RNA id: TU65714


Basic Information

Item Value
RNA id TU65714
length 3598
lncRNA type sense_over
GC content 0.32
exon number 2
gene id G48608
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035902.1
NCBI id CM008305.1
chromosome length 52532229
location 437598 ~ 584273 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

attaatgaagattgaacaccaggctgctccaatttagccatgaaacctaaaatcccacactaaaatgatgacaggtgtttcagtttcattgtccaacccctgtatttgcaAACACCCCCTGCAAGAACTAAAACTACAACTAAAACAACATTGAAATGTTATTTCAATGTTTaataacttttttcacattttaactaaaactagaaactaaaaagttgctatcacatttgtaaataccaATAAACACATTGACAACATGAACTGCAGTTGAAAAACATTTGCCTGGTTTAAAATTCAcatgaacatttaaaatgttcaaattctgatgggctcatgatttgctaacatttttaggtaccacattaaaataagactacctttataaagggtttatgaatggtttataaaggagattattaatggttaataattaggctgcaaatactttaaaactcattaataagcagttaataaataaataacaacatggaTAGAAGTGACAACAGTGAGTTAAAAATGGTAAAGTAGTGATTCTACactcatttctactgtcaaacctcagatctctCAAGATACTGatcttattttgtgttttccatcaatcagcattaaacctgtcatattaatatattttttatatgtttaactatttactataaattaaatgactcatTTATATTAAGTGACTAAGCAAACAACAGATCACTGTAATCGATGCTTATCAATAGTTTTAAGGCATTTCCAACCTAATCAATTATATAcgtaataatctaatttataaacccttcataagcgtaagtcttattttaaagtggtacccatttttaatataaatattatatataaataagtgtaATGTGtgagttaatatttttttttgttaatatttaaaactactgctttgttcacatctactgatctttagttaaaaatatattaatgaaagttattataaagtgttaccctatttggtcttttaaaagtaacaaagtagtgaaacattaaaaaaaaggagtttaaatgtattttttaatggaaaaaggagtgaattatcctaattaaagCATTAGTTGTTAGGTAAGGTATggaacactattgcactaaatattaatagaataattaCTTAGTAATGGATTTACATTATATGAAATATTTACGCTACTGGTTAGgactttttttggttttagacatttttttatagaataaattaaACATGCAGTTAAACACCACTGCTGTTCCTAAAAAAAACgacataacaggagggtaaaAAACGAGAAAAGAACCTGAATAAAGCTTTAATAACAGGATCGATTTGATTATTTTTCCAATGTTCTGCCCTGGCAAATTCCCTCAAACGACTCAGTAAATTAAGTTTCtattaaaaagcactaaaagcGGGCGGGCAGCTGGTGGCGCTGTGATCACTGTGGGCGGTGCTGAATGTTCTGGGCTACCTGTCTGAGTCCAGTTCTTATAAACCCGGCACTGATTCGGTGGAGAACTGAGTGATTGTTGAAtgcttgagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtggttttgtttGAGTCGGCAACAAGGGCACTGTCGGCTAAGTAAAACTACATTTACAgtactgtttttatttcatatttcattttattttatttaatgtattacatATACTAGCCTTTCTATTGCTCCGcccataaatgtgtttattgcacaatgtcaaaataaaggtacagtacacaataaaaaacaaataaaaaaaagttaagaaaaatctacattttaAGGCAACTTACCATGCCTTGATTAATTAAAGGGGCAAAATAAAATGGATTTGATTTTATCTGATTCTAAAGAAATTACCATAGTAAAATGTCTAATAGTTTAGATAATtccatttttatatgtataaaaaatccAAATATTAAATCTAATTAAATCTAAATCAAACCCAATGTTTAACACTCATTGTTCTCATTTACATGAACATCctaatgcattaaattaaactaaattagataaattaaatttgattttCTGTAAAAGTATGGAAATATTAAGTATGATACATTTATGGGCAGAGTCTGTAGAAGTTCAGCACcatttctaattctaatttctTAAAGCTAATTTCATTTTTATAGGTTGTTTTATCGTTTTTATAAATACACATCACTGTTTTTATCCTTTCTtttctatatacagtacaatattTCACTTTATAGGTTTACAATACACCAACTGACATGTACGCCAAAAGACATGGGACAGGACCTATCATCTGTATCGAGTGTCCTATGAATTTTGTCATGTCCTGCTTAAgctgaagctaaagaacactgctgTTTGATCTGTGGGATAGTGTATgcagtatatcgtcgctgtgtattaaaaataaatatcttttttttttttgctcgatttttatttttctgcataatttaaacatataaactgtttcttacactgtgccaaaatttcttgatgagcggaccaatagaaatgctttaaaatgacctgaaataaatccattgaacgtttagaaggttttttctctctcctgtaaagttgctgttttggagatacctatttgtttttcattggacagctacAATATGTGGGCGAGTTCTCCCGTAATCTATAGTGcgtggccttgccatgagcacgttgGCCATGAGCGTTTAATCAACCAGACTCACTtatcacaagatatcacctcacaacgTACACAGGTGTGTTTCCCCTTTTCATCTTCGATCGTTTTATCATCGATTTTTTGCATACtgctgtcccgtgacttttggcattctCTCAGAACAAGCACAGCGTAATATCTCGATATTTCCGTGAATATCGACGATAAAGAATACCGATATTTTTACCGAGTTTTTACCATTCCATTCAGACGTTCAGGTTCAGGCTAAAGTTGGTAGACTTCCTGTTACTCTATATACGGATCCACCAATCAGAACCAGTCTTCTTGTTGccataaaactgaaaaaaaaaatgtactttgtgaaactttttttatatatttgtgctTAATATATTGAgtacctcttttttttctttcttttgtacaAGTTCTATAAATATagtacataaaacaaacaaatataccgaaataaatacaaaaaaatactctcacacacacacacacacacacacacattaaaaaatgaaataaataaaataaatgaataatccCACGCAGACTCAGACGCTGTATGGGTGTCTGTGTGGATCAGTATGGTGTATTTTTTAAGTTGGTTTATTTTCTATGTCTCGgagtctctgtttttttgtagGTATTGGTAAAGTTCTATTTTCAGGTGCAGGTTGGTTTTAGTTCTTGTTctgaagctctctctctctctctctctctctctctctctctctgtgtttttggcCACTGTAAATGCAGCTCTCACCAGAGCGACTCTGTACATTTAGTACTCTCATGTTGCTATTAATAAAACGTTCAACAATACGGGCTGTCTTTATAAAAACATCatcaaaatgtttgtaaaatgaCGACGGGGAAATTACTGGGGGTGAtattgaaaataaaagtgatttaaaatgaTTCGCTTGAGTGTAAGATtgt

