RNA id: TCONS_00018918


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00018918
length 4261
lncRNA type antisense_over
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_008422
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 18385590 ~ 18401208 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CCTTACCATGGCttcagcaggtgcaatgatattatacAGCGCACCGAGAGTATTCTATTCCAAAATTTGTATTTTGACATGGGTATGACTAGAGATTAAACTGTTgagatggtttatgaggacatgccctGTGTCCTAGACTCCTTATCATTCAAAATGGGTAAAAATCATTCTTAACAGGATCTTTTAACCatcaaaatgtgtcacatgtttgctgtgaaggttgggtttagacGTGGGGTTGGGTGGTATAATGTGTGTTTGCTTTAGAGAGTATAAAATACAGCAATAtaaagtcctcataaaccacatagtTTTCAATATACAAAATTTAAACATTGATTGCACATTGACATTTTATTCAATACTATTGGTTAGAGTATCTTATTTTGAAATATGTGCATTAAAAGAAGTATTAATATAGAACTCAAAATGTTTTGAGAAAGTGGAATATGCATCATAAGCATCACGAGGATGAGAAAATAACAGCTAAAAACATCTTTGTAACCTAAAATGAATACTTACCAATAAGCACCAGTGACCGTTAAGCTCATGATGACATGAAGACAACTGGCAGAAGATAAACACTATTTGTGACAGAGATTAATGTTTTAGTGTATCGCTTCAAATTACATACACACCCCAGTTCAAAAGGTTTGGGATCATAAAAGAATCCCAAAATTACACATATAAAAAAGACActacaacattatacaaaaaatgaatttaataatgcCACGTGTGAACAATAGCCCTAGTGATGACTATAATACATTGCTGTTTTACAGTAAGTAGAAGCCTCAAAAAGtcttttcagtaataaaataacatCTGAAAGGTTTGTTACAAAGTTGGCTCCCAAAGGACTGGTACAGTTTTAGTTCAAACATCCGCAGAGCAAAATAAGTCTATGAAAACGAGACAGACGAGATGTGTTCTCGCTCTGCTTTTGAGGGTTTCGCTCTCTCATTCTTTAAGGTGAAATGTGTCATCTCTGCATCTGCACAGCAGCACTACATCAAACTGAAAAAGCAACTGTTTACAAACCAACAGAAGCCCATAAACTTAACTGGAGTCTTAAAAATTCAGTTTCATTATGTTTGAACTGCTTTTAGGATGATTCACTAAATTCTGCCCTTCTAAATTATTCTTAAAGTGGCCCACTTATGCttttacagcctgatctcacgagaaaacgtcaGTATTTTatgctttgtcagtttagtggctaattcgtacgaattcgtacaagttcagtcgtacaaaattgtacgatttaaaaaggaggtgtggcacctaaccccacccctaaacccaagcgtcattgggggatgagcaaatcgtactaaattgtacgaattcatacgagttagccactaaatcaaaaagttacgaattgccgtgagattgtgttggcttttTCAAATATTACCCTCCATGCAGTGCATAGTGTagatgtttgtgaatgtaaaatgtCAAGAAAGTTTTTAAAGACTAAAGTGCACAATAAATAAGTTTTGTCTTCATAAAAATGACTGATCCAAAATGAGTCGTCAGTAATTTCAGTTTTACTTGAGTAACTGATCTacactccaaaaattattcttgcCGCTtaatcaaactacttatttaaaatgagctgaatcaacacaattcaacACAAAGTTTGTTTTGGGATAacacaattgttttatgtttaatctacttcaatttattaaaacaattaagtcaacttaatcaatttgcagtgttgggcagtagcgtcacAACAAGCAGTGACGCtgctagcttaactacatttcttagTAGCGTGGCGGTAGGGTTGCTACTTTTTATATCAAATaccttttcagtagcgaagctattattTTAAGCAAGTAGCTCAGTAATGTCCATGCATCATTAAGTAATGCCACCACCATTCATAGAGCTTCGTGTTTTACGGTAATcgaaaacaaactttttggtgagtTACTGCCACCCCGCTCCCTTCGGTGATGTTGCCAATCAATCACCTGGCTGACacaagaaacttgcttgatgAAAGGATGACTGTACAGGAAGTATTTCTGAAGCAGGACCATAACAAGCACAATAACTGATCGTGACAATTTTGCCGCATGtttcattggcagttttattgatcattaAGACAGAACTGACTTGGGTTGAAGttgctttgattaaaaaaaaaattgcttagatgtagctaagccacttttgccatgtagcttttagcttagcttgctacatttcccagtaGGGAGCTTTTAGTTTAGTTAGGCTACATTTTAGGAAGAGTAattaatagcttagctcactaaaAAAAAAGCCTAGTAGCTTTCCCAACACTGTTAATTTGTGTTTGAACAACATTAAGGAATTGTGTGCAAcctagcatttttttacagtgtatgtagaCCTGTAACACAATGCATAATGCCAAACTATAGTCTATACAGGCTGTCCATGAACATTTACAGTACTTTGACTCAATATCAAACAATTAATAGCTTTGTGTTGTGACGCCATGGCTATAGCACatctttcacaaaaaaaaaaaaaaaaaaatacaataaaataatcctGTTTACATTAAACCCAGAAAATGATTTTGTGTGTGAATTGTGAATGTGAATGAATTGTGTGTGCCCAAAACCAAACTGCCTATTTTTAGTGTTGAGAAATCCAAATGCTAATTGGTCATAGTGTTCATCAGCTCAACAGAAAAGCGTTAGATTGGTTATTATACTGACAATTTAATGTTTGGCTTGGTCAACTAGCTGTttaaatgtttgatgtaatcaTCAGCAGAACTGGGCTTGAATTGATATGTTGTTACCATCCTACAGTATGAAGCAGAAGTGCCAGTGCCAGATGTAGCCCTCAGTGCCAGATGGTAATGAGCATTTTCTTTCAAACATGCACTGAAGTGGTTGGGCCATTTGACCAATCATAGCAGAGTATAGACACATGAAAAAGAAGCGGCTTAGAATCAGGGCTGCCAAGTCCACAGGTTTCAACTATAACTGGGATACTTTTAAaagaataattcacccaaaaattaaactctttcatcatttactctacTTTGACTGAATCTAAACCGGTTTAAAatctgtaaccgttgacttctaATAGAGTTAGTTTTTCATACTAAAGATATCAATAGTTACAGGTATCCAACCTTGAATGAAATATCTTTTCTGTGTTTAAAATACACTCAAAACtatatttgctgcttattaaaaatgagctgaattgTCACAATTCTTGCGTTTGTTTTAGAGATAACTTCTTTGTTTTATcttcaatttaatttgtaaaacaCAAACTATTCTTGCTAAATAACAAGTGCAAAATTATATGTGCTATAATAATCTATACACTGATGTATACTGTGTAATTTAAAGAAGGGCAGTGGTATAATTTAAGGTTTACTATTATTGGAATAGTTTTGATTGTCCATTGCACTAGTTTTGTTGCAAAAACCTTGCAACCCAGTTTAGAATGAACAAATCTTTGAACAAATTGTGTGGCACTCTTTGAGAAAGAGATGAATATTATGAAAAAACagcattattcttatttttattcttattataacTTACCTTGAATATAAACGTACTGTAGGAAACATAACAACAAACTTCATAATAGGGACACTTTTGACTGCATATGAAATTCCTCCAAAATAGGTCCCCCATAAACTTTCAAGGGACAATAATATGAAAAAAGACAAGTTATGATTACAAAGTAGTTTTAAGGCGGGGCTTAACATCTAGTCAATCCAATATAGTGCTGCAGAAATGACACAGTGCAGCTTTACTTACACAAAACAGTGCACGTGTCTTTTAGACTAGGTAATGCGATAAAAAGAGATTacttttttaatgacaaattaaaaagcACAGTCATCTTAAGCGTTTGGTCATCTGAAACTGacgttttgtatttttttaagtcatAATCGTAGTTACTTTGTCTATGAGGCTCAGTGTTTCCAGCACATTAGAGAGATACAGAAACAAATCATGCAGAGGATCCTCAACATGAGGAGAAGACATGTCCTCGACTCTATCAAAGCAAAAGCAGCAATACTGGAGAGAGCAGGAGGGACGCTAGAGCGGAGGACACTGAAGAACCACTCAGAGAGACTACACCACATAGAGATGGACATGAGAAACAGGCAGTCCTGTGGTGGCTGTGGGCTCTGATGAGGTCCTGAAGGTCAGGGTGCCAGGCTTGGACTTGCCCTGTT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00016859 lncRNA upstream 241691 18140880 ~ 18143899 (+) True XLOC_008421
