RNA id: TCONS_00003235


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003235
length 362
lncRNA type sense_over
GC content 0.42
exon number 2
gene id XLOC_000760
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 55714918 ~ 55729126 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tggcctctagCACCTGTCAATAGAGCATGTTTAGAGGTCAGACGAGTGAGGTTTACATGCATATGAGATTTTGTGTAAGCACAACGATGAGCCtcttcatctgaacacacatTAGACTGCATGCCAGAATAGTTTCATTGCTCAAATGTTGATAAACTAAAGGCATCATCAGCTGCTTCGCTATCTGTTTACAAAAAGAGCTGGCGAAGAGGGTGGAGTCCATGACTTGCTGAAGAAGCAGCCGTTTATGTATAAACCCTCACTAATTTCAAACAGGTCGATTATGGCACAttcaaacacttaaaaaaaacaagctgcaTGTTTACTTTCAACTTGTCTGAGCTGGCAGACACAGCAGAAAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003234 lncRNA upstream 35471 55678912 ~ 55679447 (+) True XLOC_000758
TCONS_00003233 lncRNA upstream 47558 55666862 ~ 55667360 (+) True XLOC_000757
TCONS_00003229 lncRNA upstream 237783 55443393 ~ 55477135 (+) False XLOC_000745
TCONS_00003237 lncRNA downstream 687512 56416638 ~ 56556305 (+) True XLOC_000768
TCONS_00003238 lncRNA downstream 832100 56561226 ~ 56604170 (+) False XLOC_000772
TCONS_00003239 lncRNA downstream 832127 56561253 ~ 56604352 (+) True XLOC_000772
TCONS_00003240 lncRNA downstream 833701 56562827 ~ 56564352 (+) True XLOC_000773
TCONS_00003241 lncRNA downstream 840388 56569514 ~ 56603810 (+) True XLOC_000774
TCONS_00001248 mRNA upstream 7582 55703120 ~ 55707336 (+) True XLOC_000759
TCONS_00001247 mRNA upstream 46528 55662491 ~ 55668390 (+) False XLOC_000757
TCONS_00001246 mRNA upstream 68505 55643198 ~ 55646413 (+) True XLOC_000756
TCONS_00001245 mRNA upstream 97763 55608520 ~ 55617155 (+) True XLOC_000755
TCONS_00001244 mRNA upstream 108345 55600504 ~ 55606573 (+) True XLOC_000754
TCONS_00001250 mRNA downstream 1079 55730205 ~ 55747003 (+) True XLOC_000763
TCONS_00001251 mRNA downstream 23467 55752593 ~ 55777154 (+) False XLOC_000764
TCONS_00001252 mRNA downstream 23559 55752685 ~ 55776610 (+) False XLOC_000764
TCONS_00001253 mRNA downstream 26178 55755304 ~ 55773658 (+) False XLOC_000764
TCONS_00001254 mRNA downstream 29131 55758257 ~ 55774303 (+) True XLOC_000764
TCONS_00001233 other upstream 417667 55293625 ~ 55297251 (+) False XLOC_000739
TCONS_00001221 other upstream 586339 55128465 ~ 55128579 (+) True XLOC_000733
TCONS_00001186 other upstream 1528762 54186039 ~ 54186156 (+) True XLOC_000710
TCONS_00001180 other upstream 1653708 54053104 ~ 54061210 (+) True XLOC_000705
TCONS_00001166 other upstream 2327037 53387765 ~ 53387881 (+) True XLOC_000690
TCONS_00001304 other downstream 1618772 57347898 ~ 57355033 (+) False XLOC_000813
TCONS_00001335 other downstream 2431025 58160151 ~ 58173589 (+) True XLOC_000837
TCONS_00001394 other downstream 3402166 59131292 ~ 59131406 (+) True XLOC_000888

Expression Profile

//