RNA id: XM_022679902.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_022679902.1
length 8293
RNA type mRNA
GC content 0.43
exon number 19
gene id prtg
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035914.1
NCBI id CM008317.1
chromosome length 41377133
location 36073806 ~ 36110407 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

TCAGTAATTTTGCCTCAGACGGCGTTTAGGAGGCAGCAGCCTGTAGGCTTAGCTAGCATGCGCGGACAACTCAAATAAATGGCGTGTTTTAAAGGGATATTTTATcagcatttgctgttttttgcagtgtttctttTGTCAGTTTCAGgggTTTTGTGCTTTAGtgagttattttttgttaaggaGCCTCGCGATGCAATAGTATTGCGAAGAGACGCTGTGATTCTGGACTGCCAGGCTAAGGGGGAGATTCCTGTCCATATTCGGTGGATGAAAAATGGATCTCCTCTTTTGGAGACAGACCGCGTCTACCCGTTTGCCAATGGTTCACTCTTCATCTCTGAGGCAGAGAACAGGAAAGGAGAGAAATCAGATGAAGGGTTGTACCAGTGCCTTGCTCAGAACAAATATGGAGCAATCTTGAGCCAGAAGGCTCGCCTCACTATTGCAAGCTTttccacattcacacagcagccTTCCTCTGTTGTGGTGATGGAGGGTTCCGTCGCACGCTTCACCTGTAAAATCAGCGCCGTACCTTCACCAATCATTACCTGGGAGTTTAACAGAGTCACTTTACCGCTGGCTACTGACAGAATCACAGTGCTGCCCAGCGGAGTGTTGCAGATTCAGGGAGTACACCTAAAAGATGCTGGCAATTATCGCTGTGTGGCTGCAAACATTGCTAGTCGTCGCAGGAGTGTGGAAGCAGTGCTGACTGTTACACCAGCTCCTACTGTCAAAATTCCTCAAAGGCCACACATCATCGCTGGGCCACAGAACATCACTGTATCAACGCATGGCAGTGCTCTCTTGGAGTGTGTGGCAGTCGGAAATCCTCGGCCACTGATCTCTTGGAGTCGAGCCGATCACAAGTCTATCGATGTTTATAACACCAAGGTTCTTGGCAATGGCAACCTGCTCATCTCTGACATCAAGAGGCAGCATGCTGGAGTGTATGTTTGCCGAGCAACAACACCTGGAACACGAAACTACACTGTCGCTGCTGCTAATGTCACTGTACTTGCACCCCCATCTCTAATGGAGTGGCCAGAAAGTTTGACTCGACCACGGGCTGGAACAGGCCGCTTTGTGTGCCAGGCTGAGGGTATACCGACCCCTCATATAACCTGGCTCAAAAATGGAGAACCTGTGCATGCTAATGGCCGGATCAAAATGTACAACAGGTACAAGAGcaAACTGGTGATAAATCAGATTATTCCAGAAGATGATGCAATTTACCAGTGTCAGGCAGAGAACGATCAGGGCTCAGTTCTGTCCACGGCTCGTCTAATTGTGGTAATGTCAGAGGATCGCCCCAGCGCCCCTCGGAATATCCGAGCCGACACAGTTTCCAGCTCGGCCATCCTGCTGGCCTGGGAAAGACCCCTCTACAACGCTGACAAAGTCATCGCCTACTCCATCCACTACATGAAGGCAGAAGGTCTTAACAACGAGGAGTACCAGGTTGTCATCGGCAATGACACCACCCGATATATCATTGATGACCTGGAACCTGCATGGAACTACACGTTTTACATTGTTGCATACATGCCTATGGGTGCCAGTCGCATGTCTGACAACATCATACAACACACACTTGAGGATGTTCCTGTGCGTGCCCCTGAGTTATCTCTCACCAGCCACAGTCCCACAGACATCCAAGTGTCATGGCAGCCACTTTCCCAGAAGCTGAGCCGTGGTCAAATCTCTGCCTACCGTCTGTGGTACCGGCCTAGCTCTGATGGAGCCACACATCAACTGGAACTGCCTGGGGATGAAACAAAGCACCTACTAGAGGGCCTGCATCCTGATATGGTCTATCTGCTGCGAATTGCAGCTGCCACTAGTGTGGGTTGGTGTGAGCCGTCTGCATGGACTTCACACAGAACCCCTAAAGCATCCAGTGGGAAAGTACCCCTGGCACCAGAGCTTCAATTGGAACCCCTGAATTGCACAACTGTTACTGTGCGTTGGCGTCTGGCTATGGGCAGTTCTGTGGCTGGCATGCAAGGATATAGACTGTTTTACCATGAGGAGAGCCAGCCTGAGAGTGCTCCCATCCAGCTGCCCCCTCACTTCAACCAGCACACCATTGGAGGCCTGGATCCCAGGAAGAAATACCACATCAAGCTTCTGGCCTTTAACGCCATAGGGGAGGGCTACCAAGCTGACCGGACAATCAGCACGCCAGGATGTGTCTCGGTGCGTGATCGTTTGGTacccccacctccacctccacatCATGTGTATGCACGGACAAACAGCTCCTCCTCTGTTTTCCTGCACTGGGCCCGACCTGCCTTCACCGGCGGCCAAACTGTCAACTACACAGTCCGCTGCAACCCAGTAGGACTCCAGAATGCATCGCTGGTGCTCTATTTACAGACAGGTGATCAGAGTCTGCTTGTGAAAGATCTGGAGGCAAATACTCGATATGAATTTGCAGTACGGTTGCATGTTGACCAGCTTACCAGTCCCTGGAGCCCAGTGGTGTATCAGAGCACTTTGCCAGATGCTCCAGCCATGCCTCCAGCAAGCGTGAAAGTCACTCTGATTGAAGGAGACACTGCACTGGTGTCATGGAAACCACCTAATGAGCCCAATATTGCTGTAACACGTTACACCATCCTGTATGCATCACGCAGAGCGTGGGTTGCTGGCGAGTGGCAGATCCTGCAGAGAGAAGGGAGCATCACCATGGCTCTGTTGGAGAATCTACAGCCTGGCAATGTCTACTTGGTGAAAGTATCTGCGTCAAATCAGATTGGAGATGGGCCTTTCTCGCCTGCTGTGGAACTCCATATTAGTGCAGATGGCCACGCCTCTGGACACTCCTCCCGCTCTCATGGCTCCACCCATGCCACTGTGTTTTCTAAAGGCTTTTACCATCTGGACCAGCGGTCAATGACAGGCATTATTGTCGGTGTATCAATTGCACTTACATGCATCATCATCTGTGCCTTCATTCTAATGTGCCGAGGGAAAGCCAAGCAATCATTTACTCCCAAAATCATAAGGCCGGAAGGGAGTCAAGCCGTACCCACTGCAGTTCACCGTGCCAGTGAAACTCAAGCTGAGAGTGCTGATGTCATAGTTCCCATTATAAGAGACCATTTTATTGATGCAAAGGGTGGGACAGATCTGATCATAAACAGTTACGGTCCTGTCAGGCCCGCagctgagaagaagaaggaaCAAAAATGGAATTTATTTAGAAAGGAAGAGAAGCATGTGAAGCAGGTTCCTGGCTCTTCTTCCATGTACCAGCCAGGCACCACTCTACTACATCATTCGGGTGAGGAGCCTGGGATCTCATCACTGCAGCTGCCCTCCTCCCTCCATGCCTTGCTTGGAACACCAGGGAGCGACACAGAGGGTTCCAGTGAAGGCAGCCATGAGACCGGAGACTCTGGGCGCTATTCGCACAACGAGCTGGAGATGGCCAACCTGTCATCTGGCACAAGCAGCCGCCCTGCATCCCTCAGCAAGGAGGAAGGCATGGAGTACGAGGAAAGTCCAGATCACATGGCGAAGGAGTTTGAGTCATATCTCGCTGTTGAGCTGGGGGAAATAATATCGCCATCTGCTGGTCTGGATGTGAATGGTAGCAAAGCTTGTGTAGCTGTCCTTACTCATTAGTGGTAAGCTGTTACTAATCAGTCCCCACCCTGGGCCttatcttcttcctcttccaaaggcctttcttcctctcttccttcTACCTCCCCTCTGCTTCAATGGACTAATAAGCAGAGGCTTCTAAAGCATAAGGAAACTTTGAATCAAAGAATGGGCCCAGAGCCCTCCCTTTCTGTTCAAAGTCCTCCATTTCATTGaatgtgttcttttcttttcaatattttttttaacatttaagtttAAGAAAAATAACTTTACCCACCACGAATGTTTTTTGAAAAGATTGTCCAAACAATGTGAAGTGTGCGACGTTGCTTTTGCAGACATTATTTAAGCGAGTATATCACTGGAGGAGGAGAGGTGCAAAAGGCTCTctttacattgttaatattaCGAGGAGAGTTTCAGCCTGAAATGCTGATGTGGCTAACAGTGGCTAGATGGAAGTCAGGTGCTGCCAGTTCATTCTTAATCACATCAGCACTTGAGGCTGTTTAACTCTCTTAGTTTACGACATGGTAAACTCCTGctatatatatgtacaaatatTTAATAGCTAATAATGCGCAAGTTATGTAATGGGCCTCCCCATCAACATGACAGACGATACTTCCTGATAGCAATAATGTTGCTCTTGCTAGCTTAGAGTTTGTCTTTCTGTGTGTctgttcttgtttgtttttcagttcTTAAGTGAGACTGTAAGAgtacaaaaccttttttttgtgtggttctACCTCAGAGTTCACAAATGTTGAACTTGCAAATGTTTGTTCCACTCCACTGTGACTGAGGCCATCCttttctcctttatttaatgttcttcCCACTCCAAAATAATCTCAGGTTCTCAGGTTTATGAATGTGTTGTATTAGTTAACGTacctgtgctcttacagtctcTGTCTTAAACTAcctcattttaagtgtttttatgtTAATTAGTATTATGTTTTTACTCAACTCAGGGACTCAAGGTTTAGTACATTTGAAAAGCCATGTCAGTGTTTGAAGGGACATGCTTTGATTGGACAGGGTATCCTTGTAGAGCTGGGCTGCTTTAGCTAGGTGAATTTCCACTGACCTTTTTTGAATGTCTGTACAGTATTTGACGGCAGTTTTAATTCCAAAGCTTGCGACGCCCTCTCATTCATGGAAAGGCCTTTCAGTTGGAGGAATATATCTGCggtagttctttttttttttttttaatcaaagatTATTTTCATTTGCTGGTACAGACTTTGTTCAACAGCAAACCTTTAAAGTAATATCACAAGCCCAAAAATGCAAATTACATCATCACTTGTTGTTTTTCATCTGTGTTGCATAAGCAGCCATGTTGTTTTGTTTCCATA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Function

GO:

id name namespace
GO:0007275 multicellular organism development biological_process
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU220448 lncRNA upstream 244981 35828020 ~ 35828825 (+) False G162746
TU220449 lncRNA upstream 244981 35828020 ~ 35828825 (+) False G162746
TU220450 lncRNA upstream 244981 35828020 ~ 35828825 (+) False G162746
TU220453 lncRNA upstream 244981 35828020 ~ 35828825 (+) True G162746
TU220439 lncRNA upstream 259013 35807941 ~ 35814793 (+) True ss18l2
TU220553 lncRNA downstream 8974 36119381 ~ 36120402 (+) False pygo1
TU220552 lncRNA downstream 11315 36121722 ~ 36123863 (+) True G162829
TU220565 lncRNA downstream 22008 36132415 ~ 36169727 (+) False ccpg1
TU220583 lncRNA downstream 69433 36179840 ~ 36181301 (+) True G162848
TU220585 lncRNA downstream 72353 36182760 ~ 36183548 (+) True G162850
XM_007251863.3 mRNA upstream 9384 35995972 ~ 36064422 (+) False nedd4
XM_007251862.3 mRNA upstream 9384 36019925 ~ 36064422 (+) True nedd4
XM_022679900.1 mRNA upstream 164194 35888954 ~ 35909612 (+) True gpi
XM_007251858.2 mRNA upstream 261904 35807865 ~ 35811902 (+) False ss18l2
XM_007251853.3 mRNA upstream 270521 35786330 ~ 35803285 (+) True lsm14a
XM_007251864.3 mRNA downstream 1635 36112042 ~ 36119950 (+) True pygo1
XM_022679905.1 mRNA downstream 16732 36127139 ~ 36136740 (+) False dnaaf4
XM_022679903.1 mRNA downstream 16733 36127140 ~ 36136740 (+) True dnaaf4
XM_007251867.3 mRNA downstream 31681 36142088 ~ 36148102 (+) True LOC103046170
XM_022679908.1 mRNA downstream 38888 36149295 ~ 36169745 (+) True ccpg1
TU219593 other upstream 3354531 32714183 ~ 32719275 (+) True G162096
TU219521 other upstream 3778777 32236316 ~ 32295029 (+) True G162032
TU219503 other upstream 3925616 32068862 ~ 32148190 (+) True G162017
TU219178 other upstream 5195494 30875118 ~ 30878312 (+) False hmgn2
TU220729 other downstream 643778 36754185 ~ 36754687 (+) True G162964
TU220936 other downstream 1299585 37409992 ~ 37411969 (+) True G163105

Expression Profile