RNA id: TU192217



Basic Information


Item Value
RNA id TU192217
length 7620
lncRNA type sense_over
GC content 0.37
exon number 1
gene id G169200
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000034
NCBI id null
chromosome length 5914002
location 792175 ~ 799794 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


CCCCATGTGTGTGACAACATGCCCCGCTAATGTGTTCATTAATGTGTTCTGGCCAATAATAGTGGCAATGCTCTTTTTGTAGCCAAGACTTTAAAGTCTAGTCTATACAGAAACTGACAGTCAAATATCCTCTAAAATATTCAGTGAAGTGTGACAACTAGCCCTGGTCGCCTTTACTGTTCCTCTACAGAATGTCCTGTTGGTTGAAGATGTGACCTGTCAGTTTCTATTCATGACTGGACACATTAAGCCGTGGTGCTCATGCGGGTGACAGAAAATGGCAAAATCTCATCTCCGCATAATTTCCTGTCAATTTTATTGACTCTATCTATCATTAACAACTGCACCCTATAACCCCACTTTGGTGCCCCTGACACACCAATACCCCATCACATGGACAGATACGCATGTTCACACACACATGTCCTGTTCTGCTTCACTGAAGATTGAGAGGGTTCAGAGGGCTCTTTGGGAGCCCGAGGCTCGAGCAATCAGAGCCCTTTGAGATTTGCAGTTTCACTGCATGTACCTGTCTATCAATGCCTCGGTGAGGAAGCTGAACTGCACGTTACACACGGACGGACATCACTCCGGCTATAAAGGTGACCGTCTTGTAAAGCTACTAAATGGACCATTGCGCCCATGATTGTTGCAATTCCTCTAGGAAACTGCCTCCCTGAGCTCAAGAGCAAAGATGTCAGTGACGGATGCTGCCACTACGGATGGATTAGACACCGATTACAGAGCTTCACCGCAGGATACTGCTCTGCCCCAGATTTCATTTTGACTAAAAAAGCCACGAGGGGTAAAAGGCTAAAAGCAAAAAATGATGTATTTTGCTGGGGCGACATAAAAAAATAATGTCAGAAGGCAAACTATTCTAACAGCAGAGAGACATTACTTAAAGGGACAAAAATTAAAATTGTGCCATCGTTTACTCACACTCATGTCATTTTATACTGGTATGACTTTGAATTCCTATAAAACTACTGAAAAAAAAAAAGCATAAAATCCTGGCTGCTCTTTTTGATATAAAGAAAGTAAATGGTGACTGGACAACCCTAGTCTCGCATAGCCAGACCTTCAGACTGACGGCAGAAGGTCTGGACTCTATCGCAGCTTTCATTGGCCAAGGACCGCCCAAGAGGACGTTTGACTGACATGTAATGCAACCAATCACAGTTCGTTTTGTTCAGCGTCATGTTTAGGGGTGTGAAAATGTAAAGTCGATGTCCCTACAATAACAGACCGGCATGCATCTAATAAGTTATTCATTCAAGAACATTGTGCAAGTTTACTGCAACAATGGAGTCGCGAAATTCACGAACTTTTGTAAATCCAGCATTTAGTTGATCCTGGAAAGCGCTCATTGTCACAGTTATAAACATGATGGCGTTCTTCTTCCACAAGGCAGTTTGGCATCACGGCATTTGTTTCCAGGTGGACCGTTAAAGAACGCGACACACACGTCTCCTGGACATCCTGTAGAATTCAACCAACCAGAAGACGGCTTCGAAACTCCTGAAGTGTTTCCAGTTAAGTGTGCCATATGAATCTGACGTTCAGCCAACGGTCCGTGGGCGTGATGTCTGAGGCTGAGATTAGGACAACCTAGGCTCATTGTTATTTCTGTGAAATAACATTATGTTGCTTCTTGCATGTTTTGCAGCATTTTTAAAGTGAAAATTCCAGTGGGTGGCACTAAAACATGTTCAATATCCTCTAAAACACATGAATGTGGCAGCAATTTTACGTTGGTTTTTGTATCGTGGCAGTTCGGAAATTAAATGTCCAGTAAGTTTAATGCTCTTTAAACCCTACCCTGAACCTAACTAATAGTGTTAAAAAAACAAACGTGAGATAAAAATGCATTTGCTGAAGCAGCCATTCTATACAAGTCTTTGCGCTCTTTTATTGTAATTTGTGTTTCATGGGACTTGTTCTCGAGCGCTCTGAATCTCAAGTGCAACGCTGTACCAGATGAGCTACCAAGCAAGTTTACCACATCAGAAAAGCCATAAGGAGCTGGTTATGTGATGCAGATATCGAATTGTATAATTTATGCACAATGGTTAAAGTGTTTTGCATATTTTGCAATAAACAACATGAAAACAAGTTTTTATTACAACCTGAATTCTGGAAATGTTGGGACGTTTTTTAAATTTGAATAAAATGAAAACTAAAAGACTTTCAAATCACATGAGCCAATATTTCATTCACAATAGAACATAGATAACATGACAAATGTTTAAATGGAGAAATTTTAACTTTTATCCACTAAATGAGCTCATTTCAAATTTGATGCCTGCTACAGGTCTCAAAAAAGTTGGCACGGGGGCAATAAATGGCTGAAAAAGCAAGACATTTTGAAAAGATTCAGCTAGGAGAACATCTAGCAACTAAATAAGTTAACTGATATCAGGTCTGTAACATGATTAGATATAAAGGGATGTTTTAGAGAGACAGAGTCTCTCAGAAGTAAAGATGGGCAGAGGCTCTCCAATCTGTGAAAGAGTGTGTAAAAAGATTGTGGAAATTTGACATTCTTGTTGGAAATCACGGACGCCGTGTCCTCCGGGCTAAAGAGGACCTTCCAGCGTGTTATCAGCGTTCAGTTCAAAAGCCAGCATCTCTGATGGTATGGGGGTGCATAAGTGCATACAGTATGGGCAGCTTGCATGTTTTGGAAGGCACTATGAATGCTGAAAGGTGTATATAAAGGTTTCCAGATGACATCTGTTTCAGGGAAGGCCTTGTGTATTTCAGAAAGACAATGCAAAACCACACACTGCAGCTAATACAACAGCATGGCTTCATCGTAGAAGAGTCCGGGTGCTGAATTGGCCTGTCTGCAGTCCAGATCTTTCACTTATAGAGAACATTTAGTGCATCATTAAATGAAAAATACATCAAAGACGACCACAAACTCTTCAGCAGCTGGAAACCTATATCAGGCAAGAATGGGACCAAATTTCAACACCAAAACTCCAGTAACTCATTACCTCGATGCCCAGACGTCTTCACACTGTTTTGAAAAGAGGAGATGCTACACCATGGTAAACATGCCCCCGTCCCAACTATTTTGAGACCTGTAGCAGGCATTAAATTTGAAATGAGCTCATTTAGTGGATAAAAGTGTAAAAATTTCTCAGTTTAAAATATTGGCTCATGTGATTTGAAAGTCTTTTAGTTTTCATTTTATTCAAATTTAAAAAACGTCCCAACTTTTCCGGAATTCGGGTTGTAATTGATAATCTGCCCCTGTAATCATAATTTGTGTGAAAAGTAATAAAAGTTGTTGGTGTCTTGCATCCAGTGTTCATTTCAGCTGGAAACCATAGTGAATTGTGTATATATATAGGTACGTTTTTAGAGTTTTGCAAGCACTTTTTTTTTCTTTTCAAATGAGCCTATGTTGGGACTGGTGCTGTCAAGCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATCATAAAGTTGTTTTATTCAACTCATGCGCAATATTCCAAGTCTTCTAAAGCCATAGTTTATCTGTGCAAGGAACAGACCACAAATCATTATTTACTATTAATATTTGCCTCCAAAGCTTTTAAAATGGACTGGATGAAAAAAAATGGTATATTGATGCCACTGATGCAGAGTGACATTGGTTCTTATGTCTTATGACCAAGACTTGGAATATTGTGCGCAAGTCATATTGATTACTTTTATGATGGTTTTATGCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAATTTTAAAGCTTTACAGCCCTCAGTCACTTTATCGAAAGGAGTGGCCAGGATATTCTTAACAAAACAAATGAATGGAATGACATGAGGGTGAATAAATGAGAAAAAATTTTCATTTTTGGGTGAACTGTCTTTTTAAATTGGACATTTCACTCAATCACATTATCTGAACAAAAATAATAAAATAACATATTTCAGTAACATATAACATAAAATAACATATACATAATTCAGGAGGCTTTTTGGCTCCTAAATCTAAAACTATTTGGCTTCAAAATCTTAATCTCCTATTTACGCACAACCATAAAACGGACACACTGAACCATGCCGACTTCAGTTTAAAAAGCCGTAGTTGCCTGTGGTGCGTGTGTTCTGTTTTCGGCTTCCGCCGCATGCAGAGCATATTTGTGGTCCCCAACTGTTTAACGGCAACACACACACAACACATACAGCCATTTTGCAGCATTACATAACGTGGGGTGATATTGAATACACCCCGGGCGCAGCGTGTGACATCACTTAAATGCATCTCATTTCCCACCCTTGTAATATAGCTAATGAACATCAAACTTAACACACATACACACACAGTATTCATACAAGCTCTGTTGCAAAGCCTAGTGAACTGCCTTTGCTGTCTACATAATGAGCAGTGAAATGGAACTTCACAATGGTGCTCTAGGCTAGCATACACGTACCACACCAATCGAAGTGCATGGGAGATCCAACTCACACTTAAATCCATTAGAGTTACACATTAGCATCGCAGCTAACAGGGAACATTCTCAGAACTTTGGCTAATGTTCTGGAAAAGGTTCTCGCAAAGTTATGAGCAAATGTTGTTCTAGTAACATTAATTGAATGTTCATTCATTGTTATCTAGTCTTTAATAATGTTCTCAAAACGTTAGCACAAAAATATTATTTGTACATCATTCATGACACTTCTAAAACGTCTTAGTTGGACATTTTTTAAATGTTTTTTTTAAATGCTTTAAAAAATTTAAAAAACTGGGCGTTTTGAATGTTCAGAGAACTTTCAGAAATAACGTTTTCATAATATAATGGGAATGTTAGCAAAACGATCTTAGAACTGATTATTTTTGTTAGCTGGGATGTAGCTTAGCTAATGCTGCTATACTCAGAAAAAAGTAAACAGGTAAAAAAAAATTTGCTATGCATTCTGGTATTGCCGCCTATGTGAGGAAAACATGCATTTTGAAATGAGGTATCTTAAAAGTCAGCCTAATGTTGTTGCCTAATA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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU192269 