RNA id: XM_022679848.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_022679848.1
length 6451
RNA type mRNA
GC content 0.40
exon number 10
gene id LOC103042463
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 30353686 ~ 30414212 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

TGACGGCTTCAGCCGCTCTGAGAATCCAGTGTTTTTTCTCAGACTGCAGACTTGTCCTCCAGCTTTTGGCTTCTTCAGTGATCTGATTGTATCCTGAATCGTACTGGACGGACGTCTCCCTTGCTGAAGCTGCACCCTGGACGGTGGTGATCATGGCGCTGTCGTTTAAGAAGGATCTGGAAAAGTACAAAGAAATCGACGAGGATGAAATCCTCAATAAGCTCTCGGAGGAGGAGCTCAAACAGCTGGAGAGCGCTCTGGAGGAGCTGGACCCTGAGAATGCACTGCTCCCTGCAGGCCTAAGGCAAAAGGACCAGACAGTGAAGACGGCAACTGGACCCTTTAACCGGGATAACCTGCTGCAGTACCTGGAGAAAGAGGCGCTGGAATATAAAGACAGAGAAGATGTGGTTCCCTTCACAGGAGAGAAGAAAGGAAAGGTATGGGTACCTAAAGAGCAGCCAATCGAGTCCCGCAAGGAGGAGGTAACGACTCTGGACCCAGAGCTAGAAGAGGCTTTGTCCAGCGCTACTGACACAGAGCTGTGTGACCTGGCAGcTATCCTTGGAGTGCACACGCTCGTGACGAGCACACAAACCTATGACGGGACCACCAGCAAAGAGAGCTACAACAATGTAATTAAAGGGGAAAAAGTGAAGCCTGTTTTTGATGAGCCGCCCAACCCAACTAACGTGGAGGAAACTCTGCAGAGGATAAAATCCAACGACCCCTCGCTCACCGAGGTCAACCTCAACAACATCAAGAACATTCCCATCCCCACGCTGAAAGACTTCGCCAAAGCCATGGAAAAAAACACGAACGTCAAAAAGTTCAGTTTAGCGGCAACACGCAGCAACGACCCCATTGCAGTGGCGTTTGGGGACATGCTGCGAGAGAATAAAGGGTTGAGAAGTTTGAACTTGGAGTCAAATTTCATCACCGGGGCTGGAGTTCAGGCACTAGTGGAGGCTCTACGAGACAATGATACACTCTCCGAGATCAAGATCGATAACCAGaggcAGCAACTGGGCACCACAGTGGAGATGGAGATCGCCAAGATGCTGGAGACTAACAGCAGCATAGTGAAGTTCGGATACCACTTTGCCCACCAGGGCCCACGAGCCAGAGCTGAGGCCGCCATCACCAAGAACAACGATctagtgagAAGAAGGCGCTTGGAGAGGGACGCATAGCGGattctctcgttctttctcctgctctctcgctcactctctccatctctgaaGATGAGTCTCGTGCCAAACTCCTGAGAGAGTGTGGCGTTTTACCCTGAATAAGGGACACAACTGGAAAAAGTCCACCATTTGGCTCTCAACCACCTGGTTTTGTTGTTATCTTATTGTCATCGTTGTTATTGTTGTCGTTATTGTTTTTATGGCTGTATATctcctttttttgtgtttagtcAGTCATTAATTTCAGTTTTCTCGTCTTTTCAGCACACCTCTTTTTGGTATCTTGgtattttggtgtttttttttgttttttgttttttttcatttagtttatttagtttatttgtttttttttattttgggaaaAAAGGCTGACTCTTAAGCTGAACTGAGGAGTCATGTGCATTTCCAACACTCGTTCACCATTTATAACCTTTTAAACAGGAATAAAATGAAAGGCAGTCTAGCAACACTAGTGAAGAATGGAAGCCCAGCTGAgactgaaggagagagagaaaaagagagagagagcagctgaGAGGTTTTAAATGTTATCAGAGTGGGTTTGGCTGCTGAGGAACTGAAGTGATTGCTCCACATCCTGCAGGGACGGACACACCCACGGTGAAAGTGCATTTTTCCTCAACTAGGTTATTCTGTGATAGGAGTAGGAGTGTGCATGAATGTGTGCGTGTTGCGTTTGttcagctgttctgtgaagtgtgtgtgtgcttgtgtgctgACTGTGTGTACAACTTGGGTCTAGCACTGGAGCTaggaggctaatgtagctaacatgtCTTTAGAAATTTAAACCCACCAATTAGAGAATAGCGAAACATCGAGCACTCATTTAAAGCTATAATAATAGATTTGCGTATGTGGTTTTTATGTGGCTCACTTTTATCTATAAACATGGTGTAGGTTGCACAAGATGGACTAGTATGAGAGGCACTATACATTGTGGGTCAGTTGACACTCTGACAGGGGATAATCCTAGTTGTGTagactataatatatatatatatatatttcaactGAAGAATCTGCATTCTGAAATTCTCCTTAGTTTCCCTAGAGGCTGCATCattttatttaaggtggaacggaaaaattaaataaaataaaagctaatttcagttCCTTATAACTAGCACAAAGAAATCACTAATAGTATGTCtctatagctagctagctaaaatggtgcaacagaggcagagcagattctgcatcatttaaggtgaaatggaaaaataatgtaaaatgaaagctaataaaagctcatttcagctcctcaAAACAAGCATAAAGAAATCACTAATAATACATctcgttagctagctaaatttcccattccaccttaagtgTTGGAGCAGAGGCAGAGCAGatgctgcatcatttaaggtggaatggaaaaattaaataaaatgaaagctaATTAAAGCTCATTTCAGCTTCTCAGAACAAGCATAAAGACATCACTAATAATACATctcgttagctagctaagtttcccgttccaccttaaatggtgcaacagcgGCAGAGAAGatgctgcatcatttaaggtggaatgaaaaaaatatataaaataaaaggtaataaaaGCTTGTTTCAACTACTCGGAACAAACATAAAGAAATCACAAATAGTATGTTTTGCTAGCTAGTAAAATtccccattccaccttaaatggtacaatAAATTGTCCAAATGCTTTGAGGGATAATTTTACTCCTTCACattagaaatgggattgggcgtAAATGTATGAAGCTTCAGCCAAACAGCTCTACTGCCCCTAACAGCAGGAAAGCCAAACGCCAGCTCAGTTAACTCCCAGTTAAACAATGGCTCAGTTAAAATGGTGTGTGAAGAAACACATTGTTGGCTTTGGGTTTGTGCCAGACAGCAATGAAGGAAAACGAGGCCATGTTGGATTCAGTTTTGCTTTTTAAATCGATCACCAGGAGTTCTCACTGGAGAAGAAAGAGggttttgttgctttttttaagcttttggACTTTTTATAGAGACAGTAGAGGTAGTCATGGCGACCACGGCGACTGGGCAGCTATGAGATGTCCAGTGCAGTCTTGCATGTGAGAgcgcacacgcgcacacacacttgGTGATAAATCAGTGGTTTGAtgtttaatcagattttaattGCTAAATTCTGCATGCTTAACATCAATAAACAATGAATGGATAAAGGCAGCATATAGTCTGACCCGGTTCACATGTGTCtggatgtttttaaaaacaaaagctttttTGAAGTATATTTCTGTCCACACAGCAAAGAAAAACACTTGAACTAGCATGGTAAATCTGTTTGGGGCGATAGTATGATAGGAATTAAAAGAGCATGATAAAGGAAGAACTCACAGAAGATTAATTACAAATCACACACTACGCCCTATGTAGTGTACTTTACAAGTCAAAAAATCATGGGTTCTAATTCAAAACAGGGGGCTTTGAGtagtccagcagtctaaagcgcttccactatgattgggggatcgctggttcgaatcccagtcatgcagcttgccatcagttgccaCAGCCctaaaagagcacaattggtcttgctctctctctgggtgggtacagtagattacgctatttcccctcatcactccaaagggtgatgtggatcagcacaaggctgcatctgtgggctgatgtatcagaaccaagtttGAGGGAGGCGTGTTCTAATCTTAATCTTCCTTCTGTTgtgggagaaaatgtgaaaggttagaaagaagggaaaaaaagcaACTGAAAACGACCTTAGTTTTTACAAAAAGCTCCGATTTAAGTGAccaaaaacagcattttcttGTGGAGAGGAGACCAAAATccaaacctatttttttttaactattatttaatcCAGATACATGTGAACAGGCGCATTTGTGTTCAGCTGTGCAGTccttacttgttagctacattagcctcaggACTCAACCGAAGTGGAACTGTGGAAGCTGGTATTTCAGTGAACTATCGCTTCAGACTTGTAAAGAAAAAGATTGACCAATTGATTCTTCCTTTCAGAGCACTTTTTTGGTTGGTGGTGCATTAACTATGGGAAAGCTACAGTCTGCAAAAGATTTGGCACCCTGGTTTAATAGCATGTggcgttttttttcttttgtttgttgtttttgagtgtatAAATTCACTAAAAGGAATACACTTTTGCAGAggacactatatggacaaatgtaTGGGGACACACCCAATCATCATTTCATTTGAGTGTGTGATTCAGTCCCGTTAGCACTGGTATACACACAGTTATAGTGAAAGAATGGGGGATTGTAAAGAGCTCACTGAACTCCAGAGTGGTGGTGGTGATTATAATTGATAAGTAGAAGTCTTTTGGAATGTGCTGAAGAGCATATCTACTGTTAGAGCAGCAAAAGAATAGGTTCAGAATAGGACGCTTATATAGGTGTCCTAATCCTATATTCCATATAGTGTCTTTGATGCACAATTATGTTTCATTTTCTCAATTTAGCGACAGGCTTGCGACCAAAATTTCTGCATATGCTACATTCCAGTGCAAAAACTCCTGAGGAACTGGCATTAGGAGAGATCAGATGTTGAGTGAATGAAGTGCCACGAAAGTAATACTACATTAGCGTGAAGTGTATTTCTGTGTTGATAAACCTGGAGCCCAGAGCACTTTCTTTAGCTGGATCACATGAGGGAAACACACGTGCATTCCGTGTGAACACCTGGACCAATTTCTTCTGttctacactcttaaaaatagtAAAGGTG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Function

