RNA id: TU37114



Basic Information


Item Value
RNA id TU37114
length 8301
lncRNA type intronic
GC content 0.37
exon number 2
gene id G32720
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000004
NCBI id null
chromosome length 17451736
location 12913214 ~ 12921534 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


GCGGTCTGGCGGAAGCTAGATATTTTACTTCATAACTTGGATATAATATAATATGGATATATTTTTTTACAAAAACACATCGCTTCAGAAGGCCTTTACTAACCCCCTGGAGCCGTGTGGATTATGTTTATGATGGATGGATGTGGATGGAAGCACTTTCTTCAGCTTATACTCGTGACCCCTGTTGACTGCCATTATAAAGCTCGGATGCGTTATTAATATTTCTCTGATTATGTTCATCAGAAAGAAGAAAGTCATATACACCTAGGATGGCTTGAGGGTGAGTAAAGCTTGGGCTAATTTTCATTTGAAAGTGAACTAATCCTTTAAGTACGACAAGTGCACCTGCCCAAAGTGAATAGTTCAGTCAGTAATTCATTTAACCGTCTTATAGTGCTGATGTGTCAGGATGCTGTAGCCTGCAGAGTTTTGTCTGTGACCGCTCTCAACTGAAACTTGGCCTTTCGCCTGCTGACCAGCTGGCCCAAAAGGCTCTGACTCACAGGAAACTGACAAAGCCTCCATGAGGCGGGACAGACATTGTCTCTGGCCCGCTGACATTGTTCTCTCCTTTGGGTTTCTATCAAACAAGAGGGGAAATCTCATCTCAGAGATAGCTCTTTGGGAAGGAGCACAGCCAAGATTTTGTGAGAGGTGAGAGGCAAACAACAAGAGAGATCAGAAAAGGCAAAGATTAAAGGGATAGTTCACTCCAAAATGAAAATTTTGCCATCCTCATGCTGTTCCATATTCCATCTACTTCTTTTAATTTTAATTTTAATTTTTGATTTAACTGATTCTTTAAGATGGAGCTTTTTAACTGACATTTGAGAGGGTGTTGACAGTCCAGCCCTTTTTGTTTTGTTTTGTTTGCACTTAAACCATCACTTTTCTTGATAAATTCTGTATTGCTGCTGTAAAAAAATACTAAAAAGTAGAAGTCTGAGAATTGTGTAGTGTAGAAGTGATAATTGCCAGTATTCATGGACACAGTATGATATGGATACAGTATAATGTGCACATGCCTTAAGCACAGTTTCTCCTCTTCTCTCTGTTGAGTCAGTTGCTTGCTAGTTGGGTTGTCAGGCTGCCACGATGTGTTAATAGTACTGTAAAACCAGAGATCTGTATGTTGTAAAAGAGCTTAGAAAGCAAACTGGGTTTGGCACCAAGACAGAGTAAAGTCTACTATTTTGTGCAGTTCAGGAATAGTATTAAGAAGACACATCTTCTTTTTCCTTTTTTTAATAAAACTTCATTTTCCATGCTTTGTTAGCACTAGAAAATGTTTATATTTTTATTTTTTTTGGCAGTCAGCCCATTTTCTTTTCAAGCAGTATTTTCTCTTGGTGTTTCAAGCTGCACTGCTTGTGCACGAGTTGTAGTAAATTTTTCAGTAAGGCCAATTTCAGTCAACAATCAGTCATGTGTGTAGGATGTGTATGTAGACATAAATCCATAAAATGGTCCCTTTACAGGTACCTTATTTGATTTGATGTTCCACAGTAACTCACACTTACTATTTTACTCTTATGCATACTGTAACTTATGCACAGTGTTCTCATTCACCATTAGAAACATGAGTGTATTAACAAGGGTGTTATGATCCCATTTGTTTCCATTTTATTTAGTCATTTCATTATTAACTATTAAACTGGAAAATCAGTTTCGAATCATTAATGAAAAATTGAATGGAGGTAAAATTATCTTATCTTATTTATTTTTAAATTCCATTAAAATTAAAGGATTAGTTCACTTCAGAATTAAAATTTCCTGATAATTTACTCACCACCATATCATCCAAGTTTGTGTCTTTCTTTCTTCAGTCGAAAAGAAAATGAGGTTTTTGAGGAAAACATTCCAGGATTTTTCTCCATATAGTGGACTTCAGCAGGGTACAACGGGTTGAAGGTCAAAATTGCAGTTTCAGTGCAGCTTCAAAGGGCTCTACACGATCCCAGATGAGGAATAAGAGTCTTGTCTAGAGAAATGATCGGTTGGAAAGTTGGAAAGGTCACACGTGACGTGGGCAGAAGTACCGATGCAGTGTTTACAAAGCCAATGTGCAAAGACTAAGTCAAATGCCCTTTACAAAAAAAGGTAAAAACAACAATGTCGGACGATTTTGAAGTTGGAGGAGAAAATGAGATGGAGTTTTTCGCCCTACCGTGGTACTTTTGCCTGCATCACGCAGGACCTTTCCAACGTGATTACATAATGCTTGGCACATCGCAGAGCAGTGCAATACGAGCATTTGTGGTTAAAAAGTATATACATTGGTCATTTTCTAAAAAAAAAAAAATAAATCGTTTCACTAAATAAGACCCTTAAGGCCTTTGCACACTGAGTCCGAAATTTTCGTATGCGTTTTTTCGTGTTCGTGATCCTAAAAATTCGTCACACACAGAGACCTTGCACACTGATGCGTATTAATGAATCCGTTGTGAAAAAAATCGCAAAACAATACAAAATGGAGTCTTCAAGCAGTGAGCATGATTTAAGGAGGAAATATTGGGTCCATCCAATCCCGAGATTGCGTAGAGAGGAAGGAGACTTCCACCTCATCAAGGAGCTGCATGATTATCCCGAGCGATTCAAAGTTTACTTCAGGATGTCAGTGGCTCAATTTGATGCTTTGCTAGCGATACTGGCACAATCTGACTTTATACTCTGTCTCTTTGTATTCCGCACTTTGTTTGTCATACAGTGCTACTGCTTTGTAGATGACGTGGATCAACTTGTCAGGTGGCATTCGGGATTTTGGCGTTCGCTTGTACGGTGGCTCTGAATTGTCAAAATGTCTCTCAAAATGCGTGCCACGGATGCGAAAAACGCAGAAAATCGAACCTGATGTGAATTTTTTTATGACGGACGAAAGTTTCGGAGGCAGTGTGTAAACTTGATTGACACAACGTGAGGTCGTTTTTATTTTTTAATGTACGAAAATTTTGGAAAAGTCCTTTATTCCTCGCCTGGGATTGTGTAGAGCCCTTTGAAGCTGCATTGAAACTGCAATTTGGACCTTTAACCCGTTGTACCCTGGTGAAGTCCACTATATGGGGAAAAATCCTGGAATGGTTTCCTCAAAAACCTTAATTGTACTTCAGTCTTAACTGAAGAAAGAAAGACATAAACATCTTGGATGACATGGGGGTGAGTAAATTATCACCAAATTTTAATTCTGAAGTGAACTAATCCTTCAATAATTCAGAATGGGAGCCTCTGGGTTTTGTATTGTTTTTCTCTCTCTTTTTTTTAATTTTTTAATTTTTTTTATTTGTGGTCCTGTAACTTTTATTTGGAGTCTCAAGCCCCCCTCAATTCAAACACTGCTGTTAAACCTTCTTTAAAGAATCTTGGTTCAGTCCCTTACGGTTAGTCCTTCAGGCACCCCCCTGGCATTTGATCTCTCTCTTTTTAATTGAAGTTCAGATTTAGGCCTTCTTAATGAAGAAAAGTCTAGCCAAGTAGCTAAACATCAGCATTTTCCTGTCTAACTTTGCAGCAGTTATATAATCTAATAGAAAATTGAATATATAACTAAGACTGAGAAGCAAAATTGTAATAATCTCAGTTGAAGTTTCAATCGGCTCTCCATTTTGAAAGATATAGTTCATTAAAGCCTTAGCAAAGATGCACTTTTGTTCATCCATTTCAGCCTTGTTTTAAGATTCTTCTTGGGATCTCTCTCCTGAATTATTTATAATCCTTCTTCGGTTTTCACTTGGTACATGGAATTTCCTGTGGCCTGTTAATAGTGAAACAGCTTTTTAGTGTTTTTCTAATACTTCCTTGTCTTTGTATGGGCACCCCAGGGTCTGTAGGGTTCTCTGCTTGAGCAGAAGGTATAAATAGCTCTTTGGCATCACCCAGCCGGGTCCATACTCCGCCCCTCACCTTCCCTGGAGCTCCTGTTTGCTTCCACCAACACGCTCGCTGAATATTTAGTTCAAGTGTAAGGAAACTTAATGTTCCTTGTCTTACAAGAAGAATACCTTCACGTATTACTTTATAATGAAACATTTTCATCTACTGAGCAATGCTCAGTTTGTGCAGCGGCTTTTATGTTTGTGCATTTTAAAACAGTTAAAATTCTACAAGGTAGCAATTATGCAAGAGTGAAATATTCAGTGGTATTTTGTCCACTAATTTCATCTCTTGATTCAATTCGGTTGACTGCACATTCATCACTTAATATAGATGTTTGGCTTTGCTCATTTGAGCACATCTTGTTTTCCTCATCAGAAACTAATTGCTTTCAGTTGCTTTCATAACAGTTTCTCAGATATTTAAGCAACCATTTTTTTATTTGTGCATTTGAAGTGGAGGATATTGAAATGGAAAAGCATTGATAATTCATCAACATTTAACATGATCAACCTGATTGTATTCTAGAGTCCTCAAAGAGGCCCAAAAAGGGTAAAAGTGGGGTATAGCAAGAGATAAATCTGTTATAAGGGAAGAAGTTGATGTAATAATTAGGCATGTCATTTTCTTATGGGATGCAAAAGCTTATCAATACTTGATCATAAAGATGGTGAAGTTCTCTGGATTCTGGAAAGGGAAATATGTATTTGAATGAGGCTGTTTTCTGTGTTCAGTGTTATTTTAGTATTATTGATATACTATTATAGTATTAATATTATGAATTAGCTTTTATTTTTATACTTTCAGTTTTTATTTTAATTTTAGTATGGTTTTGTTTTCACTGTGTTTACTGTGTTTTGCCTGAAGGTGTGTTCACGCCATGTTGTAATTACCGTAATTACGAGATTTCAATTTGTAAAAAGCATTCAGGTCCTTGTAGAGCTTAATTACAGCTTGTAAAATGGGAATATTCTGCAAGCTTCTGCTTGTACCACCTGATCGCTGCAGATTAATTTAGGTGTTGATAGTGTTTTTATAGAAACTAAAGGTGTAACAGTTCAAATTACTCACGGTTCGGTTTGCATCGCGGTTTTAGAGTCACGGTTTCGGTATGGTTCGGTTTGTGCTATGTT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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU37176 lncRNA downstream 115283 12797682 ~ 12797931 (-) True CI01000004_12781663_12809789
