RNA id: TU255771



Basic Information


Item Value
RNA id TU255771
length 7984
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id G225467
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000053
NCBI id null
chromosome length 7014373
location 272956 ~ 280959 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


ATGAACAGACATGAATTAGCACTAATCAATAGAAGATTTCTAATTTGGCATTAACGTAGATTAATAAAAGCTATAAAAATGTTATTCATAATATTAGGTATCATGAATTATCTATGATACATTTTTTTTATCTTTATTATGTTAACTAATGTTAACAAATTAGACCATATTGTTAAGTGTTACCAGAATTTCCATTGTAAATGTTTGGCTCGCAATTTGTTACAGTTAGTCAAACATAGTTAATAAAGTGACAAAAAATGACAAATAATCATAATGTTATGACAGTAATGGATATTAGATAAGCGCTCACGCTGAATGAATACAATTTCTGTTTGTGATTTACCCATAGGTGAGTCCTGACTAACTTGCAACTTTTGAGATTACTGAAACAGGGTATATTTAGGTAAGTTTTATAGCTGTTTTTATGCTACATAAAACGTACAAACCACAGACTGTAAAAAAAATATGGACGTAGTGTCCGTGACGTCACCCGTAGATTTCTGAAGAGCATTTTTGAAGCGAAAATGAGGCCGCTGCCATCTTAGCAGTGCGTCACTCCCGGATAACTGAAAATGGGCAAAGAGGCGGGACGTGGTTGCTGAAACCACATCCGCCTAGCGCGACGTGATCATGTTAGCAGGCAAAGGAGCTATCTATATATCTTAGATACTATCTAAAATATTAATATTCTAATTATATAACTTGTTATCTTTATTAGTTAATAAATATAAGTTATATCATTAGAAAGTTCTAAAGGTTTACTGTCAATCTACGGTGTCTTTTTTACGATATAGATGCTCCAGCAGCACCGGTAATTCCAATTTGTGTCGGGTGTGCACATGACAACACGAAAAATCAAACGGGACTTCATACCTTTATAATGAAATAGTGATCGCGAGATGAATCCAATCCGTGGCACTGGGTAAATGATGAGTATCCATTGAAAAACAAAAAACAGTACTTTTTGTCCACAAAAGCGTTAAATCCATGAAATATTGATATATTATCCATTGTTTGCATCACATTTCTTCTGAATGATCTGCTCTCCATCATCGTTCTTCAAGAAATTATGCAACCTGAGCAGTGTTTGTGTTGTAAAACTGTATATGATTGTATAAATGAGCCCGCGTCCAAAGTATCATTTTTCAAAATGCAGCAGTTTTAGTTATAATATCCAAGCAGTGCTGTCAGTTTTATATCCTCCCGCCATTGTCATTGTAGTAAATCTCACGAACAAAACTTTTAGCCAATGCCACGATCCAACGCGTGTTCTGTATATCTTCCGTATTTGAGCACATGTACACAGACGCACATCTGCCTCGAGTCTCGACCATTAACGCAGCAAGCCATATTATTTTTTTAATTGTATAAAATAATCCCGAAAAAAAAGCACAAACACGGCAGAAATGCCAAATTCAGTGGCTGGAATTAGCTGAGGTAAAGTGATGGCTCACAGACAGCAGCGCAATTCACCTGTCACTCAAGTGACCACGCCCTTAATTATGCTGAACTTTAAGGCTTAATATAATTTAAACGGATGAGTTATAAAAAAAATCACCCCCCTCAGAGTTGTCATGAAGGGCAAAATTAGTAGTATAGACCAAAACCACAATTTGATCCAGGCTGTAAACATGTTTTTTTCTGCTGTAAAGTTGGCCATTTTAACATGGGGGATTCTGCTCTCTTTTGGAGCCTGTCCCTAGCGGCCAGTCGATGAATCGCAGTTTAAGTCACTTCCATATTGGCTTCAAGAGAAACTGGGGGAGGTTGCCACTTGGTACAAACATAGAAAAATGTACACTTTTACATCTTAATTCTCAACAGTATCAGCATAATTAATGTACTCACTTCCAGCATGAAAAGAATGTCCCACTAGATTCCCATGGGTAGTTTTGACATTGTGGTGGCGTTCGCCTTGCAGATATAACCATTTTGACTTCAAGACTTGAAGGCAGCATATGTCTAACTGTGTGCTGATTTTGTCTCAGAAGTGTTTGGCCAGCATGTTCTAAAAGTTTTCATCCTCCATGCATTTTAACAAGCAGTGGGCTGTGTCGGGGGTCAGCTGGCTCCAGGCTATGTAGCCCACTGGCTGATCAATGGAAAGAAAAATACAGACCTTGTAAATCCTTCAGGCTGTGTTACAAACTAGAACATGGTGTGGGCGGGGTCAGGGGTCATCAGAAGAGGGTGAGAGCACAAATTGCTATTTACATATTTAATATAAATTAAAAAGTATTTAAATTGTATTGTGACTACATTGCTTCTATTCTGTAATTTGGTGCCATTAATGCATAATACAGAGATAATTAGTTACATCCCCTTAGGTGCTGATTTTCTGCTGTTGTTTGTATGCATTCATAAAACTGCATCAGTTAGCTAAAATCAATGCAACCCCCAAGTTGTTGTTGTATTATACTGATTAAAAGTGGCATTCATTTGAGCGATTGATTCACATCTGATTATTACCTGTCATAGTCCACCTTAATATGAAAATCTGTGACTTTATTTCTTCTGTGGAGCACAAAAGAAGAGATATTTCTCAATGTTTTCTTTTATGTTCCCCAGGAAGTCCTAAAAGTTTATAACGACATGAGGGTGACTAATTTAAGACAGAATGATTATTTCTGGATGAACTGTCCCTTTAATGGTGGAGTATGTAATATGGACAACTAGTACTGCAATCCAAATTCAAAATATTGGAGAGAATTGTTCCTCCTCCTCAGACTTGACTCTCACGCAAGCTGCAAGATTGAGGACATGCAACAGGAACGAGCGCAGTTGACAATGGAAAACCATAAGCCTTAGGGGCTGTTCACATAGAACGCGTTTTTCTATTCCAATGCACTACTTTTCCATTGTTTTTCTATGTAAGCACGCACTAAAAGGACGTGTATGATCGTTACGCTTGCGTCTCATGTCTTTTGCAGCGCCTCGCACATGAACGCCGCGTTTTTAAGATGCCGTGTCAAGTTAAAAGAATTTCAACTATTACACACAGCACCGCTCATCAATGTCAGTTCCAAAACAGTGGACCAATCAGAAGAACTCGGAGGCGGGGCAAGCATTGCAAGCTTTTGTTTACAGTAGCAAGTTAGCGTGGCAACTGTTTTATTTGTTGGTTATTGCCTGTATTGCATTGTGTCTCAAAAGTGCGTCTCGAGTCCCTCGCATTCTGCGCTGCGTTTATTTTTAAACCATTCCTGAGCCCTGCGTCTCGCGTTTTTAGATGCAAAGACACGTTCTGTGTGAACAAGCCCTTGCACTGTAAGCTGATCAGCTAATATATACGTTTGCAACGTTTTTATTGCCGAGGCTTTTTAGGTCTGGTAGAATCTGTGGTTTCTCACACAGTTCATTTACTCACTTTCTTGGCTGCAATACGCTGTGTTTTCCAACGACTGGCAACCCGAGGTGTTGAAATACTATTAGGTAAATTGGCAATGGGCGGGATCATACAGACCAAAACAAAAACAGACTTTCTGACATGAAATGCACATTTCAAAGTTGAATAAATGCCAAGTTCTCTCATGAAACTCTAGATGGCACAGGCTAATGGTTCCTTAACGCAACCTTGACATTTACATAGTTTACTACATGGCACAAGCTGATTGGTTCCTCTCGCATCTGCAGCCAATGAGATTGCTGCTCAACATTTAAATAGCTGGTTATAGTTTACTATAGCAGTTTGCAGCATGCTCAACCTGTATAGATCTGCTATAGGTAATTTTGCTATTTGTGCAGCAGCAGTATATCTTGGATGCCACAGCAGCATATCAGTGTTTGTATTGACAGTAGCAAGGCCCTGTACTTGGTCTGCAGCCGAAGCAATAACCTACAACAACGGCAATAATCAACTGCAGCAGCGTGGCAGATCTATTTCGCCAACACATGCTTAAAATCTTCAGAGAGTTGTCATGATAGAACTGGCTGTAGCATTGTTTTTCAGAGAAACAAGTATTTGAACTTGCATGTTTCCTAAATCTCTGCAAACATATTATGGAATTTTTATGCTTCCAGCATCTTTTAAGTCAGAGACTTGAGAGGAATGACGGGTTAGTGCATAAGGTCACATCATGTAATATCCGATACTTCCTGATTCATGGAATGCTAACAATACCAGAAGGCTACTCAAGGAAGTAAAGCACTGTGTTGTTGTTTCCTATTTTCCTGTGAAAATACCAATCTTTTCACTTCACCCAGTCCAACTTGTGTGCTTCAAGTCCCTTAACGTCATAAGGAGCTGAAACGGAACTTTGCAGATTTTCTCTCGAACACCTGCGCTACTGTGAGCTAATTAAAGTTAATGAGTGAATGAATAGAGTTGTGAGTCATGTCTGTTTACCCAGCATCCCTCAGCTGATGCTCACGATGAAGCATCTTGTGAATGAGTCTTACTTGAGACCCAGATTCAAATTAGACTGTGAGCAGACTTTATTTGTGAAGCACACAGCTGCTCGCTCGGATATGGCCAAGTCGAATGTAGAACAGGTAGTGAATTTTTCAGATCGGATGCTCCTTTACCCATTGACTCAAAATCGCGGGAAGAGTCATCGAGATTTTTTTTTTTTTGTCATTGCAGGTTTTTAATTTAAGAAAGGAAGCAGACAGAGCAGGGTTATTTTCTGAATGGGCGTGAGTTGAGATTGTAGGACACACATGCTTTAGAGACCAATAACATCTGTATCTGATACAGCTTTTCTTGCTTTGTTTAAATCACAAGAACAAGCTACATGTGGGTAGATGAAACTAGTAATTTAGTGATCAACCAATATGATGTTTTCAGTGTTGAATTTACATGCCACGTCCACTTTTAGAAAGTGGAAAATGGTGGTTAATCATATTTTAAAGCAGGTGTCATTATCAGACCATGGTCTTTCTTGGTGAATAGAAAGACCATCTGTCACATAATGTATATGGCTGAGTGTTGCATTTTAAGCAACAATATGTCTGTGGCATCATACTTATGTCTCGTTTCCCCTATTTCTACATTTAAATTA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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU255765 lncRNA downstream 25563 247029 ~ 247393 (-) True G225461
TU255844 lncRNA downstream 42488 230259 ~ 230468 (-) True G225534
TU255770 lncRNA downstream 89360 160717 ~ 183596 (-) True G225466
TU255812 lncRNA downstream 117298 155251 ~ 155658 (-) True G225505
TU255803 lncRNA downstream 131736 140674 ~ 141220 (-) True G225499
TU255732 lncRNA upstream 88026 368985 ~ 382872 (-) True G225433
TU255733 lncRNA upstream 88026 368985 ~ 382872 (-) False G225433
TU255730 lncRNA upstream 98662 382751 ~ 382909 (-) False G225433
TU255731 lncRNA upstream 98662 382751 ~ 382872 (-) True G225433
TU255923 lncRNA upstream 209964 490923 ~ 491132 (-) True G225604
CI01000053_00236043_00262938.mRNA mRNA downstream 9392 235840 ~ 263564 (-) False CI01000053_00236043_00262938
CI01000053_00116887_00128931.mRNA mRNA downstream 143227 116666 ~ 129729 (-) True CI01000053_00116887_00128931
CI01000053_00094748_00113755.mRNA mRNA downstream 159201 94497 ~ 113755 (-) True CI01000053_00094748_00113755
CI01000053_00292771_00295073.mRNA mRNA upstream 10955 291914 ~ 295073 (-) True CI01000053_00292771_00295073
CI01000053_00379771_00382260.mRNA mRNA upstream 98750 379709 ~ 382260 (-) False CI01000053_00379771_00382260
CI01000053_00390989_00410148.mRNA mRNA upstream 109840 390799 ~ 410148 (-) True CI01000053_00390989_00410148
CI01000053_00432322_00449797.mRNA mRNA upstream 151310 432269 ~ 449797 (-) True CI01000053_00432322_00449797
CI01000053_00454429_00457235.mRNA mRNA upstream 173453 454412 ~ 457235 (-) True CI01000053_00454429_00457235
TU255892 other upstream 262688 543647 ~ 546868 (-) True G225574
TU256158 other upstream 1178636 1459595 ~ 1466732 (-) True G225812
TU257051 other upstream 1936489 2217448 ~ 2237396 (-) True G226536
TU257358 other upstream 2284933 2565892 ~ 2567072 (-) True G226826
TU257528 other upstream 2715758 2996717 ~ 2997268 (-) True G226963

Expression Profile