RNA id: TU215179


Basic Information

Item Value
RNA id TU215179
length 176
lncRNA type sense_over
GC content 0.38
exon number 1
gene id G189442
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000043
NCBI id null
chromosome length 7746009
location 1365954 ~ 1366129 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

TGATGGAAAGCAGTTGTAAGACAGGTGCCCTCGGTTCATTGTCAGTGAGGGGCGCGAGGGAACGAGTGGATTTTCTCTTTTGTCCGTGATTTATTTTTTATTTTTTCGTACCGTCATTCAGGGGCTGGATGGCGTGGGACAGGTGTAATCAGGACTCGGTGTGGAGAGAACTAGAGTGTGCTGCCTTGGTTGGTGAAGACCAGCCCCTTTGCCCTGACCTGCCTGAGCTTGACCTCTCTGAGCTGGATGTCAGTGACCTCGATGCAGATAGCTTTCTGGGAGGACTCAAGTGGTACAGCGACCAATCAGAAATCATTTCCAGTCAGTATGGCAATGAGGCATCAAACCTGTTTGAGGTAAAGAGGGTCATTGTGCTGTGATCTTTACTTATCTGATCATGCATGCTTGTCTTTTATAAAATTAGATATGATTCTAGCCTCATGCAGTTTATTGTGCGAGATTGTAACTGTGAGTGTGGAATTCTTCAAAGATGGCCTTTCCAATCAGTGCTGTTTATTAGTTAATAACAGAGCTTTACTCATTGGGAATGTGCATTCACCCATGCTGTCTGATAATTGGGGTGAGGTATCATGATAAGCACCCAACCTTTGCCCAGTACTTAAGGTCAGTGTTTGTACCTTTTACTACAATCTTGGGCCCAATGCACTGAAATTTATGGCTGTTTAAATGCGCATTCCTCTTGATGTTCCAGAGTAATGGTCAGTAATAATAGAGTGTGACAGTGTTTGCCCACTTTTTGAGCAACCTTGGTTCTGGAAGTATTTTTTTCCATAGGGATGTTAAAAAAAAAAGTTTGTTTAGGAGTTATAAACCATGAACCAAACCAACCAGCTACGATCATCACAAACTTTGATCAAAAGCAAAAAATATTTAAAAATCAGACAAAAAGACAAAAGCACAAGAACTTCATATGACGCATTGGGAATGACATAAATTAAAACGATAGTGAAGTTTGAGAAATTGCAAATTGATGGAGAAATTGCAAATTATGCATAGTAATATTTAAGCAGTTTGAGAGTATGACTCATTTGCAGTGCTTCATGGGATTGGGTGGGCGCTAAAGTATTCTTATGGTGTGATTTGCTTGTTGCAATTTTCTGATTGGTGGAGATTTCTCTACAGAATCATGGGTAATGTAAAATTCCACTGTTAAACACGATCATTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTTGACAGCTTTAACAAAAGCATATATGTTTTACCTTGTAGCTCACAGGTCTGTCTTTAAAGGTTTATAAGTTCAAAATCAATCCCCTTATCCCTATGGAGAAAATGAATGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTGTGCAAATTGATGGAGAAAATGCAAATTATGCATATTATGCATACTAATATTTAAGCAGTTTGAGAGCTTAGGGAGTATTGAAAGCAGCGCTTCATTGGAGTGTGTGGGCGCTAAAGTATTCTTTTGGTGTGATTTGCTTGTTGCAATTTTCTGATGGAGATTTCTTTGCAGAATCATGGGTAATGTAGTTTTTCACCAGGAATTCCACTGTTGAACAATCGTTTTAAAAATAAGTTGACAGCTCCAACAAGCATATACCTTGTAAAAAATGTTGTTTCAACGTAAAAAAGTAAGTGTTCGTGGTGCCACAAAATTTTAAGTTTAGTCAACTTGAAATGTGAAGTTGTACTAAGTGACAACTTGGTTATTTGAGTTGACTAAACTTAAATTTTTAAGGCAGCACGAACACTTACTTTTTTAAATTTTTAAAACAGCATTTATTTTTACAGTGTTGCTCATAAGTCTGTCTTTAAAGGTTTATAAGTTGCAGAACTTATAAATAAATGCAGAAAATGAATGGCATTTTTACTTATGGAACCTGACTGTTGCACTCTGGCGGTGATGGTGCCATCTCCCAGTGAACAAATCAGACAAAATCTGACCCATTCAACTTAGTCACCATCACTATTGTGGTTCATTTTAATTATACAACTGATCTCATATCTGAATCATTACCTTAATCTAGATGGTCCACTTTTAACCGGCTTGTTCCTGCCCAAGGTTGTCATGTTGAAAAATGGAAGAGGTAAAACTTTAAACCTGTTACACTTGCGCTTCTTCGTCACTGACAAAGGAAGCAAAGTCCATAGGAAAAGAAATGAGGCGGCTAAAACAAAGCAGCACTGGCCCTGGCTAGTTCATTGTCTTATCTGGAAAGATAGAGAAGAGAAATGATAATGCCACATTGCTCTGAGTGCTGGCAAATATAGTGCAGGGTCTGTTGTGCGTTTTGAGGTTTTATGTCATTGTGTGATAGGGAATTCTTCCACATTCCTATCCTGGACCATGTGGTGAGAGAATGATTTTATGGGGCCCACACACAAGTGCCAGTGAACCAGATAAAAATAATACTGTGTGTAGGTGTATGTTAATTAAACATGTTAATAATTTACATGCATTACTGCTCCTGTTATAGAAGCATATTTAAAATTTGTGTAGATATAGAATATTTTTGAGTGTTTGCTCTTTTTTTTTGTAGATCCTCATTGTCTAATTTAAAATTTTAGTGGTGACAGAATAAGCACAAGGTGCTAAAGCAGCTGATCCTAGTTCAGTGAGATGGGACATGAGGTGTCAATAGTGATGAATGTGTGTATTGTATATGCATTTCCAATACTGGCCTATGTGGGTCAGTACAGTGCCCAAGAGCAGAGTGAAGACAGGTTAATGAATGGCCAGCTCTTGTGTAAAGCTAGTTGGCAGAACTTTTCCTCTTCCTCCCCCTGCACTCATTCAAAATCCCTGGCAATGTTTTCTTAACCTGTCTGACTGCAGTATAGTTAATGGGTGGCCTGGTGAGTCCTCTGATGTCACACAACAAGCAGGCCACACACGGATATAGAGGCTCAGTGCGCATGTGCTGTTTAGGGTCTGAGAGAACACAAGGCCGTTTTAATAATCTAAAAAAATTTATTTGCGCATTAAAGTTACATTAAAGGCCCACTGAAGTGCCTTGGGATGCGCAGCATTATTCAATGTGTTGATGTAATTTCCTATGAAACAAGAAGACAGTTAAGGCGGGACAGATCGAACAGCTCCTCCCCTTTTTTAAAATAGCCAATTGCTTTTTGTTTATATCACAGCTCGGTCAGAGCCGTTGAGCTCAGTAAAGCCGCATTTTCCTCCTAATCTTTAACCGTTTCTCCTTCTAATCTCCTCCATATCGTTTTAAAGTAATGCATTCTGTGCAGAATACAAATGGGTCCGATAGTTTTTCTGGGATGACTCGCGCATATGATCTGCTCTGTGCTATCGTGTCTCTAGACTGGAGCAGACTGCGTGTGCTGCAGTGGTTCGCATGACACTAACGCGAAACCAGACTTAATTCGCCCCGATGGAAAGCATATTTACACTGTCTGAATAGTTCCCTGTCCCATTCGCCATTTAGAAAATAGTAAATGTGTGAACAAGAGACCGATTTTAGCCGCAGATTCAGCATCTATTTATAATGTTGGGGGTGGGATTTTAGATTCTAGAGAGCATTTGATTGAACAGAAGATCTGATGAGAAGTTGATGTGCAGAGTGATGTCATCAAAATCATTGATTCTTATTGGCGGAAGTGAGTGTTGCAAGTTTTGAATGCTTATACCTTCTAAATGCGAATTTAGACATTGTTTTGGAGCACACTAGCTTATACATAACAGTAAGGCTAACATGTTCATACTAGAAGCCAAACAACTTTAATTTTGATTTCATGGGAAGTCTTCCACCCTGCTCCTGAAGAGCTACTTTCCTGCAGACTTCAGTTCCAGCCCTGCTCCAACACACCTGCCTGTAATTTTCAAGTAACCCTGAACACCTTGATCAGCTGGTTCATGTGTATTTGATTGGGGCTGGAGCTGAACTCTGCAGAATGGTAACTCCCCAGGAGCAGACCCCTGCATTAAAGCATATGGCTGTGTCCGAAAGCTTAAAAATGCTGCCTTCGGAGGATGCATTCCAAGGTAGGAAGGCATCAAGGCATGCCTGAATCTAATGTTAGCTTCACTTCCTGTCTCCTGAGATACCTTCATCTGATCGATTTTTGATGTATCTTTCACTGCCTTTGATATCCCACAATCCCGTTCTTTCCATTCTGTGGCAGTTGAGCTAAAAATAAAGATGGCGTCTGAATGTTGCGGTTGGTGGTCAGTTTGTGTGTAAATGTACATTTTTGACCAACGTTTTCCACTTCTGATGTCATTTCAAGTGAAAAATTACTACTGTAGTAATTAAATATTTGCTTAGTTCTCACCAAAGCTTGCGCTATTTTGCTGTAGATCATTGAACCGTTACACTGCCTCAGAAGTCTGTCCGAAATCAGTTTCGAGAGGTACCTTCATGCGCAAAGTCATTGCCTGATAACGGCAGCGAGGCAACAAGTTAGCTGCCTGTGTTTTTGAACTCAGCCTATGTGTCTTTTGTTGAATATCATATTTGTTATGTCAGGCATATGACTCCTAAAGTATGATATAGGACATGGAGCTCATACTCGAAGAGGAAAAAATCTCACTTTTAGACCCAAACTGAGCAAAATATGCAGTTTTAATATTTTTATTTATATGGCTGAAAAGTAAGATGAAATTCAGACTACTTACATAAAATGCGTATAAATATCAGTCTCAGTAAGATGATAATAAAAAAATGCTTAGTTTTATGATCAAAGCTCTCTAGTTTTTATTGTGGGGGGGGCGGCAAGTGCAATACATTGATGATTGAGAGATAAACAAATAAATGTTTCTCAGAGTTGCTTCAATCCAGTCAGTGTTCATCTTGGAATATTACTAAGAATATAAAAGTTATTTTTGCATTTGCTTAAAAATTTCACAGCAAAAAGACACATGTACCATGACCTGAAGAGGGATGTTTTTACAATTATACTAAAAGGCCTTTTAGTTGCTAAAAATGCATAAACTATTGTAAGGGAAATATGATTACACACTATCAATCAGACAATAGAAGGCCTG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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU215323 lncRNA upstream 283662 1082113 ~ 1082292 (+) True G189565
TU215225 lncRNA upstream 337820 1027241 ~ 1028134 (+) True G189487
TU215215 lncRNA upstream 346041 1019614 ~ 1019913 (+) True G189477
TU215199 lncRNA upstream 387523 978016 ~ 978431 (+) True G189461
TU215313 lncRNA upstream 443438 922316 ~ 922516 (+) True G189555
TU215183 lncRNA downstream 35254 1414956 ~ 1415629 (+) True G189445
TU216052 lncRNA downstream 152010 1531712 ~ 1532051 (+) True G190206
TU216062 lncRNA downstream 177455 1557157 ~ 1557452 (+) True G190216
TU216066 lncRNA downstream 186943 1566645 ~ 1566951 (+) True G190220
TU216067 lncRNA downstream 194804 1574506 ~ 1574725 (+) True G190221
CI01000043_00930835_00959810.mRNA mRNA upstream 405743 930329 ~ 960211 (+) True CI01000043_00930835_00959810
CI01000043_00898380_00913554.mRNA mRNA upstream 452307 898380 ~ 913647 (+) True CI01000043_00898380_00913554
CI01000043_00878804_00886856.mRNA mRNA upstream 478984 878804 ~ 886970 (+) True CI01000043_00878804_00886856
CI01000043_00872741_00876715.mRNA mRNA upstream 488969 872741 ~ 876985 (+) True CI01000043_00872741_00876715
CI01000043_00825755_00838325.mRNA mRNA upstream 527363 825660 ~ 838591 (+) True CI01000043_00825755_00838325
CI01000043_01383746_01406582.mRNA mRNA downstream 2477 1382179 ~ 1406593 (+) True CI01000043_01383746_01406582
CI01000043_01423076_01424727.mRNA mRNA downstream 43102 1422804 ~ 1424730 (+) True CI01000043_01423076_01424727
CI01000043_01626021_01650266.mRNA mRNA downstream 246319 1626021 ~ 1651813 (+) True CI01000043_01626021_01650266
CI01000043_01704935_01732125.mRNA mRNA downstream 325131 1704833 ~ 1732221 (+) True CI01000043_01704935_01732125
CI01000043_01842605_01846888.mRNA mRNA downstream 460381 1840083 ~ 1846921 (+) False CI01000043_01842605_01846888
TU216107 other downstream 303854 1683556 ~ 1692479 (+) True G190241
TU216143 other downstream 1062160 2441862 ~ 2443710 (+) True G190272
TU217666 other downstream 2523531 3903233 ~ 3909966 (+) True G191670
TU217639 other downstream 2928246 4307948 ~ 4350614 (+) True G191644
TU218497 other downstream 3613311 4993013 ~ 4993356 (+) True G192454

Expression Profile