RNA id: XM_015605499.2


Basic Information

Item Value
RNA id XM_015605499.2
length 9587
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 12
gene id LOC103035734
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035902.1
NCBI id CM008305.1
chromosome length 52532229
location 41979557 ~ 42034244 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

AATCAACAGCCACTGGGTTCAGTTAGTGGAGAAAGTTACAGTTACCGGAGTTCTCGTTTGGTTTGGGGGAGAAAAATCTGAAACACGAGTTCTGCCTGCTTTTAGAAGGAGAAAGGGGTCACCCAGAGGgtgcagtggtgtgtgagATCAATTGTGCTTCTTATGACGGCCCGGAACCTTTCTGCAATGCTTATTTTAACCTGACGCTTGCACACATACATTGTAAGgtcCTGAATTGACCTCTGGAAGGGCACCAGAAGGTTCCAAAACATGACCCAATCTGTGCAGATAAACCCCAAGCTGCCAAATTTGGGTGCCCCTTTTCAATGTGCCACTCAGGAGGAAATGGATCAAAGTGCATCCTATTCTGTGCAAACACCGTATGGATTTCAGCTGGATCTCGATTTTCTTAAGTATGTGGAAGAAATCGAGAGTGGTCAGAGCATCCGCAGGGCCCACATGAGCCCTCGGAGACCCTCCCGTAGTGACCGAGGCTCCCAGAGGAGTGCAGGGGGTCGCGCCAGTGGCTGGACTTCTACTGAGTCACTGGCATCGACAACAAGCGAGGATGGCCGCTCTGCTCCTCCACCCGTTGCTCGAAGCCACCTTATATCACCCAGTCCTAAGTCCCAGCCCCTTTCGCCAACATCAGTGTTCAGCCCCACACTGCCCTCCGCTTCAAAGATTCCTCCTCCACCGCCACCACGTAACCCTCGGGTGGAAAGAACACTCCTCGAAACAAGCCGTCGACTGCAGCAGGAGCAGAGCTTTTTCCCCAATGGTTTAGGATTGCCTGCCTCTGACCTTTCCAGGGTGGGCACTAGAGATGGAGGAGGATCTGTTGGCAACTTATCGGCATCCTCACCGTTGCCTACAGATGGTCACCTGCTACAGATTTCAAccactgctgctactactgtgCAGAATCCACCTTCCACTGGCTGGAACAGACTCAGCCCTCAGAACTCTGGCAGGAGTACCCCAGCTTCCAACTGTGGGACGTCGGCTTCATCTTCGATTCCCCCAGGGCAGCTCCAGACAGTGCGAGAGCAGATGGCTGCAGCTCTTAGGCAGCTtaaggagatggaggagaaaGTGAAAGGAGTTCCAGCCTTGGAGAGAGAAGTAACCCTGCTCCGCGCTGAAAAGGACAGACTAGAGCTGGCCCTCCAACAGAAAACCGAAGAACTTGCGGCTTTAGCTGAGGCAGCAGCCAGTAGGGTTGAACCTGCACACTTGAACCTGTCATCGTCTTCGAGTCCCAACAGTTCTGAACCAGAGTTGAAGTCCAGTGAAGTAGTAAAAGAACCTCCACCCATGATAGTAGAACGGAACTCTATAGCTGTAGGCGATGATGTCCCTCTTGAGGCGGTGGTTGTTTGCAATCGACAGAATGCTAAAGATGTATCAATAGAAGCTACAGTCAGTGTCTCTCATGTGGGTATAGAAACTGAGGTGGCAACTATGCATGACGAAGAGGTCCAGGTTGGACCAGTACAGACTGAGGAAGTGGCTGTCTGGGTAATGGAGTCATTGCTTGGGCTGTCAAGCGAGACAGAGCAAGAAATCAGCAACCTGCagcagaccatcacattacagCAGGAGTCCATCCAAGTTCTGGAGACACGCCTAAGCCAGGCCAATCAGCACCTGGAGGAACTGAAGGctaaggagaaagaaagaacctCCAAGATCTCAATAGAAAGAGGGACACTCGTCAAACCAGAGACAACAGATGCTCTCGTATCTACTGAAGTTTGTTTGACATCCTCTATAGGAGTGGGAGTTTCAGATTCAGACTTTCCAGTGTCAAAGACGGATCAAAGCATGCAGACGGATTCTGTGGAATGTTCAGAGGAAAAGACCCCCGTGACGAGGGTCAGCACAGGTGTCCAGTGCGAAAATCTTCTTAGCACTGACCCACAAGACAATCAAGAACAGTCAATATCTGCAGAGGGTACAGGCCCTCTTAAATCCATCATGAAGAGAAAGGATGGAAGTGGCTCGGGTGTGGCTTGCAGCGGTGGAAAGAAGAGCTTAAAATTTGTCGGGATTCTGAATGGAGGGTATGAATCAAGCTCTagtgaagaagaagaggaggaggatgaagaggagggTGAAGAAGGAAGTTCCTCTGATGAAAGTGCTGATGGTGCGTGTTCAGACAGCAGTGAGGAggaggcagcagcagctctggagGACACTTCTGATGAGGAAAGGAATATAAATTTGGAGGACAGCGATAGTGATGAAAATGTACAAGCTGTTACAGAAGAGGGGAAGGAGCAGACTGAGgaagtaaaagaaaaGTTTGAGCTGAGTTCAAAGATGCGTGAGGCTTGCCTCATTTTGAAGAACCACCTAAATGATGGTGCCAAAGCAGCAAAGAGTAAAGAACTGCTGTCCAGCACCCACACCGTGCAGTTGGAATGGTTCAGGGTATCCAGTGCTAAGATGTCTCAGCCGACGCGGGTCTCCAACTACCTGATGGCTTTCTCTGAAATCTCCCCTGTCCTGCTGGGCCACGTAGTCAACATGACTGACGGCAATGGCAACACAGCTTTGCATTACAGCGTCTCGCATTCCAACTTCACTGTGGTTGGCCTCCTGCTCGACACAGGGAAGTGTAACGTGGATCAGCAGAACAAGGCCGGATATACCGCTGTGATGCTGGCAGCTTTATCTGCAgtgaaggaggaggaagacATGGTGGTGGTTAAGAAGCTGTTTAGTCAGGGCAATGTCAATGCTAAGGCAAGCCAGGCTGGGCAGACTGCACTGATGCTGGCAGTGAGTCACGGGAGGCAGGAGATGGTGCGAGCACTACTGGAATGCGGTGCCAGTGTGAACATACAGGACGACGAAGGCTCCACGGCGCTGATGTGTGCCAGCGAACACGGCCGTGCTGAGATCGTCTCCCTGCTGCTGGAGCAGGCAGGCTGTGACATTTCCATCGTAGACAATGATGGCAGCAACGCCCTGTCCATTGCCCTGGAGGCATCCCACAATGACATCGCTGTGCTGCTGTATGCACACATGAACTACTCTAAAGCTCAGGGAGAGGTTCCCAAAGCAAACCCGAGAAGTCCATCCAGTCCTAGAAAGCTATGGCCATCTGAGTAATGCAGCCTAGCAGAGCTCAGGCAAATGGAGGAAAATGGATATTAGCAGGACTAACTATCTTAACTGGAAAACTAACATTGTTTATATAACAGGTTTACatgtaataatactgtataggCCGGCTGTTCAATTCCCAGTTACTTATGATCATATTGTGTTACCGTAcaatcattattaatataattattattgtgtgCCACTTTACTAATCACATTCATTTCAGTTGGGAGGACAGATGTATGTCTGTACatggtttaaaacattttttatcagTAAGGTTTttcagaaatagagagagagagagagagagagagagagtcagggCCTCGGTCTGTTTATCCTCATGGTTCATGTCAAAGTAGTGAGctagcatttgtttgttaagTCTAAGAAAGATTCAGTATGGTTTTGTTGTGTCCATCATTTTTAACTAGTAGATTGATGGTATACAGTCAAATATGGTAAAAGCACCAGCCTGTATTTGCTTGGGGAAAAAAGCAGTTTactttattgatatttttatgtaaatataaaataaatttagatACATTTGAGAGCATGTAGGTATTTTGCTCTATAAAACGATGACTGTGGCTTTAAAACGTTTGCATGAATTCAGTAAGTATTCAAAAAGTGATAAATCAGGGAGTgtatttttgtcagttttggGTTTGGGATTCACAGTATTTAATTCACAGTgccttacatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatataaagagagaaagtaTGCACTGACATCCTGTTTCTACTGGGTCACGCCCCGTTAAGTGGACTGAGtggcaaaatattaaatattatagacCATAGCTTTGTTTCTTATGGTAAGCTTGCAGTGAAATAAGTAATTATATGCTTACATTTAAGGCAGATGACTAAAAAACAATGATCAGTGGAAATCAATATGtccaaaaaataaagtgttttcctTCCATTTGTATTTACCTGATTTCAAGGCCGAGGAAATACACTAACCAGTGGTTCTGAATCCTGGTCCTGGAGTACCACTGCACTACTTGTTTTAGCATGAGTCTCAATTGCGTACTAATTACTAATGCTTACTAGTTTTGTATGAGCACGAGGTTTGTTGTATAGATAAAAGTTTCAAAATTGCATATACTCAAAAAAcactggaattctaagcttaccgTAAATAATCGGAAGCGAtttgctcacccaaataaacagttttgaggagagaaatctgtgtagatgaacatccagtgctcatttgactttgaaagaaggtgaattagaagggaaagaCCCTTGTTCACTTCAAGTATGCATTCGTACTActttctcaataaataaatgaccaagaataatattttgtctttttttttaactgggtTCTCATTATCTAATTATCTGGTAATgctttgtatttatattattcagAAATATATATGGCATAGCAATGATCAAATACTCCCCATGCCAAACCAATGCTATTAGGATAtggtatatagtgtatatacatttgTAGGTTTAGAATAAAGTGTCTAATTGGGAGGCAATTAGTGTTTTCGTGTTGTAACTCAACCAGTTCACCTCAGCAAGGACAAGCGCAGTGTTACTCCATGACCAcgttttaaaaacactgaacatacaTAGTTTGGTGCTTGGATTCTGGTTGGTTTAGTTAGTAGCAGCAACCAatttgtttttctcagtttaaaaaatgtaaaacttttgtcagtctgtaaaatgtaagacagacacagcagtgctgctggagtttttaaactgataatgtctgtgtccctgctggactgagaatagtgcACCAACTAGAAACCAGACCACTGAGGAAGTAAGAATGACAGtacaaact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Function

