RNA id: TU66583



Basic Information


Item Value
RNA id TU66583
length 11792
RNA type TUCP
GC content 0.41
exon number 2
gene id G58455
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000009
NCBI id null
chromosome length 16003125
location 14246695 ~ 14258526 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


TCCTTTCCTTTCCTGTCCTCTTTTCCTTTCCTTATTGTTTCCTTTTCTTTTCCTTTTCTGTTCTGTATTACATCTTTCATTTTCTTCTCCCCTATTTTCCTTTTTCTATTCTACTCACAACTGGGGCAATTGTGGCCTAATGGTTTGAGAGTCGGACTTGAACAATGTGAATGAACTCGTGAATGAACAGCACTCTCTTCCACTCTCATTACCCACAACTGAGGTGCTCTTGAGCAAGGCACCTAACTCACAATCACTCCCTGGGCAATGCAGAAAAAATGTTTTCACAGTGTGTGTGTTCAATACTCACCGCTCTGTGTGTGCATTTGGATGAGTGAAATGCAGAGCACAGATTCCGAGGATGGGACACCATACTTCGCTACACATCACTTTTTTTACTTTCTACTCTCTCATTTACCACCTTTCTTTTTACATTACTTTTCTTTTCATACTCCTTTCCCTTTTCCTCTCCCTTCCCCTCTCCTCTCTTTTTCTCCTTGTCCTGCAGACATGCTTGACAAACTGATGGGTCAGTATTCTCACAGCTGCTTGTGTATGCATTTCGCTCCTGCTGGAGTAAATTGCACTGCAGTTGTCGAGAGCCAGGTGAGGAGAGAGCAATGCTGGAGGCTTTGGCCTCTGAGCTTCCCATTAAAAGGATCAGACAGCTCTGCACTACACCACACTTCTCAAAGTACTACGGGTCGTGCAGGCCAAAGGCACCAGTGACCAGTACACAAGAGGAACATGACCTCAGCTCCTATTCATGTCAAATAATGGCCTTAACAAGCTATTCTTTTATCTCTTTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCCCTCTCGTTGTTTGTGTTCTTACCATTCTGTTTTGAGCAGTCCGATCTTCTGTGATAAACAGAGAGGCACATTGAATATTTTATTACATCAGTATTAGGGTTTCCTACCTGTGTTTTTGTAGCTTCAAAGAGCTGTGATCCCTCAAACATGTGTATTTCAAAAGTTCACATCATCCAGCTCTTATTAACAATTGATATACTCGTATTGGTATCTCAGAGGTCTGGCTTTGCTGAAATGAACCCCTCAGAGATTGTGTTATGTCTACAGGTTTCTGCTCACTCTGTTTGACTTTTCATACGATTTGGACATTTTACAGTTTGCTAATCACTGAAAGCTTAATCAGTCTCATTAACAAATGATTGGCTGGTTTTGTGAAGTGGATGGTCATGAATTTCAGACACTGCTTTTTATGAACTCATGTTTGGGTAAATGCCAATAATGCCAATCTATTTTAATGCATAATTGCTGAATAAAATTACTAATAAAAAATCCTACTGACCCCAAACTTTTGAAAGGTAGTGTACAGTTTAATATTTTATATGTAAGCTTTTACATGGCTTCAGAAGACGTATAATACAACAATCTAATCATATGGACCACTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTAATAATTTTGTAGCTTGACAGCCCCAGTTTAATTGACTTTCATTATATGGAAAAAATAAACCTGGATATTCTTCAAAAACTCACTTGTTCAGTAGAAAAACGTCATATGAATTTGAAAAGACATACGGGTAAGTCAATACTGACAACAAAAGATGTTTCATGAAACACATCGATTCACAAAATCAGTCACACGGAATCAAATCTACATGTTCCACGTAAGTCCCATGTGTTTAAGGCATGTATTCTAACCCCCTGACCCAGCATTTGTTTTCAGCCAATGTTGTTCTGTAACATTTAAAAGTGTTCCTCACATTTGCCAGAGTTTAAACAATACAAAAAACCATTTCCATGCCATAAAGTTTTCCTCTCAGGCCTGCCGTTTGTAGTTCTCGAGTGACTTGCCGGTAGATTGCTCATTCATCCTGGGCTGCTCGGGGATGTAGGAGCTTTTTGCAAGTTCAGCGGAGTGGGAATTTCACAGCAGTGCTTGAGAGGAAAAAAAACACACAGGAGATGAATGATGCCCTGAGCTCCCTGAGGGAAAATATCCTATGTATTAATGAGTTTGAGTGTCTGTCTCTCAGGCAGGAGGTACTAATGACCTGTCTCAGCTGATCGTCAGGACCGAAGTCTCATCTTTATCTTCATTGGAATTCAACACATAACGAAGATCTTTTCTTCGTAACCCTGTGGAAAAAATCAATTTCAACACAGTCTTTGTTTTATAATCAAGTTTGCTCTGTCCTTTAGAGGGCAAATTGAATTTAATGAAATGTCAGGGTGGTCGTAGCCGAAATCCCCAATGTTGCTGTAGTATGACAGGATTCTGTGGTATTTGGATAAATACTACCTTCCTGTGTATTAGAATCCTGAACTTTCATAGGCATTTTAATATCTTATAATTCAGATCATAAACAGGCTTGAGTTGAAATGGATCCAAGGGAAGGAGGAGACAGTTGTGATATGCAAACCTGTTTCTGGGAAAAGCAGAATGGCAGCTTTGTTCTCAAATTCCTCCTCCAAGAAACTGGCATTTCTGCTGTGCGTCTGCGGTGAGGAATATGTCTGTGTGTGATTTATTGTGTGATATTTGAAATCGTAGCCCATATTTCGGCCCTGTTGCATGGAGTCGGGAAGATGGTTCAGCACTATCTGATCGGAGTGGTGGTGTCAGATATTGTTGTGCTAGGGGTGTGAGTGGATGAAAGGTTTTTGAGTTTTGTTTTTTATGAGGAAGAGGCTTCAGGCTTTGGTTTGTGGCAAAGACAGAATATATCACTGTAAAAAAAAAATGCTGGGTTGTTTCAACTCAAATTTGGGTCAAATATGGACAAACCCAACCATTGGGTTAAAATTTTAATTTAAAAATGTAACCCAACTGTTGACCCAGTTTTGACCCAAATTTGGGTTAAAACATCCCAGCATTGTTCTTTGATTAGGGGACAATATGTCAGTTGTCCAAATTATACTTGAATAATGGGATTCTTAATGGAATTCGGAAGACTGTGCTCGTCTTTTTTTCCAATAAATGGGAAATCAAAGCCTTTAAGCTTCAAAAAAGGATGCATCATGAAAGTAGTACATATGACTTATTCATATTCACAGTCATCTAAAGTCATATGATAAGTTTGTGTAAGTTATTGAAAACTGAAAGTTTCAGACTGAAAGTCGTTATCCACTGAAAATCTGTAGTGAGTTGAATGAATCATTTTGTGAACAAGATCAATTATTTAGTTGAAAAGACGCAAAATAATTGATTTATTCACAAATCGGACTTTAATGTATTTAATGAATGCTTCGAGGAGAGCTTTGAGCAGAAGTCAAGATTTTGCTTGAGTAACAACTTAAATGATCTATTTCTTCATGAGTCACAGACCATGTTTTTGATACTTTTGTGGTGCTTTTACTTGCCTTTTGATGCTTAAACGCTTCTGTATCTTTTTGTTGTAATTGCATGAAAAAAGTCTTCAGAATTTCTCCATTTCCACAGACGCAAGTAACTAATAGGGGTTTGTAATGACGGAAGGGTGAGTAAATGGCGACAGATTTATCATGTTTGGCTAAACTATTCCTTTAAAATCCAATATTATTTCCTCTAGTTTTGAAACCTGACTTTCCTCGTCAGTTGTAATCTGAGCACATTACACTTAGCGTACCTTGTCTTTTAACACAGGCAGAGTAACCTCTCGTAATAGTCTCTCATTATTTTCTCTTACTGAGGTGAAACCAGAACGTGTTTCCATTTCACAGGAGCTCCGTTTGTCATTGAGGGCCATTGAGAATCTACCCACAATGCCTTGTGGCCCATCAGTGGGTGCCGCTGGGGCTCCAAATTACCTCGTCACAGCTGCTGCTGTTCTGCATGGTTGACCCCACGGAAAGGCTCTGACTGAATTGATTAGAGCCTCGAGCTGAAGTGATGATGTGTTTAAAGAGAGATGATAGAAAATGTCATCATAATGGATTATGCTGCCAATCCATTGGTGATGCCTTGAATGTAAAATATGAACACTGAATATTGATTTTCGGGAGTAGTAAAGCATGTCGTTTGTTTCTGTGAATTTGAGGTACATGACTAAATCACTTTGTGAAGTCGGGTATAAGTACTGTAGGCATAGATGGACTTATTCCATATTTTATGGATCTTTAGTAAATCCAGAGAATGTAAAATTCCTCTTCCTGTCATTCCAATTCAATTTCCTGTGGGTGTGGCTAGTTCAATTTAAAATCCAACTGATTAATTAAAAGCAAGCCAAGTCTTAAAGGGGACCTATTATGCAAAATTCACTTTTATAAGGTGTTTGAAGACAGATGTGTATCCACAGTGTGTGTAAACGACCAGCCTATAATGGTAAAACTCCACCCACTCCTTTTTTTTTTTTTTTTCTCCCCAAACGCCCAGTTCCAGATTTCCAGGGGAAGCCCCGCCCATGAGTGGTGATGATCTGCCCTGTTAGCTTAGAAACCCCCCTGAGTGAGCCGCTGCAGTCCACCATTTCTGTTACCTCACTGTAGCAGCTGGAGATATACAATGTCTGCGCCAAAAACATAACATATGTTCTGTTATTGGATGTATCAGTGAACATAAGAGCATACTCTCTGCATCTGATTCACTGAGGAAACCGTGGTTAAATGAAGGAAATGTGCCGAAGAAAGTTGGTAAAGTGTTATATATTTGTGCAAATCATTTTACGCTGGACTGCTTCACAAAAGAGGGTCAGTTCAATGCTGGATTTGCACAAAAGATTAACATGACGGCACATGCTAGTCGATGAGTTCAATCAACTCCACAGCAGCTACATAAATGTATCTACTAACCGTTCAGAAACGTCCAGTTTCATTCTGAAAGTTGTAACTTCTTCCTGAGTCTCTCCATCAGTGTCCGACATCGTTTTGAACAATGTAAGGCTGAACACCATTACTGACAATCATCATTTTGGTTGCATGAGATTCTCCAGCTTTGTTGTTGTTGAGTATCCGAAGTGCGAGCTGTTAAAGCTCCGCTCTATTCTGGAAAGGGGGCCGGGAGCAGCAGCT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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU66580 lncRNA upstream 44849 14198638 ~ 14201846 (+) True G58452
