RNA id: TU241422


Basic Information

Item Value
RNA id TU241422
length 6307
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 3
gene id G178202
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 21540577 ~ 21546968 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

TTGattttacttcaatttattagaaaaaaatagaaaatttaatatattacaCTACAAAAGACATTTACACAAACGAAACACACTTACAGTAAAAGGGCGTAGACAATCATCACAACACCtatttttctgtgcttttaccttcttttatactgtttttactgGAACAATTATGATCCTACTTGCAACAGATTGTGGCTTATGAGATTCAAAAACATAATGCtgagaaaatgtatatttatatttatatatatatatatattattttaccaaactaCACCTCAACACCATGCACACGGCTGCTTTAACAGGGTTTATGGATTCTGTTACAAATTATCTGTTTATCTTCTACTATTTTTGAACTTGGTTCTTGGTTTTGTGTtgatatttatcatatttattgtattcatCATATATGTGCATCAGTTGCACATGTATGCCATGGTGACTTATCATTAAATCAtcataaatattatgtaattgcGTGTGGAGTTGTATTAATTGCTTAATAGAAGAATGTTTAGCAAATAAAAGCtgcacataataaaaaaaataaaaaaataaatagaaaacccttaaaaaatgtattgtaggTGTATTCTGAgtgaatgttgtttttttaacactgtaccATATATTTCGCACTGTAAGGTcgtatgaatttaccagtcagtaaagccactccaggagtttcagtttagttctccagcagtagtAGCATTATGCGCTAACTGCGCTACGTGCTAGTTAGCTCCACATTTGaggggtgagtattatcagcctgtagcctgctgcttaccctggCTATCattgttggagcagcattagcattagtgctagtgattagccgctaatgctaatgctccagctttagtgaaaatctgtaaatctaaacttactggaaagacctgctgaattagaaggaaaacattgcaacactcCTGTGCCTTACTAGTGTAGCTTAATGCGGTGCAccctatagtgcgaaaaatatagtACTTTTCTACTGGACAGGGAAATATGGTATAATCTACAGTATGTAACCAATTAAAGCAGTAATTATGTTGCAAAAAATGCTCATTGATgtgttaaaaaacattaaaatatttgaaaaatctgttttattgtaGAATTTGAGACAATTGTGAGCTTGtatggtgtcccatgacttttcaGTCAAATCCTGCAGGGGgggctaaagaacactgcactgacatgcaGGATATGCATGTGGAGTATACTAGATTAAACATGGACAATTATAGCCAGACACCggcggtcacaatcattaccacccactgcgctcgctgtccactgtgagtggtaatgccttctatgatgtattcccaaTACACTAGGACACATGACACTGTAGCCTTGCCATGAGCggcaacctcactcacaagataacaccgcATAACATACACAGAGTATTCCAAACGTTCCCATTCTGAAGCATTTCACAAATTGGCTCGGTtgtaaacattatttaacactgaaaaacccccaaaacatattttttcctaagagagtgaagagagtgtgtgtgtgtgtgtgtgaatatatttatagaGGTAACAGAAccaataaatactgtattactgctcaattagatttttttattgtgctaTAACTTTTAATAAGAACTATGCTTTCTCATTTTAGAGAACACTGCACCAAATATACTGAAATCAAcatggaaaatataaatatgcactTTTTTTCCAGCGCTTGCCCCCTTAACTACAAAACTAATTGGTCATAACTGGTGGAGATGAAAAGAAAGCATCAAAAATATCATTTACATCTGGAAACACATTCAGCAGAAAACATCAGGACGCTCAGCAGGAGCGAGGCGTCCTCACAAAACCCGACTAAGGTGCTGATCGCAGGAAAACAATAAAGTTAGGACtgaaatttactgtaaaatagttTTACAATATCAGTGTttgctatttttattgtgttcttcaTTTCCATATAAGGTGTGAAGAACTGTGTTATGAACAATATATCTTCACCATCAGACAAGAGAAGGAAAAACATTGTATCTTAATTTTGCTCATTTTTGACTTTCTGACATGATGTGAATCTGGCtgctgttctttatattgtaaCAGAATTAACTCTcatatttcttttatatattatattaaaatgtggcgataaactaaattaaactaatggaaatgctccaaattgaccttttacattgacttctgttaaaaaaaatacatttcttccTTCTCCCACAAAGTTGATATTTTAGAGATAAAATTTTTtgtctgcaaaaaaatacatgaataaaaagtaaactaTTTGCAGTTGTCAATGCGCATATCGTCACGGATATCATGCACATATTTGTGTCTCTAAAATGGCACATTtacaacagaagaaaaaaaaactttcaatggaagttaatattttattccagggtattttggagcatttctattggtccattcattataaTCAATTTTATTTGGCCACAATGTAAACTCCCTGACCAATATTACATCAAAGAGGAAAAATTATCAGTGGAAGcaaatgcaaaaatatttaataataattttctgaagtaattttggagcatttctattggtccgttcttCGTGAAATTTTAGGTTTTTGCATGATGACCACAATGTAATGCagtaaaacaatgtaaattacCTTGTTGAATCTGATATGATGGTGGTACTGGCTTAGACATTTAGTAGCCATattattaattattaagataatttattttagtaagatggtttattttaatacatcaACCATAAAGTATTTTCAGTGTTGAGAATTAGGCCTGAGACATCATGGAAGAACTTTTGGTCCTactttataataactgtgtacttacacattaacaatccatgtaattaTAGTTCAACTACTGGTGTTCCAGCACGTATATCTGTACAGTGTGAAGCtgttttaacacagaacacaaaaCATTTGCCGCTGTGCTtataaatacagtgcttttaataGGACGTGCAGCTCAGAGTCACGTGGATGctagcagtgaacgctgcacatactgcgctcactgtgtaaacagcatggagcggCAAAGACAGCGTTTGTTTAAAGACAGCgtttggctaatatatcagattaaactgcaccttatcagcagatTAGCTTCATTAAAAAgtagtatatttgatatttgggATGTCTCCTCTGCCGTTGTGTTGTCCGTGTTGGAGCTTTTcattgaaacaaaaaataacccGTTACTGATTAAGAATTTATCGCATGCGTTATCGCTTTAACGTTAACAGCCCTAGAAATTACATAATCTGCACAcctgtaataaatctgtaaaaacaTGTACTTCGCCAGTAGTAACACCTTTGTTACATGGATCATTTATGTGTAACTatacagttattagagacacttattataaagtgggaccggacttttttgagtttttgtacttgtgttaagtacaaaaaaagttgtgtttctgacctttttattttatatttagtaaaaatatgGTTCAAAATGAGCCATATTTTCACTAAACCACCTAATGTTAAGACTCAGCATTAGATAAGATCCTAAATCAAATCCAAAAGGGTCACCCCAAGCTGATCTTCAGTCTGAGATTTAACATTCTTGGAAAGCACAGATTCAAACAAGCTACAAGctcttcattatttaaaaatactgtatgtctgAGAGCAAATATTATCAGTAATAACTGCACAAAAATGCATCCTTTTGagatttaaatgtataatatatatgctAGATAATCCTTCCGGGCAgagttaaataaatagaaatgaaTACGCATCAACGTCACCCAAGATCACCTCCAGAATTCACATATCAAGTGCTGTAGAAAGGACCAGCCGTAACCGATGAGCTACATAAAAGCACTATAAGCGTTTCTTCACCATGATGAAAGTTCTGTACACTGTATAGACCTACTAACGTTTCCCGGCGGCTAAAAGTGGATGAACCCCACATGAACATGGATGGATCTTTCTCTTTATCGGGCGTTTTATCTAACTATACACTATTTACAcgtacacttaaaaaaaaacacagatcaagCCTAATATTATGATCATGTCCTTGtttgctctgtttctctttagactgtatttttcacactataaggtgcacttaaaatccttaaattttcacaaaaatcgtcagtgcaccttatgtgtgAATTTATATGTAGTTCATATGTAGTTTTTACGtagttgtaaggagcagtaagtTTGTaagccacttcactgaagtacagcgttaaacaggagtttcagtttagttctccagcaccggggctggagcagtattagcattagctgccaaccgctatttccccgttcagaggtgagtattatcggccagtagcctgctgctaaccccgactagcactgctggagcagcacaagctttagccgctaactgcgctagctatttagctgctcagaggcgagtatatcggactgtagtctgtaacCGTATTTACCGTTACACacagtggttagccgctaatgctctagccttagtgctggagaaattagtgaatctaagcttactgtaaataaacaaaagtgctttaatcacccaggagagaaatctgtgtagattacgtGCACGGTGCATCTTGATTTAGGGCCtatcggtgtgtctttgctatcataatgacaggaaaagtatgccttgtgcgtactaattctcttaattaattatgacgtgttttgggcgtagcgtgaaataaaccaatcggcGTGTCACTTGCCTCACATTGCCTTTAAGAGGGAGGTGTGCTCTGCCTTTGGcaaattggtattttaatgacGCAGCACTTCTGCACTTCTGTGAAGTTGTGCAAGCAGGGCATTTACAagaacagcaatgatatttaattttgaattctgtttattgttggtgtaaAAATCGGTCAGGTGGTGCaaatgtgttttccattgccaagatagcaatatgccagaaattgacct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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU241284 lncRNA upstream 275593 21237139 ~ 21264984 (+) True G178105
