RNA id: TU156406



Basic Information


Item Value
RNA id TU156406
length 8375
lncRNA type intronic
GC content 0.35
exon number 2
gene id G137682
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000026
NCBI id null
chromosome length 17172400
location 16337879 ~ 16346341 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


TTATTTTTATTTTATTTTTTCTATTTATTTTACTTTATTTTTTAATATTTATTTTTATATTGAAAATATTGGCCAGAGCTATTTTGAGAAATTCATCAACTCTGTGGAAACTGTTGCTCACATTTACATTTCTCCTCCCTAAAGGTGAGATAGACTTGAAAATTACAGAGAAAGATGTTGAGAAAATAGTGGAAAAAGTTTGTGTATGAATAACATCTTTTGTCAGCCCTGATTACAATGTAAGTTGACAATACCACATTGTAAGACTGTAACAGTTAGCTAGGGCACTACCGGATGCTTAGCAGTGATTTATAAAGCTCAGTGTTTTAGTATGTATGGGTTGATTTAGAACCAAATCACAAGAGCAGCTGCCATGTGGAAGCTCCAAATGATATCTGAAATGTGCTTGCAGATGTGAGTTGTGTTCTAATCGCTGCTTGTGATATGGAGGATTTTTCCCTTCCGCAGGGAAATTAAAAATGCAGAGCAGTGAACATATCATAAATACCGACTTGACATCTTCCAAAGGGGGCATTTAAAAATGAAATTGCACATTTGCCTATTGTATAATTTATGTGTTGACCATTTACCTCACTCAGACTCGCACCTATCAAGACCACACTACCACTTCCCATCACACTCAGACACACACGCACACAAACCTGGTTCCACAACTGTCTTTTTTTATTTTTTTTTACATAAGTAAAAAAAACTGACTTGCATACAATCCTTTTTGCCCATAATGTCTTTTGTATAGCATAATCTGAGACATCATGGAAAGATCTGCCTTAATACCACTATGAGATTGTACATGCAACGCATGCACATGCAGTGGCTTAACATCCCATTCTGACATACAGTATGTCTTTTCTATGCCTCATTTTATCACTTTGAAAAATATGGAGAAATTAATTTAGCTCTCAGTGGTTTAATTAAAAGAAGAAAGTAAAGCTAAGGATTTGTGAGCGGTCAGACCTAGTGAGCATGTAATGTGGTGAGCTGGCGTTGTGTGCCATAGCGCTTCATGCCTCAAGCCTTCCTCTAATCCTAATAATGTCCGCAGGCAACAACTTCAGTGTTGCCTCTGTGTTACGTCAACTTTCCTGTTTTCCTCAGCCTTCAAGTATTTATATATATATATATATATATTGTGTGTGTGTCTTTTGTTTTTTTTCAATGTCAAAATATAAGTATTTATATGAAAAATGATGACTTGTTCTGTGTGCACTCATACAGAACGGTTTATCAAACATAGACATCTGTATGAAAAATAGGGATTTGTATGCATTGATATGACATGGTCTATACGATTATCTTGCTTTGGCAGAATGAAATTGCTTTTGGGTCCCTTACTCACACTGTTTGGTTATTTCTGTGTCAAGAGAGACTTAGACAGTCCTGCAGCAGAATGCTTTAAATATCAATGTTTTCTTGCACAAATGTTGTAATTCACATGCATCAAACATCCAGCCATCCTGGAGTGTTTAGCTCTCAAGGTCCTTTTTCTATTAACTGAAGTTCATGAGTCACTTTCAATGTATCATGTCTGCTTCATTAGAATTAAATAGATAAAGTAGATTTACAAATCTTTTGTGAATGTACATCAGCGAGAAAGGGGTCGATGTCAAACACATTTACTTATAGACTGTAAACCCCTGTTTGAATATTCCTGCATGCAAAAAAAATAATCTAATTTCCCCAACCACTGGTAAAATAATGCAAAAAAAAAAAAATCCTATTACTGCAGCTACTATTAGCATAAGGCAAAAATGTCTCATTCGTAAATTATAGATCAATTTGCAGGCACAAAATAGAGGCTGCAAAATACTGTATTTATCATAAGTAAGATGTGGAGCTTTATTATGTACAGATGATAAAATGTGTAACTAGAGTCAATTTAAACATAAACACCCTCAATCATACTTTGTCTAATTAAGCTGCATCCTTTTTAGGTGATTGTCACCATTCAATAAATAATGACAGCTCCTCAGTTAGAGGAGGAACCGAATTTTGTGTCATTTGCTGTGTTCATGAAATTATAAGTTTAGTAACTGGTTTCGTGTACTTGAAATCTGAACTTTTTCTCAAAGGATTTGTGTAGCTGTACTGTACAGTACATTCTGTCACTTTGGGATCCAAATGTTGATTAAATTTCCAACTATTATGTGCATTTATCCAGCAAAAATGAAAAATTAATGAAGATTGTTTAGTAGCATGCTACAAAAAATAATTTCTTTTTTCCCCCAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAAAATCTAAACATTATTAAAACAAGATAATTTTATTTAATGCTAAATTGCTTAAGATATGTAGGACTTGGTTATAGACAATATATCTTTATGCTTGTTTCTTTAAAGTAAGCAGTAAAAATGAAACCTAATTCAATCTTGTTTGTTTACATATGTTTACCGGTAAGTAAGACAAATACTGGTTGAGAAAATGATATTTTGCAGTGTAGTGCAATAGCATAGGCTATTTGCTTTATTAAAATACTATTTCTAATATGCAGATACATGCGTGCTGTATATTCCAGCCCAGTGCACGTCACTCTACTGAGGGCTGGACCTCAAGATTTAAGGAGCAACATGTAAATAGTCAGGAAGGAGGCTTAATGGTGGATTTGTAAATGGAGGGTGGGGGAGATTATTGTAGGTCTTTCACAAGCTAACCAATAGAATCCTCATACTGTTTATGCTGGCAGGAAATGAGCAAAAGGGAAGGGGTGAAATGGACCAGAGGAAGTAAGAGGATTGTGTTCAGCCATCATGGCTGATATTAATGCCAGGATTCAGTCGAGGAGATAAATTGGTCTTATTTAGTACATCAAGCAGAATAGAGCTGAGTCTTTTTTACAGTAGAGGAAGAAGTTTCTATTTTAAAGCGTTTTACTGTCTCTCTCTGGCATTCTCTCTATTGCTGACAAGCACACACTCTTAATATTTTAGATATTGCTCACATTGACCCCAGTGGATTTCATGGGACAGAGGCCAATTTTATTTTTTTATTTTTTTTGCTTTAGAAAGATCTGTGACCCTGCTGATGTTTATCAGAGGCTGTTGTTTTTTTATGGAATGAAAAGGCTGTCAAACTGCTTTCTTGCAGTTTTTTGTGCTATTTAACATTTTTGTTCACAAATAACCACTTGCAAGAAATGCCCCAAAGAAACTTAAAATGCATGATCAGCAAACATTTTGCTTTTTCATCTTTCGGCTCCTTTGCTCAGTCTTTTCTCAGACCAGCTGTGATATTCTCTTTTGCTCCAGTGGGACTGTCTCTTTCATTGATCCTGTCACATAATTTGATCTCCACATTGAATTGCCCACTCAAAGCACCCCTTTATCCATCCGTAAACCCCTGCCGACTGACTCTCACCAACACAAAATCACAGGGCTTATGTATTACTCAATCCTCAGCCTAAACGGGAGTCACCTGAAATAGTTTCTAGTGAGTCTTCATGAAACTTTAGCTTAAAAGGGTATCGTTCCCTAGACAGAGTTACTTTATTGTATTGATTTGGATGGTTGACTGTTGTCTTATTGCAACCAGATTGGCTCCTCTGTCTTGCTGGATTTGTGTCTTGGGAGAGCATTAGTCGCACCAGGCTAGAAATTTGTCCAAATCCAGTGCGCTGTGAGGCTGACAGTAATCAATGGGCCAACATTAGAAATGTAATATCTGTGCCATTATCATGGAAAGTTTTCTCTGTGGTGTGCATTACTCTTCCATTCCACACGTGTATCCATCTCAACACACTTGATGGATGAGTTGTGAATGACTATCTGACACACCATCTGAAACCTTTGAGACAGATTCTTGTAAACTTTAGCATCTTTTATTTTTTTTTATATTTTTGGTGTTTGTTTCCTTTTGCAAGAAAGAAACTCAGCAAGTAAAAATAACTAATGTCCAGTCAGTTCTTTCAGCAGTTTAGTGTTAATTCAAAGTTTTACATATTAAGAAATAAAAAATGTTTTATGAAGAGTCATCTAAATGTGTACACTAACTTCAGATAAAGACTGTACTCATAAAAGTTTTCTAGAATAATTGTTTTTAATTATGTATGATGCAAGTCATTCCACTTTTTTTAAGCATGTTGAAATGATGTGACCTTTAGTGAGTGCTTAATTTGAACCGAATCCCGCTGGATCCTGTTCTGGAAAATGTCAGATTTTGGATTTTTTTTGCGTTCGAGTATTTGTTTTTAAATGATTTGGCATTGGTGACAGTGTGCTCGTGTATGAGAAAGAGCGAGCCACATTAGGGCTGGGCGATATGACAATATTATCGTATATCGACAATGTCTTGCAAGTACCACAATGTCGATAATAAAAGTCAGTTACAGACGATAATCGCCAATATCGAGAGAAAAATAAAAATTTATTTAACATAGTCCCATAGTTACCATTCACATATTTATTCACATGCAATAGCATAAATTAAATATTTTGTAGCCTATAGTAGCTAATTAATAGGGTTAGGAATAAAAAATCTATTCTGGAATCACATTTACTTAAGGCCAGGAATTAAATAGGCCTAGGCTACTCTTTATAAAATTAACATTTTGATTTTGCTTATTAACAATGTATTTTTATTTTTAAAACATTCAAGCGCGAGATGAAGCAGACAACACTTCTGTAGGCCCCACGCGCTGTTTTCTGAGCTCCGCACACATCCAGAGTGCGCACAGAGAGCCGCCTCATAAGTTATACACAGAAATTTGTCAAAATATTCCCATAAACACAGTTTTGTCACGCATGTGTGTGTGTAACAGACTATATTGGATTTGTGTATTGACATCAACCCAGGCCTATACCCGCGGCGCTAATAATGTTAATTACTGTTTAAACCGACAAGATTGTTAAATTAGAATTAAAAGGCTAAATTAAATTAGAATGGATAGCCTAAATGTCTATGACTCATTAAAAATAACAAAATTTGTTTTCCAGTGGTTGTTTTACACGCACAAACAACAGAAAA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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU156395 lncRNA downstream 43211 16293614 ~ 16294668 (-) True G137671