TCONS_00016856 lncRNA upstream 449462 17906777 ~ 17936128 (+) True XLOC_008419
TCONS_00018767 lncRNA upstream 461963 17887348 ~ 17923627 (+) False XLOC_008419
TCONS_00016854 lncRNA upstream 462694 17887307 ~ 17922896 (+) False XLOC_008419
TCONS_00016860 lncRNA downstream 387208 18788416 ~ 18792858 (+) False XLOC_008423
TCONS_00018919 lncRNA downstream 387800 18789008 ~ 18790673 (+) False XLOC_008423
TCONS_00018921 lncRNA downstream 388795 18790003 ~ 18792858 (+) False XLOC_008423
TCONS_00018920 lncRNA downstream 388795 18790003 ~ 18792858 (+) True XLOC_008423
TCONS_00016861 lncRNA downstream 462664 18863872 ~ 18907723 (+) False XLOC_008424
TCONS_00016858 mRNA upstream 229599 18130109 ~ 18155991 (+) False XLOC_008421
TCONS_00016853 mRNA upstream 528712 17848590 ~ 17856878 (+) True XLOC_008418
TCONS_00016850 mRNA upstream 628564 17752928 ~ 17757026 (+) False XLOC_008417
TCONS_00016852 mRNA upstream 628568 17756113 ~ 17757022 (+) False XLOC_008417
TCONS_00016848 mRNA upstream 637814 17743136 ~ 17747776 (+) True XLOC_008416
TCONS_00016862 mRNA downstream 462667 18863875 ~ 18988585 (+) True XLOC_008424
TCONS_00016865 mRNA downstream 892536 19293744 ~ 19320615 (+) False XLOC_008429
TCONS_00016866 mRNA downstream 892635 19293843 ~ 19317300 (+) False XLOC_008429
TCONS_00016867 mRNA downstream 899022 19300230 ~ 19320615 (+) False XLOC_008429
TCONS_00016868 mRNA downstream 899235 19300443 ~ 19313440 (+) True XLOC_008429
TCONS_00016857 other upstream 298774 18086702 ~ 18086816 (+) True XLOC_008420
TCONS_00016851 other upstream 628823 17755778 ~ 17756767 (+) False XLOC_008417
TCONS_00016838 other upstream 968983 17406970 ~ 17416607 (+) False XLOC_008413
TCONS_00016835 other upstream 1011675 17373789 ~ 17373915 (+) True XLOC_008411
TCONS_00016824 other upstream 1283922 17100477 ~ 17101668 (+) False XLOC_008406
TCONS_00016870 other downstream 923519 19324727 ~ 19329943 (+) False XLOC_008430
TCONS_00016873 other downstream 934459 19335667 ~ 19340004 (+) True XLOC_008431
TCONS_00016899 other downstream 1588915 19990123 ~ 19998775 (+) False XLOC_008443
TCONS_00016911 other downstream 1954587 20355795 ~ 20361972 (+) True XLOC_008446
TCONS_00016921 other downstream 2128072 20529280 ~ 20535484 (+) False XLOC_008450

Expression Profile

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