TU241287 lncRNA upstream 582094 20931781 ~ 20958483 (+) True G178108
TU241271 lncRNA upstream 819186 20721073 ~ 20721391 (+) True G178097
TU241265 lncRNA upstream 915549 20624779 ~ 20625028 (+) True G178091
TU241262 lncRNA upstream 937788 20602451 ~ 20602789 (+) True G178088
TU241453 lncRNA downstream 152465 21699433 ~ 21699633 (+) True G178233
TU241476 lncRNA downstream 425746 21972714 ~ 21973034 (+) True G178254
TU241500 lncRNA downstream 552351 22099319 ~ 22099558 (+) True G178278
TU241502 lncRNA downstream 553072 22100040 ~ 22101283 (+) True G178280
TU241504 lncRNA downstream 555781 22102749 ~ 22103046 (+) True G178282
XM_022681245.1 mRNA upstream 171303 21326212 ~ 21369274 (+) False musk
XM_022681242.1 mRNA upstream 171303 21336677 ~ 21369274 (+) True musk
XM_022681243.1 mRNA upstream 171303 21336677 ~ 21369274 (+) False musk
XM_022681244.1 mRNA upstream 171303 21336677 ~ 21369274 (+) False musk
XM_022681246.1 mRNA upstream 171303 21336677 ~ 21369274 (+) False musk
XM_015607071.2 mRNA downstream 385363 21932331 ~ 21964708 (+) True grin3a
XM_022681248.1 mRNA downstream 580153 22127121 ~ 22315307 (+) True LOC103046694
XM_007254085.3 mRNA downstream 775752 22322720 ~ 22334543 (+) False LOC103047607
XM_015607076.2 mRNA downstream 775873 22322841 ~ 22334543 (+) False LOC103047607
XM_007254086.3 mRNA downstream 776029 22322997 ~ 22334543 (+) True LOC103047607
TU241070 other upstream 1401013 20138822 ~ 20139564 (+) True G177950
TU241050 other upstream 1446715 20089261 ~ 20093862 (+) False LOC103043854
XR_002651455.1 other upstream 1764786 19750942 ~ 19775791 (+) False LOC103042206
TU240867 other upstream 1818188 19720301 ~ 19722389 (+) False LOC111194983
TU240134 other upstream 2996580 18539898 ~ 18543997 (+) False LOC103024155
TU241506 other downstream 702176 22249144 ~ 22301065 (+) False LOC103046694
TU241591 other downstream 913424 22460392 ~ 22465702 (+) False LOC103025565
TU241593 other downstream 913424 22460392 ~ 22465702 (+) False LOC103025565
TU241592 other downstream 915023 22461991 ~ 22465702 (+) False LOC103025565
XR_002651461.1 other downstream 939855 22486823 ~ 22491503 (+) False hnrnpdl

Expression Profile