RNA id: XM_022681519.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_022681519.1
length 10643
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 12
gene id ptbp3
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 4800629 ~ 4904202 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

TCttgctcttttctctctcttttctctctctctctctctctctctctctgctccgtTTTGTTCCTGGTTCTGAGCTCGAGACATGCTGGTGGTACAGTGCTGCAGTGGACGTCTGAAGAGCCTCCTGCTCCTGCGTTCATGCCTGGCCGTCCTACCATGAGCAATTCTACTCCATCAGCAGCTAATGGCAACGAGAGTAAAACATATAAAGGAGACCGATCCTGCGGCCCCTCTCGCGTCGTTCACGTGCGCAAGGTTCCCATTGAGGTCTCCGAGGCCGAGGTTATCTCATTAGGAATCCCGTTCGGAAAAGTTACCAATCTGTTGATGCTGAAAGCAAAAAACCAGGCTTTTATAGAAATGGCTTCTGAAGAAGCAGCGATCACCATGGTGAACTACTACACCACGGCCACGCCACACGTCCGTAACCAACCCGTCTACATCCAGTACTCCAACCACCGCGAGCTGAAGACCGACAACCTGCCCAACCAGGGGGTGAGGAGCCCGTCCGCACACCACCATTCTCTACCTCACTTCCAACCCCCACTCATCCGCCATAGTAACCCTTTTCAGACGCTGGATGGTCAGAATATCTACAACGCTTGCTGCACGCTGCGCATCGAGTTCTCCAAACTCACCAGCCTGAACGTCAAATACAACAACGACAAGAGCCGAGACTTCACCCGGCTCGACCTGCCCTCAGGAGACGGCCAGCCCACACTCGACCCGGGCATGACCGCTGCGTTTGgagctCCTGGAATCATCTCTTCTCCGTATGCTGGAGCGGCTGGTTTCGCTCCTGCTGTTGGTTTCCCTCAGGCTGCAGgTCTCTCCATGCAGGCCATGCCTGGCGCTCTGGGACCCCTCACCATCCCCCCCTCGGCTGTAGCCGGACGGATGGCCATCCACGGCATGGCCCCCACCGCCCTCCACTCTGTTCTCCTCGTCTCCAACCTCAACCCTGACAGTATATCACCCCACAGCCTCTTCATCCTGTTTGgggTGTACGGGGACGTGCACAGGGTGAAGATTCTGTTTAATAAGAAGgagaatgcgctggtgcagatGGCGGATGCGACACAGGCGCAGTTGGcgATGAGTCACCTGAACGGGCAGCGGCTGCACGGACGGGTGATCCGGGTCACCATCTCCAAACACCAGACGGTTCAGCTGCCCAGAGAAGGTCAGGAGGACCAGGGTTTAACCAAGGACTTCAGCGGCAGCCCCTTACACCGCTTCAAAAAACCCGGATCCAAAAACTTCCAGAACATCTTCCCCCCCTCTGCCACCCTGCACCTCTCCAACATCCCGCCCTCTATTGCGGATGACATGCTGAAGGACCTGTTCTCCAGCGCTGGATACACagttaaagcttttaaattctTCCAGAAGGACCGTAAGATGGCTCTGATCCAGCTAGGCTCAGTCGAGGAGGCCATCCAGGCTCTGATCGATCTCCACAACCACGACCTGGGCGAGAACCACCACCTCCGAGTGTCCTTCTCCAAATCCACCATCTAACCCCACTCCCAGAGCTCCGCCTCCTGCTGGCTCCTCCCAGTGGCAGTGGCGGCGGGCTGGTTTATCGAGTGACAACACCTGACCGATAAACTATGAACctctaaaaaacacaaaacaacaaaaaaagaatcataATCGGGTAGGTTTAGAGATTtttagggaaaaaaagaagCTAGAGACTACTGTATATATCCTTCAGCTACAAACTGAAGGGTTTTAGGttattttagtctagtttttgttatttttataagaTTTGTCCTGAATTCAGGGCTGCAGATGCGGAAGCTTCCGTAGCAGGAAGCAGATTCCTCTTCTGATCTTCTTACAGCCATCAAACAGCACATCCCAACAACAGCAACGCAAACCCAAACCTGCCGCAGCAGGACCGGACCGGACCTCTTctgggttctgattggttctgggGTCTGATCATGTGACCAGTTGCTGGGAATGATCTCTTCTTGCTGCACCAGCTGACTGGATCCTCTTCTGTAGCCCAACTGCCTTGTTGCATTAAACCGCCGGCTCTTTGGTAAAAAAACGCAGTAAGAGTTGCTGGTTTTAACTACATGGACGTATCTGAAAAACCTCTAATCCAGGCGCCTCTCTGAATGTCTGATGTCACACGGTGCTGCCGGGTAAAAAACCCTGTAGCAACATTCCTCCCGCCGGCGGTCCATCGTAACGCTCTGAGTAGCAGTAATATTGAGAAAATCGAGGGACGCAGAGACCCAGTAACTCGACGTCACAATGATGAAATGACCTAAAGAGCGGCTCCCATTCCAGACTCGAACATCCTGCAGCTGATTTCAGACTGAAAATGAACTTCTGCAGGATTTAAAGTGAAGAGCGGCAACGCAGGGAACGTTTTTCaccatgtttgtgtgtgtttactgttactgaactggacaAAGCAAAGCGTATGGATACGTGCAGATCTGTGAAAAGCTGGTGAAAAGCTGGTGAACGGTGAGCTTGCCTTTATGTTTGCCTGTGAAGTTCGGGgggatttttcttttcttttttttttttttctttatttttaaaggctGTTATGTGGGCTCACCTCACCTGGACCACCGTCTGGATGCATTTCTGCAGATGCAGCTGATGCAACTGATGCGATTGACTCGACTTGGATGTGGGATTCTGACTACATGCATACGCACACCGTCACTGTCTGTAGATGAGTCAGATCCAGCGAACCAGAGACGATTTTactcaacagaaaaaaaaaaaaaaaacgcacgaCCAGGAAAGCATGGCCAGCTGTCGTCAATCGTACTGGAACACTCCAATCAGCAGTGCCCAGCACTCAGGAGGCCACGCCTCCTTTTCAGTGGAATTTTTGGAATTTTTGAATGTGAATGATGATGTAGCCCCTCCCACCTGACGATGCTCTCTGGTTGGGATGTGATTGGTTAATTAATCCTCCCTTTTAGCCCGATTCGATTCTCAAAACCAAATGCTTTATCATGtgaactttattattattaactttattttcctctcttttccgAAACCTTTGCAAAAACGACCTGAAGGGGGCGGGTCCCTCGTCCCTCCTGcagaaatgaaccaatcagagtAGAATgggattttccattaaaaaatggGTAGAATGGAAAATTCCATTCTGCAGGTTCTACTGATTTCTGTGGTTTCCTCTCCCTCCTGGACCGTGAGCCTGGTCGTCTCGAGGGCATCCTGCGTCCTGTGTCCTGTAGCAGTGATGCGTCTCTACAGCAGCAGCTCTCTCACTTTGCCTTGCTGTCCCATACTAAACGCCTACACCTCTGATCAAGACCAAAAAtacttataaaatataataggcaaggagagagaggaaagagagagagagggtgtgtgtaTACTGGGAGCAGCACTGGGAGCACTGGTAGCTGTTTTTACTGAAATTTTTGCAGCTACGTTAAGAAAATGTTTGTATTGTGTGGAAAATGTGCTGCGGCGTAATTCTAATGTGTTATAGGGTGATACGGCTTCAGTAGGAGAACCTTAACTCCGAGATCcagaatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgagtgtgtgtgagtgagtgtgtgtgggactGTGTGTGGGACTGTGTGTGGgactgtgtgtgagagtgtgtgtgagagagtgtgtgagtgtgtgagagtgtatgtgtgtgatattTTACCTGGATCAGTTTCAGCTGCTTCAGTTCTTCTGGAGGAGGTTCTGAAATTTGTGGGGATTTCAAAGCACATTTCATACTGGATACCTTATATATTAAATCCCCATAAAATGTTGTATAAAAGTAGTATCCAGATATTACTGTTGGACCGCAAATTCATACAGGAAATGCCAACTGCAGATTCATAGCGCATTAAAATCTCCCCACAATTACTGCTCAAACATGACTCCGTAAAGACTCACACTGGTTTAAAACAACACAATTATTGACTTTAAATCATGAAATAATGCTTATCCCAGTGAAGATTCATAATGAATTGAATTAATCTCCCCACAATTATTGCTTTCAGATTACAAGAAAATCTGGAAAAACAGGGAAATTCATAATGGATTAAAAGCATCACCCACATTTATTGCTTTCAGACCATATAGAAAACTACTAAATAAAGATGAACTGGATTTAAAATTCTCCACAATAACTGTGTTTAAATTCCACACAACTACACCCTGccgattcatactggattacagTTTCTGAACCATTATTGCTTTCATACCATAAAAATTTACACAcctcagattcatactggatgtcATGCCATAGTGTTACTGTTTGACAAAAAAACACTCCAGATTCATACTTGATTAAATGCACTCTACATTTACTGCTTTCGCACTGTTAAAAATTCATACTAGATGAAAGAAGATGATCTGTATAGTGTATAGAGTATAGTGTATAGAGTAGCAGAACCTCCGCAGTAGAGCTGAAtagactgcagtgtgtgtgagtgtgtgtgagtaaatgGGCGcggtgctgtctctctctcacgctgcCGAGGTCCAGCCTTAACATTCCACTCAGACTCTAGAGGCTCctgattctgattcagattcTGATCCCGATTCTAATCCTGATCCTGATCCAGTTTGAGTCCTGTAAAAATCAGACGAGAGAAACACAGATGTATAAAATAGGATGTGGTCGTGGAGGCGAGGGACAGCgtctttatttctcttcttttttccttctGCTAATTTTACCGGAAGCGATTCCACTCTTCGCTCACACTTCTTAAAAGAAattgaaagatttttttgaagtttacagtcttaaataaagcaaaactaTTCAGGTCTATATATCTTAAGGATTGTCAagaatttttgaaaaaaagaagTTACTTATTTTTGgtaatttgttcttttttatggagagaaacagaaaaaaaacaaatttgaaaCCTCATCGGGTTTTTGTACCACTATAATCATTCAAAAAAAAtcatggtgaaaaaaaaatcatatt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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU234838 lncRNA upstream 21082 4815051 ~ 4816664 (+) True G173428
TU234837 lncRNA upstream 29474 4802634 ~ 4808272 (+) True G173427
TU234835 lncRNA upstream 38428 4798488 ~ 4799318 (+) False G173426
TU234836 lncRNA upstream 38765 4798488 ~ 4798981 (+) True G173426
TU234756 lncRNA upstream 42357 4777546 ~ 4795389 (+) True G173385
TU234856 lncRNA downstream 6202 4909833 ~ 4910105 (+) True G173439
TU234830 lncRNA downstream 28137 4931768 ~ 4934389 (+) True G173422
TU234831 lncRNA downstream 33332 4936963 ~ 4939158 (+) True G173423
TU234881 lncRNA downstream 79817 4983448 ~ 5028854 (+) False G173450
TU234882 lncRNA downstream 79817 4983448 ~ 5029731 (+) False G173450
XM_007244768.3 mRNA upstream 275065 4527571 ~ 4562681 (+) True LOC103024108
XM_022680917.1 mRNA upstream 311816 4503120 ~ 4525930 (+) False LOC103024425
XM_022680930.1 mRNA downstream 108336 5011967 ~ 5026274 (+) True ak3
XM_022680931.1 mRNA downstream 138906 5042537 ~ 5135658 (+) False exd3
XM_022680932.1 mRNA downstream 139683 5043314 ~ 5135658 (+) True exd3
XM_007241770.3 mRNA downstream 244127 5147758 ~ 5152836 (+) True nrarp
XM_022680937.1 mRNA downstream 467313 5370944 ~ 5409080 (+) True dbh
TU234776 other upstream 93497 4743569 ~ 4744249 (+) True G173397
TU234387 other upstream 905755 3908942 ~ 3931991 (+) True G173111
TU234364 other upstream 1094541 3740302 ~ 3743205 (+) True G173094
TU234126 other upstream 2111676 2718609 ~ 2726070 (+) False LOC103031931
TU233936 other upstream 2840384 1994708 ~ 1997362 (+) True G172770
TU234946 other downstream 279860 5183491 ~ 5183777 (+) True G173501
TU235446 other downstream 1633693 6537324 ~ 6541132 (+) False LOC103041160
TU235953 other downstream 3000964 7904595 ~ 7925440 (+) True G174259
TU236173 other downstream 3645322 8548953 ~ 8552609 (+) False LOC103038455
TU236775 other downstream 5928537 10832168 ~ 11019418 (+) False G174874

Expression Profile