAAGTGGAAAGCTTTAATTAAAGAAATGTCCAAGCTCTTTAGTTTCATCTCTGTTCAGTCCAGGCtttggttttggtttatttggtttaatCTATGCAAACCAGTCTTCAATTAATATCAGATTTGTTGGAGTCCCATTGTGTTAATTTGTTCTGAttaattaaaactgtatttctgCTGTTAGCATGTTCTGATTATTTTTATGGTGACTTTATATTGTAGTTTCTATTTTGTTAACCCATGAAATTAAAGGCATTTGA

Function

GO:

id name namespace
GO:0071944 cell periphery cellular_component

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU211802 lncRNA upstream 34608 5602332 ~ 5611273 (+) True G156225
TU211788 lncRNA upstream 44222 5601105 ~ 5601659 (+) True G156215
TU211781 lncRNA upstream 160836 5484764 ~ 5485045 (+) True G156209
TU211776 lncRNA upstream 203882 5441738 ~ 5441999 (+) True G156204
TU211774 lncRNA upstream 318910 5326762 ~ 5326971 (+) True G156202
TU211922 lncRNA downstream 401906 6050480 ~ 6052382 (+) True G156331
TU211916 lncRNA downstream 408095 6056669 ~ 6061997 (+) True G156326
TU211931 lncRNA downstream 468571 6117145 ~ 6117589 (+) True G156340
TU212013 lncRNA downstream 658151 6306725 ~ 6307420 (+) True G156395
TU212015 lncRNA downstream 659659 6308233 ~ 6308561 (+) True G156397
XM_022679500.1 mRNA upstream 4768 5639248 ~ 5641113 (+) True LOC103034771
XM_007244010.3 mRNA upstream 15691 5621220 ~ 5630190 (+) True atmin
XM_007244011.2 mRNA upstream 26590 5612961 ~ 5619291 (+) True cenpn
XM_007244014.3 mRNA upstream 48093 5536734 ~ 5597788 (+) True cdyl2
XM_007244015.3 mRNA upstream 121838 5521686 ~ 5524043 (+) True LOC103036856
XM_007244000.3 mRNA downstream 54522 5703096 ~ 6042503 (+) True gse1
XM_015604469.2 mRNA downstream 54522 5703096 ~ 6042503 (+) False gse1
XM_007244001.3 mRNA downstream 54548 5703122 ~ 6042503 (+) False gse1
XM_007243996.3 mRNA downstream 414678 6063252 ~ 6065533 (+) True LOC103031281
XM_007243995.3 mRNA downstream 418641 6067215 ~ 6095668 (+) True LOC103030962
TU211750 other upstream 488481 5157154 ~ 5157400 (+) True G156188
TU211262 other upstream 2890769 2738361 ~ 2755112 (+) True G155776
TU210855 other upstream 4376502 1265820 ~ 1269379 (+) False G155491
TU212485 other downstream 1723802 7372376 ~ 7431568 (+) False LOC111194759
TU212490 other downstream 1738928 7387502 ~ 7404556 (+) False LOC111194759
TU212659 other downstream 1951993 7600567 ~ 7606668 (+) True G156840
TU212948 other downstream 2921356 8569930 ~ 8570877 (+) True G157055
TU213377 other downstream 4292255 9940829 ~ 9941805 (+) True G157383

Expression Profile