lncRNA upstream 21059 770743 ~ 771116 (+) True G169250
TU192264 lncRNA upstream 28059 763886 ~ 764116 (+) True G169245
TU192220 lncRNA upstream 58082 733755 ~ 734093 (+) True G169203
TU192222 lncRNA upstream 58727 732615 ~ 733448 (+) True G169205
TU192218 lncRNA upstream 73744 716155 ~ 718431 (+) True CI01000034_00683973_00725610
TU192273 lncRNA downstream 849 804693 ~ 816630 (+) True G169254
TU192227 lncRNA downstream 68158 872002 ~ 872400 (+) True G169210
TU192279 lncRNA downstream 70933 874777 ~ 875411 (+) True G169259
TU192280 lncRNA downstream 72966 876810 ~ 877053 (+) True G169260
TU192283 lncRNA downstream 89775 893619 ~ 910887 (+) True G169262
CI01000034_00735558_00738466.mRNA mRNA upstream 52700 735487 ~ 739475 (+) True CI01000034_00735558_00738466
CI01000034_00683973_00725610.mRNA mRNA upstream 66270 683973 ~ 725905 (+) False CI01000034_00683973_00725610
CI01000034_00661553_00677752.mRNA mRNA upstream 113698 661553 ~ 678477 (+) False CI01000034_00661553_00677752
CI01000034_00643011_00645310.mRNA mRNA upstream 146865 642901 ~ 645310 (+) False CI01000034_00643011_00645310
CI01000034_00637189_00642362.mRNA mRNA upstream 149736 636970 ~ 642439 (+) True CI01000034_00637189_00642362
CI01000034_00821815_00825192.mRNA mRNA downstream 16751 820595 ~ 825205 (+) True CI01000034_00821815_00825192
CI01000034_00860887_00862727.mRNA mRNA downstream 57043 860887 ~ 862901 (+) True CI01000034_00860887_00862727
CI01000034_00943362_00945523.mRNA mRNA downstream 139518 943362 ~ 945631 (+) True CI01000034_00943362_00945523
CI01000034_00951238_00955839.mRNA mRNA downstream 146623 950467 ~ 956087 (+) True CI01000034_00951238_00955839
CI01000034_01124686_01125224.mRNA mRNA downstream 320842 1124686 ~ 1126197 (+) False CI01000034_01124686_01125224
TU192195 other upstream 145765 645451 ~ 646410 (+) True G169178
TU192338 other downstream 165417 969261 ~ 969921 (+) True G169309
TU192400 other downstream 299696 1103540 ~ 1119019 (+) True G169357
TU192449 other downstream 346453 1150297 ~ 1193560 (+) True G169394
TU192378 other downstream 446375 1250219 ~ 1310878 (+) True G169340
TU192663 other downstream 922666 1726510 ~ 1726632 (+) True G169586

Expression Profile