TU66619 lncRNA upstream 90464 14125320 ~ 14156231 (+) True G58489
TU66595 lncRNA upstream 148992 14097491 ~ 14097703 (+) True G58467
TU66536 lncRNA upstream 195291 14050977 ~ 14051404 (+) True G58421
TU66484 lncRNA upstream 228222 14011905 ~ 14018473 (+) False G58384
TU66577 lncRNA downstream 6397 14264923 ~ 14277555 (+) True CI01000009_14264935_14273006
TU66584 lncRNA downstream 46414 14304940 ~ 14399351 (+) True G58456
TU66575 lncRNA downstream 135288 14393814 ~ 14402390 (+) True G58447
TU66582 lncRNA downstream 144123 14402649 ~ 14403582 (+) True G58454
TU66574 lncRNA downstream 211008 14469534 ~ 14471771 (+) True G58446
CI01000009_14242224_14243004.mRNA mRNA upstream 2971 14242117 ~ 14243724 (+) True CI01000009_14242224_14243004
CI01000009_14170062_14192930.mRNA mRNA upstream 53363 14169221 ~ 14193332 (+) True CI01000009_14170062_14192930
CI01000009_14095330_14128580.mRNA mRNA upstream 118113 14093645 ~ 14128582 (+) True CI01000009_14095330_14128580
CI01000009_14039505_14043545.mRNA mRNA upstream 203086 14039209 ~ 14043609 (+) False CI01000009_14039505_14043545
CI01000009_14033666_14036472.mRNA mRNA upstream 210223 14033666 ~ 14036472 (+) False CI01000009_14033666_14036472
CI01000009_14264935_14273006.mRNA mRNA downstream 4897 14263423 ~ 14273729 (+) False CI01000009_14264935_14273006
CI01000009_14296451_14314340.mRNA mRNA downstream 37925 14296451 ~ 14314349 (+) True CI01000009_14296451_14314340
CI01000009_14348389_14374515.mRNA mRNA downstream 89863 14348389 ~ 14375683 (+) True CI01000009_14348389_14374515
CI01000009_14380226_14386430.mRNA mRNA downstream 121700 14380226 ~ 14386866 (+) True CI01000009_14380226_14386430
CI01000009_14432830_14450364.mRNA mRNA downstream 174190 14432716 ~ 14451542 (+) True CI01000009_14432830_14450364
TU66469 other upstream 206794 14039798 ~ 14039901 (+) True G58382
TU66462 other upstream 206794 14039757 ~ 14039901 (+) True G58382
TU66091 other upstream 1103087 13140378 ~ 13143608 (+) True G58028
TU65732 other upstream 1223557 13006643 ~ 13023138 (+) True G57701
TU65722 other upstream 1328230 12906444 ~ 12918465 (+) True G57691
TU66694 other downstream 238410 14496936 ~ 14500423 (+) False G58558
TU66695 other downstream 238523 14497049 ~ 14501514 (+) True G58558
TU66789 other downstream 391198 14649724 ~ 14652022 (+) True G58649
TU66854 other downstream 508133 14766659 ~ 14773773 (+) False G58711
TU66856 other downstream 509414 14767940 ~ 14771757 (+) True G58711

Expression Profile