GO: NA

KEGG:

id description
K22808 KANK; KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU78389 lncRNA downstream 34728 41852589 ~ 41944829 (-) True G58145
TU78401 lncRNA downstream 44983 41876263 ~ 41934574 (-) True G58152
TU78411 lncRNA downstream 68447 41910783 ~ 41911110 (-) True G58159
TU78395 lncRNA downstream 75879 41900110 ~ 41903678 (-) True G58149
TU78249 lncRNA downstream 526575 41449213 ~ 41452982 (-) True G58031
TU78442 lncRNA upstream 17707 42051950 ~ 42052535 (-) True G58185
TU78441 lncRNA upstream 18634 42052877 ~ 42053889 (-) True G58184
TU78448 lncRNA upstream 48024 42082267 ~ 42082568 (-) True G58191
TU78472 lncRNA upstream 78947 42113190 ~ 42113620 (-) True G58208
TU78510 lncRNA upstream 289592 42323835 ~ 42324250 (-) True G58236
XM_007247928.3 mRNA downstream 451667 41516965 ~ 41527890 (-) True pex10
XM_022670930.1 mRNA downstream 466470 41493604 ~ 41513087 (-) True LOC103034037
XM_022670702.1 mRNA downstream 485886 41457996 ~ 41493671 (-) True LOC103033502
XM_022670703.1 mRNA downstream 485886 41458610 ~ 41493671 (-) False LOC103033502
XM_022670701.1 mRNA downstream 543079 41405371 ~ 41436478 (-) True clcn6
XM_007247937.3 mRNA upstream 53145 42087388 ~ 42177716 (-) True LOC103037059
XM_022670710.1 mRNA upstream 53145 42087388 ~ 42177716 (-) False LOC103037059
XM_022670709.1 mRNA upstream 53145 42087388 ~ 42177406 (-) False LOC103037059
XM_022670711.1 mRNA upstream 54441 42088684 ~ 42177716 (-) False LOC103037059
XM_022670713.1 mRNA upstream 174473 42208716 ~ 42389129 (-) False acot7
TU78238 other downstream 581079 41396086 ~ 41398478 (-) True G58022
trnaw-cca_41 other downstream 1373457 40606029 ~ 40606100 (-) True trnaw-cca_41
TU77868 other downstream 1800491 40178695 ~ 40179066 (-) False LOC103037008
TU77816 other downstream 1860462 40117789 ~ 40119095 (-) True G57727
TU77625 other downstream 2416666 39560460 ~ 39562891 (-) False LOC103030299
TU78780 other upstream 1068627 43102870 ~ 43107623 (-) True G58435
TU78909 other upstream 1648081 43682324 ~ 43682684 (-) True G58537
TU79066 other upstream 2333657 44367900 ~ 44368368 (-) True G58649
TU79103 other upstream 2439916 44474159 ~ 44477666 (-) True G58678
TU79140 other upstream 2586064 44620307 ~ 44622074 (-) False snrnp200

Expression Profile