RNA id: CI01000065_03815841_03816140.mRNA



Basic Information


Item Value
RNA id CI01000065_03815841_03816140.mRNA
length 3733
RNA type mRNA
GC content 0.36
exon number 1
gene id CI01000065_03815841_03816140
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id CI01000065
NCBI id null
chromosome length 4956624
location 3812858 ~ 3816590 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence


ATATAAAAACCACTACACTAAAAGTATAACCCAAAAGACACACTGGTTTAGAGTAATATAAATGGGTTGAATAGGAGAACATACCCATGATCAAGACAAATGGTAGCATCTATTGCTTGAATTAAAATCATTCTTTATTAACTTTGCACAGTTAGGGCTAGACATATTTCATAGTTATTTAACCCTCTAACGCACGCATTATGATAAATTTATAGAAAAAAATATTTGACTCTTTTTCTTTTCTTAGAATGGCTTAACTTGAAGTGCTGTAAAAAAAAAATTGGAAAAAAATATTATTTTAAGGTACTTTGTTATATGTTCTATTTTGCTGGATAATGCTTTATATTCTTTGAATTTCATTACGTTTTTCATGAATATTACTTAAATTGCAAATTTAGACAGTTAAAAACAAATACTGTTCATCATGTATCATAAAACATTGACATAAAACCAAAAACATTGCAGTTCATTAAAATTTAACATTACGCAATCTTATGAGAGGAAGGTTATGAACATGAACTCCCCATAATCCTTGAAACCTCACCTTTTTTCTGTATGAAACTTCAAAACACATTTTTTTTAAGAGGTGAGGCACAGGTACACATCACATTTGGTGCACTTCACCCTAACAATACACTTACAGCCACTTGCACCTGCCTTTTTGAGACACCATGGTAGACCAGTGGTAGGTCTGGTCCAGTAGTACTGGCTGTGGTGGCAGTGGGCAGGCAGGTCTCCGATGTTGATTTAATCCATAATACAAATGCCATGGCAGTCCTTAACATACGACTAATCAACATTGTATCACTAGCATTAATGTTGTTATTGTTACAGCTTAACAGACTGCAGCTGACCTTTGCTAGCTAGCTAACCTATTACAATAATGTCATTCCATTATTGCACAGTGTTGCCATATGGCAACACAGACATTTTATCGATTTATCAAAAACTATTTTCATAAAAACTTTTTTGAGTGGTGAATATGTCATCATAACTTACCTGAGATGATGTTACCAATTTTTTTTGTGAATGTGACATGGGCGGGTCCTTGTTTGTTACTGACATTTTAGTTTGCTTTCAGCAACTACCGACAAGAGACGGCAGTCTGTCAGAAATTGCGCCACAGAAAAAAATAGCATGTCATGTGACTTAACCAAAGCACATCATTGGCTAAACTAAGGTCTTCTCTTACCAACAAAAAAACAAGAATGTTCTCTTCAAGAGACAGTGGAAAGGAAATGAACGCAAAGAGTATGTTGCCATATGGCAACACCATGCGGTAGAGGGTTAAACTCAGTCAGAATGAGAATAAAAGTGTACAGAATCCTTTTAAAGTCACTCCAGATAAGTTTGGATTAAGGTTGCGTCTTAGACTGGATCATTCAAGGACAATAATCTTCCTGTCCTTAAAGCACAGCTTACTTCAGTGGTGTGATTTTAAAAACATTTTAAAAAAACTTTTCTTTCTGTACCATCTGAACACATTTTGACTAGGCCTTTGAGTTTGGTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTACTGAAATTTCACACAGTCTGGATCTTTATGATGTGTTTCATATTGATGTCACATATACAATGACCATTTTTTGTCCTAAACGCCTTCTTGATCATTTATCTCTGATTAGTTTCCTACTTTCATTTTGGGAAAGGTAAAATCCATATGTTCTGTAAACTTAACGGTGTTTAATCTCATATTATGTCACTGGGATATTTTATACTCATACTCCTGATTTGTACATTTCCACCAGTTGTTTTGAAAGCATGGTTTCGCCTAAATGCGTATTCTTGCTTTTCTACTGCCAAATAATTGAACACTCAGAAATATTTCTTCTTCAAATCATCACAGCTGGTCACAGTTAAAATAACTTTAAGTGTCAATTACTTTGTTGCGTCAACTGTAAAGTGACTGCTTTTGTATGTGCTTATACTTGCTATTCATGGTGTCTGTGACAGAAAATAATCTGACCATAACCAGAGCGCTTTTACATAAAACAGTTAAAACAGAAAACAGAGGGATGATTTTGTTGATCCTTTGAAATCAGCCAATACTGTCCCCAGAATGTGCAAGAAATTAATTCAGTTTTTAATGTTCTTATATACAGATGGTCAACACACTCTGAATAGATTTAATTTTTATAATATATTTGATTACATCTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAGACTTTGAAGGGTGCACTTTAAAAAATGCTGGGTTAAAAACAACCCAAGTTGGGGTAAAAAAACGGACAAACCCAGCGGTTGGGTTAAATATTTGCCCAACATGCTGGGCAGTTTTATTTAACCCAACTATTGTTTAAAAATTACTGTTTTGCTTGTTTAAAATGAACCCAAAATAGGTTGGACATTAAAAATCAGACACATAATTACTAGAGGCAACAATAATAATCAAAAGGTGAACATTTGTTAATAAGAAATTTAATGTTTAAATGGTTATTGTTTAATTATTATTCATTAAACTTATTAATAAATGCTCATTTATTAAACATATTAATACATGTTAATTTACAACATATTTGGGGTTCATTTTAAGCAAGCAATACAGTAATTTTTAAACAATAGTTGAGTTAAATAAAACTACCCAGCAGGTTGGGCAAACATTTAACCCAACGACTGGGTCAAAACAAAACATTTGCTTGGTTAAAACAACCCAATTGCTAGGTTTGTCCATTTTCAACCCAACTTGGGTTGTTTTTAACCCAGCATTTTTTAGAGTGTGTGGGTCTGTATCTGTGCCATGGACATAGCTTTTACGCTTCAGTCTCCTGCTCTATTTTTTTAATGAGTGATCTTTGCATTGAGAGCCTCACTCCAGCCAAGGTCTGTCCTCAGGTTTATCTGTCACCTTGTCCAATAGTCTAAGTCTGAGCGTATTATGTCTGTGTATTGGGCCTGATAGTTTCTGACACAGAGCGGAGGACACACTTAGATAATTCACACCATGAGTATCCGCAAGCATACTGCTCACAGCTGCACTCCAAATAAAAAGCAAAGCTGCAAAAGATTGCTAAGTGAAATTAAAGCAGATGTCCAAATGCGTTTGGAACAGGATGCGCCTACTCTGCTGTCTCTTGATCTCACAGGACTGACCCTACCCAATGTTTTAACTACCGACCCACCCTCACAAACTCTGCTCCTTAATCCTAAAGGCCAGTTGGAGTTCTTTAAGACGTCTCACATGCTTTCTGTGAAAATATTTTGTCTGGGCCCCATTTCCAAGGGAGTCACAACGATAACATGAGCTGCTGCAGATCAAGACAGAGCTTGCAAACACATTGCATAATAATGGACAGAGTTACACTGAGGAAGACAGGGTCAGCGAGGACCTGAAGAGAGCAAAAGAAAGAGATGCTAGATTGGGGAAGTTCCTTCAGCGGTGAAGTGACGTGAGCGGGGAGACAAGGTGAACTCCTGGTACGGCATTCCTTACCGGGATTTAATTGAAGAACAACACGCAGGTTCATCTGCAGCGTAAAAGCCTCCCTAGCTTTTGCTGATGTCAGGAACATGTTAACGCACTTGCAGAGAAACTTAATGAGCCCTGTCAGCATCAACACCCACACTAAACACACACAGGCCTGCTTGAGTATATTGTTGAACTGCAGCTGCTGCAGAAATACACAAGCTTGACTCTTTCACCAATGATAATTAGGTCACACAGACTCTTGAACTTTTTTCTCTGTCTTATTGA

Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU305900 lncRNA upstream 9184 3793245 ~ 3803674 (+) True G269567
TU305902 lncRNA upstream 10215 3798157 ~ 3802643 (+) True G269569
TU305924 lncRNA upstream 25424 3787197 ~ 3787434 (+) True G269587
TU305923 lncRNA upstream 25931 3786638 ~ 3786927 (+) True G269586
TU305915 lncRNA upstream 42253 3762093 ~ 3770605 (+) False G269581
TU305929 lncRNA downstream 8002 3824592 ~ 3824811 (+) True G269592
TU305942 lncRNA downstream 39409 3855999 ~ 3856276 (+) True G269605
TU305944 lncRNA downstream 42933 3859523 ~ 3859979 (+) True G269607
TU306087 lncRNA downstream 86789 3903379 ~ 3903627 (+) True G269733
TU306088 lncRNA downstream 87501 3904091 ~ 3904490 (+) True G269734
CI01000065_03709249_03716992.mRNA mRNA upstream 94950 3709144 ~ 3717908 (+) True CI01000065_03709249_03716992
CI01000065_03692428_03692874.mRNA mRNA upstream 119438 3692428 ~ 3693420 (+) True CI01000065_03692428_03692874
CI01000065_03486630_03494354.mRNA mRNA upstream 317118 3486567 ~ 3495740 (+) True CI01000065_03486630_03494354
CI01000065_03398558_03399971.mRNA mRNA upstream 412433 3398558 ~ 3400425 (+) True CI01000065_03398558_03399971
CI01000065_03344678_03368295.mRNA mRNA upstream 444386 3344331 ~ 3368472 (+) True CI01000065_03344678_03368295
CI01000065_03980525_03983765.mRNA mRNA downstream 163935 3980525 ~ 3984923 (+) True CI01000065_03980525_03983765
CI01000065_03986974_04006773.mRNA mRNA downstream 170384 3986974 ~ 4007259 (+) True CI01000065_03986974_04006773
CI01000065_04008274_04010105.mRNA mRNA downstream 191684 4008274 ~ 4010194 (+) True CI01000065_04008274_04010105
CI01000065_04044257_04051771.mRNA mRNA downstream 227667 4044257 ~ 4052283 (+) True CI01000065_04044257_04051771
CI01000065_04081314_04103789.mRNA mRNA downstream 264724 4081314 ~ 4103961 (+) True CI01000065_04081314_04103789
TU305478 other upstream 259734 3552804 ~ 3553124 (+) False G269225
TU305428 other upstream 349930 3458957 ~ 3462928 (+) True G269181
TU304991 other upstream 1174653 2608907 ~ 2638205 (+) True G268805
TU304676 other upstream 1572860 2239159 ~ 2239998 (+) True G268525
TU303653 other upstream 2730203 1082153 ~ 1082655 (+) True G267577

Expression Profile