RNA id: TU214658


Basic Information

Item Value
RNA id TU214658
length 2949
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id G158335
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 14910958 ~ 14919932 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

atggacacagtATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACAACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTACCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCCAGCCTACCTTACAAGCAGAGGATAATCAAGTAAACTCAAAGCACACTAAGTGAATACTGGATAACACACTTAATTTATCAACAACTGCAGGCTGTTAGCCACACCTCTCTAATTCACACCTTAACTAGCCAGAAACCACACCTGAATCAGCTACCCAAATCAACAAGTCCCAACAAGCCCAAGATTACAAAAACAGTTCTAACAGAATTAAGCTAAAAGTATCTTAAAGCC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU214518 lncRNA upstream 348827 14560650 ~ 14562131 (+) True G158238
TU214309 lncRNA upstream 720916 14168959 ~ 14190042 (+) True G158093
TU214299 lncRNA upstream 753925 14151418 ~ 14157033 (+) True G158086
TU214298 lncRNA upstream 760469 14149486 ~ 14150489 (+) True G158085
TU214277 lncRNA upstream 794115 14116319 ~ 14116843 (+) True G158068
TU214690 lncRNA downstream 58811 14978743 ~ 14980092 (+) True G158357
TU214697 lncRNA downstream 87573 15007505 ~ 15008083 (+) True G158359
TU214719 lncRNA downstream 149854 15069786 ~ 15070409 (+) True G158381
TU214755 lncRNA downstream 203206 15123138 ~ 15123669 (+) True G158417
TU214757 lncRNA downstream 204857 15124789 ~ 15124994 (+) True G158419
XM_022679648.1 mRNA upstream 80614 14818068 ~ 14830344 (+) True LOC103031823
XM_007249246.3 mRNA upstream 173231 14731792 ~ 14737727 (+) True nts
XM_007249249.3 mRNA upstream 267459 14636792 ~ 14643499 (+) True alx1
XM_022679646.1 mRNA upstream 278766 14588458 ~ 14632192 (+) True lrriq1
XM_007250573.3 mRNA upstream 353695 14546807 ~ 14557263 (+) True LOC103026424
XM_007249257.2 mRNA downstream 187431 15107363 ~ 15120305 (+) True LOC103031502
XM_022679650.1 mRNA downstream 214049 15133981 ~ 15137270 (+) True LOC111194769
XM_022679651.1 mRNA downstream 214050 15133982 ~ 15137270 (+) False LOC111194769
XM_022679652.1 mRNA downstream 214051 15133983 ~ 15137270 (+) False LOC111194769
XM_007249235.3 mRNA downstream 224140 15144072 ~ 15148635 (+) False LOC103024643
TU214177 other upstream 1174856 13733945 ~ 13736102 (+) True LOC107197649
TU214078 other upstream 2169959 12735632 ~ 12740999 (+) False hsbp1
TU213920 other upstream 2544188 12362451 ~ 12366770 (+) False LOC103031933
TU213377 other upstream 4969153 9940829 ~ 9941805 (+) True G157383
TU212948 other upstream 6340081 8569930 ~ 8570877 (+) True G157055
TU214707 other downstream 130290 15050222 ~ 15050718 (+) True G158369
TU214761 other downstream 208436 15128368 ~ 15136198 (+) False LOC111194769
TU214762 other downstream 208436 15128368 ~ 15136198 (+) False LOC111194769
TU214760 other downstream 214015 15133947 ~ 15136198 (+) False LOC111194769
TU215237 other downstream 1459327 16379259 ~ 16379823 (+) True G158779

Expression Profile