RNA id: TU409159


Basic Information

Item Value
RNA id TU409159
length 7027
lncRNA type sense_over
GC content 0.39
exon number 2
gene id LOC103041102
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_019172828.1
NCBI id APWO02000046.1
chromosome length 5964967
location 4253016 ~ 4299447 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

aaaaaatcgcgaATGGCTTAGGTCTTAAAACCTGACTCACAAACCCAGTTCACGGCGCTGGTCTGATCTTCATCCATCACTTACAGaagaaaaaactaataaaaatctCATCTCTACCTCTCCTCCCTCTTGCTGAGGCTTTCAACAATCAGCGTGACGGCCTCTTCAGTTCCAGGTACTGAAACAGACCCAGCGGGACAGGATCTGAGCACCGTCCGAGTCTGTGAGCGTTggaaattgaaagtgaaaaaaaaagtgaaaatattaCAGCTCAAGCCTCCATGTGAATCTACTGTGTCTACTGTCTTCACGCACCGcaggcgctctctctctctctctctctctctctctctgtctctcatcaTTCTCCGTGTCTTCAAATTCTTCACTTTAGCATTTAGCGGGGTTGTGGTGTAAAGCTGTGAATGAGAAGCATCCTGCAGGTGCCTTCTCCAATGCTACCAGGTGCTGCTCATTTCACCGTGGATATAACGGATATAACAGCCTCCAACAAGTGGCAGCATTGTGCTGGTTTCACCTGTGTGGATCTGTTAATCCAAGATTGTGGTCTTTAATCGGAGTGGAAGTGAGACGAGGGAGACAGAAGCTTGGTTTAGGTTAGTGTTTTTAGGACATTATTTTAGATCAGATCACCCCAATGAAGTTGATTAGTCAGAGTGGTGGATCTCCCAAATGTGGTGAATCAGATCAGAATCAGGTTAACCCAAATGTTGCTAAACAAATCAACAAATTGTGGCAGATTGGGCAATCCCATTTTAGTTAATCTTATTAGCCCATTGTGGCAGATTGGATAAACCCATTGCGGTAGATTGGATCAACTCATTGTGATAAATCAGATTGACCAATTGTGGCAAATTGGGTCATCACATTGTGGTAGTACTTCTGATTATTCTATTGTGGTGGATCGGATCAGCCCATTGTGGCAGATTGGATTGGCTCCTTGTGGTGGATCAGATTAGCCCATTTTTGTAGACCAGATTAGCCCATTGCAGTGGATTGGATCAGCCCATTGTGGTGGATTGGATTAACCCACTAAGGTGGATTTGATCAGCCCATTATAGTAGATCAGATTAGCTCATTGTGGCAGATCAGATCAGGTCTTTGTGGTAGATTGGATCAGCCCATTGTGGGAGATCGAATCTGCTGATGGAGGCAGATTGGGTCAGCCCATTGTGGCAGATCAGATCAGCCATTTGTTAAAGGTTCGATCAGCCCATTGTGGCACATTGGATCAGCCCATTGTAGTATATCAGATTTGTCTATTATGGTGCATTAGCCAATTATGGCAGATCAGATCAGCCCATTGTAGTATATCAGATTTGTCTATTATGGTGGATTAGCCCATTGTGGCAGATCAGATTAGCCCATTGTGATGGATAGGAtcaaaaaattgtagtacatcGGATTAGCCCATTGTGGTGGATTGGATCAACCCATTGTAACTTATCGAATCAGCCCATTTTGGTGGATCAGATTAGTATATTGTGGTGGATCAGCCCATTGTTAAAGATTGAACCAGCACATTGTGGTAGATCAGATTAGCCAATTATGGCACATTTGGTCATGAATGAATCGGACCAGCCCATTGTAGTAGATCAGATTTGTCTATTGTGGTGAATCAGCCTATTGAAGCTAATTGGATTAACCCATTGTGGCTGATCAGATCTACCCAGAAAGGCATATTAACAGCAGTTGTTCTGGATCGGCCCATTGTGGTGGATTGACTGGTTTCTATCACATCCAAAAGGTGCTAATTGATTCCTAGTttagcaacaaaacaaaactagcTTACTTTAACCCACTACTCCTGagattctacaaaaaaaaatcctctgaaAGCTTCTGTCTCCCTCTGCTCTTCTTCTTCCACACCGTGCTCCTCCAACACCCGcgacacttattttatttaatttttttgtcgtTCTTGTTTTCATAAGATCACTGAGGTGGCCTCAGAATGTgtcattgttttaaatgtaaggaaCAGAACTTTAGTTTGGGATAAACAGCTATGATTGGTCCTCCGCGGTGCTTCTGTCTCACCAGCCGGCCGGCGCATCCGAACGGCACGTCGCTCACGGAACTTGAGCCTGGAGTGCACAAACGCAGGCTGCGTCTGTCCTTTAATCCGAATGTATTGTGTACGGAAGCACAGATAATCGGTAGTATTTCCGTGTGTATATGCTGATACCCTCATTTTAGCGTATGTTGTTACACTTAAGCATGAACAACACCGGCTGCTGTGACTCATAAAAACTCTACACCTTCAGCAGCTTGGCTGTGAAATTGTTGCTGTGTTTGCAGGTTGCATGATGTTTAAATACTAATGGTACTAAAGGCAAACTGCACACATCCTCAAAAATATAACCCCTTCCTGTCCCCCTCTaccaaagtatatatatatgtatgatatataatatatataagatTCATTTGGCTTCAAATATTGATCCCtatgttaataattattttaaaaactttaagaatCTGCGATGATTATGATTCGCAGGTACTTTAACACACTAACACGTCCCTACTACTGTTCAGCCTGTCGGACTGAATCTGGGCAAGACTCTGGATTTGTTGCTGGACCCGAGCCAAATGTGGCACTTTTTGCCATTCCTGTGAATTTGGTACAGAGAATTACACACAATTGAGTGCCTACACTCAACTCATTATGTAACGAATATACAATATGTGGCATTACAATATTGAACTGATTTTCTTTCACCTACTCGTAAAAAAggttgctctttctctctctctctctcttttattttttcaatttttttttcctgccaaGTCGGCCTATAAGCATTAAGAGTCGACCCACATTGGAGCCAGTATTTTTGTCTCAGAAACCAGGTAGAGCTcctgaaaaaaactgaatgtTTGTTAGTCttgccttttccttttttttttattgttttttgttttaatagtaTTTATGTCCAAAACGTATAGTGTGTGgttacacagcaaaaacatacagctctggaaaaatctaaaacatctggaatataatcaagaggaagatggatgatcacaagtcatcaaaccaccaaactgctTGCCTCAGGAGTAAAGgaataaagttataaaaagcagtgtgtaagactggtggaggagaacatgatgccaagatgcatgaaaactgtgattaaaaaaacaggattattccaccaaatattgatttctgaactcttaaatctttataaatatgaacttgttttctttgcattatttgaggtctgaaagctctgcatctcctttggttatttcagccatttctcattttctgcaaataaatgctctaaattacaatatttttatttggaatttgggagaaatgttgtctgtagtttatagaataaaacaacaatgttcattttactcaaacataaacctataaatagctaaatcagagaaactgattcagaaactgaagtgctctcttatttttttttcagagctgtatatcttagcaagtgaaatcctTTTAAATGTAGTCTAAATATctaatcattttcattttaagattattaaaataatattatatgagTTATTCGCTTATTCCTAACTTCCTTGTACTTGATCTACTAATCTACTAAAAGTGTCTTATTGTATTGGGTGATACTTTTGCTTAAATCAGCAAATAActaacaattttgtgttttcatcaagaaataatgtttaaaacaagcagaaatatGTGCCAAAggtatatataccatatttttcgcattataaggcacactggattataaggagaattatttttaaactaaaatgagCGCTGCATTTaaacctacacagatttctctcatgaaaACTTTTGTTtatccagatttccactaaggttagccagacagcgctacacagtaagccagggagatattagctagcggtttgtcccaagtagcttgttttaacacgatatacgggaaggctacagtccaatacactcacctctgaacagcgaaagcgctaactagcgcttagctgggttagcgggtaatgctaatgctgctccagcagtgctagcccaGGTTAACAgcaagctacagtccgatatactcccctctgaatgactaaagagctaactagtgctgttagctggtaatgctaatgctgctccagcagtgttagcctgggttagcagcaggctacagtctaataatactcacctccgaacggccaaagagctagcacttagcactgttagcagctaatgctaatactgctggagaactaaactatgAGGCTGtatctcagtgtgtgtgagtggctttactgcttcttacaaactgactggtaaaattcatacataatgtgcactggattataaggcgtactgatgatttttaggaaaaagataaaaataaattacattttatgtgtgccttatagtgcaaaaaatacggtacacctCGAGTAGACTaagtgacttaaaaaaaaaaaaggaaaaataagttAGAAGTACGTTGAATGTTCTTATAAAAAGTCTGACAtgagtgcaaaaaatacaaaatgcagatatttGAACTAGATTTAAAAGGATtgtatttttggtaaaatttcagtttttgcagtgtagaaatgaaggcagtctggatagtgctgcattccatttacctcagaagtcaGGAGTCGGATGTTGGAGTTTGGAGCTTTGCGTCAAAGCTGAGTTGAGGCTGTTTCAATTAAACATTTGAGATCAATTTAAACACTATTTCAATTCCACTTTAGGAAAAACATTAATCTAAAGACTAAAGAATGTAGAAGTGCTGTAGGGTTCGTGCTGCAGATAAaactactaaactaaaactagctttttttaacagtgtattaTTTGCTTCTACAGCTTTGTTCCAGTAATTTAACCAATCATAtgcttaaattaatgttttacgTTCCATATAACTAGTTTTGAtctgatttctagaacaaaatgttgATAATAGGATGGAAATTGTTAC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU409152 lncRNA upstream 16534 4215295 ~ 4275823 (+) True G297497
TU409006 lncRNA upstream 125795 4127521 ~ 4166562 (+) True G297405
TU409019 lncRNA upstream 201057 4090911 ~ 4091300 (+) True G297407
TU408998 lncRNA upstream 266997 4025049 ~ 4025360 (+) True G297398
TU408988 lncRNA upstream 268726 4021560 ~ 4023631 (+) True G297392
TU409188 lncRNA downstream 53206 4352653 ~ 4355964 (+) True G297516
TU409209 lncRNA downstream 118529 4417976 ~ 4418769 (+) True G297529
TU409211 lncRNA downstream 131886 4431333 ~ 4435857 (+) True G297530
TU409212 lncRNA downstream 136619 4436066 ~ 4436423 (+) True G297531
XR_002649320.1 lncRNA downstream 140897 4440344 ~ 4443094 (+) True LOC111191027
XM_007238231.3 mRNA upstream 132895 4080149 ~ 4159462 (+) False LOC103038737
XM_007238229.3 mRNA upstream 132895 4080149 ~ 4159462 (+) False LOC103038737
XM_007238232.3 mRNA upstream 132895 4122520 ~ 4159462 (+) True LOC103038737
XM_022664970.1 mRNA upstream 466717 3776523 ~ 3825640 (+) True LOC103046751
XM_022664969.1 mRNA upstream 525870 3717090 ~ 3766487 (+) False LOC103025262
XM_022665057.1 mRNA downstream 23664 4323111 ~ 4346597 (+) True cnn1
XM_022665078.1 mRNA downstream 57540 4356987 ~ 4363604 (+) True tmem205
XM_022665106.1 mRNA downstream 68271 4367718 ~ 4392866 (+) True LOC103038197
XM_022665104.1 mRNA downstream 77663 4377110 ~ 4392866 (+) False LOC103038197
XM_022665107.1 mRNA downstream 102193 4401640 ~ 4414691 (+) True epor
TU408827 other upstream 732906 3550344 ~ 3559451 (+) False LOC103030733
XR_002649344.1 other upstream 1614080 2674748 ~ 2678277 (+) True LOC111191061
TU408143 other upstream 2930422 1359112 ~ 1361935 (+) True G296790
TU407986 other upstream 3091569 1191763 ~ 1200788 (+) True G296679
TU407749 other upstream 4251466 36851 ~ 40891 (+) False LOC103026352
XR_002649326.1 other downstream 120550 4419997 ~ 4434071 (+) False znf653
TU409249 other downstream 351196 4650643 ~ 4675519 (+) False LOC111191039
XR_002649334.1 other downstream 1403107 5702554 ~ 5711874 (+) True LOC103033323

Expression Profile