RNA id: XM_022665558.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_022665558.1
length 5753
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 1
gene id cunh5orf30
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_019172836.1
NCBI id APWO02000054.1
chromosome length 895725
location 366947 ~ 372699 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

ATATCCATTTTGCCTGCTGCTGAGGTCAAAGCTACTCTGAAGCCCGAGGCAGATAAGCCGCGCTGCTCCAGCACCCCATGCTCGCCTATCAAAAGTACTGTTTCGGGATACCAAATCCTCCACATGAACTCTAACTACCTGGTGGGATTTACCACCGGCGAGGAGCTCCTTAAACTGGCCCACAAGTGGTCCGGTCCTGAGAAGAGCAACACAGAGGCCTTGCCCAGTCCTGTAAAGAAGCCTGTGGATCTGGGCCTGCACCGCGCCTCGCGTATTTACAAAGCCAAAAGCCGCTTCTATCAGCCCTACGACATCCCGGCCGTCAACGGGCGCAGGAGGAGGCGCATGCCCAGCTCCAGCGAATCCTGCTTCAGGTCCCTGGCAGCCAGCGAGCCCAGCAAGGCTCTGCACGGGCCTCTGCCCCTCTGCCTGCTCAAGGGCAAGCGGGCACACTCCAAGTCCCTGGACTACCTCAACCTGGACAAGATGAGCCTCAGGGAGCCGGCGGACACTGAGGTGCTGCAgtaccagctccagcaccttacCTTGCGGGGAGAGCGCATGTTCAACAGGAACAAAACATGAGCGGAGGGCCGCCATCGCGGACTGATCGCATCCACAGCCAGACCACCCTCTCCACCACAGGAGGGGAGTTTGGCTGCTGATTTGCTGTTTCTGGGCCTTGCGTTTCTCCACTCAGTTCATAGGCAGTTCCTGTAGTAAGGCACCCATAGACCACTAATCTTAATTTAAGAACTGTTAATCAGAAGGTATGGATGAGGCATTGTCAGTCAGGCCCGCCGACTAATTTAATCGTTAACCTGtgaacaagaaaaaagaaaagaaaaacaaaaaaaaaattgttttgatagtgtgtgtatgtatgtgtgtgtgtgtgtgcgtgtgtgtgtgcgtgtgggcACATTTGTGCAGAAGTATGTTTGAGTGTATGtgaatgtatgtgtatgtgtatgtcaGATGTCAGGAGGATACGTTTGATAAACGTGAGGGTTGAGGTCATTCAGGATTAGCAATAAATGACTTTTGGCTTAATAATTGCTACTACTGTATGTGCGTGTACGCCTGTGCTATAAGGTGTTATATACCTTTGTGTGGAAAAGCCTCTTTTGCAGAAACGTAAGTATGTATGTAAGCTCTGCACTGGATCGCACTGTTAGTACATCTggatatgtatatttattgtttttgtattttatttgattttgtttaTATCATTCATTTTGTCCTGGTTAGTTCACTGTGTTGTTCTCCGTTCTCCTCTAATGTTATGTTAGCGTATTCGCAACTATAGCATCTTCTCAAATGTGTCATCAGGTGAGCTCACCTTCACCTTCGCTCCTGCTTTtgcctccgtctggcaggaatCTTCATGTAAAACTCTGACTTGTTACACAATCTGTGGGTTATTTAAGACAGCGCTGTGAGAGGCTTTGAGCTGGAGAGGCTTATCTTCAGAGAACCTGAGCTAAGATTAGAGCCTCATATACACACTGTTAATCCTCCCTTTCCATTTTttcaccccccacacacaccccgTGCCCCCATACACCGCAGGACGCCGCTCGGATTACTCTagtcctgtttttttcttttccagatTGAGTAATCCTTCCTGTTGGGAATCGCTTTCATGATAACGTGAAGGATCTACATGGGTATACAGCGCTGATATGATGCTGGTCCATGTTTACACACATCATTATATCAGATATGAATATGATCctgctttctttattttgttgttggtgTTTATTTCTCATCTTGGTGCACAGTATTGCTACTGAAACAAACCAAAGGATAAACTTACTTTGGGTGTCCTGGGGAAAACTTGATTGCTAatgtgattttcttttcttttttttttcttttttgtggaaCACCTGACAATCATATCCAGATTTTCTACCCAATAAGCCAAACAGCTGGAAACGTCAGCTGGTTCACATCGCTCATATTCTGCTGCCGGCCAggcatgttttttcttttatttgttttctaaatataaaacatttgtaaTATGTCTTACTATTTAAAGCTATAATTAGTGTACTATTTATTGTCTACTAGTACCATTGACatcatcactactactactactactactactactactactactactactactactacttctattaCCACTACCAGTAAATAGTGTGGACCTGATACAGTGGTTTGAAAAGCATGCAACGGATTTGTTTTTAAAGACCATCTTTAAGATTTAGGCTAGTGCATTTGTATTTACCtgtgttttttatggttttatggtCAAATAATACACTATCCTGAATGTcgtaatgtttaatgtttattttttaagtccCCATATCTGCACCCTAATCTGATTGcccattatatttaatttgatcttttttattattatttctttctatgtttaatataaattaggatttcatatattttttttcttactcaaATAATGGAAGTATGTTTGGTTTGATGTGGAATTGTACACAAAAGGCTCTTTTTTGTGGGTTGTTTGCTGGAAAGCTACAAATTACAGTGAATGCTTTGTTGGaagttttatttaaagcagGTTTTGTGGTAGGATTGAGTGTAATTGGGTGTAATGTCGGGTAACATCCTCATTGTACCTTTTGGGGGTGTAAAGGTACGCAAAAGTCTATGGTACGATTTGGGTTTGGATGTCGTTcttggtgtggcacagtggataacactacCCTCTGCATGtgggggttcaattcctgggtttgggtggggagggggggggggacttTTGCATTTTGAATAGACATTTGTGCAAGTCGTTTTTCCGTCCATCTGTCCTTCTATTAGATTTTTTCAGCAGTAAAGTGTAATTATTAGCATGTCTGATATGTTAgaatactcacacacacagacaaatgcAGACACACCGTCCTCATCCAATCCACTATGATTTCATGAGTTGGAATAAGCTGTTAAACAAGCATTTCTCAGATATTCTGGCTTTTACGTTCAATCATTTCAAGCATAAAGGTGAGAAcagtgagagataaagaataaatagaTATAAACAACTTTTGTTTCTACATGAGGAGTGGGAGGGGTTAGGGGGGtacaaacaagactacagttTTCACAGTATCATAGCGCACTACAATCCCCTCAATAGTGTGCAAATCCAACAACATCTTACAGCTTAATGCTACATTCTGTTTAGTCGGATATCTAAGCTGGGAATGATGCCACACCCGAGCTGACTGTGTTCCAGTTAAACATAATGATTATTGTACATTCattgtacataaatataaaaaaaaaaacaacaacagttgAGTTCAGTTGGTTTGACAGTTCTTTATCAGTGTTTAATGGCAAATCTAACCAAAATATTTCCAACTTTTTATGTTGCAGCATTGTACCAGGTTAGCATTATTAGTGTCGCCAGTTAaccagattataatgcattataggGAATCAAGCAAAACACTATGGAATCATCCACTGGTAGACGGACAGTAATCAGTAATACTAAACTGCATAAATGTAATGCTAAACATTACTACTATTCATGTTACTATTGGTGAGGGTTAGCTCTCCTGACTTTCTGAGTAGGAAATCCATCATGTTTGGTTGTTTTAGTTTACGATTCCTACTTAAAACGAATAAATTCTGACATGTGGGTTTTAATAGAATACAGCATTAACCTGTAAGTGTGTGCTGTGTACAGTACATGACCCCGTACTGTAATTCATACATGTACCATGACGACTATGCGTACCGTTACACTCCTGGCACCTTTTAATATTAAGGTTAATTAataactgtttactgtttagatGATATGCACtagactttattattttttctttatttattttttgttttgttttgtttttttgttcattgaTAAGCGAATATTTACTACGAATGCTGAGAAGAGCACCTTAGACTTAGACATCAGTGATATATATTGGTGGGATTTCCTCTCGTCCTGACTGAACTGCATATTGATCCTACgtgttgcttttcttttttctttttgcctaTTTGTTTACATATTGAGTGTTTTACTTTAAGGCTGGAATACTGTTGTGTGATTGGTTGTGTGTTTGAttcttttgatgttttttggacTGATTTTGATTTGTATTGTGCCAGATTTATTATTGCTGTGAACATAAATGGATAAAGGCTGCAGCTCTTGGCTGCTGATCTGAGCTCTGCTATGTACCGTTTATCTTAAAATAAGGGAATAATAGGAAGCTGTGTGATTTCTGTGACTCAGGACTGAGCCGGACTGTTTCTCAAGTCGTTTCTCAGCACAGTAACACTACAGCCCTGTACTGCTTATAGTTCTAAAACGGTTCCTGCTGActgattttctatattttaccTGTCGAGGTGTCCCAATAACTATAATTAGAACTCGGAGACCATAAACACATCTGATTTATTTGATAGGATCAGCTTGTAGGATTAAAATCTTGACCATGGCATTATCATACTTTAAGAGCTGAACTGGAAACTTCTGgaacacatttttattgttcttgCATCACCAAGTAAAAAAATCTGCTGTaatgtgtgaatgtgattttaaaAGCTGATACAAAACCCCTGTTTACAACTGATCACTTAATCCTccttgagtatcaggattaaATCTGAATAAGTAAAAGCCACATgaaaatgcaagtgtaaaccCACCGAATACACATGTAAATATGATTGATTGATATCTCTCTCAAACAaattcaggaggtggtctgagatggTGGTTTTTGAGCCACATGTTGAAGCAGTGTAAACACAGCACTTTCCATCTCCAATGAACATGCaaggacaaataaaaaaaaacagtaaacttTGGCATATTATGagcaattttaaatattttttttttttcgaaaaacaaactaaataaatggaGATTTATTGACTACCAAATAGCTACAATCAAATTAGGACACAATCCagatattactcaaataatgtaaCCAGGTGTAAACTGATCACTTCGTCGTTGCTAAGTATCAGAATTATATCTGGATAAGTCCAATAAAAATGCCATATGtaaatgcaagtgtaaacacacataaatctacatttaaaacagatacaaatcagaTGCATTTGAGCCACTGGTTATACCAGTGTAAACCCATATAGGTTTAATAACtgaaaaatctttaataattgTTAGACAATTAACAGACAGTGAACAGATTAGCATTTTCCGTCCCTCACAAGTAATGCATTTCACTTGGACTCTGGATACAATCCAGACTCTATTggcatgaagtgaccaggtgtaaacacacttaatacacatttaattaaCAGATACACATCAGACCCATTTGAGCCATGTTATAACAATGTAAACACAAGTACTAATCAGAGACACATTCAACTAGCAAGTGTATGTGTCTAACAAATTCATGTGGCTAAAATCTGATCAGAATACAATCCAGATTCTACTCCCATTAattgaccaggtgtaaacatgGTCCTAAAGACATAAGGAGCCCTTACAGGTCACAGTGCCTCTACATACAGTCACTGCACAGTGTATCTCAGCCTTCTCTGCCATtcagcacatttatttatttaggatattcaCAACCTCTTACAGCCAGCGCTGTGCTTCATAACTCTGGTGTTCTGTAACCCGACTGCTTCTCGTGTGTCTGTGCCCTGCAATGCTTTTGTATGTCCTGAGTTGAACCTTACACTcaacattattaaaacactACACTGGA

