RNA id: TU241117


Basic Information

Item Value
RNA id TU241117
length 4545
lncRNA type intronic
GC content 0.35
exon number 2
gene id G177984
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 20236217 ~ 20240919 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

TTTATTCTTGTACCTTTCTCATTTCACCTCATCTGCACTCGAATGCCCAGTCATCGTGTCCAACCTTAACAGCCTTCCTGCTTCTGCATTGATTGATATTAACCTATCTAGAGAGTGTAAAGACTGTGTAGTCTTAGAGCTTTTAGACTCAACAAATGGAAACCTTGTGTTTCGCAAAAAGAACAGCGCTTTATCATCGGAAAGTTTTATCATCAGGACTAAGACAGTCAAGAAGGATATAAAGCACCTTGTTGACCTTACCGACATATCATACCTTCTGCATAATTCATACATTGAAAGTGTGTGCCTTATGATCTCATGTATCTCTTTTGGTTCTTAagttaaaagaaatataatccaGTACcttatgaaaataataaaattatcagCAAAAAACTTTACAGTTTGCTTTCTTAAGTGAAAATGTATGGCCAATCAGTGCTCTACAAGGTTTACACATCACATTTTGTTACCTACTCTGCTTACTTGGAACCGCAAGCAAGCAAGTACTTAAAATTCCCAGTTTCAGGGTTTACATTGAAATTCTACATTGAGCATTTCAGCCTAATCTGCTTTTTGAACGAGTTACAATACATGGTCAGAACAGAGGATATTAGCACATATACTCCTAAAATTATgtcttattaataaaaaaatagaatgcaAAAAAGTGGGATAGCGacaatttaaaacagaaaatcttCGTTTTAAAATCTTCTAATGTTCATCACACATTATAAATCTTCAGCACTGGTTAATCCTGAAGACATGCAATCTCTGAACAAGCAGTATTACCATCTTTTAGAAAGCCTTTCATCAGCCTAAACAGCGAAGATGACCCATGTCTGCTGATTAAGGTGCTTTAAACTCAGTGACCCTCTCTCTTCCCTTGAGTTGTTCCAGAGAGATTTCACAGGGTGGGAAAGTTTCTTAGCAGAGCCGTTTTTTTCTGCTCTAATCAGTCCACTAACCTTGGAGATTGGTGGGAATGGTTGAAGACATCATTGTCTACTCTGATTCTCATGTTTTGTAATAACTGTCTCAAATACCTTCCAACATAGACTGCCCCCATAACTTTTGCCAACCCCTACTTTTACAAATGCAGAGGATCCtagttttttgtttagaaatgtgATGAGTGAGTAGGGCTGGGTGATTTGGTACAAATATTGCATCACGGTGTTTGAAGAAATTTCCTCAACATAGGATATAGATAATTAAGTTTACACAAATACGCAGTGCAATGGTAGCTTTAGAttcttaaaaatacacaaataaaatcctacagttatttaagtataatgattttgttttaaaatgcgcttaaaatgtttttaaaccacTTATTCACAGTATTATCAGATGTGTATCATTTTATCACTAAGAAAGGAGCATATCATTTTAACGCAATAGAATTATAGGATTTTACTGTTACATTTGTAGTTTAATTGGAATTTATTGAAGTTTGTTTTGgctaatttagatttttttaaatgaataatggGTTTCTCCAAAGAAACAcagatatgaaaaatatatatatatatttttgtaacttCTTAGtaacttttagtttttcttaaagtagaagtattgtgattttatgttttgcaaaacttttaaaactctgAATCAATTTTTAATTAACAATTACCGGTACCTGTTTTAGGTGATTAAAGGTACATCAAACTATTAATAAATCACAAAGAAATGGCATGAGGTAccaatatacattaaaaaaaataggtgtCAGATAgcggttcattttgtgttgtgcttTATTTCTGCACTTCAGATTCCCTAAAAAATATAATAGCAGTTTATTACCTTGCTTACAATATTGCAATCTATCGCAATAAATTGAATTGTTGAGATACTGGAATCTGCATAAGCTTTtatggatgtttttttaatgggtAGAAGTTTAGATATATTAAAAGGGAAAATCAGGATAACTGGATAGGGTTGTGTAAGATTGGGTGCCATCAGTATTCTTTTACTTAACATGCTGGCATGCACATACTCGGCTAAACGCTGCAAGTCTGAGGTGTATCGCAGTCGTGTGcacttattcattgtttttgtttgcctTTTTTCAAGGAAAACAAACCCTTATCTGTGCTAATGTGGCTTCCGGTTGAAGCTCCTGGCAGTGCTCACTATCTGCCCAGGTCCTTTGAGAAGAAGCACTGATAGTGTATCTGCGGACATGCCTTCAGCGAGTGCAGAGATGCAGGGAACGCTTTTCTTCTGCCGGCTCTTGCAGCCAGAGCGATGGATGGGGTTGCGTTTCTGAAGCTTATTGATTGTAACATTAGCACTCTGTTGTCTGGCTGCCTCTGTGTGGTGGTATTAAGGCCCCCGTTTTCATCCACTTGGATAAATCCGCTGAGAAAGGAGACTGTACATGCACGTATAATTCCATCAATTACTGATGAAGGGGGGCATAATGGCCTTCAGGTCAGTATTTACGTAGAGCAGATGACATTATCTTCTCAGCAGACAGGATATCACATCAGCCCGTTTTGAGAGGGGGGCGGGGGTCTGAGCAATGACAAAAAGCAGATTACTGATACAGGTTAGAGGAAACTGGTTGTCATAAAACCTTCTGTCTGACTGCAGACAGTAGCCATCTGTAAGTGTAGAAATCTGagtgctttattattttaagtcgTGATGATTTTAGGTTGGATACTATATGGATATTGTGTTGATCTTGCCACATGTAAGAAGTGTCCAAGCGCAAATTAGTGTGGTTTACTTATAAATTGTTATTAatgcttttcattattttattttaacacaagttTTCACTGAATTAAGCTATTTTAGATGATTTAGCTTTTTACATTTAGAAAATTCTTAGtgattgattaaaataaataatattgacCAAAGccaaaccaaattaaacatGTATGAACGCCAGATACTGCagctttttgcattttttttatttcaccatTGAATTAAATTAGACAGTTCACAGACTTACAAAactatgatttaaaaatatttactgaTCAGTGCTGTTCTAGTTACACTGTTTTGGTAGTCGTTCCTCAATAgatctattctaatcatacattcatttaagcagtgcaattttactcataaatgtacctcagtagagctattctaatcatatattcaCTTAAGCAATGCAGTTTGTTAATAAAAATATCTCAGTAAAGCCATTCTAATGTTTAAATAAGCAATGCAattttagttatatatttacctcagtagagctattctaatcatacatttacttaagCAGTGCAGTTTGTTAAATACTTCAGTAGATCTattttaatcacacatttagTTAAGCAATgtaggAAACTAAATAAACTGATTTAGTTTTAAAGGTGTTGCTTAATGTgttattttgattaatttatGCAAGTACAGTATACAAAATAAGTTAAATCTGTATTTATGTTATCTATATTAATTCTGTAATCTATTTGGTTGAATATTTCCGCCATATGCTTTTGTTCGGCGCATCGATTTTAGCATTAGACGTTAGACATCTCTCAGCCCCCAAACATCATTATTCTTTAACAAGGAACAATAGATTCTGTAGACTAGGAACCCTTTACTGAACTACTCGGTTTACACCTGCCTCTTACAGGATTATGAAAATGATAACTTGGCATACATTTAGAGGACGCAACCTGAAGAGGAGACCTATCAGGAGCAGCGTTGCTCGTTTTCAGCCATCATACCCTGAGATTACAGGCTGGGGACATATGCTTCTCTGTGATGCAGTGGGACGCCCCTCTGGTTTAATCTCATGTGGGATCAGTTCTGAGACTCGGGCACAGTTAGAGTTTCACAGAGAAGTTTTTCTGCCTGAGATAACATGGACACAGTCTTTTGTAGATAACTTATCCTTTCCAGAGAGGAACTATTGATCTAGAAGACAACTTCTTCTCTTTCAGGCTCTGGCCTGGCTGTGATAAGCGTGTGGAGATGGGTTTTGGAGTGGCTTTGGTCTCTTGAGACAATGGGCTGCTAGCAGATGGGTTCTCAGTGGTTGGGCTTGGGGTCTCCTGCACTCCAGGGAACTGGGGTTAATACCCCCAGAAAGTGTGTCACCAGTCTGCAGATCAGACACTCGCTGACTGTGGTGCTTCTGAAGCAGGCTAAAGTACTGAATGTAACTTTTTTAAGAATGCAGtacttatttagttttttttatattatattttatattatatgatgTATTACTAGAATTAGGGCTGTTCAGTatcaacatacagctctgggaaaaattgagaccaccatggtttctgaatcagtttctctgatttttgctatttatcggtatatgtttgagtaaaatgaacattgttgttttattctataaactacatacaacatttcttccaaattttaaataaaaatattgtcatttagagcatttatttgcagaaaatgaaatggcaaacaacaaaaaagatgcagagctttcagacctcaaataatgcaaagaaaacaagttcatattcataaagtttaagagttcagaaatcaata

