RNA id: TCONS_00018928


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00018928
length 4032
lncRNA type inter_gene
GC content 0.32
exon number 1
gene id XLOC_008462
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 21247526 ~ 21251557 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGGGAGCCATGTGAATTATGAAATAATCATTGCCATCCTCCTGTTTTCAGGTAAGAAACAAATCACGCCTTTTCATTTCTTATACCTTAATTTAATCTTcaagataaaagtttttttttttaagtattaaaatgcttatttcaccagcccaaaaaaataatattaaagccTTATTTTGCAGTGTGGTTAGTTTAAATTGATTTCCATGTGGTTTGAGGGTTTGAATGTCACACTAAGgtatattttatcaaataaagaaaaaattaatgGAGATTGATGCTTAATTGCAAAACtgtatatttgtgtattaaaTTAACACATTGTTTTACCcttaaatgatgatgattattattattgttcaattttaaaaccagcagaaacacttattatattaaaataaacaagccTTCTTAATTTCTGgattatttttgataaattgtaAACACTAGGCATGGCAAGTTTACTTATAACACATTTCATTCCCTTTTTCTTCCGGTTTCGCAGTGTATCCTTATTTCCGCCTACACAGAACTCCTCCTAGAAAACTCACCCAGTCAGCTGTATACATATTATTATCTGATAAGTTTAGACCATGACTCGTGGCTATTATCTGTATAATAGATACATTTAGACTGTGACTCGTGGCTGTTTTCTGCATTCAAGGTGAGAGACCTAAGAAAATTTACAAAATAGCCAGGTTtccttttaaattactttaaatcaAGTGAAAaaagacataaataaaacatttatgtctatttaatattcaaattgggcagcactgtggcgcagtgggtatcacatttgcctcacagcaagaaagttgctgggtcagttagcatttctgtgtggagttaacatgttctcctcgtattggcatgcatgggtttcctccgggtgctctggtttccccaaagggaactaaaggtactaagccgaaaagaaaattaatgaatgaataatactcaaattaaatgaaatagaatACCAATGTTGTTTGTGACttttattaatcaaattaaactataaaaatgtATAGATGCAACAATAACATGAAGAAGACTGCATTTTAATTCAGTATTATTAGGTTCTAGAATTATTTGTGACGTTATTAAATAAACGGTAATACTAATATCAAATTAAATCCACCCAGTAGGTGATGGCAGGACACTgtcttaattcattcaaatggagaaactaaacaaaacattaatagattagtcaataaaaaagtaatgaaaCTGATTTCATTTATAGACGACATACTTATCAGGCAAATGTGAAGATTTAATAAAGAATTTTACACATGCTTGAACATTTacataaaacagataaaatacatttatattcaaagcagcatcaaagtaaaaatgaatcaattttcgaatacacaaaataaaaattaaataaacttaattgatCTGTGAAAAGGTTGCTAACATATACTTCCCTTGGTAGCTTATTCCTATTCTTAATAATTTAAACTATCATTTTCAAACTCAGAAAGCAGTTCAGTAGTGAAGCATTTGGACACATGCCCAATACTTTAATAGTCTTAAATCACAACGTGCAATGTCAATATTTTCAGTTGTACATTTTCCAGAGAAGTATTTAATTTACCAAAGGTAAACGGGAACTAAAAGTACACTGCAATGCCCATAGGGAAAAGTGAAGTGACGTTATTGTGAAAAGGACCAACACaatgtgctttacataaacaagaataatagAAATACAACAAGTATaagacattaaaaataacaacgtgaataataataataaaagtaaacaaaaaataaaataacaaaaatgtgttaaaataagcaTCATTATAATCGCTAGCTGGAGAGCAATAGTGTTTATTTGACCACACATTCAAATCGTATGCACTTTAAGAGGGGAAagacaatacttttttttgtcttCCACAGATGTCTGTTCGAAAACGAAACAAGATTATGGAATATTCACAGCATGTGTCAACACAAACCAAAGCCTAACGCTTAGATGTTTTTACCCACGTTGTGAAAGTGATAAAACGCCCTTTCACTGTAACCTGTATGATGCTGAGGGAGACAGAAGAACTCTAGTTAGCAGCTCAGCACAGTCTGAAGAGTGTCGACACACTATCAATGATGACCACATTACCATTTACCATAACAAGACCAAGATTTACATATGTATTCTGTCACGGAGATCAGCTCTGGAAGAAAGGACAATCACTGTGAACCATGCCAATAAAAAAGGTTGgtgattgttttaattaaaatatttttttttataaataataaaacatgaatgaaaatttcacccaaaaattagaTTTATAACCAGGCCATTCAAGATGTATCCTTTCTGAAAAGAACCTGGAATGTTCTTCTAAATCCATAATATCTCAACCCTGCAAGAGAAGAAAATCTTAGAGAAAGTCAAATGGTTTCCACTGCAAATACAAATTTTATCCATTAAAATCAGGACATGagaagttcagatgcaaaaacctctaaatgccgtctgaaatgtTCTTCTTAAATGGGCATTtatatcaggctcctgtgtgtaatttctgtaatttcacttttatagcAAAATAATAAGTCCTTTTCATAATATTCTATGTTAAATAACTCAACGTAAACAAAGAAGGCTGAGAATACTGCCCATtttttcagacggcacttagaggtttttgcatctggacTCTTCACATATTTTCCATTAGGATTTAATAGTTTTGACATGCCACTAATAGAAGGGAACGATTACTGAGATGGGAGGgctcttttgtttttcttcagctgAAGAGAAATTAAGCTTTTGAAGGAAAACATTTGAGGATGGAAGTGAACAGGCTTGATGCACGTTTTTCGATTCTCTTTTCTTGATGTCATTTTTCGATTCAcattaaaatgtaactaaaaataaatgcattattaggCAGCTTCAAAGTAATTACGATGACCCTAGGCACCTACCCAACGCGCATAAATCCCTTGATAGGTTGTGGACTAAATCTTCTTACAAACTTGCATCACAAAGTGAGACCATTGTGAGCATTTTTatgtaaaaagtataataaaaaaaaatctgaaaatgtatatatattaatcGTTTCACTTGCCCTGATTTGTCAGCTTGGCCTGTGTGTTACTTTGAGCCTGTGCACTTGcattagattaaaaaaacatattggaGTGCTTTACTTTAAAACCATTATTTTTTGTTAGCTGAAGGAATAATCttatatgaaagaaaaaatgtTTGGGTGAAATTTTCCTTTAGTccattctaattattttttttaattattgattattgtttagttaaaaatgtaataaataaaagatgTGTTCTTTTCTCTTGCATTCACATTTAAGTTATACAATATTTGCAACTAAAAATGTGGTATTTTAAATGTTGCCTGGCCAATATCCTTCAACTTTTAACAGATTAATCCTTTTTTTGTGCTTCCAGAGCGACCACATAAATGCAAATCGGGAGGAGAATACACACGTGTCTCAGGATTGCTTTACACAATAGCATTTCTTTTCTTTCAAGAAACTTATTTATAAATGCATAGCTCTTTAAAAGCAAACTCAGACATCAAATtttgataaaatattattaaagctATAAAGCAGGGACATATAAGATGTGACAAATTCATTATCATTTACTAGCATTTATATGTTTCTTCATATAAGGGCATTTGTGCCTTGCCTTAAACCAAATTCCATAATCCTAGTTAACACGTTTCTAAGTGTGCAGTGCATGCATCATGATGAAAtcattttgtgtctgtgtgttgtttATTATCTGAATGTCATGCAATTTTTTGCTGCTTTGTGCGGTATTCACACGTCTCAAAATTAGCATTTGTCATTTTCATCTTTGTTATTTTGATAGCCAAGGGTGTATTTGTATTCATCGTTAAGTTTGCAGTGGTGGAAAAAATGATGttgtttaaatacagtatatatttcaGAAATTAAGCACTGGAATGACTGATTGTTTCACACTCTGTTTAGTTCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00018773 lncRNA upstream 1692 21240424 ~ 21245834 (+) True XLOC_008461
TCONS_00018772 lncRNA upstream 82953 21164035 ~ 21164573 (+) True XLOC_008457
TCONS_00018926 lncRNA upstream 153910 21004733 ~ 21093616 (+) True XLOC_008455
TCONS_00018927 lncRNA upstream 209748 21017649 ~ 21037778 (+) True XLOC_008456
TCONS_00016933 lncRNA upstream 346171 20897103 ~ 20901355 (+) True XLOC_008454
TCONS_00016950 lncRNA downstream 17666 21269223 ~ 21272557 (+) True XLOC_008465
TCONS_00018930 lncRNA downstream 71489 21323046 ~ 21427967 (+) False XLOC_008467
TCONS_00018931 lncRNA downstream 71499 21323056 ~ 21495896 (+) False XLOC_008467
TCONS_00018932 lncRNA downstream 71504 21323061 ~ 21390208 (+) False XLOC_008467
TCONS_00018933 lncRNA downstream 71520 21323077 ~ 21390208 (+) False XLOC_008467
TCONS_00016936 mRNA upstream 43055 21202820 ~ 21204471 (+) True XLOC_008460
TCONS_00016930 mRNA upstream 352750 20843161 ~ 20894776 (+) False XLOC_008453
TCONS_00016929 mRNA upstream 438402 20801253 ~ 20809124 (+) True XLOC_008452
TCONS_00016928 mRNA upstream 441331 20799943 ~ 20806195 (+) False XLOC_008452
TCONS_00016924 mRNA upstream 603979 20548212 ~ 20643547 (+) True XLOC_008451
TCONS_00016938 mRNA downstream 975 21252532 ~ 21262567 (+) False XLOC_008464
TCONS_00016939 mRNA downstream 1001 21252558 ~ 21261192 (+) False XLOC_008464
TCONS_00016940 mRNA downstream 1022 21252579 ~ 21258324 (+) False XLOC_008464
TCONS_00016941 mRNA downstream 1022 21252579 ~ 21258577 (+) False XLOC_008464
TCONS_00016943 mRNA downstream 1024 21252581 ~ 21254912 (+) False XLOC_008464
TCONS_00016935 other upstream 49240 21180094 ~ 21198286 (+) True XLOC_008459
TCONS_00016934 other upstream 70477 21167142 ~ 21177049 (+) True XLOC_008458
TCONS_00016921 other upstream 712042 20529280 ~ 20535484 (+) False XLOC_008450
TCONS_00016911 other upstream 885554 20355795 ~ 20361972 (+) True XLOC_008446
TCONS_00016899 other upstream 1248751 19990123 ~ 19998775 (+) False XLOC_008443
TCONS_00016937 other downstream 634 21252191 ~ 21252282 (+) True XLOC_008463
TCONS_00016942 other downstream 1022 21252579 ~ 21261192 (+) False XLOC_008464
TCONS_00016953 other downstream 186076 21437633 ~ 21437728 (+) True XLOC_008468
TCONS_00016954 other downstream 186319 21437876 ~ 21437959 (+) True XLOC_008469
TCONS_00016955 other downstream 196099 21447656 ~ 21447800 (+) True XLOC_008467

Expression Profile

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