TU37095 lncRNA downstream 131724 12775782 ~ 12781490 (-) True G32701
TU37101 lncRNA downstream 200038 12707058 ~ 12713176 (-) True G32707
TU36981 lncRNA downstream 257387 12600800 ~ 12655827 (-) True G32606
TU37026 lncRNA downstream 319192 12593388 ~ 12594022 (-) True G32647
TU37195 lncRNA upstream 44336 12965870 ~ 12966103 (-) True G32798
TU37207 lncRNA upstream 60922 12982456 ~ 12982781 (-) True G32810
TU37219 lncRNA upstream 77608 12999142 ~ 13000643 (-) True G32822
TU37220 lncRNA upstream 80697 13002231 ~ 13002542 (-) True G32823
TU37104 lncRNA upstream 124285 13045819 ~ 13046163 (-) True G32710
CI01000004_12781663_12809789.mRNA mRNA downstream 103425 12781525 ~ 12809789 (-) False CI01000004_12781663_12809789
CI01000004_12748162_12752913.mRNA mRNA downstream 159939 12747939 ~ 12753275 (-) True CI01000004_12748162_12752913
CI01000004_12574165_12577698.mRNA mRNA downstream 333035 12574085 ~ 12580179 (-) True CI01000004_12574165_12577698
CI01000004_12550061_12550882.mRNA mRNA downstream 362283 12549886 ~ 12550931 (-) True CI01000004_12550061_12550882
CI01000004_12404227_12411145.mRNA mRNA downstream 501549 12403532 ~ 12411665 (-) True CI01000004_12404227_12411145
CI01000004_12952019_12956814.mRNA mRNA upstream 30225 12951759 ~ 12956814 (-) True CI01000004_12952019_12956814
CI01000004_13086552_13088659.mRNA mRNA upstream 163290 13084824 ~ 13088898 (-) True CI01000004_13086552_13088659
CI01000004_13089864_13091636.mRNA mRNA upstream 167049 13088583 ~ 13091669 (-) True CI01000004_13089864_13091636
CI01000004_13094468_13114401.mRNA mRNA upstream 172052 13093586 ~ 13114998 (-) True CI01000004_13094468_13114401
CI01000004_13127356_13168751.mRNA mRNA upstream 205822 13127356 ~ 13168751 (-) False CI01000004_13127356_13168751
TU36531 other downstream 528434 12376168 ~ 12384780 (-) True G32207
TU36455 other downstream 1132263 11776519 ~ 11780951 (-) True G32150
TU36279 other downstream 1500307 11407465 ~ 11412907 (-) True CI01000004_11407198_11412220
TU35313 other downstream 2162573 10746437 ~ 10750641 (-) True G31203
TU34309 other downstream 3506293 9377937 ~ 9406921 (-) True G30316
TU38237 other upstream 1629266 14550800 ~ 14551284 (-) True CI01000004_14543631_14551256
TU38247 other upstream 1647259 14568793 ~ 14569264 (-) True G33746
TU38255 other upstream 1656924 14578458 ~ 14579001 (-) True G33750
TU38261 other upstream 1659872 14581406 ~ 14581873 (-) True G33755
TU38263 other upstream 1663637 14585171 ~ 14585745 (-) True G33756

Expression Profile