GO:

id name namespace
GO:0005856 cytoskeleton cellular_component
GO:0005523 tropomyosin binding molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU219075 lncRNA upstream 35347 30333222 ~ 30335308 (+) True G161697
TU219072 lncRNA upstream 44801 30324160 ~ 30325854 (+) True G161696
TU219069 lncRNA upstream 48727 30315607 ~ 30321928 (+) True G161695
TU219070 lncRNA upstream 48727 30318421 ~ 30321928 (+) False G161695
TU219066 lncRNA upstream 61250 30303750 ~ 30309405 (+) True G161692
TU219139 lncRNA downstream 222853 30637057 ~ 30637297 (+) True G161745
TU219140 lncRNA downstream 246116 30660320 ~ 30660727 (+) True G161746
TU219151 lncRNA downstream 275511 30689715 ~ 30689944 (+) True G161755
TU219150 lncRNA downstream 281335 30695539 ~ 30696723 (+) True G161754
TU219159 lncRNA downstream 345140 30759344 ~ 30796827 (+) True G161763
XM_022679857.1 mRNA upstream 267678 30090299 ~ 30102977 (+) True LOC103035823
XM_022679845.1 mRNA upstream 281945 30036411 ~ 30088710 (+) True LOC103042250
XM_022679834.1 mRNA upstream 342907 29901316 ~ 30027748 (+) False myo5a
XM_022679856.1 mRNA downstream 17243 30431447 ~ 30441876 (+) True lysmd2
XM_022679851.1 mRNA downstream 247678 30661882 ~ 30672269 (+) True LOC111194807
XM_022679852.1 mRNA downstream 247678 30661882 ~ 30672269 (+) False LOC111194807
XM_022679853.1 mRNA downstream 252359 30666563 ~ 30672269 (+) False LOC111194807
XM_022679855.1 mRNA downstream 383934 30798138 ~ 30800224 (+) True LOC111194808
TU218604 other upstream 1253860 29070820 ~ 29116795 (+) True G161331
XR_002651275.1 other upstream 1611648 28745696 ~ 28759007 (+) False fam219b
TU218548 other upstream 1745870 28622128 ~ 28624785 (+) True G161292
XR_002651269.1 other upstream 3253444 27109671 ~ 27117211 (+) False ccnl1
TU218064 other upstream 3463028 26905244 ~ 26907627 (+) True G160919
XR_002651288.1 other downstream 460834 30875038 ~ 30878327 (+) True hmgn2
TU219178 other downstream 460914 30875118 ~ 30878312 (+) False hmgn2
TU219179 other downstream 460914 30875118 ~ 30878312 (+) False hmgn2
TU219503 other downstream 1654658 32068862 ~ 32148190 (+) True G162017
TU219521 other downstream 1822112 32236316 ~ 32295029 (+) True G162032

Expression Profile