RNA id: TCONS_00018756



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00018756
length 329
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 2
gene id XLOC_008304
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 6785649 ~ 6786055 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


GTCAAGTCAGATTAGTTAGGTGGAGTAAATCCTATAATCCGTTTTATGAGGTGTGAGTATTAGGTCTAAGTGTTAGAAACAGTGAGACACATGCACAGGAAAGGTGGATCAAGAAATCTGAGAAGGTACAATACGCGATTTTGGAACGAATATTAAAGTCTGTTTCCACCCGGAATATTATCAACAAATTACGGAGAAACATTGCAGGGATTAAAAATGAGGCATCTTCACAAAATCCAAATTGGGCGGGGACAGGCTTCTCAGATGTTTTTCGTGGTCAGGTAGGAGTTTACAACCTATTTTGCATTTACTTTTCAAATAATCAAGTC

Function


GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00018887 lncRNA upstream 625146 6159009 ~ 6160503 (+) True XLOC_008297
TCONS_00018886 lncRNA upstream 932307 5841557 ~ 5853342 (+) True XLOC_008291
TCONS_00018885 lncRNA upstream 1314141 5468360 ~ 5471508 (+) True XLOC_008289
TCONS_00018884 lncRNA upstream 1314798 5468098 ~ 5470851 (+) False XLOC_008289
TCONS_00018883 lncRNA upstream 1506746 5277903 ~ 5278903 (+) True XLOC_008279
TCONS_00018888 lncRNA downstream 81221 6867276 ~ 6875548 (+) True XLOC_008306
TCONS_00018757 lncRNA downstream 354355 7140410 ~ 7140882 (+) True XLOC_008308
TCONS_00018758 lncRNA downstream 948434 7734489 ~ 7737531 (+) True XLOC_008311
TCONS_00016691 lncRNA downstream 1019724 7805779 ~ 7805920 (+) True XLOC_008312
TCONS_00018889 lncRNA downstream 1976419 8762474 ~ 8764113 (+) False XLOC_008319
TCONS_00016683 mRNA upstream 684 6774994 ~ 6784965 (+) True XLOC_008303
TCONS_00016682 mRNA upstream 1370 6773876 ~ 6784279 (+) False XLOC_008303
TCONS_00016678 mRNA upstream 119346 6652396 ~ 6666303 (+) False XLOC_008300
TCONS_00016679 mRNA upstream 119417 6661343 ~ 6666232 (+) True XLOC_008300
TCONS_00016676 mRNA upstream 292034 6459847 ~ 6493615 (+) True XLOC_008298
TCONS_00016684 mRNA downstream 702 6786757 ~ 6807963 (+) True XLOC_008305
TCONS_00016685 mRNA downstream 268699 7054754 ~ 7057545 (+) False XLOC_008307
TCONS_00016686 mRNA downstream 270995 7057050 ~ 7058214 (+) True XLOC_008307
TCONS_00016687 mRNA downstream 278764 7064819 ~ 7161877 (+) False XLOC_008308
TCONS_00016688 mRNA downstream 300272 7086327 ~ 7161877 (+) False XLOC_008308
TCONS_00016681 other upstream 13529 6770586 ~ 6772120 (+) True XLOC_008302
TCONS_00016680 other upstream 58567 6678521 ~ 6727082 (+) True XLOC_008301
TCONS_00016677 other upstream 226464 6559050 ~ 6559185 (+) True XLOC_008299
TCONS_00016665 other upstream 930424 5855111 ~ 5855225 (+) True XLOC_008292
TCONS_00016634 other upstream 3279226 3506309 ~ 3506423 (+) True XLOC_008259
TCONS_00016699 other downstream 1896767 8682822 ~ 8682937 (+) True XLOC_008317
TCONS_00016700 other downstream 1945697 8731752 ~ 8731866 (+) True XLOC_008318
TCONS_00016703 other downstream 2252995 9039050 ~ 9039164 (+) True XLOC_008321
TCONS_00016712 other downstream 2517754 9303809 ~ 9311478 (+) True XLOC_008326
TCONS_00016719 other downstream 3109803 9895858 ~ 9895986 (+) True XLOC_008335

Expression Profile


//