RNA id: TU268077



Basic Information


Item Value
RNA id TU268077
length 14225
lncRNA type antisense_over
GC content 0.42
exon number 3
gene id G236387
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000054
NCBI id null
chromosome length 13006764
location 10570225 ~ 10602954 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


AGGCAGTGTGTGATTTAGGGAAGTTAGAGCTGGATGAGTTGCCAAACTCCACCCTTCGGGAGCAGTGCACGGAGTGGATGCAAGCCAGCTGTAAAGACTGAAAACTATGAAGTGTTCCTCTCAAGTGGACAATGGTCGGAAATAGAAAGGAAGCACACATGATATTTAGTTTAATGTACTTATCTAAGACTTTTCCAAGGCATTGTTGAAGCACTCAGGCCCTGTTTTACACCTGGTATTAAGATGCATTTTGGTCAGTCGGATCACAAGTGGACAACACTAAATCCAGTAAATGGGGTCTAAAACGTTTTGAGCTTGTCCACTTTCGACCTCTTCCAGAGGTAGTTGAAAAACACATTAGACCGGATTGCTTTCGTAGTGTAGACGCTCATGTGGTCAAATGTGTTCGAAGAGCCATACAAGATGCCTATGTCCGCCTACTGACCTAATGCGTAAATATTATGGGAAGCGCACAAGTCAGAGAGGATTTAAACTTTCTTGCCTGGAGACTTCTAACACACATTTGGCAGCGTCTTGTGGCTATCAGAGCCATTCCATCATCTCCATGGGCGTTCATATGTAAATTGCGCGAGCTTGTTTTGTCCATTAGATTGAAAGATCTGAAAAAGCCCAAACATTTACCTGCCCGTAGACCCTCTCCTCGAAGGAATCCGGACAGAAGTGGTTGAAAGTGGACAAAGGAGATGGATTAAAATACGAGGTGTAAACTGGTATCTGTCTCCCTTGTCTATTTGTCATCTGATCAACCAAAACGCATCTTAATACCAGGTGTTTACAGGGCCTCAGTCACTTGAGGCTGAGGTTGCAAATGTTATCACTTCTTTGAGGTTGCCTGTCAAATGCTGCATATCTGGTTGCGAGATGTACAGTAATGTAGAATTATGACGTTTATTTTCAGACAGTTCTTCACATGTGTAAGACGTCTCCCTAACGAGACAATTGAGCTGATAATCATAAAGGTCTTATCCCAAACGGTCACCCTCAGCCCTTGCAACCCTCTTTCGAGTTTTTACTTACTGGTAATGTAATGTTGCATGGTCTGTCAGGTAGTTGTCCATTGTGAAGTCCACAGTGCACGCTCAGCGAAATGGTGGATCGAGGCATCATATCAGCTACATGGGGAGCATTCATTAGCACCCTTCTGAATAATAAAGGTTAAAGATGTTAAGTCCACTAAATGCCCCATTTGAGGTGGGGAAAGATTTCCTTAGAATCCAGGGCTCAGTTCTTCAGTTGTGGTAGGGTTTGATTTTTGAAAATTAATGTTTGAGTCGTCATGTGCATTTTTTTGGTTAATTTTGAATTATTTCTGACTTGAAATTAAATTAAATTATTGGATGTTTCTCAAGCAAAGTCCATAATTCTTGTGTCTGTACTTGTTAGCAAAAGTGGAAAAATGTGTTTCCAGAAGTTGTGCCTTGTCCAATGTCATTTACTGCTCCATGACATCAACTGGATGATGTTTTTCTCTGCATTCAGATACAAATTCTCGATTCTGTTCTTTGACTCATCACAAAAATGTTTCTTTCATGACAGCTACAGTGATATGACTCATTAGTAGCATAGAAATGACTTGTGTGATGTGGTTCAGTGTTTGAGGCTATGACTTCATTACTGCTAGTGTCTCCACTTGTTTATAAGGGGAAGTCTGCACAAAGTAACCGGGTAGACCTCCCGTACGCTGTCCCTGGGTGGCTTGCTCCCAGGTTGTGGTGAAGCTTCAGTAAGGGTGACTGGGAGAAAGACGTCTGGGTGGGCAGAATTATAGAGTTGGGAAAAGGACTGAGGAGACAAGTCAGACGGTAGTACCAATTGGACAAAAGCCTGGCAAACCTTGAATGGTGAAATGTCACGCCAAACACATACCGGTTATGTATACCTTTTAATGACGGAGTGAGCAGAGTGAATCCACCCATGGCCAACTGGAGACAGCGTTCCACTTAATCACAGTCATTTATTTACCCACCCCACCGGAAAAAGCCCCCTGTGATGAGTGAATGTATATTTAAGCCCACACAGTGGTTTCGGCATGACGGCTCTACACAGTAGCTGTGCAGTAAGGCAGAGCCGTGGGCTAACCGGTAGGCTTGGGTTCAGTGAAAAGTGAACAGAGGACGTTTGAGCTTAGATGTTTTTTAGAAAGTGCATCCTGTGCATCTTCAGCCAACATGACTGTGGACAGGAGCTTGTCCAAGATACCTCCTCCGCAAGAAAAGCAGCTTCAGATGTTTCTGGAAATGGGCAAGCTAGATATGTTTAGACTGGCACTTGATAGTGAAGAGCAAGTACCAGCTCTACTTTGCATTCTCCTTCATTATACCTCATTCTTACACTCTCTCCTTCCTTCTCTCTCGTTCTTTCCCTATTCAACCCTTTTCTCCTTTATTATTCTCTGGATCTATGGATCCCTCTTATTCCAGATTCTCTTCTATTCTTCTTTAGTCTCCATCATTCTCCCATTGCCCTCCTCCTTTCTACTCTCTGGTCTTCCTCATTCTCCTATGTTGTCTGTTTGTTCTCCTTTTTTTTTCTTGTTATTCCTTGTTCTCCTTTATTCTTCTTTCATTTATTTTATTTCTTCCATGGCCCCTTTTGTCAGGTCCAGCCGAAGACCACAAAGGGCTGGGTAACGTGAGAGAGTGGTGAGAACTGAGATGTTTTAAGAGTTCTCCTCATTATTTCTGTCTGTGGTTAACCATTCCCTCAAACCTCACTACTTCTCCTTATTCTGAACGTCTGCAGATGAGGGGGATTTTGACGAAAGGCCCATTTGAGGTCTTATAACTGTATAAAGAACAACTTACACCATGTTTAATGTTGTCCTGTATCCATTTTTTAACTGGTTACACAAAAAACTTTGAGATGGTGACCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGAGGAGATGAAACCAATAAGATCTGAGAGGACGAACATCATTGTAAACCGGGTCATGAGCTAAGCAGTGTTAACCAGTTGTATGAATGCATTGATACACAAAGTCGTCCCCCTTTACAGCACAAGAAATTCTTTCAAGTGTTTAGGCACATTAACTCTGTCTTTATTAAGCATGTGTGACTGTGTCTTGAAGGTGAGCTGATCTAATGCATTGGGCCAGTGCTCACTCCTTGGAGGACATCTCTCCCTCCATTAGATGTTCACTGGATTGCTGCTTCTAGAGTCTCTGTATTTTACTGAAGGAGCCATATAGGGCTCGCTTAGAGTCTGTGCATGTCGTTGTTCTCAGATAAGCCTGAGCCCTAATCTCAACCAGTGGCATGGCCTATTTCTTAGCCATTCATGAGCGAAATGAATTAAGGTGGGTTTTTACTGGTTAATGCCTAGGAAACTGTTAATATTTTAACTGTGCAATAATGGGTCTCTTCAAGTATGTGTGTGTTTGTGCAAGAGACACTAAAAGAGTGTTTTTATGTAAAGAATTATGGTCAGTGAGAGCTGAAGTGGTCCGTGCCAGCTCATACCATAATCGTAGAGCTATCGGATGCTTCCATAATTCACAATACTGCTCTTATTTTGAAGTAGCCTCATTTTGTCTCGCTGTGCATCAGGAACACTGCTGCCTGTTTTGACTTGTCTGCACACACACACTCTTATATGCAACGTCTGTACGTACACATCTTGGCAGACTAATGTTTTAATGTGTATGTTTGTGTCATCGGGGACACACCCTGCCCATATCTTTGAGTGCGTAATCTAAGAGTTTCCAAACAGAAGCAGAGAACATAATTATATGCTTTCTTTCATCTTAATGGAATTGTGGCTGTACTTTTTAAAGCGGTTTTGTTTCTACAAGATTCTTGGCAGTTTAGTTTGTGATGCTGTTGGTGTTCTGAAGATTTTCTCTGATGTCTGTCTTGGAGAACTCTCATAGTTCTGTAATAAGGTTTTTTTTTTTTTGTGTGTGTGTGTCCTTTAAAGTGATATCAAAATGTGGTGAAGCTTTCCATGAAATTATTATCTCTTAAGTTAATTTTCAGGAAAGTGTGAGAAAGTGTGAATGGAGAAACAGAAGATGACTGTTGGTAACACTAACTAATTTATTCACAGGTCTTTTTTTTAGCATTAATGGTATTAGATTGTATGCTGATTTTATAACAGTTAACACCAATAAACCAGGTTATTGCCTTGCGACACACCGCTCCCTTTGAAATCAGTATATTCACAGCATTTTCTGACAAACTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAACAGCTGAAGTCTTCCATGATGCCATTACATAAACTGTTACATTAGCATTAGCAGAACATCCGATCATTTACAAATTTGGTACATTTAATATCACTATCACTCTGTTTCATGTGTTCTTTGCACCTCAGGTTGTGAGTAGAGGTCTGTGTGAGATGCGGGTATCGCGGTTGTTGTTGATTCAAGCCGATTGAGTATCGAGTAGCACGGGACCGGATGGGACGTGTCCGTGCACCTTAATCAGCTGACATTAGCACTACTGTTCCCGCTAGCTCAGCCGGGATATAAAGAATAATCGATGGCAGATTATTTGCGGTGACCTTCTGGGCTTAAGGGACAGACTTTAATCCTGTTCGCGTATCGGCGTCATTGATCAGCTAGCACTGACCGTAGAGGTGTAGTGTGCGGCGCAGGCTAGTGTGCTGGAAGAGAAATTATTTTGTGAGGAAAAGGTTGCCAGACGCTCTGCAAAATGCAGCTATTTTAAGAGGCTTTGATTAGGCCACAGTGACTGTGTGTACTGGAGAAGATGTGTTCTAGCATGACCTCCCTCTCCTTGTCCTTTTTATTTTCTCTTTTTTTCCCCCTATATTATCTACACTGTAGAGTTTTAATGTTTTTGTTTTGACTTGTGGTTCTACCTGACTTAAGTACTTCTTTTCTTACCTCAGCTTTTTCTTCACTGCGTCTCATGGTGTTGTCTCTAGATTTTCTGCACGCTCACC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Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU268084 lncRNA downstream 58796 10474070 ~ 10511429 (-) True G236394
