RNA id: TU77476


Basic Information

Item Value
RNA id TU77476
length 4884
lncRNA type sense_over
GC content 0.34
exon number 3
gene id frmd3
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035902.1
NCBI id CM008305.1
chromosome length 52532229
location 39292071 ~ 39370585 (+)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

tataaaaaatatgtttttctttctctgtaggAACAGGGGACCAGAAATAAGCAGGTTGCATGTTAAAATCTCACTGCTCCAGATTGGcgactgtattttttgcactataaggcacaccatattataaggcgcactatcaaaaatgtctattttctgatgtattttcatacataaggacaCCAGatcataaggcgcattttaagagacactataaggaacttctaattcagcaggtctcaccgctgggtggtggtggggggagtAGCTAACTTAGGaaagctgtaaataaaaacaactttttttttaagtaaaacgaGCAGTGggtgtaaatctacacagatttctctctggaaagctgtttatttgggtgagtaaagcgcttttgtttatttacagtaagcttagattcccaaattttagcattagcagctaaccgtgctagccagggttaggagcaggctagaggctgataaaaaaaaccctgacgGTGAAATAGcaagcatggttagcagctaatgctaatgctactccagcagtgctaaccagggttagcaggaggctacaggccgataaatCTCACTCtgggaaatagcagttagcggctaatgctactccagccccggtgctgaagaaccaaactgaaactcctgaataacactgtactttagcGGAATGGTAAAACTCTGCTGACTGgcaaaatttatacataagatccactggattaaaaggtgcattaatggtttttgggaaaatcaaagaattttaagtgcgccttatagtgtgaaaaatacagtagttagaCAGCAAAATGACAAAATTCCCCAATAAAGGGATAAGTAAAGTATCACTTAAGTAATAGCTTTAAGCAGAGCCATgtataagaaaaaagataaaaaatgtaacaattatattgtaaataaaagtatccagatgatttaaacaaatttgatgttttaataatgtaaagtgATTCAACATAATGGAGGTGGTAGTACAAGGGCTAATGACATATACCTAATTATACCTTCATTATTAtactgagagaagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaaaacacgtATACCTTGATATCACTGTACATGCGATCCTTCATCATATAtgtgtacaaataaaaacatttgaatggaATTCTCAGGAATGTATGAGACTTACTGAAAGATCTGCAAAtagaatattgtatattttgtggCAGCAAACATAAATGTGTACATATATGCATTGTATTATTCACGGCTTTATCGTTCAGAGTATCACAAAGTACATTACTaatctgtaaatgtaaaattcatTCTTAAACCAAACCATAGTATGTCATATTCATTCTGATTCAAAAAGTCACAAAGTATTGTTGAGCATATATACAAATTCATCGCTTAgattcacactttttttagcTCTTTAACTCCTATGTGAGGTCAATGCATGTCACCTTTGGCTTGGTTAGATCCTGGCTGAACACAGAtgcacatgaaaaaaaaaatatacgtGGGCATTTAACTACTTTAGTTTGCTAGACATGTACAGCTCTGCTAAGTTCTGCATCGAGTACAGCATGCTCTTTGTAAATACCGAACACCATAACGTCATTCATGACGCTCTTGGAATTCAATAGAAAAAGACTTTCGCTCTCATTTGGGTTGAAATTCAGCTCAGATAGATGATGTCATGGTGGACTTGAGTTGGAAAACCTGTAATAGCCAGTAATATGAATGAATCTTAATCTACTTTCTTTAAGATGCTGCTGAAGGTCTCATTATCATCAGTCATTATGTGGTTCTTTTCTAACTGCTTTCCATCCTTGTAAaacagtagtagcagtagtaatgtAGACAGTAGATTATCTAAAGCTagtgcttctgtgtgtgtgtgtgtatttgttacCATGCGAAACCAGACAACTTAGGGCTAAATTCAATCAAACTGCACTTGGAACCGCCAGGGTTTTGTTGGCTTTTTGAGGTCGGTCATCATGCAGAGTTTATACTGTAGCTAAAAACAAACAtaccttaaatatatatatatatatgtaattactTACTGTAAAGTAAATGCAAACAATATTAATCTATGTAACAAATCATACAAGTGCTTTCAGTCCAGAAATTTCATGGCGGTTTATAGCAAGTTGATTGGCTTTGGCTGTCGATGTCGTAGTTTCTCGTCATTGTAACGTGGCAAAGTACAAGATGTTCTGcccaattaaaataataataagttatgATTTTTGATGCattgtttgctgtttttgtagCCTTGCTTTCTGTTGCATGACGACACGCCCCCACAGATTGCGATCACTCTGTACAGCTGTGGGCCGTTGAATTTATTTGTCCTTATCTTGATGAATCTGAATGACCTAAGTTggattatttttctttgtaaatgagaaaaaaggcagtaaaaaaaagcaaatactaATTTAATTGTGAAGGCTACTGTTATAATTTGCACAAGCGTATGATACAGTGAAATGTAACAGTCCTGGGGCCGGATTCACAAAATCTTAAGAAAAAGTTTGGCCTTAGATGGACCTTTTTTCCCATTGTACTggagacaaaaagaaaacattaatcTTCAAAAAATCTTACTCTTCTCattatttcttaatgaataATCTATAAGAAATTTGTATTATCAAATCTTTTTAACCTTATAATCCTCTCTGTCATGGACTGTAAATAGTACAGTTATTTAAGCCTCTAAAATAAtcagtttaaattaaaaagctaaattattAGAACTAATGTGATTTaagataactttttttaagattaaaacataatttaaaaaattaaatatgaggATCTATTATTAAGCACCATCAGTTGAGAACAATGCTGCActttaaaacatataattaatttgatttacttttttattaggaCCTTTTCAAGAACaaacattgtaaaaataaatattataaaattgtaCCAACTTTTAATACATGTCatagttaatttattatttttctcagtGCTATAAAGTATTAGTGTAATATAgtattataaatacatatatttacaaaCACATCATTACACATTCACATTTTCATTTCGAcaccttcctaaaataatcATCTCAAACTAATTTTTCCACTTTTCAGAAAAAATCATGACAATTGTTAGCATTTCTAGCTAGCTTGCTGGATCTTACTGACTaaaatgcagataaaaaaaaaaaaacaataataagactaaaaaatatgcaattgtcttttcattttctatttgtctatttacctttatttatagcctttattaataagaagtaaactttatattctattaaaaaaccTTATCACTTAACAACTAGAGACAAGCCCCCAATTGTGCAAATGAGTTCAGTGAAGGTAGCTGCCATATTGGGAAGTTCAAATCACACTGTGGACAAAGACCAACATCCTAAAGTGGAAGAATCAAATAATCTGATTAACTGAGGGTGTAGGCGATTTTACCACAAGTGGCAACGCAACAATGTGAGAAAatgatttacataaaataaaaaaaagacttttattacTATATTGGGAAGGTAACGATTTTTAATTACAGGTTCATTGGTCTAATAATAAACAAGAGGGTTGAATAATATACATAATcatatttttaaccttttttcttTGGTAGATTTTTGTGAGCCCAGCCCCTGGTAGCTGTACAGTTTTGTCCACTTCAATGAAAGTCTGTGTAAATTCATGTTAAAGatacaaaaacaatgttttgtgTTTAGCTTTAAAGTTGCATACTAAAAGATCATTGCTGATCACGTGTCTCGTCACTTCAGAACTGGACATCAGGTACAGAACTGTTCCGGTCAGGGATTGTTCTGGCCTTTGCTTTTCATCACCATTAAACATTCCATACTTTAAGccatttagaaataataagaactGCTGTGAAATATTTTCACATTGTAAAGACTAAGTGTacctttaagtaaaagtaagagTTTGTGAAaggtttttttgtttgcaaGTTGAGTGAAAGTTTCTAAAGGTAGAGAAATTGGATTTTGTTGTGTAGGGAATGTTTTCGAATGCTGGAAGATTTTCATTtagtgaaaatgaatgtattgttTTGAAGTAGCACTTCTAAAAAAAGACTATTTAATTTGAGTGATTCTGTCATATCAAAATATTAtaaccacctccttgtttctacacttacTGAGCATTCTTTTTTAGCTCCTCTTTGATATAAAAGCACATTGAAGTTCTATAATAGCAGACTGTAttactgtatctgtttctctgcatattttattaaactgcctgaccaaaaaaaaaagtcgccaccaaaaaaaacaagtcacccaccattaaattttatttgaccctctttagctttaattgcagcacacattcgcTGTAGCATTGTTTTAGTaggcttctgcaatgtcacaagatttatttcaagaccaagacttttagtagtcgagtctgagacCAGACCGAGAAAAAACTTCACAGAGACCAGatcaagatttaaaaataaaaattcaattttaaatttcatttatagaccgtttcaatgaggaaaacaataacaaagctactGCGCATGCCTGTTCCTTCGACGCTTCCGGTGGCGCTATTTTCAACTATACAACTGtcaaaactataataaaatataattactttctcagtggaaaagttgggAATATTTGTTCCTGTAGTAGAGAAGCATCACTATAGTGTATGGTGAGGTTGGAGCAAGTCAAACGCGATCCAAAACGTACTCTGCATGGTTTATAGATAAGAAGCAGGGAGGAGTTGTGAGCAGACACTGTAACTGCATGGCAGGTTAGCAGTGTTAAAAAACGAAAGCAGGCgtgtttactatggaggaccaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU77473 