RNA id: XM_007244032.3


Basic Information

Item Value
RNA id XM_007244032.3
length 4545
RNA type mRNA
GC content 0.43
exon number 8
gene id LOC103042367
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 6731170 ~ 6759468 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

TCTAACTTCACCTGGTAAAAGATCTAGTGTAGGCTGTACTGTACTCCTCTATGCTGGGTGTTGTTGAGCAGCAGATTTTATCCTTCTATTCCTGCAGACTAACAAACAGGCCACCAGAACTGAGAGACTTTTATAAGGAGAGAATCTGGCATGTGGAggctgaaaaaaggaaaagaagaaaaacattagCCTACGGGTTATAAAAATGTAGCTACTCCCCACAAGGCGCTAGTCTCTGTTTGATGGCTCGGTATAGTGGGCCAGATTCTCCTCACTGCTCCACATTTTCTGGACTTTCAGCGCTTTTCCTGCGAGTTTCAGCAGATTTACAGAGCTCTGGAAGACGGTGTGATTCAGCAGAGAGCGAGTTTGGAGGAAAACTGTGGGGAAAATGAGTGGAACTTACCCAGGTCaggtcctgctgctgctgctgctggtgtttatCTGTCAGATGGTGGCTGTATGGGGGCAGGAATGTCCTGGAACACCAGAGCTGCAGAACTCCCTCCGCCAagctcacaaactgctctcagcTCATGAAGCCTCATACATGCAGAGTCTCCGCACGCTGAGGAAGAAGCTCAGTCTGCTGCAGAACAGCGCTGCTCGCCTGCCCACCAAAGCTAACAATGTGACCTGTCCAAAACTGGATGCCCCCCTCAATGGCAGGAAGTTAGGAAAGGTTCTGCTGCCGGGACACGAGGTGCACTTCCTGTGTGACCTGGGTTATGAGCTGGTGGGATCTGAAACTCGCCAGTGTAAGGAGTCACTCAGCTGGAGCGGTCAGCAGCCGGTCTGCAGGGAAGTAAACGAGTGCGCCTCCTCACCGTGTGCCAATGGGGGCACATGCACAGATGAGGTGAATGGATTCAcgtgtgaatgtgccaaaggATGGGCTGGGTCTACCTGCCAGGCTCCTACACCCACATtttttgttaCCGTCACCAACACATCTGCTGCCACCACTGGAGCCGCAGCTGCCACCTCCTTTCCTTTAGAGACCCCATCTCTGTTTGTGCGACCATCAAAGTGCAGCCAAGTACAGGGCACCACGCACTGCACCTGTGAGGCAGGATACACCATTTCAGGCCGGGACACCAGTATCTGCATGGacaTTGATGAATGTGAACTGTTCCACAACGGTCAGGCAGGTCGTCTGTGTTTACATGCTTGTGTTAACACCCCTGGCGGGTACCGCTGTACGTGCCCTGAGGGCTACAACGTGACCCGCGATGGCCGGAGCTGTAAAGATATAGACGAGTGTTCCACCAGGCAGAACAACTGCAGCCGTGACCAGCTGTGTGTTAACACCTATGGAGGTTTTCAGTGTGTTAAGATGGAGTGCCCTCGCATCCGAAACGCCACCTACGTCAAAACCTCCCCCACGCGCTGTGAGAGGAACCCCTGTGCCGTAGACAATAAGGCCTGCTCACAGGCTCCTAACTCCGTGTCTCATCACTACATGTCGGTGGTGTCTAACCTGTCCGCCCCGCGGGTGATGTTCCGCGTGTCGGCGGTGAGGGTGCTGGGAGACACGCTCAGATTCGCTCTGCTGGGAAGCCGCGGCCGCCGGCACTTCACCGTGCAGCGCTCGGACCGGCAGACGGGTCAGCTGCTCCTCGTCAGTCCCATACAGGGCCCGGCTACGCTGGATGTGGAGGTGGAGATGAGCGAGCTGGAGCGCAGGGTGGTGATTGGTCGCTACATCACTAAAATCACACTCTTCGTCTCTCAGTACGACTTCTAGATCCACAAGCTGCTGGAGTTTAAAGCTAAAGGTTTAAAGGGAACTCTGACTGTTAAGAATCTGGTATCGAGCATATGGTACACAGTCATGGCCAGAAATACTGGAACACTGCACTTCTTTCAGAAAACTAAacagtgctttttaaatgaattaatagcAGGTTTacactacacaattttagcccAGTTTTCCAGTCGCCAAAAGTTTTTCATTGATTGCTAACAAAAACTCTGCTCGAACTTCTCACTGACTGAGTGTTGACGAGTTGCAGATGTCTGGCAAATAGTTGGCATGCTAAACATCTGACCCAGTTAGCGAATGGGATTGAGGAATAGTGGCTACCCACAGTCAATAGAATCACAAAGAAAGAGAATCACAGGTCCAAAACACATCCTCTGCATTAGCGGAACTGTTTATTGAGAGTCTGACCACCTTCTGACACCCTATGTTAGATCATGAAATGACTCTAGAAGGAGCATGTGAGTGGGTCCTCTATGaatggggtgaatggagctaaaactttaaatttaaaataataatcaactacttgttctgaatatttgaataatgtttaaAAGTTCAAACCAATAACAAAATTATGTCTGTCGTGCTGAAATTGTTTTGTgttaagtacatatttcagtttaaatctgatcagacatttataaactctgattttgctcagttgcttcatataaACGTATTCATTTTGGACTTTAAAGTGCATATTTTCCTCTATAGAGATTTTGTGGCATGTCATCACTTGTTCTTagtgtgtttagttctggtgtgCTTTCGTGATGAAGAGCCGCCGGGTGAAAAATTTTGTAATTTGCAACCCTGTGTCGCTaatcagtcatgtagtgtgaaagttTCAATAACTGAAAGACTCatgattacagcacaaccagtcgtgtagtgtaaACAGCACAATGACTGATGATATAAAAGGTTGTGTaatgtgaacctggcattagtTACCAAAACTTAAATACTACAGAAATTTGGGATGACTTAAGCTGACTCAAAAGCCAAACTAACTAAAAGAAATAATTGTTGAGATGAGCACTCAATTCATTTATGCATGATCAACTTTGTAGCATATTTTAGTTAACCTGAACTGATTCAGTTGAGTATTAGTGACTCTGCACTGGTCTATGACTGCAGTCAACgatttaaatgaaatatgatGAACTTTAGAGTGTGGCTTATATCTAAGTAGTGCAACTTTTATGTGTCAAACTACATCCCTACTGGCTCCTaggatcatttatttgcatactgggtgtgtcttctccccacttattcactcactcactcacttactccacatcagtgtgtagtcatttcccACAGGCCACTTTCCCATGTGTGCTCACATGTATTTAACATTGTGGTTCAGCTGCCAGGCTTCAGTGTTAAAggttgtaagagcaagttaaccctttctcttctgctgagagTGACTTTAAGTTGACTGAATACTACAGTGATCACTCATGGACTCAATGCCcggttttaaattttaattcgTTTTTCATTTGTGTTAGGAATTAGCTGCTAGCAACATTTAAGTTGCATGTTTACCCAGtttaaataaggtaaaaaagtGAAGACAGCACAGGTCTagcacctctgctggctggttgctgtataatttgtagctctgcccatACCTATATGTAAAAATGATTGAATAAATCTAAACTGTCAGTGTAAACTCCTTTCAGACAGTCTGCTTGTTCTGGAATAGgggataaaacaaataaatagtttgCAGGCTACAGCAGGCTAGGTTATAGAACTAGAGGGAatggaattacagttttatgtcACATGTTTTCTAAAGGAGTTGgttttaactgtttaactgttttctgAAAGAAGTGGAAGAGTGCTAGTACTGCTGGCCACAGCacacattatattaataataaatacaataactaACATTAGTTTTATGTATCATATACAGTTTTTATCATATATTACTATTACAGGACATGTACAATATTTAAGACCCACaggtctgaccaatcagagttCCCAAGGTTCTTCAGAAAACAGATTTTGAGATTAACCCCTAAATGAGGTGCTAAATGAGGTGAGTTAATTCTGGGTTGGAGGTGGATCCTGCAGGAGGAGGGTGAGGGGTTGCTGCGTTTGTGATTAGATGGCAGGATGGTGATCTGACAGTGATTTTTGCATGTCATATTGGAACCAGATCTATTGCGTGTCAGATTTATCCAGCATTTGAATGTACAAACAGGTTATACAACAAATTCAAAacatgtgttatttatttaactctatttatatcatttttctATCTATTTAGCAATAGCTCTGTTTCTTTCTATAATGTCCACTGTATGTTACAGGCCATACATTTGGAAGCAACAGTTATTTAGGATTTTAATAGAAAGTTTattgtggtaacactttacaacaaGGTTacattaacagtacttacagcAGAATATCTCAGCTGATTATTAActtacactaattaagacattattaatcatcaaatgtttttaactaatgtttaaaaattgttttttacagtattcCTAGTTATCGAATTTAGTGATGTTTAATACTGTCTTAATTAGTGTCAATTAATCATTATTTGAAACATTgcttaacaatgtttattaatgcCACAGTACTGTTATTTGGGACTCATGTTCTTAATATCATCCCTATTTTCCGGACATAATCCTgtgtaaaagtgctgtattaatcacatttaaatatctgataTGACTAATTAAGTAACTAAAAtttaatatgat

