RNA id: TU37369


Basic Information

Item Value
RNA id TU37369
length 12773
lncRNA type intronic
GC content 0.38
exon number 2
gene id G32961
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000004
NCBI id null
chromosome length 17451736
location 13640557 ~ 13666445 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

CATAAGTGTTTTAAAACGTTTTGAAATTTTAATGGTTCACGTGACTTTGGCAGTTTGATACATGCTCCGAACCACTGATTCGAAAACAAAAGATTCGTAAAGCTTCGAAGCTCACATGAACTGTTTTAAATATGTCTTTAGTAGCTTTCTGGGCATTTGAAAGTGTTAATTATCTTCCTGTCAATGCAGGCCTCACTGAGCCATCGGATTTGATCAAAAATATCTTAATTTGTGTTCCCGAAGATGAACGAAGGTCTTACAGGTGTGGAACGACATGAGGGTGAGTAATTAATGACCGAATTTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAGGTTTTGAAACATCCTTCCCGCCTATGAGAATAACTGAAACTGACGAAGAAAACATGCAAATAGGGTACGCTAAAAGAAAAAGATGTTTTTCCTAATTTGCAATGATTATACATAAAAAAAAATGTGTTCATCAGTTCTGTGAATAACCTAATTTGCTTATCAATTTGAGAGTAGCTAATGGATATCAGCTTTGCATTCTGCTGGAGTCAAAGGACAATCACCATTTTGCATTATGTAATTTCATAGGATAACATGCTGTGTCTCACAATGTGACCTTATCTCTCTGTTATTGAATCCAATGAGGATTTTGTTTCTTCTTTATGCCTTGTCGCATTCAATCATCCTATTGATATTGTGAATGTGTTACCACACTCAAAATACAACACACTGCAGCCTCATCTGAGCTGTGGAATCTTCCGTTTCGGCCCTGACCCGTAGGTGATTTCTTTTTCTCCCAGAGGGTTTGTGTGTGCATCACTCTTCATAGCATAAATAATTAATGCGTTCTTTTCCCCCATATACACGAGTAGGTGTCGGTTCGGCTGGGGTCTGGTATCCGCTGAGGTAAGGACACTCATGGATATACTTTGGCATTATTATAGCAGAGGGACTATTGGAAAGGGACTGTTAAATAATGTATATTTGCCCGCTCACTCTTTTCATCCACCCCTTGTGTTCAATAGTGCAGAGCCTGTGGGTGGGATGGAAAACACATGCAGTCAAGTCTCCGGCAGGCATGATATGATATTTATAACGTCTTCGGTATTATTACACTCCGCAGAGTACTTTGGGATGATGATTAAGTAAAGTAGGCAGTCATTTTGCTATACGCTTACTTACTGCAAGCTATAGCTATGTTTTCCTTGTGTAAGCAGAGAGAACAGCAGGTGTTGCTGTAAGCATCGGACCGCCTGTAATGTCTCAAACAGCCAAAGGATTTGGCTCTGAATTCGGTTAGCACGTCTCAGATGTGTCAAAATGTGAAAATCATGCTGTTTTCTCTCTAGGGCAAACTGAGAGTATCACTGATTTAGCAACCCAGCACTATGATTTCACCCCCAAATACGTTTTCCTTTTACAGATCAGCTGATCATCTGGTGTGAACATGAGAAAATTGGAGAAAATATATATATATATATATATATATTAGTACAGTGGACAAAGTATGGCATCTATTCTGAATAAGATTTATGGAGTTGTGGCCAATTTTATTGAATATTTTTTATGGAAATTACCACGCCAGGATTTATGTTGTGGTTCATAATTTACATATTGTGATAAATCTTCCCTGGAAAAAGAAGAGTTGGTCCTCATAAACATCAGAATGTCCTTTTGTCTTAATGTCCCATAGTATTTAGTTAGTCAATCACAGCTAACTAGTTACCATTCATGTCTAATGTTCAAGATCATCATTTCAGAATTATGAAATTATAATGATGGGAACTGCACAGAATGTATTGCTCATACATCAAAATAGGCAAAATAATAAACAAATTCCTTTTAGAACCCAATCCAAATAACATATTTCTAGCAATGTTCTTGTTGAGGGGGTTTGTTTTTGTCATTCAGGACGTGACACGTTTGCCATTTACAATGACGTGCACATCTCATGCCATAGTTGGTAGAAATAGGACAATAAAAAGATGTTGGCGAGAGAACTGCTGTCATCAAATGCTCAGAGAACTACATGTGACAACAACTTATATCTTCTCCTCCAATATACCCTACACTGCACAGTATGCAGCATGAAAATAAAGGACATACTAGTTTATCTGATGCGCCACATGAGCTCAGCACTGCAGGGTGAATTTCCAGCTTTCTGACACCTCTTCATACTTCAAGTATGCTGCTTGTAGAATAAGGTTTGCGCTGACATCTAGCACTTCATACACCAATGTAGACATGCCAGAAAATGACTGTATTGCCATTACATGGAATTGTCTATAGTGTGAAACCTAAGATCTTGGTTCAGTTCCCAGAATAGCAACTCTATTGTTATAGATACAGAAATCGCATAGTGTTGGTTGGAAGTAATTAAACATCTTGAAGTTTACACAGAGAATAAACCAAAGTCATCATAGAAACATATCTTTTTAGGCGGGTTTATCTGAAACTGATTATATCACAATAACAGACTGTCTTAAAAAAAATAAAAAACATTGAAAAAAAAAATAATGGAAAAATAGCAGAAAATTTGCATAGACTTTGAATTTCTTCCTGTTCAAATGTAGCATAATAAATGCTACTCAGAAAACTAGAAAAATATAACTATATGTATGAGATCCTCAATTAAAAATCTGAGTATCAGCCAAAGATTTGATGTCTCTAATCTGGCAAATTTTGGCAAATTCTGTGAATAGCCTTGCTGTCAACCTAGTACCTTGTAAACGCAACTTAAAAAAAAAAAACATTGTTTGCTCTTACTCTTGAAGGTTGTGTAAAGTCAGCCAGTCAGATTAGAGCTTGCCAGAAAGTTCTTTCCAGAATTGTGAGCAATTTGCATCAGTCGGCGGGCAATCTGTTTGAGGCTGAAACTATGTAGATTGACTTGGTTTGAAAGTTGATAGTTAAGATAGATAGATCTTAGATCTTCCCATTCTGTGGTTCTCTAGAATATGAATGTTTTCTAGAGAACGTCAATTTTAGCTACAGTACTGAAACACTTACAACAAATAAATCTTTAAGAAAAGATCACTGGGGAAAAACAACCTAAAAAAACTTGTAGTTTGGTTCGTTTGGTCCGGACCAAAGAAGAAAAAAAAAAACATTTAGTCCTGGTCCGATTAGCGTTCAGATTGGCAGTTTTATTACCGAACCAAAAGATACCGAACCTAAAGGCACAGGGATACGTTCACAACCTGATTGGTTGAATTTTTTGACGTATTGCCAATTCTGAGACGGAACTAACCGAACATCCAAAACAATGCTGTGTGCGGAGGTAAATGCACTTGTTGTGTGTGCGTAGCCTGCATATGATAGTATTTTGGCCAGCTGGGAACCCGTGAAGAGCTTATAAAATGTATAAAGGAGTCAAAACTGTGGCGTGAGGATTCTGTAATTTTTAGGGTCTAATCTTCCTGTTTTTGGTTCGATTACATGTCTTTAGTCCGTGTTGCGTTCATATATCATTCGAACCGCACCAGAGTTCGTTTGGAAGCGGACCGAGACCCATCTTTTCAGCGGTCTCGGTCCGCTTGTTTGGTGCGCACCAGGGTTCGGATGGCAGCTTTGACACATGTTCAAATGAACCGCACTAACAGAGCAATCGCACCAGGGTTCGTTTTAATCGAACCAAACATGACAAGTGTGAATGCACCCTTAGAGTCTTAGAATCAATAGAATAATAAACTGCAGAACTTGCAATCAGTGTCAAAACTTTGCCCATTGATTCAATTTAATTTTCATTGAATGTAATGAATTTTAACACCAAAAAAAAAGAAAAAAACATAGGCTTAGTGTTGGATTGAGTGTCCAGATGAGTGTTTGGCAGAGAAGATAACAGCACTGTCTTTTCATCTTTGAAAAGAAGAAAAGAAAAGATCAGAGCTGGTGAAAAAGCTTGTTTGAAATCCATTGTTACAAAAGACGTGCACCTTCTGGCAAATTGTTTTCTATGCTAATACCTCAGAGAGTTACTGCGTCTTTGTTTTGTTATTTGTATGCTATAGGTGAATCTTGTTCTCTGTAATTGCTGATTTTACTCTGGGGTTTGTAAGAACTAAGACAGTGTCCCACATTCTGCCTTATAAAGGTGCATGTCAACCAAAAATTGTTCATTGGTTTGACACTGTGTCAGTCACGAGATAGCTTAAATTGATTAATTATCTCCATTGAGCAATACAAGCGCTGAATATTATTTTCACTGCTTTTTATACCAGATAAAGATCACACCAGGGCGAGAACCATTGAAGAAACATCCCATTGTCAAGGCCACAGCAGTGGAACAGAGTCTCTGATTCATGGGGTTTGAATCATCAACTAGAACAGGTCTTTAAGCAAACACTACAACCTTGTTTTAAAGGGGTGGTTGATTATGATTTCACTTTTTTAACTAGTTAGTGTGTAATGTTGCTGTTAGAGCATAAACAACATCTGCAAAGTTACGACGCTCAAAGTTCAATGCAAAGGGAGATATTTTCTTTTAAAGAATTCTCTGTTTAAGGACTACAACAAATGGCTGGTAGGGACTACAACAAGCTTCTTCTTTGAACGATGTAAGGTTGAACACCATTACTGACAATCCTCATTTTGTCTGCTGGAGATTCTCCAGCTTTGTTGTTGTTGAGCATCTGAAGTGCGAGCTGTTAAAGCTCCGCCTTCTTCTGGAAAGCGGGCCGGGAGCAGCAAGAAATAAATGCTCATTTGCATTTAAAGGGACACACACAAAAACGGCGTGTTTTTGCTCACACCCGAATAGAGGCAAATTTGACAAGCAATAATAAATGATCTGTGGGGTATTTTGAGCTGAAACTTCACGGACATATTCTGGGGACACCAGAGATTTAAATTACATCTTGTAAAAGGGGCATTATTGGTCCCCTTTAAATCTGAATTGTTGTGGGTGTTATGAACAAAATTTTATATCTCAGTGATGGTGTATATCACTAAATAATTATTTGTGCTAGAAATTAAACTCAAGTTGAAGTTAATTTCAGTGTAAATGTGTTTTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU37439 lncRNA upstream 97478 13540593 ~ 13543079 (+) True G33029
