RNA id: TCONS_00018764


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00018764
length 462
lncRNA type inter_gene
GC content 0.43
exon number 2
gene id XLOC_008384
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 15450803 ~ 15452516 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCCTTTTAATCAAATCGTTATTGCACATGCATGCGAATATGTTCATAATGGGATAGATGTAATGGATATCTGTGTGTCTGACCGCTAGTAACCCCATCGCTCCCCACACCTCGAGATTTTTTCTTTGGTGACGCAGCAAGGAGGAGGTTCCTTTGGCGCTTTCCATAGTAACAAGAGATGGGGTGATTCTTCCGACCCAACGAGATTGGGCATTCTAATTTCACAAAAGAAATGGGTAGTGACCTAATTTGGAACAGTGGGCTTTTTCAGTGCAGACCAATCAAGATCTCCATGTAGTTATACAGAACATCAGTCAGTGTCTTTTCCTATGGTTACATGGATCTTAATGTTCGGACTCTTAACAGATGCAGGCGCCAGGAAAGCGAACAGGCGGAATTTGAGAAGAGAATGCACGTTTGTTTATAAAGAAAATGTTGCGCAGAAATCACTTGGCTGCTGTCC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00016790 lncRNA upstream 56145 15390901 ~ 15394658 (+) False XLOC_008381
TCONS_00018912 lncRNA upstream 99346 15347642 ~ 15351457 (+) False XLOC_008379
TCONS_00018911 lncRNA upstream 99346 15347642 ~ 15351457 (+) True XLOC_008379
TCONS_00016777 lncRNA upstream 592858 14856196 ~ 14857945 (+) False XLOC_008373
TCONS_00016776 lncRNA upstream 595037 14854889 ~ 14855766 (+) False XLOC_008373
TCONS_00016799 lncRNA downstream 176990 15629506 ~ 15665686 (+) True XLOC_008388
TCONS_00018765 lncRNA downstream 321362 15773878 ~ 15775157 (+) True XLOC_008389
TCONS_00018913 lncRNA downstream 326472 15778988 ~ 15782552 (+) False XLOC_008390
TCONS_00018914 lncRNA downstream 534538 15987054 ~ 16018789 (+) False XLOC_008393
TCONS_00018915 lncRNA downstream 534553 15987069 ~ 16007301 (+) True XLOC_008393
TCONS_00016793 mRNA upstream 13273 15415623 ~ 15437530 (+) True XLOC_008383
TCONS_00016792 mRNA upstream 42690 15403560 ~ 15408113 (+) True XLOC_008382
TCONS_00016789 mRNA upstream 48886 15390882 ~ 15401917 (+) False XLOC_008381
TCONS_00016788 mRNA upstream 68924 15375607 ~ 15381879 (+) True XLOC_008380
TCONS_00016786 mRNA upstream 119302 15314189 ~ 15331501 (+) False XLOC_008378
TCONS_00016794 mRNA downstream 4020 15456536 ~ 15460133 (+) False XLOC_008385
TCONS_00016795 mRNA downstream 4113 15456629 ~ 15459333 (+) False XLOC_008385
TCONS_00016796 mRNA downstream 4394 15456910 ~ 15459659 (+) True XLOC_008385
TCONS_00016797 mRNA downstream 26926 15479442 ~ 15514013 (+) True XLOC_008386
TCONS_00016798 mRNA downstream 64096 15516612 ~ 15593263 (+) True XLOC_008387
TCONS_00016791 other upstream 49163 15394242 ~ 15401640 (+) True XLOC_008381
TCONS_00016758 other upstream 1492953 13957722 ~ 13957850 (+) True XLOC_008361
TCONS_00016757 other upstream 1925815 13524874 ~ 13524988 (+) True XLOC_008360
TCONS_00016731 other upstream 3885294 11565391 ~ 11565509 (+) True XLOC_008343
TCONS_00016719 other upstream 5554817 9895858 ~ 9895986 (+) True XLOC_008335
TCONS_00016809 other downstream 1066451 16518967 ~ 16519083 (+) True XLOC_008398
TCONS_00016813 other downstream 1377246 16829762 ~ 16829876 (+) True XLOC_008400
TCONS_00016824 other downstream 1647961 17100477 ~ 17101668 (+) False XLOC_008406
TCONS_00016835 other downstream 1921273 17373789 ~ 17373915 (+) True XLOC_008411
TCONS_00016838 other downstream 1954454 17406970 ~ 17416607 (+) False XLOC_008413

Expression Profile

//