RNA id: TCONS_00016799


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00016799
length 488
lncRNA type inter_gene
GC content 0.44
exon number 3
gene id XLOC_008388
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 15629506 ~ 15665686 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATCCCAGTTTCACATAtgctttgctgagtcttgttttctgtcAACTGTAAGTGAGCATTATGAAGCGGTTCCTTGTTCTGCCTTATTGTGCCAAcattaatgacaataaaaatcacgTCCTCCGGCTGCTCCCACGCTCAGAGACAACGACAACCAAGATTACATGATGGCCCACAATTATACAGCGCATCTCCAATCAAACATAAACCCTGGTCTGTGTGGATTACTCAACGTCAAGCAAACCCTCCAGCAAACAAATCTTCATCCAGCTAACGTCATACTCGAATCTGTCCAGTCTTCCCCGTATCCAGTCAGAGGTGTGTGCATCGTCTTTCTGTCTTCCCTGCAAGTCATCTGGTCTGTGCATTCGGTCTTCATGCATCCTGCTAAGGATAAGGACAATAATATCATCTCGGACTTCATTCACATAACCCTTATCCTTCTGTTGCTCCgctgttaaaataaacatttattactaCTACTCACCC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00018764 lncRNA upstream 176990 15450803 ~ 15452516 (+) True XLOC_008384
TCONS_00016790 lncRNA upstream 234848 15390901 ~ 15394658 (+) False XLOC_008381
TCONS_00018912 lncRNA upstream 278049 15347642 ~ 15351457 (+) False XLOC_008379
TCONS_00018911 lncRNA upstream 278049 15347642 ~ 15351457 (+) True XLOC_008379
TCONS_00016777 lncRNA upstream 771561 14856196 ~ 14857945 (+) False XLOC_008373
TCONS_00018765 lncRNA downstream 108192 15773878 ~ 15775157 (+) True XLOC_008389
TCONS_00018913 lncRNA downstream 113302 15778988 ~ 15782552 (+) False XLOC_008390
TCONS_00018914 lncRNA downstream 321368 15987054 ~ 16018789 (+) False XLOC_008393
TCONS_00018915 lncRNA downstream 321383 15987069 ~ 16007301 (+) True XLOC_008393
TCONS_00016805 lncRNA downstream 370183 16035869 ~ 16045504 (+) True XLOC_008394
TCONS_00016798 mRNA upstream 36243 15516612 ~ 15593263 (+) True XLOC_008387
TCONS_00016797 mRNA upstream 115493 15479442 ~ 15514013 (+) True XLOC_008386
TCONS_00016794 mRNA upstream 169373 15456536 ~ 15460133 (+) False XLOC_008385
TCONS_00016796 mRNA upstream 169847 15456910 ~ 15459659 (+) True XLOC_008385
TCONS_00016795 mRNA upstream 170173 15456629 ~ 15459333 (+) False XLOC_008385
TCONS_00016800 mRNA downstream 105732 15771418 ~ 15775182 (+) False XLOC_008389
TCONS_00016801 mRNA downstream 113498 15779184 ~ 15782552 (+) True XLOC_008390
TCONS_00016802 mRNA downstream 120474 15786160 ~ 15819342 (+) False XLOC_008391
TCONS_00016803 mRNA downstream 120524 15786210 ~ 15819598 (+) True XLOC_008391
TCONS_00016804 mRNA downstream 190492 15856178 ~ 15877832 (+) True XLOC_008392
TCONS_00016791 other upstream 227866 15394242 ~ 15401640 (+) True XLOC_008381
TCONS_00016758 other upstream 1671656 13957722 ~ 13957850 (+) True XLOC_008361
TCONS_00016757 other upstream 2104518 13524874 ~ 13524988 (+) True XLOC_008360
TCONS_00016731 other upstream 4063997 11565391 ~ 11565509 (+) True XLOC_008343
TCONS_00016719 other upstream 5733520 9895858 ~ 9895986 (+) True XLOC_008335
TCONS_00016809 other downstream 853281 16518967 ~ 16519083 (+) True XLOC_008398
TCONS_00016813 other downstream 1164076 16829762 ~ 16829876 (+) True XLOC_008400
TCONS_00016824 other downstream 1434791 17100477 ~ 17101668 (+) False XLOC_008406
TCONS_00016835 other downstream 1708103 17373789 ~ 17373915 (+) True XLOC_008411
TCONS_00016838 other downstream 1741284 17406970 ~ 17416607 (+) False XLOC_008413

Expression Profile

//