RNA id: TU422528


Basic Information

Item Value
RNA id TU422528
length 3107
lncRNA type read_through
GC content 0.39
exon number 2
gene id G306834
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NW_019172846.1
NCBI id APWO02000057.1
chromosome length 1249306
location 32740 ~ 82117 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

tttCAATGGagaaacctgctgaattagaagttccttatagtgtctctaaAAGTGCACCTTacaatccagtgtgccttatatatgaaaatagatgttcttttataatttttttatttctaatttttcccatttttctccccaatttacacagccaattacccaacccactcattaggactccccctatcactagtaatgccacaacacaccaggagggtgaagactagcacatgtttcctctgatacatgtgaagccagccaccgcttcttttcgagctgctgctgatgcagcattgccgagcagccagcgagcttggagcacagcggctcggctccggtacatcagctcacagacgccctgtgctgcagacattaccctaggagtgatgtggggagagagcgccatctacccacccagagggagcagggccaattgtgctccctctgagcaccggcagcttgatggcaaagctgcatgagctggggttcgaacctgcgacctcctgctcatagtggcagcgccttagaccgctggaccactcggcgccccgtCACTGTTTGTTTTAATGGACTCTGCTATaggttataaatatatatgtatatttaatcaAACTTATTTGATTGTCCTTAAAGAGCACTTCATTTCAAATGTTTAGGTTCAGAATGTCTAGAATTTGGGTTTTGGATTAAATGAAAGGTGCTTAAGCCTCATTATAATATTCTGACCGATTGTGTGGACTCTCAGACTTATTGTATTGTAAGTATCCAGGCTTTGAACATTGGGAAAAGTGGAGAACCCTTTTGAATGCTGGTCATGAAGTGCCTTTAAAGCTTAACTCTCTCAGGGTACTCTTTTTCATATGACCATGTTCTTGTTAAATGTGCCATAAACAATTAGGGAGCAGTGATGGAACTGATATACAGTTTATGCTGGATTTGTTTTAACTGCATGAGGCAGCAATAACGTTCCAGTTTTCTAATGGAGGAATGTATTGTTTGTAATTCATTCTTCATGAAAAGGTTTCATATAGTGATGAGTAATTGTTAAAGGTTGTGTGGATTCCCTCAGGAAAACTTCAGATTTAAACCCAGACAATGTCAGCTGTTACGGGGATCTTTGttcttagtaaaaaaataaaacatttattgtaGTTATAAAAGCGATGTTTGTAATGGATGTTGGTGTCTGTAACTTGGATTTGGTTTTATATGGAATCAGTTTGAAACATTTGTGTGTACATTTTCTTAATCTAAAGGAAATCTTACAGATTAAATCACAGATGCATCAGAAAGCGCTGACTGTTACGTATTTTATTaccaacctaaaaaaaacagaagcacagTTTAGCATGAATACAATTTTTGAAGAAGCGTAAAAACAGTGtacaaaaataatgtaacaaagccttgtttttttttgtgttgttttaaagacggcatttttttatcatacatttTGCAGAAGTGTTTTGAGCACCATCTTGTTTGTGCATCTTTGGTGTTTACTGTCCAGAAAgcagaatataaataaatatttcacaaCAATGTGCTTTAATCTGTCTTAAGTcatatttgtcatttttgcaGTGTGTCATTTAACCCACACCAATATCAAGTGGTTAATAAGATATACTCTATGGTCAAAAGTGTGTAGACACTTTTTTGCCCAGCATTTTTCTTGAACTCAAGTGTATTAGACAAGAATTAGTGTGGGTTCATTATGGAGGACAAGTACTGATGGagaatgattatttctgccactCCAAATCACCAGGGAAGCCTAAAATAACTCCATGGAGCTCCAGCACCTCAAAGTGAGTGTGTATTTCCACATATATGGCAGCAATTGGTGTAACTTAAAGTAGATAAATGCTTTCCTTAGAATagttgtccacaaacatttgaaaatAGTGTTAATTTCCCAGATAGGGATTAGGCCTAATCTTGGGCTATGAACGATATctgtttaaaatgctgtgtagtccaagactaggcttcaTCTTGGCCTGGGAAACCAACccatagtataaaaaaaacatgtgtaaCAATAAGGTGCTACAAAGGGATCTTTGAGCGATCCCATAGAAGAATCGATTTTGGTTccataaattaaacatttatttattgttcactAGAACTCCTATTACTTGCAATGCTCCTGACACTTGGAGGATATAGACATGCTTCCTcccatacatgtgaagtcaccaatgcagcatcactatGCAGCCAAATATTTTGTTCATATGATCAAAAAGGATCTTCTACCTATTGCATTACTTAATTATGACTTTTGGGGGGACCTTTACTTTTTAGggtgtaaactgtgtaaaaaaaaaataaaaattattgcCCACCAAGAGGTCCATTGGACTAAAGCATGTCCCATGATGCTTTGCCATCAGTAACTGATCTAGCTtttctcatcactcctagtgtgCTGGTAGTCAGTACAGGTCTCTATTGGCTGATGTAACAAAGCTTAGGATCtggcgctttcctctgagtgcagtGGCTaccagtaatgctgcatcatatTTAGTATTTCCCTTTAGCTCTAGGTTAGGGTACATTGCCAGTGATCGGGGAAGTTCATATAAATGAGGATTGTgtaattaagaagaaattagattttgttttgtttttcacacACACTTCTGTGATTTTCACCATGTTTAAACTACTAAAGTCTAAAAAAAGTGCTGTAAATCCCTCATTAAGGAATGTCCACTGGTAATGGAATTCCTGGCCTTTAATGCAACACCGTGTCAGTTTCCTGGAAGCTTTGGTATGACCTGAACCAGACAGATGGTTGACTTCTATTTGGGGTTTTTAGGCTGTATGATGTCCGTGAAGTTCACAGTGTGTGTCCGCACATCTCTTTGGAAACAGTTCCATTTTCCATTCTCCCAGTTCAGAGTCCAGCTTCTCTCAATCCTTTAATGTCAGGAGGTATGACACCAACCCAACAAGAAGAGGGGTGCAAATTAAAATCACCACCCAGACTATGATGGCTAATATTCCGTAAGTCAGAGTTTTTCTAGAATATTCCTTGGCCTTCTCCTGCATGCCTTCTTCTCCTGAGTTAAGCCACCTTTTGTTCATTG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU422671 lncRNA upstream 1582 83699 ~ 141139 (-) False LOC111191304
TU422678 lncRNA upstream 34947 117064 ~ 117820 (-) True G306934
TU422689 lncRNA upstream 121936 204053 ~ 204448 (-) True G306943
TU422697 lncRNA upstream 145416 227533 ~ 232773 (-) True G306951
TU422718 lncRNA upstream 204781 286898 ~ 287535 (-) True G306968
XM_022665888.1 mRNA downstream 9313 8769 ~ 23427 (-) False cunh16orf58
XM_007235345.3 mRNA upstream 10389 92506 ~ 101029 (-) True LOC103044774
XM_022665891.1 mRNA upstream 22628 104745 ~ 121428 (-) True tbc1d10b
XM_007235348.3 mRNA upstream 25922 108039 ~ 133593 (-) False tbc1d10b
XM_022665900.1 mRNA upstream 58053 140170 ~ 151251 (-) True LOC111191304
XM_022665898.1 mRNA upstream 70681 152798 ~ 163938 (-) True LOC103044465

Expression Profile