RNA id: TU132089


Basic Information

Item Value
RNA id TU132089
length 7877
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id G116273
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000021
NCBI id null
chromosome length 7014339
location 2558740 ~ 2566648 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

GTTCGGTTTCTCACACAAACCGATCGTTTCGTGTCTTACGACATCAATGTGTTGTCACGAGCCGCAGGGTTTCATTTGGATTTGTCTGTGCTTTTTTTTTTACTCTTATAGATGATACGGTTGGAGTTAAAAATCATCATTTGTGTTCTACTGAAGAAGCAAAGTCACCTACATCTTAGATGCCCTGGGGGTAAGCAGATAAACATCAAAGTTTCATTTTTGGGTGAACTATCCCTTTAACTAAAACTACAACTGTTAAAATGTTTTAGTTGAAATAGAACTAAAATAAATTAAAATATAAATATTAGATGACAGAATTAGAAATATTGCTTTGGCAACTAAGTGAAATAAAATAAGTTGAAGTACTAAAATTACTATAACTGAAATAAAATAAAAAAAAAACATAAAAATGACAAAAGCACAATACAAAATTACTAATACTAAAACTAAAATGAAAACTAAAAGTATAAAAATAAAAGCTAATTAAAAATATGAATAAATACTATATAAATGCTATAATAATGTTTCATTAAGGTTTCATTAATTAACATTAGTTAACTACATTAGTTAACAAACTGACAATGAACAATACTTGTAGAGCATTTATTAATCTTAGTTCATGTTAATTGTGTAACACTTTACTTAAAGCCTTTATATATAATGCATTATAAAAGTATTTTTAATGCATTAATTATGCATTGTAATGCACCTTATGATGCATTGTATGATCTCGTGAATAATTGTAACCACAGTTATATAATACTTATGTTACACCTTATAATGTTAATGCATTATACACAGAAAGTATAATACATTAAAAACACATGACAAACAACCAATTTGAGATGTAGCAAGGAATCTGCAAATATTATAATGCATTTTAATCTTGGTTACAATTATGGAAAGATATAATGCATTATAACATGCATTATGAATACCTTTATAATGCATTATACATAAAGGCTTCATGTAAAGTGTTACAGGTAACATGAACAAACAATGAACAACTATATTTTTACTAACCTTAACAAAAATTCATAAATGCTTTAAAAAACATATTGCTCGTTTCTAGTTTACATTTACATTTAATCATTTAGCAGACGCTTTTATCCAAAGTGACTTACAAATGAGGAGAACAATAGAAGCAATCAAACCAACAATAGGGCAACAATATGTAAGTGCTGTGACAAGTCCCAGTCTAGCACAGTAATAGCTAATGCATTTACTAATGTTAACAAATGTGTCCTTATTGTAAAGTGTTACCATAATAATATATGAATATTACTAAAATAACACTGCTTGATGGTGGGCTTTTTTGACTTCAGTCAGGAAGCACACCAAACACATTAGCATCCGCATATTAATGGCCTGACTGTGAGATTTGCAAGCACCTCACATTTTGTTCAGAAAAAATTAAGAGATTTATTAAATTTGAACTAAAGCGTTTTAGTGTAATATTGTCGTGGTTAAAGAATCAAACTGATTAAGACACTTTTTTATGAGACTTATTCAGACAGAGATGGAAAATCTGTCTCTCAATGTGTTAGTGTGGACAGGTGTGTTTGTTTGAAACCAAAAAAACTAATTTGCATAACCCTAATGAGTCTGTCTGGCTATACTCTCATTACAAAGTCCATTTGATCTCACAGTCTAGCAATACATCTCAGCCATTGCTGAGACCGTTGAGTCGGCGAGGGAAGTGGAAAGGATGTATTGATAAGTGAATAAGGCTGGCCAAAAGAAAGGCTCAATCATTCGTGAATTGAGTTGGCTACATTGACTGCCATTTTAAGAAATTAGTTTAATCAGTAAATGAGCATTTCGTTACTCCAGGCTTTCTGCCATTTCGCCTTGCTGGGACTGACAAGGACTAATCTATGAGCTTTCATTGTACACTCGGTCTAAGAAGCAGACGCCCTCAGATTGCAGCTTATTTACTTCAAACCCTTCATACTTTCAAAATCATAGGCTTATATGTAGATTTTCAGAGTTAGCTATAGTAAATGCTTTGAAATTCATCCCACTGTGGCTATTTTAAGTTCCTTGGCATAAGAATTTACCATCTTCTGTGGTAAAAAGCTGCAATGCTGCACAGTTGTTTAGTTCACATTGCTTATATGATTCCCTTGATGAGCTCATCAAGTTACAAGCAATTCTAATATTTGAAGCTTGGTTTACTTCATTTTGAGAATTAAAAAAAACGAACCAACTTATTAACCTTTAATGTCAGTTGTCAAGAGGATACCCACTGGCTAAATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGAAATGGTGACTTTCTCCATAGACAGTTCATGTTTGTGTCACCATGGCAACAGAACTTTACAAAGAGCACCCTTCTTTGCAGAAAATCTCTTTACCTCAACATTGCTTAGCTTTTTTCTGTCATTTTCCTGTCTTTAGAGATGGGTTCATAAAACAGGCCTCAATCAATGTGTCAGACTGAGAGTCTGTCATTGTGTCACTGTGAATGTTTTAAAGGAGCTTTGTGACAGTGACAGTTGTGGAGGTAGTAAACACATTTTGGTTGCTGTAGCACGATGCGACTACATAGGAATGACGACAATGCGTAAGGAATAACTGGCTCAACAGCCCTGTTGGTATAAGTAAACTGCATCAACCTGCAGCCCAGAGATACACAACTTCAGAAGCCAAAAGGGCCACATTTTTATAATATATTTTTTAATTTGGAAGTAGGTTAGCGAGTACCAACTTATTGCTTTCAAATGCTCCCATTCGTATTTGCATTTGCACTCTGTGGAATGTCAAAGGTTAATAATTACAAGATGTTTTTTTCAGCGTTGAGCAATGTAGCCGATCACAGACATGTCTATTGAGATCATGGCTGCAATATCCAATCAGAGGTGTTTATGTTAAAGGGTTGGTTCACCCAAAAATGTAAATTCTGTCGTTAATTACTCACCCTTGTGTTGTTCCAAACCCATAAGACTTTCGTTTCATCTTCTGAACACAAATTAAGATATTTTTTAATGAAATCTGAGAGCTTTCTGTCCCTCTATTGACATTCTACACAACTACTACATTCAAGGTCCAGAACAGTAGTATAGACATCATTAAAGTACTCTATGTGACTATAGTGGTTTAACCTCAATTTTATGAAGCGATGCGAGCGCTGTGTTTGCACAAAAAAAAACATAATTTACCACTTTATTTAGGAAAATATTGACCTGCAATCCAGTAGGGAGAGCACCACAATGCATACATGTTGTGTTTACTCAAGACCGGACGTTGGTCCGTGAACATGCTTTGAATAATAATTTTGTAAAAAAAAAATTGTTTTCTTTTTTTGCGCAAACAAAGCATTGAGGTTAAAATAAAGGGTTAGTTCACCCAAAAATGAAAATTCTGTCATTAATTATTCACCCTCGTGCCGTTTTACACCCGTAAGACCTTCGTTGATCTTCGGAACACAAATTAAGATATTTTTGTTTAAATCCGATGGCTCCGTGAGGCTTACATAGGGAGCAATGACATTTCCTCTCTCAAGATCCATAAAGGTACTAAAAACATATTTAAATCAGTTCATGTGAGTACAGTGGTTCAATATTAATATTATAAAGTGACGAGAATATTTTTTGGTGCGCCAAAAAAAATCTAAATAATGACTTACTTAGTGATGGCCGATTTCAAAACACTGCTTCAGGAAGATTCGGAGCGTAATGAATCAGCGTGTCTAATCATGATTCGGATCGCGTGTCAAACCGCCAAACTGCTGAAATCGTGTAATTTTTGCGCTCCAAAATGCGGATTCGACACGCTGAATCATTATGCTCCGAAGCTTCCTGAAGCAGTGTTTAGAAATCGGCCATCACTAAATAATTCGTTATTTTGTTTTTTTTTGGCGCACCAAAAATATTCTCGTCACTTTATAATATTAATATTGAACTACTGTACTCACATGAACTGATTTAAATATGTTTTTAGTACCTTTATGGATCTTGAGTGAGGAAATGTCATTGCTCCTTATGGAGGCCTCACGGAGCCAACGGATTTAAACAAAAATATCTCAATTTGCGTTCCGAAGATTAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAACGACAGGAGCGTGAGTAATAAATGACAGAATTTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAATGAGTAATGATGTCTTTACTACCTTTCTGGACCTTGAATGTGGTAGTTGCGTTGCTCCTAATGGAGGGACAGAAATATCTCAGATTTCATCAAAAATAACTTCATTTATATTCCGAAGATGAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAATGACATGAGGGTGAGTAATTAATGACAGAAGTTTCATTTTTGGGTGATATATCCCTTTAAAGTGCCCCTATTATGCTTTTTCGAATATTACCTTTCATGCAATGTGTATTGTAGCTGTATGTGAATGTAAACGACCTGCAAAGTTGTGAAGCCGAAAGTGCACGATAAATAAAGTTATTGTCTCTCAAAAAAAAAAACCCGACTCTGAATAGCCTAAACGAATTGTTAGGAATTCGAATCTCACTTCCGTGACGGCCACACGTCACTGGGTAACATATTTGCCTAATGCCCACCTATTGTCTTCATTGGCTGCCTGCGAACAACGTCTATTTTGACCCGCCCTCAAACGCTGTATCTGATTTTGTGTTGTTTCGTGATGTCAAGAAGATGCTGTTTTCTGCTCTGCAAAATCAAATTCTCTTAGTAAACACTTCCAAAGGATGAGGATGTGAAGAGTCAGTGGTTAAAATTACCACAGCGATACAACAGCAGAATAACATTTTCACGATTGCTTCTCAAATCTCCGTGAGGTCTAAATGGGATTTACTAAATGCTTATCCATTAAAGTTGGGACCGTACCAACTTTATTTGGACCAACTTGCTCCTCAGAATCACAGCCTGTAAGTACGATTAATTATTGATGTATATATTTTCTATCGGGTGTTCAAAATACGTAGTTTTGTGTTTTATATTAGATCTCCGGCT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU132141 lncRNA upstream 18412 2540114 ~ 2540328 (+) True G116324