Function

GO:

id name namespace
GO:0015031 protein transport biological_process
GO:0070121 Kupffer's vesicle development biological_process
GO:0060271 cilium assembly biological_process
GO:0035869 ciliary transition zone cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU417687 lncRNA upstream 3522 361945 ~ 363425 (+) True G303305
TU417572 lncRNA upstream 274327 90240 ~ 92620 (+) True G303228
TU417568 lncRNA upstream 279069 85897 ~ 87878 (+) True G303226
TU417562 lncRNA upstream 305634 59902 ~ 61313 (+) True G303221
TU417557 lncRNA upstream 315907 30569 ~ 51040 (+) True G303218
TU417748 lncRNA downstream 67723 440422 ~ 442217 (+) False G303340
TU417744 lncRNA downstream 70489 443188 ~ 446559 (+) True G303340
TU417753 lncRNA downstream 71160 443859 ~ 445869 (+) True G303341
XR_002649407.1 lncRNA downstream 178671 551370 ~ 567446 (+) True LOC111191252
TU417857 lncRNA downstream 419653 792352 ~ 795312 (+) True G303418
XM_022665566.1 mRNA upstream 7163 315982 ~ 359784 (+) False ppip5k2
XM_022665567.1 mRNA upstream 7163 315982 ~ 359784 (+) True ppip5k2
XM_007255307.3 mRNA upstream 7163 315982 ~ 359784 (+) False ppip5k2
XM_007255312.3 mRNA upstream 7163 315983 ~ 359784 (+) False ppip5k2
XM_007255308.3 mRNA upstream 7163 315983 ~ 359784 (+) False ppip5k2
XM_022665573.1 mRNA downstream 9356 382055 ~ 383879 (+) True LOC103024265
XM_007255319.3 mRNA downstream 12804 385503 ~ 389270 (+) True LOC103024567
XM_007255323.3 mRNA downstream 23260 395959 ~ 398846 (+) True LOC103025635
XM_022665565.1 mRNA downstream 29768 402467 ~ 404751 (+) True LOC103031748
XM_022665569.1 mRNA downstream 59888 432587 ~ 548171 (+) True syk
TU417689 other downstream 6050 378749 ~ 383873 (+) False G303307
XR_002649404.1 other downstream 433410 806109 ~ 806364 (+) False LOC111191247
trnar-ccu_63 other downstream 520766 893465 ~ 893537 (+) True trnar-ccu_63
trnam-cau_91 other downstream 521061 893760 ~ 893831 (+) True trnam-cau_91
trnam-cau_92 other downstream 521263 893962 ~ 894033 (+) True trnam-cau_92

Expression Profile