RNA id: TCONS_00016972


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00016972
length 115
RNA type rRNA
GC content 0.55
exon number 1
gene id XLOC_008478
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 22003082 ~ 22003196 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCAGGCAGCAagctttctgcaactctcacacgtttgcccactgaagctaagcagggctgtgtccagtcagtacctggatgggagaccagtTGGGAAAGCTAGCATGCTGCTGGAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000182991

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00016971 lncRNA upstream 50367 21950231 ~ 21952715 (+) True XLOC_008477
TCONS_00018945 lncRNA upstream 142665 21780598 ~ 21860417 (+) False XLOC_008474
TCONS_00018948 lncRNA upstream 142665 21780855 ~ 21860417 (+) False XLOC_008474
TCONS_00018946 lncRNA upstream 156126 21780657 ~ 21846956 (+) False XLOC_008474
TCONS_00016966 lncRNA upstream 159776 21781001 ~ 21843306 (+) True XLOC_008474
TCONS_00018949 lncRNA downstream 348169 22351365 ~ 22366522 (+) False XLOC_008483
TCONS_00018950 lncRNA downstream 349829 22353025 ~ 22366522 (+) True XLOC_008483
TCONS_00018951 lncRNA downstream 538148 22541344 ~ 22551028 (+) False XLOC_008488
TCONS_00018952 lncRNA downstream 538168 22541364 ~ 22558972 (+) False XLOC_008488
TCONS_00018953 lncRNA downstream 538168 22541364 ~ 22561137 (+) True XLOC_008488
TCONS_00016970 mRNA upstream 21536 21947117 ~ 21981546 (+) False XLOC_008477
TCONS_00016969 mRNA upstream 59519 21882419 ~ 21943563 (+) True XLOC_008476
TCONS_00016968 mRNA upstream 130258 21862373 ~ 21872824 (+) True XLOC_008475
TCONS_00016967 mRNA upstream 131611 21862295 ~ 21871471 (+) False XLOC_008475
TCONS_00016963 mRNA upstream 230243 21744680 ~ 21772839 (+) False XLOC_008473
TCONS_00016973 mRNA downstream 10833 22014029 ~ 22024954 (+) True XLOC_008479
TCONS_00016974 mRNA downstream 264651 22267847 ~ 22286918 (+) True XLOC_008480
TCONS_00016975 mRNA downstream 308607 22311803 ~ 22325973 (+) True XLOC_008481
TCONS_00016976 mRNA downstream 330582 22333778 ~ 22348626 (+) True XLOC_008482
TCONS_00016977 mRNA downstream 386880 22390076 ~ 22431585 (+) False XLOC_008484
TCONS_00016964 other upstream 233073 21767524 ~ 21770009 (+) True XLOC_008473
TCONS_00016960 other upstream 287417 21711660 ~ 21715665 (+) False XLOC_008472
TCONS_00016955 other upstream 555282 21447656 ~ 21447800 (+) True XLOC_008467
TCONS_00016954 other upstream 565123 21437876 ~ 21437959 (+) True XLOC_008469
TCONS_00016953 other upstream 565354 21437633 ~ 21437728 (+) True XLOC_008468
TCONS_00016979 other downstream 410928 22414124 ~ 22414253 (+) True XLOC_008485
TCONS_00016984 other downstream 719486 22722682 ~ 22762438 (+) False XLOC_008489
TCONS_00016986 other downstream 719516 22722712 ~ 22733033 (+) False XLOC_008489
TCONS_00016990 other downstream 1374875 23378071 ~ 23378188 (+) True XLOC_008494
TCONS_00016993 other downstream 1442993 23446189 ~ 23450686 (+) True XLOC_008495