Function

GO:

id name namespace
GO:0005509 calcium ion binding molecular_function

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU212165 lncRNA upstream 59976 6670921 ~ 6671194 (+) True G156499
TU212086 lncRNA upstream 229996 6499851 ~ 6501174 (+) True G156451
TU212071 lncRNA upstream 289893 6441051 ~ 6441277 (+) True G156438
TU212066 lncRNA upstream 298308 6432397 ~ 6432862 (+) True G156436
TU212069 lncRNA upstream 298344 6432397 ~ 6432826 (+) False G156436
TU212190 lncRNA downstream 9474 6768942 ~ 6774732 (+) True G156523
TU212237 lncRNA downstream 108792 6868260 ~ 6869564 (+) True G156562
TU212321 lncRNA downstream 267130 7026598 ~ 7030708 (+) True G156623
TU212379 lncRNA downstream 408740 7168208 ~ 7171625 (+) False ptprq
TU212428 lncRNA downstream 486296 7245764 ~ 7248460 (+) True G156697
XM_022679507.1 mRNA upstream 242883 6482819 ~ 6488287 (+) True gas8
XM_022679503.1 mRNA upstream 368021 6324821 ~ 6363149 (+) False dbndd1
XM_015604453.2 mRNA upstream 368021 6324824 ~ 6363149 (+) True dbndd1
XM_007244016.3 mRNA upstream 425598 6301848 ~ 6305572 (+) True foxf1
XM_007243994.3 mRNA upstream 620164 6100753 ~ 6111006 (+) True irf8
XM_007244034.3 mRNA downstream 49467 6808935 ~ 6817496 (+) True zdhhc7
XM_015604486.2 mRNA downstream 49699 6809167 ~ 6817496 (+) False zdhhc7
XM_007244039.3 mRNA downstream 64161 6823629 ~ 6828644 (+) True cog8
XM_007244036.3 mRNA downstream 79410 6838878 ~ 6858524 (+) True wdr59
XM_007244037.3 mRNA downstream 79410 6838878 ~ 6858524 (+) False wdr59
TU211750 other upstream 1573770 5157154 ~ 5157400 (+) True G156188
TU211262 other upstream 3976058 2738361 ~ 2755112 (+) True G155776
TU210855 other upstream 5461791 1265820 ~ 1269379 (+) False G155491
TU212485 other downstream 612908 7372376 ~ 7431568 (+) False LOC111194759
TU212490 other downstream 628034 7387502 ~ 7404556 (+) False LOC111194759
TU212659 other downstream 841099 7600567 ~ 7606668 (+) True G156840
TU212948 other downstream 1810462 8569930 ~ 8570877 (+) True G157055
TU213377 other downstream 3181361 9940829 ~ 9941805 (+) True G157383

Expression Profile