TU132137 lncRNA upstream 23176 2535088 ~ 2535564 (+) True G116320
TU132009 lncRNA upstream 150346 2405257 ~ 2408394 (+) True G116243
TU132047 lncRNA upstream 206960 2351521 ~ 2351780 (+) True G116253
TU132012 lncRNA upstream 252101 2306400 ~ 2306639 (+) True G116246
TU133017 lncRNA downstream 245835 2812483 ~ 2816693 (+) True G117073
TU132970 lncRNA downstream 251813 2818461 ~ 2839917 (+) True G117031
TU133020 lncRNA downstream 253941 2820589 ~ 2865155 (+) True G117075
TU133096 lncRNA downstream 301163 2867811 ~ 2868128 (+) True G117137
TU133097 lncRNA downstream 303307 2869955 ~ 2870327 (+) True G117138
CI01000021_02495559_02501217.mRNA mRNA upstream 57013 2495559 ~ 2501727 (+) True CI01000021_02495559_02501217
CI01000021_02402058_02447882.mRNA mRNA upstream 110858 2401679 ~ 2447882 (+) True CI01000021_02402058_02447882
CI01000021_02378299_02383589.mRNA mRNA upstream 174980 2378044 ~ 2383760 (+) True CI01000021_02378299_02383589
CI01000021_02346223_02369457.mRNA mRNA upstream 187651 2346005 ~ 2371089 (+) True CI01000021_02346223_02369457
CI01000021_02331361_02334546.mRNA mRNA upstream 224118 2331150 ~ 2334622 (+) True CI01000021_02331361_02334546
CI01000021_02581650_02610697.mRNA mRNA downstream 15002 2581650 ~ 2611607 (+) True CI01000021_02581650_02610697
CI01000021_02877008_02877864.mRNA mRNA downstream 309869 2876517 ~ 2878823 (+) True CI01000021_02877008_02877864
CI01000021_02930718_02985342.mRNA mRNA downstream 364070 2930718 ~ 2985342 (+) True CI01000021_02930718_02985342
CI01000021_03044076_03086657.mRNA mRNA downstream 477428 3044076 ~ 3086657 (+) True CI01000021_03044076_03086657
CI01000021_03101146_03115161.mRNA mRNA downstream 534305 3100953 ~ 3115468 (+) True CI01000021_03101146_03115161
TU132002 other upstream 261545 2289817 ~ 2297195 (+) True G116236
TU131419 other upstream 1224331 1333998 ~ 1334409 (+) True G115691
TU131221 other upstream 2074776 480530 ~ 483964 (+) True G115519
TU133219 other downstream 671206 3237854 ~ 3243364 (+) True G117237
TU133183 other downstream 702496 3269144 ~ 3328233 (+) False G117202
TU133182 other downstream 757624 3324272 ~ 3328233 (+) True G117202
TU133500 other downstream 1389498 3956146 ~ 3957752 (+) True G117484
TU133514 other downstream 1466352 4033000 ~ 4035676 (+) True G117493

Expression Profile