RNA id: XM_022670474.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_022670474.1
length 6326
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 18
gene id LOC103046862
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035902.1
NCBI id CM008305.1
chromosome length 52532229
location 29896515 ~ 29934430 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

CTATCAGAGAGAGCAGGGGCTCGCGGCCTCAGCACTGATAACAcgctcacacatacacatacagcgGAACGCGCGCGCGCGCAGATACACGGGCTTAACCGGGATCGCGGAGTGAGGAGTGAGGAAGAGCGCGCGCTGAATTTACTGGATTCTctgtgagaagagagagagagacacagtggGAGAGTGACACTGACTCTGCTGTTAAAGGCTGAACTGGGCCTGTTCATCTCGGACATGAACCTCCTCACTGACTGAGtGTGACCTCATCAAGAGGAACCCTTTCTGTTATCCCAAATGATGATGCAAAAGtatctggtgtgACCCGGTAACTGTTGAGTCATCTGCATCAGCTTGGAGcAGCCGGACCCGTACCTCCCCAGGTAGTGTGTGTACTTTGAGGGGAGGAGCCATGCCGGGATCTCCAGCAGTCACTATTGTGgCCAAAATGGACAATCAGGTGATCGGCTATAAGGACTTGGCCGCCATTCCTAAAGATAAGGCCATTCTAGACATAGAGCGACCGGACCTGATGATGTATGAACCGCACTTTAGCTACACACCAATGGAACGCTCtgagaagtCACTGTCtccgcgctctctctcccctcctccctctcctGAGACTGCTGTGTTAAAGGACAGGGATTGGCTGGAGCAGAAATCTTCTGGAAGCTCCTCTCCTTCCACACTGCCACTGTGCAGGAGCAGCAGTGTGAGCAAAACCCTACCACCACAACAACACTTTCACAGACCAGACAGCGGCATTAACATGTACAAGAAACCACCCATATATAAACAAGATGTTTCTGCACATATCCCTCACAGTAAGCACATGGAGGATCTGATAATTGAGTCTTCTCGGTTCCCTGGAGCTCAACCGCCTGACCCAAACCTACCCTCGAAGATCGAGACCGAGTACTGGCCCTGCCCCCCGTCCCTTGCTGTTATGGAGACAGAGTGGAAGAAGAAAGCCGCGGCTCAGACAGCTGATGGAGAGGAcggtgaggatgaggatgagtaTGATGAAGGTGATCTGTCAGACGACATGTGGAGGCTCAGGCAGATGCAGAAACAGGAGCTGAATAAGATTCAGTCAAATCTGGGAAAGCTGATACTAAAGGAAGAGTTGGAGGGGGCCGTTCCTGTTAGGAGAAAAACACGTTCTTTACCTGACCGGACATACGGACACCTTGGGCCCAAATTTCCCTCATTCCCAAACTACAGCAATCGGAGTGGCCTAACTAGACTCCAATCTGCAGAGTTTTCCTCATCACACAATGATAAAGAGAGTCAGAatttacagaATGGGGATGCTCAAGGACACAGGATGGACAGAGGAAACTCGCTGCCCACCATGCTGGAGCACAAGACTTATCCCTACGAGATGCTGATAGTGACTCACCGGGGCAGGAGCAAACTCCCTCCCGGAGTGGACAGGATGAGGCTGGAGagaCACCTGTCGACGGAGGATTTCCAGAATCTATTTGGAATGACGATGGAGGAGTTTGATCGGCTCTGCCTGTGGAAGCGTAACGACTTAAAGAAGAAAGTCTTGCTCTTCTAGCACTGTGAagaaaaactgtttataaaataaaatgtaaaaaaaaatcaaacccaCTCACACAACTGCTCTTCTGCTTCAGAGACTAAAACTACAAGATCATGAGGAAGCACCACAGATAAGCAGtgacttcacaaaaaaaaaaataaaaacactgactgaGTGAGGGATGTAATCTTTGGTGGACGATTTCAGACCCAACTGCGTCTCAGCTATCTCAATATTTAGGGTTATAATCCTTGATGTCATAGTTGCAGCTACTAGATGAGGAGTTTTTGGATTTGAAGGCCTAATGCTAATACCGATAGCTTGAGCattcaattaaatataatacagaGACTAGACTCAGAAAACGGataaaaaagacaatattttttggCTTAACCTGCTGAGAAATAGTGTTAAGTTCAGTAGAAGCATTCCAGTGTCCACTCTGGCCAATGTGAACATGTATCACCTCTAAACACTGCCACACTTTAAAGCCACGATGTGCTCTATGCTAATAATGAGTATATTTCTATCTAACCTGACCAACAGAAGAATTTAATGACTGATTTGACAGCATTGTGagttttattttgattaatattcatacatttcttGTACAGTTGATTTCAGATTGTGTTGTAGATAGCTTGGttactttcttttatttaaagcgATAGTTTGGCAAATCATATTTACAGAGGTCCCCCACTCGCCCCCACTCATTAAGTATAACTGAAGACACTTGGTGTCGGAGGTTTGTTTAGTTAATTGTGTACTGGAGCTGTAAAGCTAACGAAAACATCATAAGTAATGGAAGCCTATATCCCACAAGTTAACATCATTCAGACtgcatatttaaattaatattttctatttttgtgccTAAACACAACAGTTCAGGCCAAACATGTCAAATGTCAAATTTTGGAATAAAATTTCCCCAAAACCCAATTATCatttttagtagtttagtagtctAGTAGTTTGCTATTAGCACTATGCCAAGGAGGGGCATTTTAAGCTGTACAATATTTCATTTGTTGTAACAGATGTTAGAATATTAGTTTTGTAAGTAAATATTTCTGGTTTAAAGCTAccactgttatttttattttctaataacGGACTGACTACAGCTAGAACTGCCATTATTGTTAATCAGAACTCAACTTTATTTGTTGGCAATTCTTTTGATATGTTAGGTTTATAGCCCAACTTCTGAACCAATAGAATGACACACTTAGCTGTGTACAGTATGTCTAGATATGATGGAGAACAAATCCTGACTGGACAATTGCCCAttaggcatttaaaaaaattacattatacctgaataaccatttaaaaccagCTAAAGTGTTTTAGATGGTTACAAACGTTACAAATGTTCCCATAATTAACTATTCTAATACCTAACATGGGAAATTAGAATTTATGAGAGTATTTAAGAAGCTTGCAATGTTTACTTTACTCTGCTAATTATTAGCTAAGTCTCAGAAACTGACAAAAGCTACAAGCTATGCTAGTCTTGCTAGTCTCTAAAGCTAGCTGGCTTAGTCTTGCTAACTGTGTTTGAGTCAGCTAGTCACAGTCTAGACTAGTTAGCATTATGCTAACCTGTGGTGATAAGCTTTCATTAACTACAGAAGCCTGCTGTCTCCAGTGCACAGCTACAATTTAAGCAATTTTAAACAATCAAgtgtgtaattttttattaacttaTCCAAAGCACTCTATCTTAAACTTTATgtcacattctcacacactctcacacacgcaTACGCATCTCACACAAGTACACATATCTGTATGCCTTGATGCAAGTATTACTGATGCAGATATCACTGGTAGTTCATGGCAACAGTGTCTATAGCAACAAGTGTGAACTTTGCCTTTATAAAGAGGGCTATATTAGAGGGATTATTCAATGTTATGTAAGAGTTACAAACAGCCTGCATGAGAAATGTATCACCCCTCCACAAAAAAAGTGATAACTGATTGTAAAATGGCTGCATGATcaatattttcttgtttttttaacagaatgTATTGATCAGATGGCATCAAACCCCCCTAGTCCCTATTTTTCCCTTCCTGTTTTCCCGTTTTGCTGCTATTGCATTATTAAGCACTTTTACCGTTTGGTTATTTCCTCTTTTCTGGAATGGATAGAGAGATTCCTGTTTTAAAGGATAAAATGCAgggtgaggatgatgatgaagatggtgatgatgatgatgatggtgatgaagggATTTTCAGTTGAATTTGGACTTCTGAACAGCCCAGCAAATGGTTTGAGTGTTTGCAGCCCTGAATTTTGGCCCCTGTAGATTTGCGTAGTTTACACTTTACCAGTTTTCATGCTTTCAGTAGAAATACAGTGATCTGCTTTGGAGTGCACAATATTGGAAGaaggattttgttttttttgttttgtttttttatatttcacatcGATTGAATTTGCTTGTGTTGATCCGGTGACCAAATGTTGTGCAGCTACTGTCTATCtcgctttctgtctcttttttctattctttctttttacctACATTGTGGCATGACTTTTAACCAAAAAATGTAAGGAAAAAATGCACACTTGTTATGAACAGTTTGATTTAGTTGCAGTTCTTTATGAACCGATTAaatcaatattatataatagattttttttttaaagaggccTTTCAGCCAAAATTTATGCTTTATCTGTTGTAAACGTAACTTATCACCTCGTACAGTAGTGCTGCTGTGTACAATGAGTGAGATTTTctagtttaaatattaaacccCACTTAACCCCATTTAAACCCCACTTCTTGTGATGGGAGGAGTTCACTTGTGGGTGGGGCTAGATGTAGTGTTTTCAGGCATTTACAGAATGCATTCTAAAACACTACAAAGATATGTACAGTGTAAAACCATAGAAATCACATATCAACAACCTGGAATATTAATAGAACCGCTTATATAATTCTAAACAAGCCACTGACTCTTTtggattataaagattatacataataataataaaatatattatttagaatattatCTAGTTATTTATTGGGGGTCTCCATATTCCACTTTAAAAGAATCTTACCTAATGCCAGAATTAACATATTAAAAGCTAGTTTTAGGAAAAAATGCCTCTTTGAAACACATAGAATGCAAAATGTAACTGACAATgacaattattatatttataaacattttaatcagttataacattcCAAAAACAATTCAGTTTAATGCTGTGAAGCTAATGAACAATGTTTTTGCCTACAGATGCACACTTAAGTCACTGGAAAGCTCCCAGCTGGCTGCAGCTAATTAGCATCTCTTCTGACAATCCAGCTTTGAGGGTGGTATATATTAGGAAGTCTGGACCAAACAGTAAATGCTGTTAGCTTTCAAATTAAATCAACACTCATATTCACATATATAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
