RNA id: TU64978



Basic Information


Item Value
RNA id TU64978
length 10482
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 3
gene id G57044
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000009
NCBI id null
chromosome length 16003125
location 9118415 ~ 9168730 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


ATGTAACTTATGCTCACCAAAGCTGCATTTATTTAATTTAAAAAAAAAAATCAAAAATACAGTACAAATTGTAATAATTTAAAATATTATTACAATTTAAAATAACCATTTTCTAATTTAATATATTTTTAAATATAATGTATTTCTGTAATGGAAAAAATAATTAATTTTCAGCAGCCATTACTCATAAATAGAAAATTGTTGGTTGGTTGGTTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGACTGACTGATTGAAATGAAATAATATGCTCTTAAATAATAATAATAATAAGCATGCTGGGCAAAGTTTACATCAGTTAAAATGCAGACGCATTGTGAAGACGCAGTAGTTTGTTCTGGTCAGGTTTGTGTCAGACCATCTGATGATACAGTGTGGTGGATTGAAGAGGCTGGGTAACATGAAGGAGTGCTGACTATGAATGGACAATGGTCCATACTGTGAACCCTGAGTCTTGTGATGGGGGTGGACTGACTGTGCCATGTGGGTCCTTGCATGGCTTGGCACTGAGTTTAGCTCTCACAAGACATCAATATAATTAAAAAAAAAACAGACTTGTGATTTAGGCTTTTTTTTCTTTTAAGCTGTAGAGTGTCATTTTTGGATTTTAAATACTGAGATAATTATAAGTAAGACAGTTGTAGGTTGAAGTAGTAGTTCATTAATGAGCATTCATAATTTACTCACCTTCATGTCGTTCCAAACCTGTATGACTTTCTTTCTTTTATGGAACATTAAAAAATATTTTTTGAGAAATGTTCATACAATGAAAGTCAGTGTAGTCCGATGTTGTTTGGACCCCAACATTTTTCACAATATCATCTTTTGTGTTCTGCAGATGAAAGAAAGCCATTCAGGTTTGAAATAATGGTGATTAATTGATAACAGAATGTTCGTTTTTGAGTGAAATATCCCTAAAGAGTAGACTGTAAACATCCAAACATTGCTCTTCCGCTGTAAACTATTTCTGATATGAAAGTCTGTCAGATAATAACTGACTGTTCATGAACAAATGATAACTTTGCAGTACCCAATAAAGTGTTCTTTGATGGATCCAGTTGATTGGATTTCAGTTTGATGCACAGTTCTGAGGATGTAGGCAATATTGTAGGGGGCCGTTTGTGTCTGAAATCACGATACTATGGTGTTTGGTGCAGTGTGGCATGGCACTGGAGCAGAGGGACAGGGTGCTGGGAGTCCAGGAGGACAGGACAGATGGCTCCGCATTGGGTGCCACTGACACCTGAGTAAAGCAGTGCAGTGACTCATGCCCTGATGTAATCATTAGTAATGCTGTTTCAGCCTTCAACATTTTCCAGTCACTATCCATGAAGGTTGCCATGGCTTTTGTGGTTTTCAGGCTGTTATCACAGGGTTATGTATTTCATCATTTGTGACAGAGAGCTCATTTTCTCTTTAGCTAAACTAATAGCCATGTGGAAAGAAAACAAATGCTAAAGGGATAGTTCACCCAAAAAATGAAAAGTCTGTCATCATTGACTCACCCTCATGCCAAAAAATAGCTATTTCTGAGAGTGCATATAATGCAAGTGAATGCGTCAAACTTGACGCTTCAAAAACCATGCAAAATGACAGTGACAGTGCTTCCTCATCTCTTCTTGCATGCACTTCAGAACGTGCTTACGTCACATTTGACAACAGGCTGACTTTTAAGTCAAGCGTGAACGCATGTACCCGTGTTTGAGAGTTGGCCGGTGTCATGATAAATCGGGTCCCCCCTGAAATCGTGTCTCCTCAAACAGTCAGTTAATGATTATATATGAACGATATTAATTTAAGATATGCATAGCTTACTATATAATGCGTACAAAAACACATTAGTGCATAATAAAACCAATTGAACATCATTTCTTACACTTGATTAACTGTTAAATAGCCTAATAATAATAATAATAATATCCTATTACGTGAATAATTGAAAATCAATAATTTGTTTTATTTATAACTTAAATATTTGGATATTTAACACTTAATTTTACACATAATTACATTAAAGATGATTGAGAATATATGGTATATAAGGGTAAGTGCAAATGTGTGTATAAACTAAGCTATCAGGCTAATCGCTTATATGTATGCTATGGTAGTATATAAGATAACTAATAAAGACATAAATGGTCATTATACCGTAGTTGAAACAGTATTTATCATAACATGATTTTGTAAGAATTGTAATCAGGCGCTAAAGAGAGTACCTCTTGAAGCAGTTTGAACCAATGGGATCGCTTGGGGTCCTAAAGGAGACCCGATTTCAGGGGGGGACCCAATTTGTCACTACACCGGCAGCAATGATTTACAGTTTAAAATGTTTAAAATATTAGTATTTTTCTCTCACACACTTATCATTTGGTATCAGAAGACACTGATTCATCCACTTGGATCGTTTCGATTACCGTCGTGTTCGCTTTGTGTAGTTTTTGAAGGGTCAGCTTTGAGGGACCTGTCTATTTGAGTGTGGCACAGGACGGGATTTGAAATGCTGAGTGCGGATGTTTGAAGGAAGATACTGATATGTGTGCGGAAAGTGTGAGAAAGAGATCACACGTGGGACAAAATCTAATTACTGTATCTAACAATAAAAGTTACTCATTTATTTTGTCTTTAAGAATATTATTTGTCTATTGTGCAAAAGGTCATAGGTTTGATTCTTAGTGAAAAAATTGAAAAAAATATATATATCTTGGATGAAATAATCTACCAAATAAATTCATTGTGATTAAGTGAAGTTTGTTGGCTGATCAAGTGCTAATGCTGAAGAGCACAAATGGGCACAAATGTCCCAAGCTGCAAATGTACAAATGTTTTGATATCTTAGAAAAATGTGCCCACTTCTAGAAGCTGTAGCTAGTTTAGTTTTTACCATGAACCCAAGGGCTCAGTGTTTGGCTGGTTAGCATTGTCCAGTTAGCCCCTGTTGGTAGATGTTGTAACTACACCAACGGGGCCCAAAAAGCATCTTTCTCTATTTACGGCCATCTACGTATATATTTATTTATTTAATTATTTTCTATTTTTATTTATCTTTTAATTTATTTACTTTATTCTATGTGAACTGGACTTAGAACAGTCATCAGTAAAGGGTTTGGAGCTGTGTGTGTTCTTGTGGTGTCATTAGCCAATCAGCTTCATCATGATTTTCCTCCAATTCCATTGATTTGTCAGATTCAGTTGCAGTTCAGGTGATTCACAAAAGCTTTCTTTGATCTAAGATACTTGTGGAGTACCCTGCACTAGTCTAGCAACTAGACTTCTTTGCATGAACCTTCGTAAACAGCACCAACTGAGAGAGGAGGGCAGTGCTTAACATCCATGTGAATCTGATTTCTGAGACATCTTTGAATGGCATTGCAATCCTGCTGTGTGATCCAATTCACCCTGGAAAGAATCCTCATGAGGAATTAAGGACAGCAAACACACCACGTCAGCAGCCATTAAAGACGTCTCTCCATGGATCCCCAGGCCTGGGAGTTGAAATCGAATCACCTCTCTTGACATCAACAACTGATCTGTGTGAGCCTCTCACCCTCCCCGTGGTGGTGGTGCTTGGAAAACTGTCCCGCTGCCATCATGTTCTCACTGCTGTGATATCATGCACACCTTCATCTCCAGTGACACAGTCAGTTCTGCCCTGGAAAAGCAGTACTGTTATGATGCTTAATTTATAAAACATACAAAACGCTTCAAATGATTATTCATATATGTAAATAGGCACTACTTTAACGCGATGGAGCTGTTGTGGAAAAAACTAATAAAGCGTACCTGTCACAGTAGCAAACGCTCTCCCCTCCACAATGTTAAAAGTTTATAGCCCGCCCAACTTGGAAACTGGGGTATAAAAATTATCCCCAAGCTTCACAGTATAAAATACAACTTGAGAGGGCGTTCGTGTTTTTAACTTTTTTTATTTTTAACTCATGTTTATGATAATTCCGATAGCATGTAAAGGCAGCATAATACGATGTAAAATACAATGTAATATCATAGAGAAACAATTTTTTTTGCGATTAGGGCTAATGGAAACGCAAAAATTAAATTTGTTATAGTTTCCGTTCACCATTATAGAAGTTAATCTGTGGCAACTTCTGCTTCTGAGAATCCCGGAAATGTAAAAAGGGTCCAGTCTATCACCGTATTGTAATATGGCTGTGATTTGGCTGTGAAGAGCGTACGCAAGTTCAATAGGTAGCTAAACAAACAACCGATTAAGAGATGTATTCAATCTTTCAACCTTATCTATGTGATAAGAGTGTTTATTTTAGAGCCTGTCAGTCTGCGTGTGTGTATGCATGTGTATTTGTGTGTATAGTACTGGCACGGACTGAAGGTCAGGGGAAGTATCAGTGACAGGAAGTATTTGGGTGCCAGAATCGGACCAGGTTACCACCATAATGAATGGCCGTGCTGAGTGACACCTGGCCAGTCTTAAAGTTAGAAGGAAAACAGGACCCACCTCTACATTCACCTCATACATGCACTCTAGAAGTGCATTCAGATAGTATTCACATAATTCACTTATGTGGACTTTCACACGAACCCACCTCCAGTCTCACGATAAGTCCCATATGCACCTGCTCCCACCGTGCTGACAGGAGCACAGATGGGCACTGACTCAGTACAGTGCTACAATAACCCGGTGTGGACACACCAATCACTGTGACCTGAATATCACCTCGCTTAATACCCTTCACCTCTTCACCCCATCGATAGATGCTGTCCCAGGTGGACAGAACCTGTTTTTGGACTGAATTAATTCTTGAACTTTGTCCACAAATAAGTAGAAGCCATCAAACTGTATATGATACAAACCCTGAGGTGATAACCAACCTTTAGCCTGCTCAGATAGTGGAGGGGGATGCCAAGAACAGTTAAGCCTGCAGTTTCATTCCATAGGGACAGGATATGTCTTAGTGGAGGACATGGTGTCATCCCATAGTGCACAGTTTGGGATGAATCATAACATAA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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU64971 lncRNA downstream 85665 9032227 ~ 9032750 (-) True G57037
