RNA id: XM_022680917.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_022680917.1
length 7798
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 7
gene id LOC103024425
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035916.1
NCBI id CM008319.1
chromosome length 36262418
location 4503118 ~ 4525930 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

CGGGCTCTCTGCCCTCCGCCgtcctccttttctctctccctctctctccctctctctctttctctcctcccaTCCCCCACTCGCTCTGAATGTCGATGTCACACCAGCGGCTCTGCTTACGAACACGAACCCGAAAAGTGCAGAGGCGAAGCGGGGAGAAAAGCATCACTTTCGCCGCAGAGCAGAGCAGCGGACTCGGCAGCCCGGACGAGGAGAGACGATTTGCACACGCTTTTCCACTCCACCTACACTAGCCCTCTCAGAACATGGCAAGTGGGCACCCCATTGACAAATTTGCTTTCTTATACCCACCTGAAAGCTCTCAGAACCTGAAGAGTAAGGGTCGAGTGTCTTCCAGTATGAATCCTGTTTACAGTCCTGTGCAGCCAGGAACCGCGTACGCGAACCCCAAGAACATGGCGTACCCAGGCTATCCTGCAGGTTATCCCACCACAGCTCCTGCATACACGCCCAACATCTACCAAACGGGCACCCCGGGATACCCACCAGGTGAAGCTCATTCGCTGACAGCATTATCAGTTCAAACACAATCTGCAGCTACACTCATATTGTGTGCTACAAGTATCATAATTCCTTTTGCTCTGTTTCCCTTTATCTTTATAGGATATACAACAGGAGCTCCCTACAAGGTGCCCCCAACACAAAGCAATGGAGCCCCTCCTCCTTACTCAGCATCCCCTAACCCCTACTCTACGGCCATGTACCCCATCAGAAGTGCCTACCCTCAACAGAACCTCTATGCTCAGggTGCTTACTACTCACAGCCGATGTTCGCGCAGCCGCATGTAATCCATCACACCACGGTGGTGCAGCCCAACAGCCTGCCATCAGCCATTTACCCAGCCCCAGTGCCCGCGGCCCGGCCCAACAGCGTGGCCATGGGCATGCTCGCCGGCTCCACTATGGCCATGTCTGCAGgGCCTCTGCTGACCACGCCTCAGCACACACAGCACATCGGCGCTCACCCGGTTACTGTGCCAACGTACAGGCAGCAAGGAACCCCCGGGTACAGCTATGTGCCTCCGCACTGGTAGAACAGCCAGTTCACTGCATATCTGGAGTCCAGCATAGTTCACAGTTTGAGTCTTACGTGGGTGCAGCAGTCCGCACTGGGGCACCAAGTCCTTCTGCAAGTACAAATACTGAAAGAGCAATGGTCACTTTATGTGTTCTTGGTGATTTCGTTAAAGCTGCTCACTcagtttgtttggtttttagTGTTATCAATATTAAATAGAATCTCTGACCAACATCTACCAGCAGTTtataagaattaaaaataaaagactctCCACAACTACACTGACCAGCAGCGACTGTTCTGCTGCTGTTAACACTGGTTCCTGTAAAACACTAGTACATTTTCTAACGGTCAGAatgtacacattttattattcaaGCTGCCATTTCGTATTTTAACGGTTACATTTGAGCAATTTATGCGTTATTTTGCTGTTTCATTTTCACTCTGCTTTGAGAAAAGTCTGTACTTTTTGTTTCTCctgctttttaaatataatttgcttttaaaaaagGGTCAGAGTACTCTGTCATGAAGactcatcaatcatcatcagcatcatcttGATCAGCAGACCAGATCAGCAATTTTATCAGCTTTATTAGAACCAGACTGTGTAGTGGGCATTTCGGTGGTTTAAGCAGCTTCATGTGACCAAATAGTGACATTTAATCCATACTGTAAAAGCGAGCAGAAGAACTGATGTAGTTGGTTTCATGGAAACAATAGAAACATGCAATCGTGCActgggggcggggcttagaggAGGCTGAAATGAAACTTTGACCAGTGTCGTGTTTACTCACACTATACCACCTTCATGTAAAGTTGTTCAAATGGGAAGCAAGGCGTAGCAAAGTACTGGAAGTTTAAAAAGTTAGACTTACAACAtggtttaaaatgtacaaaacagATTTCCAAACAAATTTAGTCGAAATATTAGTCTAGGCTTTATTTTGTGAGACATGCAGATCAAACCTTTAGTCTTTAGGCAGATTTATGCTTCTGTGTGGAGTTTTGTGAGCATTTCTATTTGTGCATTGATGTATCTGCATTGCTCTGCAATTACACCACCAAAGCAGTAGTTGGCGACAGAGTTTCTGTGGGTAAACAGCAATGCATGAATATGATGCTTAGCAGACCACCGCAGGGAAAGTGCACATCAGGCTAGGGTTAAAGGGTGCACAACTGCATGTAGGGTATGCTGTAGATTCAACGCAGAAGCATAAATTGCCTTATACTCACTGTAATTTGCTTTATAGAATAGTGTGCTTATTTCACAGTTATGCGTCTGAGATAAGAGGATGAATTAAGGACGTTCGACTTCTGATTTAGACACAGTTTTctatttaagccatttttacCATAATACACTACATTTTAACTCCTTAAACCAGGAATTCGGGACACTCATACATCTGCTTAAAACTTAGATCAAGCATTACTTTCaacactctttctcttttttttttttttactaaatatgaTGGTCCTAATGCTGTGCTGTTCTAATTTAAGACCATCTATACTCTCAGTTTCTCACCTCTGCTTTACCTGAGGTTTAAGGTCTGAATGTGGGCCCACCCTTCTGTGTATCACTCTCCAGTATCACTACATACTGAACAATTAGTTGTAGTTACTTGGGgtgtaaatctttttttaaaaacaataattaagtctgaagaagtaaaaaaaaaatacagattagaTCATGGAATGACCAAATGTAAAGATCAGGTTTGTTTTGCAAAGTAGTACAATATAGATAATAAAACAATGCAccaacctttttttatttgtttatttgtttagtttttttccatatttagcCCTAAATTTTTATTCTGGCCCACAAAAATACAGCATGTTATAATTACATTCCATAAACCATGCAGTTGAATTGAGACCTTCACTATAGTGATGAATGAGAATTTTTTATGCTGCTTAGCTCATCTAGACACCATAGCAGCCCTCGCCCCCCCCCATCTCCATCAGACAACCTACTGACAGTGGTGGTGAGTCTCTTTGGCCTATGACTAGTTAGTTACCCAAGCTCAGTTCCACCTAATGAGCCGTCACCAAGCAGctgagcgtgagagagagagagaataaacactgcAGAGTaatgctcactctctcattccACACGTACTAGCTTTCTAAAAAGGTAGAGCACATCAGAAGAACGCAGGAGGATGTGAGAACTGTTGTAGGCTAGGAATTAGAGGCTTGTGTTTTTAATGCGAGAAACAACATTCTTCAAAGACTATCATAACGGaagtatataataaaatttGGTAAGGAATATTGCACTCTTTAAAGGAATAATCTATGCTTGTAGTTGGTAcagaacataaataataatctaTTAAGGAATTCATTTATTGTACATTACAATTGTGGTACTTCTAGTCTTCCagggagaaaaataataatacaaaaaaaaaacactgaagagATTCATGCAAAATACTATAATATGTCATTGCAATATTCTTCCATATTTTAAccactttattaagaaaaattaACGTGATTTCcgtctgtgttttattaaatataaagtaacgAAGAATTCGCAGGCTGCATTTCGAATGACCGTGGTCCTGCTAGTGTAGAAtcgtgtgtgtttgtttagggAAGGCTTGTGCAGTGTGTCGGTCTGTGTGTGCATCCTCTATATTCCGTTAATCGTTGCTTTCATGCAGTTTACGCACCGAATGACATCGGACATAAAAAACACGAAAGGAGGACATTGTTAGAGTCGGGCTTTAAACTTCACAGACACACGTAGAACTTActgttgtttgttttcataACCAGCGAATCAGCTTTGAGTTCagcttagaaaaaaataaaaaaataaatatattttagggtTCTTCAGAAAAGTCAGGGGTTCTATGTAGTCTTTATAAACTGGCCAGGTCACATGGATCTTTatatacaagtaaaaaaaaactcttgaagATGTTCTGTATAGAACCTTTTTGTGCTGAGAGTGCAGACCTTTATTATCTGATTTCTGCTTCACTGTAATCTGAGATCACACTACAGTTCTTCTCAAATGTTTGGACTCACCAAGTCATAAAACTATTTTAGCTATTTCCTGCAGGAATGCATTAAAGAGGTGGAATTTCGTAAGGgaccaaaaaatatgtttttaattattgtagATTCTTCAAATTCACCATTTCTTTCTCTTGATTCGTTTTAATGTTTCCTTAAAGAGACTTTACATTTAAAGTCAATTCAATAGCATGTAGATTCCTCACTACACCTGTTAAATACATGCGTATTCTTTTACTATAGTGATTCCACCTTCATATTTCCTGATTTAAAGACTAGAAAAAACCCTTCATTAAGGTTGGAGGAGCTTATATAATTGTATAAAGGGGGTATTTAACAGATAGGCTGGTGTAAAGCTTATTAAACTCTAGTTTAAGTCCAAAACACAAcaggtttgtccaaactttgaccaagtactgtaaaatatacatcACTATACATGTTCAAGCTGATCTATTGATGGCTGTTTAATTTCTGCAGTTCATATTGGTCTCCATTTGTTCTATTAATGCTCGGCCTAGTTCCTGTTTTAGACAAACTCACACTAATTGTCCTCAGTGGACAAATGTTgtgtcttttcttcttctttgttttttgtttttttttgccaaatgatCAAAGCTATGCACTGGTTGAATGTTTCTGTCACCAACCGAACTGAAACAGCAGTAGGACCATGTGTTTTGAAGCAAAGATTCACTGAAAAatgacactatttttttttactgtaaacataGTCTAAAAATAGGCATCTTTAATCATGCAGTGGAGCTACACGGCTAATGTTAAGTCAGTACAAATTGGAATTATACGTAAATTGATGTATAATTGAGTATTTCTGGAAATTTAGATAACGGGTCAATATTTTCTCATTAAAACCAACTGCTTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU234591 lncRNA upstream 12367 4452869 ~ 4490753 (+) True G173278
TU234581 lncRNA upstream 26470 4402036 ~ 4476650 (+) False G173270
TU234593 lncRNA upstream 36169 4463430 ~ 4466951 (+) True G173279
TU234579 lncRNA upstream 86908 4402036 ~ 4416212 (+) True G173270
TU234612 lncRNA downstream 42138 4568068 ~ 4571221 (+) True G173292
TU234747 lncRNA downstream 166915 4692845 ~ 4693060 (+) True G173380
TU234750 lncRNA downstream 184181 4710111 ~ 4711181 (+) True G173383
TU234757 lncRNA downstream 186131 4712061 ~ 4775385 (+) True G173386
TU234783 lncRNA downstream 229213 4755143 ~ 4757691 (+) True G173401
XM_007244776.3 mRNA upstream 15240 4469092 ~ 4487880 (+) True rab6a
XM_007244775.3 mRNA upstream 15240 4469093 ~ 4487880 (+) False rab6a
XM_007244773.3 mRNA upstream 15240 4469096 ~ 4487880 (+) False rab6a
XM_007244774.3 mRNA upstream 15240 4469096 ~ 4487880 (+) False rab6a
XM_007244781.3 mRNA upstream 45555 4452254 ~ 4457565 (+) True ucp2
XM_007244768.3 mRNA downstream 1641 4527571 ~ 4562681 (+) True LOC103024108
XM_022681519.1 mRNA downstream 311816 4837746 ~ 4903631 (+) True ptbp3
XM_022680930.1 mRNA downstream 486037 5011967 ~ 5026274 (+) True ak3
XM_022680931.1 mRNA downstream 516607 5042537 ~ 5135658 (+) False exd3
XM_022680932.1 mRNA downstream 517384 5043314 ~ 5135658 (+) True exd3
TU234387 other upstream 571129 3908942 ~ 3931991 (+) True G173111
TU234364 other upstream 759915 3740302 ~ 3743205 (+) True G173094
TU234126 other upstream 1777050 2718609 ~ 2726070 (+) False LOC103031931
TU233936 other upstream 2505758 1994708 ~ 1997362 (+) True G172770
TU233877 other upstream 2647366 1853282 ~ 1855754 (+) True G172725
TU234776 other downstream 217639 4743569 ~ 4744249 (+) True G173397
TU234820 other downstream 274699 4800629 ~ 4867919 (+) False ptbp3
TU234823 other downstream 274699 4800629 ~ 4869176 (+) False ptbp3
TU234827 other downstream 310784 4836714 ~ 4903645 (+) False ptbp3
TU234946 other downstream 657561 5183491 ~ 5183777 (+) True G173501