RNA id: TCONS_00001221


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00001221
length 115
RNA type rRNA
GC content 0.55
exon number 1
gene id XLOC_000733
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 55128465 ~ 55128579 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gccggcagctagctctctgcaactctcatatGGTTACGCACTGAAGCTAATCAAGgatgcgcccggtcagtacctgcataggagaccacatgggaaagcttggttgctgccggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000190681

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00001218 lncRNA upstream 40413 55085645 ~ 55088052 (+) True XLOC_000731
TCONS_00001217 lncRNA upstream 43602 55080817 ~ 55084863 (+) False XLOC_000731
TCONS_00003183 lncRNA upstream 143168 54959492 ~ 54985297 (+) False XLOC_000729
TCONS_00003184 lncRNA upstream 149690 54974195 ~ 54978775 (+) True XLOC_000729
TCONS_00001210 lncRNA upstream 221758 54905750 ~ 54906707 (+) True XLOC_000726
TCONS_00003187 lncRNA downstream 56185 55184764 ~ 55191262 (+) False XLOC_000735
TCONS_00003189 lncRNA downstream 56185 55184764 ~ 55191262 (+) False XLOC_000735
TCONS_00003188 lncRNA downstream 56185 55184764 ~ 55191262 (+) False XLOC_000735
TCONS_00003186 lncRNA downstream 56185 55184764 ~ 55191262 (+) False XLOC_000735
TCONS_00003185 lncRNA downstream 56185 55184764 ~ 55191262 (+) False XLOC_000735
TCONS_00001220 mRNA upstream 18551 55104376 ~ 55109914 (+) True XLOC_000732
TCONS_00001219 mRNA upstream 18593 55095314 ~ 55109872 (+) False XLOC_000732
TCONS_00001216 mRNA upstream 38478 55080797 ~ 55089987 (+) False XLOC_000731
TCONS_00001215 mRNA upstream 121242 55002583 ~ 55007223 (+) True XLOC_000730
TCONS_00001213 mRNA upstream 170002 54948059 ~ 54958463 (+) False XLOC_000728
TCONS_00001222 mRNA downstream 9364 55137943 ~ 55144600 (+) False XLOC_000734
TCONS_00001223 mRNA downstream 9364 55137943 ~ 55144672 (+) False XLOC_000734
TCONS_00001224 mRNA downstream 9379 55137958 ~ 55144412 (+) False XLOC_000734
TCONS_00001225 mRNA downstream 9382 55137961 ~ 55145085 (+) False XLOC_000734
TCONS_00001226 mRNA downstream 12391 55140970 ~ 55144563 (+) True XLOC_000734
TCONS_00001186 other upstream 942309 54186039 ~ 54186156 (+) True XLOC_000710
TCONS_00001180 other upstream 1067255 54053104 ~ 54061210 (+) True XLOC_000705
TCONS_00001166 other upstream 1740584 53387765 ~ 53387881 (+) True XLOC_000690
TCONS_00001160 other upstream 1760431 53364510 ~ 53368034 (+) True XLOC_000689
TCONS_00001154 other upstream 2067268 52999832 ~ 53061197 (+) False XLOC_000682
TCONS_00001233 other downstream 165046 55293625 ~ 55297251 (+) False XLOC_000739
TCONS_00001304 other downstream 2219319 57347898 ~ 57355033 (+) False XLOC_000813
TCONS_00001335 other downstream 3031572 58160151 ~ 58173589 (+) True XLOC_000837
TCONS_00001394 other downstream 4002713 59131292 ~ 59131406 (+) True XLOC_000888