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU241129 lncRNA upstream 32666 20199764 ~ 20203551 (+) True G177995
TU241106 lncRNA upstream 62496 20171285 ~ 20173721 (+) True G177976
TU241076 lncRNA upstream 72348 20157847 ~ 20163869 (+) True G177955
XR_002651458.1 lncRNA upstream 112369 20105334 ~ 20123848 (+) False LOC111195064
XR_002651457.1 lncRNA upstream 112369 20121246 ~ 20123848 (+) True LOC111195064
TU241183 lncRNA downstream 20967 20261886 ~ 20262774 (+) True G178026
TU241186 lncRNA downstream 46153 20287072 ~ 20287579 (+) True G178029
TU241192 lncRNA downstream 90315 20331234 ~ 20332003 (+) True G178035
TU241203 lncRNA downstream 155463 20396382 ~ 20399165 (+) False ier3ip1
TU241220 lncRNA downstream 180450 20421369 ~ 20424714 (+) True G178055
XM_007260825.3 mRNA upstream 80902 20152461 ~ 20155315 (+) True LOC103027562
XM_007260831.3 mRNA upstream 86099 20149258 ~ 20150118 (+) True LOC103030097
XM_007255022.3 mRNA upstream 139506 20089238 ~ 20096711 (+) True LOC103043854
XM_007255020.3 mRNA upstream 303397 19919877 ~ 19932820 (+) True pum3
XM_022681216.1 mRNA upstream 317240 19896740 ~ 19918977 (+) False LOC103023409
XM_015608718.2 mRNA downstream 140770 20381689 ~ 20395156 (+) False skor2
XM_022681238.1 mRNA downstream 145611 20386530 ~ 20395156 (+) False skor2
XM_007260820.3 mRNA downstream 145612 20386531 ~ 20395156 (+) True skor2
XM_007260817.3 mRNA downstream 155458 20396377 ~ 20399165 (+) True ier3ip1
XM_007260818.3 mRNA downstream 162575 20403494 ~ 20407568 (+) False hdhd2
TU241070 other upstream 96653 20138822 ~ 20139564 (+) True G177950
TU241050 other upstream 142355 20089261 ~ 20093862 (+) False LOC103043854
XR_002651455.1 other upstream 460426 19750942 ~ 19775791 (+) False LOC103042206
TU240867 other upstream 513828 19720301 ~ 19722389 (+) False LOC111194983
TU240134 other upstream 1692220 18539898 ~ 18543997 (+) False LOC103024155
TU241506 other downstream 2008225 22249144 ~ 22301065 (+) False LOC103046694
TU241591 other downstream 2219473 22460392 ~ 22465702 (+) False LOC103025565
TU241593 other downstream 2219473 22460392 ~ 22465702 (+) False LOC103025565
TU241592 other downstream 2221072 22461991 ~ 22465702 (+) False LOC103025565
XR_002651461.1 other downstream 2245904 22486823 ~ 22491503 (+) False hnrnpdl

Expression Profile