TU37332 lncRNA upstream 309173 13331184 ~ 13331384 (+) True G32927
TU37331 lncRNA upstream 311007 13329314 ~ 13329550 (+) True G32926
TU37294 lncRNA upstream 383335 13256930 ~ 13257222 (+) True G32894
TU36974 lncRNA upstream 407606 13231587 ~ 13232951 (+) True G32599
TU37498 lncRNA downstream 112321 13778766 ~ 13779068 (+) True G33077
TU37507 lncRNA downstream 159535 13825980 ~ 13826207 (+) True G33086
TU37520 lncRNA downstream 364468 14030913 ~ 14031127 (+) True G33092
TU37552 lncRNA downstream 380139 14046584 ~ 14047484 (+) True G33122
TU37568 lncRNA downstream 446544 14112989 ~ 14113488 (+) True G33137
CI01000004_13467845_13475703.mRNA mRNA upstream 164353 13467845 ~ 13476204 (+) True CI01000004_13467845_13475703
CI01000004_13211489_13233786.mRNA mRNA upstream 406363 13211489 ~ 13234194 (+) True CI01000004_13211489_13233786
CI01000004_13197104_13205895.mRNA mRNA upstream 433972 13197104 ~ 13206585 (+) True CI01000004_13197104_13205895
CI01000004_13062721_13076100.mRNA mRNA upstream 564329 13062721 ~ 13076228 (+) True CI01000004_13062721_13076100
CI01000004_13043279_13051835.mRNA mRNA upstream 588593 13043237 ~ 13051964 (+) False CI01000004_13043279_13051835
CI01000004_13708254_13713625.mRNA mRNA downstream 41442 13707887 ~ 13714179 (+) True CI01000004_13708254_13713625
CI01000004_13785437_13800307.mRNA mRNA downstream 118371 13784816 ~ 13800307 (+) True CI01000004_13785437_13800307
CI01000004_13959453_14004808.mRNA mRNA downstream 293008 13959453 ~ 14004808 (+) True CI01000004_13959453_14004808
CI01000004_14036114_14036449.mRNA mRNA downstream 368948 14035393 ~ 14036589 (+) False CI01000004_14036114_14036449
CI01000004_14099120_14100390.mRNA mRNA downstream 432449 14098894 ~ 14100622 (+) True CI01000004_14099120_14100390
TU36655 other upstream 984846 12642754 ~ 12655711 (+) True G32314
TU36123 other upstream 1445410 12192130 ~ 12195147 (+) False G31865
TU35811 other upstream 1972898 11664773 ~ 11665473 (+) False G31611
TU35813 other upstream 1972979 11664773 ~ 11665473 (+) True G31611
TU35938 other upstream 1998157 11637251 ~ 11642400 (+) True G31710
TU37521 other downstream 357102 14023547 ~ 14031127 (+) True G33092
TU38554 other downstream 1424799 15091244 ~ 15091969 (+) True CI01000004_15091390_15096502
TU38784 other downstream 2272912 15939357 ~ 15939950 (+) True G34220
TU38340 other downstream 2396970 16063415 ~ 16066464 (+) True G33815
TU39001 other downstream 3310883 16977328 ~ 17025469 (+) False G34400

Expression Profile