RNA id: XM_022679913.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_022679913.1
length 9445
RNA type mRNA
GC content 0.44
exon number 6
gene id LOC103046025
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 37287167 ~ 37352779 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

AAGTAAATTTATTGTTCTGAAATTCTGAAATTCATTTTATTCTGTAGATTTTCCATATGACGTACGACTTGGCCAGTGCGATGGTGAGAATCGTGAATCTGATCGGTATGATGCTGCTGCTTTGTCACTGGGACGGCTGCCTGCAGTTCCTCGTGCCCATGCTGCAGGACTTCCCCGCTGACTGCTGGGTCTCCAAAAACAAGATGGTGAACGATACGTGGGGACAGCAGTACTCTTACGCCCTCTTCAAAGCCATGAGCCACATGCTTTGCATCGGATATGGCATGTACCCGCCGGTCGGCATGACGGATGTGTGGCTGACCATCCTCAGCATGATCGTGGGAGCGACGTGCTACGCCATGTTTGTGGGTCACGCGACGGCGCTGATCCAGTCACTTGATTCATCACGCAGGCAGTATCAGGAGAAGTATAAACAGGTGGAGCAGTATATGTCCTTCCATAAGCTGCCGGCTGACATGCGACAGAGAATCCATGATTATTATGAGCACCGTTACCAGGGCAAGATGTTCGACGAGGAGAGCATCCTGGGGGAGCTGAACGAGCCGCTGAGGGAGGAAATTATCAACTTTAATTGTCGGAAGCTGGTGGCTTCAATGCCTCTGTTTGCCAATGCTGACCCGAACTTTGTGACCTCCATGCTAACGAAGCTCCGCTTTGAGGTGTTCCAGCCAGGAGACTACATAATTCGGGAGGGAACCATCGGCAAGAAGATGTACTTCATTCAGCATGGCGTGGTCAGCGTGCTCACCAAAGGCAACAAGGAGACCAAACTCTCTGATGGGTCCTACTTTGGCGAGATCTGTTTGCTGACCAGAGGAAGGCGTACGGCCAGTGTCCGGGCAGATACCTACTGCCGCCTGTACTCTCTCTCCGTCGATAACTTCAATGAAGTGCTGGAGGAATACCCCATGATGAGGAGAGCCTTTGAGACAGTCGCTCTGGATCGCCTGGACCGCATAGGAAAGAAGAATTCTGTCTTGCAGCACAAGGTCCAGCATGATTTGAACTCTGGCAACCTAAACTACCAGGAGAATGAGATCATCCAACAAATTGTCCAGCATGACAGAGACATGGCGCACTGTGCCCACCTGATGCAAAACCaacctcctcctgctcctccatCACCTACTCCTGTCATCTGGGCTCCACTCATTCAAGCTCCTCTCCAAGCTGCTGCAGCAACAACATCGGTTGCTATTGCCTTGACCCACCACCCTCACCTGCCTGCCGCTCTTTTCCGCACCTCAGCCTCTGTTTTGGGTTCTATGAAAGACCCTTCGAGCTGCTTGAAGCGGTTTCAGGTTGTACCCACATCAGCAAGTCCTGGTTCAGCTGGAGATTCTCCTTCCAGCACGCCTCCAAAACCTCGTGCCGGAGCAGACACCCCCCTACTTGCCACTTTTCGGGCCCACCACTCAACAGGGCCTGCAGCGTCGGGCAGCGCCAGTCAGCAGGCCTTTAGCAGCGGCGGCGCATCTCATCCTGGAATCACCGGAGCTTCCACGTTCACAATGTCCGGCAACTTCTCCTCTTCTGCATCTCCCACATCGAGCACTGCACAGCTCCATCCTCCCCCAAAACACAAGCAGCCTTTTCCCCCAAGTACTCCCTCGCTGACTACCCGTCTCCAGCAAGGTGGGACAGGTGGAACAGCAGATGGCTCAGGTGTCGGAATGTTGTCTGGAGCGGTGGGTGGGACAGTGGGTGGTGCATCATGTGGAGTGACCTCAAGCGGTTCCATTGGAAATGCATTAGTTGGTGCAACGTGTGGTCTTCTGACCACAACATCTTCAAATAGTAGCCCTCTGTCCACCGGATCATTCAGCCATACTCCCAGTCAGCTTCTCCACGGTCAACAATCTCAAAAACCCACGCAGATGGGCTCGCTGCAGCAGTTTGCAGGCGGAGGTGGCAGGACTTCTAGTGTGCTAAACCTCTTCCACACACCCCCACCTGGATCACCGTCGTCCAGCCATGCCCACATTGCCCAGGCCCCTGAAGGCTCACCATCGTCAAATATCCAATCCACCTTGTCCAGCTTGCGGTCCAGCTTTCTCCCTCAGTTGCCTTTAGAAAGGTCAGCGTTAGCTTCGTTAGCTCAGTATGGCTCAGCTAATGCGTCTCCCTGTTACACTCCCCTAGCCCACAGCCCTACAATCCAAAGCCCTGTCCTTGGCAGGACTTTTCACTACAGTGACCCTTCCAGTACAGCTGGTTCCAACAGTTCTCTGCTCATGCCCCAGTCCTCCTGCCCTGGTCAACTACCAGGCCACCACGCCTCGGGGACCGAGTCTCCGCTAAGCCGTTTCTCTGAGGATATGAAACTGTTATCTAGCTCTCATCCCTCGCTAACGGGAGAAATAGGCAAGGCTCTGGGTCATCAGTCATCCCTTCGATCCTCCATGGATCCTGGTTATTGCCTTTCCCCTTACTCGTCTCTGACACTGGCGCCTAAGCCCTGTAGCTCTGTATCAGGGCACATCGCTCCCCCAGCACAGACTCCTCCCGGGTCACGGCACCACATTCACTCCCCTGGGACTTCACCTTCACTTCCACCCCGGAGGTCCTCCGAGGCCCGACCGTCCGAACTGGAACCTCTCTGCTCTAAGCTCCCCTCCAATTTGTGAGGCTAGATCACACCCTCCTACTCACCCTGGACCTGTAACTGAGTAATAACAATCTTCTACTGTGTGACACTTacgttttctttctttacctATCTATCTAGACTACACTGTGTTTTAATCTTAATTATTTTAGATCTATCTAAAtatttctgtgattaaaaagatTAAGGcttaaccatgttaaattagAGCTCTAGATTactcttattttgttttgctttgtctttctctcttttttatgcattaatatatatgtgGAAGACATGTATTTAAACAGTATACTGTATTAATCAACTGATAGGAGGGTGTGAAATGCTACATACACCAACATTCAAGGAGGTCTGTTTTGTATCTATGCCAAGTTCATTAGGTTAGTGTTTTTGAAATGGACATCGCAGGAGGACTCTTTTGCAGGAATCTATGCACTGAATcctgcatgtaaaaaaaacaatgaacttTTTTCTGTTCTCAGATCTACctttttagtaaaataacatTGAAGGAGGGGATCTCTTTTATCACTACACCCTATCCAGGATCACATATTGTTGATCCTTAAATGTGTCCATGGGATTCTATgtatttattcactgtataaACTTTGCAAAACCTTCCAAGGTGGAGAAGAAAATGTAGGCAagccaaaaatatttttctctttattaattaagTAATACACTTCTTAGGCTTATACATTGTTGATttccatttaaaacacaatattgtAGTAATGTTGGAATGGGAGACTGGGAGAACAGAGGAAGAAGTTTAGTATCCTAACAAATTCACTTTTGTCTTCCAGGTTAATGTGGCAGGTTTTGGACAAGAATTGCATTAGACTGATGAACGGCATGGAaacccctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttctaaaaTGGCCTGATGCAAGCAACAATCATGTTGGATCAGGATTAGCTTTGCCTTTTTActagaaaaaaaacttccatTAAAGACTGTGTGTAGATGGTTCGACACCTCACACGAATTCTGCAGAGCCAGCAACAAGCCAGAATTAAATGAGATTACTGGATGTAGCATATACATCATTTCTTCTCTTTGACAGCTTTCGGTAAAATaataacctttttatttatttattaacaaatatctgtttgtatttatttgtatcatACCTAGCTGCTGAATCATCTATTCATGACAGCAGTAAGTCAGGTGAATGTTGGAATTAGGAGGATGACTGACCGTAAAAAAAGGAATAGATGGTATAAATATCTGTTCAGCTTGGAGCAttgctccctcacacactcaaacattACACAGCATCCTCTTAGACAGCTGGGTCCCAATTTGAGTCAGTGCTTCAGCTACAGTGTCCCGATGTTACAAGACAGCCTCACACCTCCATTATGAGCCATGACATTAGCTAATCCTTACAGGCGTTCTTGAACATGCAGctcaaaaatatgtaaaaaaggcTAAAATCAGGCTTAAGAGATGTTAAGACCACTCATACATAAAGCGATTTACACTGATTATCCAGTAATAAGGGTGCATGTCTTAACCTAGGATATACATTAGACAGTGCCTGAACGGTTGGGTCTCATCGTCATCATGTTGGATGcaagagaaatggtcaaatAAGAAGACCTGTCAGACTTTGAGGAGGACCAGATTGTTATAAGCAGACAACTGGGCTGGAGCATCTCCAAAATGTGTTGGACGTGTTGGATGCGTGATGCTGTGGGCAACTACCAACAGAGGTTTAAGAACCCAGAGACAGGATATAAGAGATAGCTCATCAGTGTAGGAGGACAATGAAGACTAATCCATCTGAGTGGAAGTCAGAAGGGCTAGTGTGGTGCAAGTCTCAGAAATGTTTAATGATGTGTAATTAGATGAGGAATGCTTTACAACACACGTCGCCCAGCACCTCCACCCCACCCCGCTGTGTATCTCTAAACCAATCAGAAAGCCCATGCTAATACCTGTCCATCATCAGAAGTGCCTATAGTGGACTGGACCTTAGAGTAACAGAAGATTGCTGATGTTTTGGCCCTGTTTTGTTTACTCTTACTTTATCTCTTAGTTTGAGGATCTGCTGCTAATGTCTTTGTGCTATTTTCCACAGAGCACCTTCACACGTCTTGTAGAGAAAGCTAACGGacagtgatgctaacagactGCACTGTGTGAGATATGTGTCCAGTGGCAGAAACTGTAGGTAATACACAGATAATGAAAATCACGAATATCttgtaaatgattaaaaagtaataattgtTTCCAGACTGACTGAGTCAAGTTCACAAGTTGTGAAAATCTTTAAACTTTTGAGCAGCAAGCgatgctggagagagagag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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU220871 lncRNA upstream 35829 37250743 ~ 37251338 (+) True G163049
TU220867 lncRNA upstream 195585 37090108 ~ 37091582 (+) True G163045
TU220856 lncRNA upstream 326614 36959829 ~ 36960553 (+) True G163039
TU220852 lncRNA upstream 330496 36956404 ~ 36956671 (+) True G163035
TU220846 lncRNA upstream 332175 36953686 ~ 36954992 (+) True G163030
TU220909 lncRNA downstream 13339 37366118 ~ 37371848 (+) True G163087
TU220910 lncRNA downstream 13339 37366118 ~ 37371848 (+) False G163087
TU220912 lncRNA downstream 13339 37366118 ~ 37371848 (+) False G163087
TU220921 lncRNA downstream 21227 37374006 ~ 37374205 (+) True G163095
TU220944 lncRNA downstream 84789 37437568 ~ 37438049 (+) True G163110
XM_022679911.1 mRNA upstream 25182 36970710 ~ 37261985 (+) False LOC103026877
XM_022679909.1 mRNA upstream 25182 36970711 ~ 37261985 (+) True LOC103026877
XM_022679912.1 mRNA upstream 25182 36970711 ~ 37261985 (+) False LOC103026877
XM_022679413.1 mRNA upstream 847359 36391175 ~ 36439808 (+) True LOC111194719
XM_007251869.3 mRNA upstream 1064132 36188768 ~ 36223035 (+) True rab27a
XM_007239647.3 mRNA downstream 34715 37387494 ~ 37399839 (+) True LOC103045417
XM_022679914.1 mRNA downstream 48749 37401528 ~ 37407914 (+) True LOC103045107
XM_022679916.1 mRNA downstream 102956 37455735 ~ 37507197 (+) True parp6
XM_022679918.1 mRNA downstream 102957 37455736 ~ 37507197 (+) False parp6
XM_022679917.1 mRNA downstream 107293 37460072 ~ 37507197 (+) False parp6
TU220729 other upstream 532480 36754185 ~ 36754687 (+) True G162964
TU219593 other upstream 4567892 32714183 ~ 32719275 (+) True G162096
TU219521 other upstream 4992138 32236316 ~ 32295029 (+) True G162032
TU219503 other upstream 5138977 32068862 ~ 32148190 (+) True G162017
TU219179 other upstream 6408855 30875118 ~ 30878312 (+) False hmgn2
TU220936 other downstream 57213 37409992 ~ 37411969 (+) True G163105

Expression Profile