TU156346 lncRNA downstream 90038 16247638 ~ 16247841 (-) True G137640
TU156345 lncRNA downstream 90294 16247373 ~ 16247585 (-) True G137639
TU156343 lncRNA downstream 93803 16243876 ~ 16244076 (-) True G137637
TU156334 lncRNA downstream 161427 16176137 ~ 16176452 (-) True G137628
TU156439 lncRNA upstream 251923 16598264 ~ 16598502 (-) True G137715
TU156447 lncRNA upstream 262154 16608495 ~ 16608700 (-) True G137723
TU156463 lncRNA upstream 278507 16624848 ~ 16625128 (-) True G137739
TU156475 lncRNA upstream 287840 16634181 ~ 16634408 (-) True G137751
TU156377 lncRNA upstream 294396 16640737 ~ 16712136 (-) True G137664
CI01000026_15930136_15933539.mRNA mRNA downstream 404340 15929803 ~ 15933539 (-) True CI01000026_15930136_15933539
CI01000026_15780006_15782114.mRNA mRNA downstream 555604 15779650 ~ 15782275 (-) True CI01000026_15780006_15782114
CI01000026_15617263_15620665.mRNA mRNA downstream 716932 15616920 ~ 15620947 (-) True CI01000026_15617263_15620665
CI01000026_15604078_15614242.mRNA mRNA downstream 723224 15603964 ~ 15614655 (-) True CI01000026_15604078_15614242
CI01000026_15457228_15461956.mRNA mRNA downstream 875923 15457198 ~ 15461956 (-) True CI01000026_15457228_15461956
CI01000026_16432592_16456842.mRNA mRNA upstream 86186 16432527 ~ 16456842 (-) True CI01000026_16432592_16456842
CI01000026_16553812_16554906.mRNA mRNA upstream 207041 16553382 ~ 16555883 (-) True CI01000026_16553812_16554906
CI01000026_16645459_16698069.mRNA mRNA upstream 298923 16645264 ~ 16698069 (-) False CI01000026_16645459_16698069
CI01000026_16739750_16751270.mRNA mRNA upstream 392907 16739248 ~ 16751270 (-) False CI01000026_16739750_16751270
CI01000026_16756776_16760261.mRNA mRNA upstream 410435 16756776 ~ 16760261 (-) False CI01000026_16756776_16760261
TU154700 other downstream 1782443 14554917 ~ 14555436 (-) True G136110
TU152172 other downstream 5030698 11301915 ~ 11307181 (-) True G133802
TU152150 other downstream 5500274 10834015 ~ 10837605 (-) False G133790
TU152144 other downstream 5547725 10790055 ~ 10790154 (-) True G133789
TU156370 other upstream 410388 16756729 ~ 16758327 (-) False CI01000026_16756776_16760261
TU156388 other upstream 460023 16806364 ~ 16808372 (-) True G137667
TU156657 other upstream 636910 16983251 ~ 16984352 (-) True G137914
TU156715 other upstream 722007 17068348 ~ 17069433 (-) True G137967

Expression Profile