XR_002650066.1 lncRNA downstream 42997 29844882 ~ 29853518 (-) True LOC111192661
TU74743 lncRNA downstream 49407 29846706 ~ 29847108 (-) True G55434
TU74742 lncRNA downstream 52113 29843435 ~ 29844402 (-) True G55433
TU74683 lncRNA downstream 55785 29744028 ~ 29840730 (-) False kiaa1671
TU74687 lncRNA downstream 168748 29646044 ~ 29727767 (-) True G55387
TU74788 lncRNA upstream 110022 30044452 ~ 30089255 (-) True G55466
TU74792 lncRNA upstream 112785 30047215 ~ 30049185 (-) True G55468
TU74807 lncRNA upstream 166348 30100778 ~ 30104106 (-) True G55479
TU74823 lncRNA upstream 215721 30150151 ~ 30215590 (-) True G55491
TU74904 lncRNA upstream 355504 30289934 ~ 30290947 (-) True G55550
XM_022670911.1 mRNA downstream 1465 29856741 ~ 29895050 (-) True LOC103022657
XM_022670910.1 mRNA downstream 55762 29767577 ~ 29840753 (-) True kiaa1671
XM_007247117.2 mRNA downstream 139909 29748846 ~ 29756606 (-) True LOC103023281
XM_007247119.3 mRNA downstream 157970 29731438 ~ 29738545 (-) True LOC103023912
XM_022670473.1 mRNA downstream 193859 29670367 ~ 29702656 (-) True LOC103024435
XM_022670476.1 mRNA upstream 679 29935109 ~ 29940287 (-) True rsph14
XM_022670477.1 mRNA upstream 679 29935109 ~ 29939872 (-) False rsph14
XM_007247112.3 mRNA upstream 12259 29946689 ~ 29950373 (-) True LOC103021710
XM_007247113.3 mRNA upstream 21257 29955687 ~ 29963322 (-) True bag4
XM_007247100.2 mRNA upstream 186506 30120936 ~ 30127928 (-) True pold2
TU74381 other downstream 1296005 28598278 ~ 28600510 (-) False LOC103031600
TU74384 other downstream 1472560 28417733 ~ 28423955 (-) True LOC111192657
TU74195 other downstream 1739066 28153421 ~ 28157449 (-) True G55023
TU74086 other downstream 2165436 27728711 ~ 27731079 (-) True G54947
TU73985 other downstream 2423168 27469218 ~ 27473347 (-) True G54873
TU75652 other upstream 2846846 32781276 ~ 32802153 (-) False LOC103021360
XR_002650076.1 other upstream 3214644 33149074 ~ 33177650 (-) False LOC103023237
trnaa-agc_13 other upstream 3425939 33360369 ~ 33360441 (-) True trnaa-agc_13
TU76301 other upstream 5159121 35093551 ~ 35108393 (-) True LOC103038119
XR_002650079.1 other upstream 5350992 35285422 ~ 35293421 (-) False acaa2

Expression Profile