lncRNA upstream 101681 39263171 ~ 39263975 (+) True G57457
TU77441 lncRNA upstream 212180 39109244 ~ 39153476 (+) False agtpbp1
TU77434 lncRNA upstream 268233 39095337 ~ 39097423 (+) True G57427
TU77395 lncRNA upstream 1042219 38323190 ~ 38323437 (+) True G57397
TU77332 lncRNA upstream 1115768 38249269 ~ 38249888 (+) True G57343
TU77495 lncRNA downstream 3415 39374000 ~ 39377061 (+) True G57473
TU77523 lncRNA downstream 126443 39497028 ~ 39497353 (+) True G57498
TU77532 lncRNA downstream 189843 39560428 ~ 39562898 (+) True G57505
TU77572 lncRNA downstream 356116 39726701 ~ 39730031 (+) True G57538
TU77576 lncRNA downstream 366975 39737560 ~ 39749700 (+) True G57542
XM_007237427.3 mRNA upstream 77849 39278427 ~ 39287807 (+) False gkap1
XM_022670627.1 mRNA upstream 77849 39278543 ~ 39287807 (+) True gkap1
XM_007237423.2 mRNA upstream 88941 39269222 ~ 39276715 (+) True c6h9orf64
XM_007237424.2 mRNA upstream 98023 39257525 ~ 39267633 (+) True hnrnpk
XM_022670626.1 mRNA upstream 98023 39259344 ~ 39267633 (+) False hnrnpk
XM_022670629.1 mRNA downstream 36080 39406665 ~ 39487936 (+) True LOC103031561
XM_007238046.3 mRNA downstream 154030 39524615 ~ 39528505 (+) True LOC103032512
XM_022670630.1 mRNA downstream 159030 39529615 ~ 39540542 (+) True LOC103030832
XM_022670631.1 mRNA downstream 159031 39529616 ~ 39540542 (+) False LOC103030832
XM_007238037.2 mRNA downstream 171143 39541728 ~ 39560277 (+) False LOC103029767
TU76991 other upstream 2359858 37005273 ~ 37005798 (+) True G57066
TU76490 other upstream 3402337 35956104 ~ 35963319 (+) False G56701
TU76213 other upstream 3941183 35420787 ~ 35424473 (+) True G56504
TU76153 other upstream 4126556 35226496 ~ 35239100 (+) False ikbkb
TU76054 other upstream 4614093 34713218 ~ 34751563 (+) True G56414
TU77738 other downstream 674068 40044653 ~ 40046467 (+) True G57664
trnaw-cca_40 other downstream 1229406 40599991 ~ 40600062 (+) True trnaw-cca_40
TU78022 other downstream 1304455 40675040 ~ 40680555 (+) True G57856
TU78217 other downstream 2004234 41374819 ~ 41377430 (+) False LOC103032352
TU78242 other downstream 2067442 41438027 ~ 41438911 (+) True G58025

Expression Profile