TU64987 lncRNA downstream 169234 8948856 ~ 8949181 (-) True G57053
TU64904 lncRNA downstream 193587 8924587 ~ 8924828 (-) True G56999
TU64902 lncRNA downstream 195449 8922694 ~ 8922966 (-) True G56997
TU64893 lncRNA downstream 222041 8896152 ~ 8896374 (-) True G56988
TU65002 lncRNA upstream 91531 9260261 ~ 9260479 (-) True G57068
TU65011 lncRNA upstream 227565 9396295 ~ 9396901 (-) True G57077
TU64951 lncRNA upstream 271515 9440245 ~ 9447216 (-) True G57020
TU65032 lncRNA upstream 291127 9459857 ~ 9460086 (-) True G57097
TU65043 lncRNA upstream 306720 9475450 ~ 9475671 (-) True G57106
CI01000009_09103888_09112675.mRNA mRNA downstream 5740 9103790 ~ 9112675 (-) True CI01000009_09103888_09112675
CI01000009_09089882_09100384.mRNA mRNA downstream 17529 9089571 ~ 9100886 (-) True CI01000009_09089882_09100384
CI01000009_09049178_09088498.mRNA mRNA downstream 29917 9048682 ~ 9088498 (-) True CI01000009_09049178_09088498
CI01000009_09031859_09038439.mRNA mRNA downstream 79671 9031725 ~ 9038744 (-) True CI01000009_09031859_09038439
CI01000009_09014504_09031053.mRNA mRNA downstream 87362 9014227 ~ 9031053 (-) True CI01000009_09014504_09031053
CI01000009_09263668_09270542.mRNA mRNA upstream 94895 9263625 ~ 9272243 (-) True CI01000009_09263668_09270542
CI01000009_09368857_09369508.mRNA mRNA upstream 200101 9368831 ~ 9369508 (-) True CI01000009_09368857_09369508
CI01000009_09373830_09374425.mRNA mRNA upstream 205100 9373830 ~ 9374425 (-) True CI01000009_09373830_09374425
CI01000009_09375453_09376121.mRNA mRNA upstream 206451 9375181 ~ 9376121 (-) True CI01000009_09375453_09376121
CI01000009_09378166_09378781.mRNA mRNA upstream 209380 9378110 ~ 9378781 (-) True CI01000009_09378166_09378781
TU64878 other downstream 257852 8858152 ~ 8860563 (-) True CI01000009_08858198_08860555
TU63500 other downstream 690403 8425821 ~ 8428012 (-) True G55814
TU60944 other downstream 3613167 5502395 ~ 5505248 (-) False G53515
TU60172 other downstream 4886946 4217420 ~ 4231469 (-) True G52828
TU59814 other downstream 5856458 3261203 ~ 3261957 (-) True CI01000009_03261739_03262843
TU67286 other upstream 3119487 12288217 ~ 12289518 (-) False G59097
TU67287 other upstream 3119487 12288217 ~ 12288977 (-) True G59097
TU67750 other upstream 4806658 13975388 ~ 13978614 (-) True CI01000009_13975122_13976026
TU67748 other upstream 4864834 14033564 ~ 14037873 (-) True G59490
TU68092 other upstream 5693667 14862397 ~ 14887464 (-) True G59811

Expression Profile