RNA id: TCONS_00018949


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00018949
length 261
lncRNA type inter_gene
GC content 0.44
exon number 3
gene id XLOC_008483
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 22351365 ~ 22366522 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTCAGAGGTCATTATCAGAGCACAAATTTCTGGAAAGACGAATTATAAAGGTATCCAGCACACCCCAAATAGACCAGAGAAAGAAGAGCAATTAGATGACAAAAGACAAAATCTCCAGAGTGGAAACTGAAAACGGCGAGGAAAGTCACACCCAGACATGTTAAAGTTCTTCACCTGATCAACTGTGTCTCAACTCCGCcgatgtacatggtgagctaactggacaaactggtcacagtgggaaagccgtccataaggagg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00016971 lncRNA upstream 398650 21950231 ~ 21952715 (+) True XLOC_008477
TCONS_00018945 lncRNA upstream 490948 21780598 ~ 21860417 (+) False XLOC_008474
TCONS_00018951 lncRNA downstream 174822 22541344 ~ 22551028 (+) False XLOC_008488
TCONS_00018952 lncRNA downstream 174842 22541364 ~ 22558972 (+) False XLOC_008488
TCONS_00018953 lncRNA downstream 174842 22541364 ~ 22561137 (+) True XLOC_008488
TCONS_00018954 lncRNA downstream 840637 23207159 ~ 23207464 (+) True XLOC_008490
TCONS_00018955 lncRNA downstream 900136 23266658 ~ 23268377 (+) True XLOC_008492
TCONS_00016976 mRNA upstream 2739 22333778 ~ 22348626 (+) True XLOC_008482
TCONS_00016975 mRNA upstream 25392 22311803 ~ 22325973 (+) True XLOC_008481
TCONS_00016974 mRNA upstream 64447 22267847 ~ 22286918 (+) True XLOC_008480
TCONS_00016973 mRNA upstream 326411 22014029 ~ 22024954 (+) True XLOC_008479
TCONS_00016970 mRNA upstream 369819 21947117 ~ 21981546 (+) False XLOC_008477
TCONS_00016977 mRNA downstream 23554 22390076 ~ 22431585 (+) False XLOC_008484
TCONS_00016978 mRNA downstream 27552 22394074 ~ 22431585 (+) True XLOC_008484
TCONS_00016980 mRNA downstream 68938 22435460 ~ 22444746 (+) True XLOC_008486
TCONS_00016983 mRNA downstream 81934 22448456 ~ 22538843 (+) False XLOC_008487
TCONS_00016982 mRNA downstream 81934 22448456 ~ 22538843 (+) False XLOC_008487
TCONS_00016972 other upstream 348169 22003082 ~ 22003196 (+) True XLOC_008478
TCONS_00016964 other upstream 581356 21767524 ~ 21770009 (+) True XLOC_008473
TCONS_00016960 other upstream 635700 21711660 ~ 21715665 (+) False XLOC_008472
TCONS_00016955 other upstream 903565 21447656 ~ 21447800 (+) True XLOC_008467
TCONS_00016954 other upstream 913406 21437876 ~ 21437959 (+) True XLOC_008469
TCONS_00016979 other downstream 47602 22414124 ~ 22414253 (+) True XLOC_008485
TCONS_00016984 other downstream 356160 22722682 ~ 22762438 (+) False XLOC_008489
TCONS_00016986 other downstream 356190 22722712 ~ 22733033 (+) False XLOC_008489
TCONS_00016990 other downstream 1011549 23378071 ~ 23378188 (+) True XLOC_008494
TCONS_00016993 other downstream 1079667 23446189 ~ 23450686 (+) True XLOC_008495