TU268071 lncRNA downstream 115109 10454828 ~ 10455116 (-) True G236383
TU267572 lncRNA downstream 139445 10430552 ~ 10430780 (-) True G235924
TU267567 lncRNA downstream 146625 10423390 ~ 10423600 (-) True G235919
TU267538 lncRNA downstream 155989 10413954 ~ 10414236 (-) True G235895
TU268074 lncRNA upstream 14015 10616969 ~ 10628310 (-) True G236384
TU268183 lncRNA upstream 135588 10738542 ~ 10738848 (-) True G236480
TU268210 lncRNA upstream 169291 10772245 ~ 10824773 (-) True G236506
TU268157 lncRNA upstream 200917 10803871 ~ 10805669 (-) False G236458
TU268237 lncRNA upstream 245334 10848288 ~ 10848555 (-) True G236533
CI01000054_10518872_10568706.mRNA mRNA downstream 1519 10518872 ~ 10568706 (-) True CI01000054_10518872_10568706
CI01000054_10389232_10412773.mRNA mRNA downstream 157452 10389232 ~ 10412773 (-) True CI01000054_10389232_10412773
CI01000054_10269355_10363708.mRNA mRNA downstream 206076 10268720 ~ 10364149 (-) True CI01000054_10269355_10363708
CI01000054_10248885_10261371.mRNA mRNA downstream 308854 10248601 ~ 10261371 (-) True CI01000054_10248885_10261371
CI01000054_10230849_10243712.mRNA mRNA downstream 326387 10230849 ~ 10243838 (-) True CI01000054_10230849_10243712
CI01000054_10645438_10672411.mRNA mRNA upstream 42188 10645142 ~ 10672681 (-) True CI01000054_10645438_10672411
CI01000054_10817235_10819181.mRNA mRNA upstream 214188 10817142 ~ 10819362 (-) False CI01000054_10817235_10819181
CI01000054_10872970_10881017.mRNA mRNA upstream 269861 10872815 ~ 10881495 (-) False CI01000054_10872970_10881017
CI01000054_10910820_10938477.mRNA mRNA upstream 307420 10910374 ~ 10938477 (-) True CI01000054_10910820_10938477
CI01000054_10949424_10950271.mRNA mRNA upstream 346365 10949319 ~ 10951456 (-) True CI01000054_10949424_10950271
TU267309 other downstream 703013 9863321 ~ 9867212 (-) False CI01000054_09864693_09866871
TU267307 other downstream 703167 9863321 ~ 9867058 (-) False CI01000054_09864693_09866871
TU267308 other downstream 703167 9863398 ~ 9867058 (-) True CI01000054_09864693_09866871
TU266869 other downstream 1084838 9485215 ~ 9485387 (-) True G235290
TU266866 other downstream 1084907 9485215 ~ 9485318 (-) False G235290
TU268158 other upstream 200917 10803871 ~ 10816186 (-) True G236458
TU268159 other upstream 200917 10803871 ~ 10815565 (-) False G236458
TU268160 other upstream 200917 10803871 ~ 10816162 (-) True G236458
TU268162 other upstream 268150 10871104 ~ 10881216 (-) True CI01000054_10872970_10881017
TU268494 other upstream 682240 11285194 ~ 11291240 (-) False G236748

Expression Profile