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU65700 lncRNA upstream 79823 357333 ~ 357775 (+) True G48596
TU65689 lncRNA upstream 166256 271035 ~ 271342 (+) True G48589
TU65669 lncRNA upstream 220097 216847 ~ 217501 (+) True G48583
TU65666 lncRNA upstream 224888 212399 ~ 212710 (+) True G48580
TU65665 lncRNA upstream 227311 210054 ~ 210287 (+) True G48579
TU65697 lncRNA downstream 67481 555790 ~ 559237 (+) True G48594
TU65698 lncRNA downstream 67481 555790 ~ 559237 (+) False G48594
TU65782 lncRNA downstream 100245 588554 ~ 588845 (+) True G48671
TU65784 lncRNA downstream 100824 589133 ~ 589532 (+) True G48673
TU65789 lncRNA downstream 148346 636655 ~ 636858 (+) True G48678
XM_022670970.1 mRNA upstream 168076 263730 ~ 269522 (+) True LOC111192744
XM_022670944.1 mRNA upstream 305960 122069 ~ 131638 (+) True LOC111192720
XM_022670987.1 mRNA downstream 926965 1415274 ~ 1461698 (+) True LOC103041629
XM_015603140.2 mRNA downstream 1272503 1760812 ~ 1764075 (+) True pym1
XM_022670945.1 mRNA downstream 1284610 1772919 ~ 1786362 (+) True LOC103027674
XM_007231153.2 mRNA downstream 1511265 1999574 ~ 2001170 (+) True LOC103045867
XM_007231679.3 mRNA downstream 1871613 2359922 ~ 2362224 (+) True LOC103028158
TU65829 other downstream 319846 808155 ~ 811265 (+) True G48714
TU66507 other downstream 2494537 2982846 ~ 3013630 (+) False faf1
TU66505 other downstream 2494615 2982924 ~ 3013630 (+) False faf1
TU66506 other downstream 2494615 2982924 ~ 3013630 (+) False faf1
TU66895 other downstream 3756219 4244528 ~ 4246227 (+) True G49475

Expression Profile