RNA id: TU239438


Basic Information

Item Value
RNA id TU239438
length 7577
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id G176816
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 16702846 ~ 16710537 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU239433 lncRNA upstream 30382 16671981 ~ 16672464 (+) True G176811
TU239308 lncRNA upstream 276965 16425670 ~ 16425881 (+) True G176700
TU239300 lncRNA upstream 293438 16335011 ~ 16409408 (+) True G176692
TU239296 lncRNA upstream 374014 16328540 ~ 16328832 (+) True G176688
XR_002651446.1 lncRNA upstream 424565 16272657 ~ 16278281 (+) True LOC111195056
TU239450 lncRNA downstream 89955 16800492 ~ 16873115 (+) True G176822
TU239482 lncRNA downstream 97784 16808321 ~ 16814735 (+) False G176838
TU239477 lncRNA downstream 97982 16808519 ~ 16815232 (+) False G176838
TU239478 lncRNA downstream 97982 16808519 ~ 16814735 (+) False G176838
TU239473 lncRNA downstream 99799 16810336 ~ 16815584 (+) True G176838
XM_022681138.1 mRNA upstream 17364 16677496 ~ 16685482 (+) True drg1
XM_022681136.1 mRNA upstream 48000 16565749 ~ 16654846 (+) True LOC103042004
XM_022681131.1 mRNA upstream 298044 16357183 ~ 16404802 (+) True sppl3
XM_007231984.3 mRNA upstream 667282 16022161 ~ 16035564 (+) True LOC103044056
XM_022681120.1 mRNA upstream 694390 15992313 ~ 16008456 (+) True rusc2
XM_007257805.3 mRNA downstream 26375 16736912 ~ 16768304 (+) True slc20a1
XM_007228800.2 mRNA downstream 110398 16820935 ~ 16824328 (+) True fam136a
XM_007228801.3 mRNA downstream 135409 16845946 ~ 16862878 (+) True ggcx
XM_022681152.1 mRNA downstream 276673 16987210 ~ 17002229 (+) True LOC103040133
XM_007228808.3 mRNA downstream 276673 16987210 ~ 17002229 (+) False LOC103040133
trnal-uag_3 other upstream 1775437 14927328 ~ 14927409 (+) True trnal-uag_3
XR_002651440.1 other upstream 2833991 13847262 ~ 13868855 (+) False prdm15
TU238204 other upstream 3017283 13679359 ~ 13685563 (+) True G175900
TU238092 other upstream 3284430 13389326 ~ 13418416 (+) True LOC111195048
TU239485 other downstream 110422 16820959 ~ 16824317 (+) False fam136a
TU239536 other downstream 332298 17042835 ~ 17046989 (+) True G176882
TU240029 other downstream 1513736 18224273 ~ 18226133 (+) False G177219
TU240030 other downstream 1513736 18224273 ~ 18226133 (+) True G177219
XR_002651448.1 other downstream 1614336 18324873 ~ 18330489 (+) False LOC103047412

Expression Profile