RNA id: TCONS_00012081


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00012081
length 125
RNA type snRNA
GC content 0.49
exon number 1
gene id XLOC_006136
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 34883246 ~ 34883370 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGTTGTTTGAGAGGAGAGAAGGTTAGCACTCGACTTGACAAGGATAGAAGAGCCTTTGGTGACCTTCAGCGCACATACGACTAATGCATTGCCACCTTCTCTCTCACCATGATCGGGGTGGTTT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000118167

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00013639 lncRNA upstream 85113 34752174 ~ 34798133 (+) False XLOC_006135
TCONS_00013638 lncRNA upstream 85113 34752174 ~ 34798133 (+) False XLOC_006135
TCONS_00013637 lncRNA upstream 85553 34752174 ~ 34797693 (+) False XLOC_006135
TCONS_00012080 lncRNA upstream 106907 34752314 ~ 34776339 (+) False XLOC_006135
TCONS_00013410 lncRNA upstream 110651 34752174 ~ 34772595 (+) False XLOC_006135
TCONS_00012086 lncRNA downstream 600248 35483618 ~ 35522176 (+) True XLOC_006140
TCONS_00013642 lncRNA downstream 1105785 35989155 ~ 35995167 (+) False XLOC_006149
TCONS_00013643 lncRNA downstream 1106386 35989756 ~ 35995167 (+) False XLOC_006149
TCONS_00013644 lncRNA downstream 1106861 35990231 ~ 35995167 (+) False XLOC_006149
TCONS_00013645 lncRNA downstream 1106987 35990357 ~ 35995167 (+) True XLOC_006149
TCONS_00012077 mRNA upstream 132947 34689663 ~ 34750299 (+) False XLOC_006134
TCONS_00012078 mRNA upstream 137493 34690158 ~ 34745753 (+) False XLOC_006134
TCONS_00012075 mRNA upstream 324325 33703784 ~ 34558921 (+) False XLOC_006132
TCONS_00012074 mRNA upstream 1187950 33689740 ~ 33695296 (+) True XLOC_006131
TCONS_00012073 mRNA upstream 1192566 33688474 ~ 33690680 (+) False XLOC_006131
TCONS_00012083 mRNA downstream 455812 35339182 ~ 35390095 (+) True XLOC_006138
TCONS_00012084 mRNA downstream 589433 35472803 ~ 35481843 (+) False XLOC_006139
TCONS_00012085 mRNA downstream 590865 35474235 ~ 35481790 (+) True XLOC_006139
TCONS_00012087 mRNA downstream 645237 35528607 ~ 35538624 (+) False XLOC_006141
TCONS_00012088 mRNA downstream 645237 35528607 ~ 35610118 (+) True XLOC_006141
TCONS_00012076 other upstream 456881 34426248 ~ 34426365 (+) True XLOC_006133
TCONS_00012045 other upstream 1898477 32984654 ~ 32984769 (+) True XLOC_006113
TCONS_00012044 other upstream 2036637 32846493 ~ 32846609 (+) True XLOC_006111
TCONS_00012037 other upstream 2490747 32392383 ~ 32392499 (+) True XLOC_006105
TCONS_00012034 other upstream 3105720 31769821 ~ 31777526 (+) True XLOC_006100
TCONS_00012082 other downstream 86149 34969519 ~ 34969645 (+) True XLOC_006137
TCONS_00012108 other downstream 1708824 36592194 ~ 36606932 (+) False XLOC_006151
TCONS_00012134 other downstream 2790808 37674178 ~ 37674294 (+) True XLOC_006162
TCONS_00012135 other downstream 3267147 38150517 ~ 38150637 (+) True XLOC_006163
TCONS_00012137 other downstream 3342787 38226157 ~ 38277981 (+) False XLOC_006165