RNA id: TU374068


Basic Information

Item Value
RNA id TU374068
length 4912
lncRNA type antisense_over
GC content 0.35
exon number 2
gene id G329101
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000112
NCBI id null
chromosome length 5247617
location 2863085 ~ 2868729 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

TAATTAACTCAATGGAACACATCCTATATAAGATAATTCAGATATTTATACAAGATAAACATAATATTACAACTAATATTTGCGCAAAAACACGCACAGAAGAACTTGAACTAAGTAATGTAGTCAGAATGTAGCTCCCGTTGTGGATGCGTTCTTCCAGTAACAACACACCGAAACACAACTGAGCCCAAAGAATTCACAGCGTTTTATTGCAATAGATATTAATGTTTTGCGTTGCTGTTTGAGAGCTCGCGCTGAAGCTAAAGATGGTCATTAGTACAATACAGCTCTACGGGTTATTTACCTCAACGAAGCGCATCCTATATGAGATTAATCATATATTTATACTACATAAATTTAATATTACGACTTATATCTGCACACAATGACACAAATGCACAAGTGAAGCTTGAACTAAATTATGTGCTTGTCAGAATGTTTAACTCCTGTAGACCTGCACTTCCCACAACAACACGCTGAAAAAACAAAAACACATTGAATTCACAACCAGGGTATGGTGTACATTTTAGGACATCCTCAGACCTAAGTCATACAACGAAAAGGCGTCATACCTCAGACTAAAAGGCTCCAGTCATCGGACAAAACAGCATCGTGCCTAAGGCTGAAAGGCTTCAGCCCGCCTCAATGTGACGTCACATGCACGCAATTTTCTAACTGTTAAAAGCTACACTAAGTTGTACAAAACATTTCCCACTGAGATTATTTTGTAAATTTGTATTATTTCGCAAGTTTTATTTCCATGTATAAAAAGTTAGCTAAATAACACATTGCAACTAGCTTGCACTGCAAACTATTGTGAACACATACGAAAATTAACCATGGTTAAAAGTGTGTTAATTATGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTCGTATTGATACTATTTGTATAACAATAAACCATGGTTAATTTGTGGTTACCATTAACTACAATACCATGTTTTTTGTTTTATTTGTAGTAAAACCATGGTTAATTTTCATAAGGGAGGTAAAAAATCTTTTGAGCTATTTGACTGCGTTGTTATAAGCACAGCTGCTTTATGTATAGAGGTTACCAAGGAAACGGCTTTATTTCTGCTGTTCCAGAGCCACCTACTGTCAGAGAGTCGATTAGGCAAGGCAAGGCAATTTTATTTATATAGGCTAACACATTTCATACACAATGGTAATTCAAAGTGCTTTACATAAAAAGGAAACAAATACATAAGAATAAAAATGGAATGCATAAAAAACAAAAATAACAATAAAAACAGAATATCACTATCATTTTACATTTTCATTCAGCCCGTTGCTGATTTTCTGCAGACCAATGTGAAAACCAGTGTAATATTTAATTAAAGCTGTAAGAATTAAATACCAGGTAGCTTATAGCTTACCTTCGGCTACCCCGTATATACATAATATTTCTCTCAGTTGTTAGTTTTCTTAAATTTAAACCGCAGCGCTGTGCAGGGTTTCCCTCATACATCATACTGGATTACTGTGGGGACAGTTTATTATGTAACCCTCATAATTGTATCATTTAGTGTTGTTAAATATTGTTTATTACTGTTTGTCATGTCTTTGTTATTGTTGCATAATAAGTGATATAAAAGACCAAACTCACCCTTATTGGTGATGTTGACTCTACAGGCTACAGACAAGCAGATGAATGTGACGTGAAAAGTGCCACGCTAAGCTTTCCCAGTGAAATACTGGCATTAAGTTGGCTTAATGGTGGATATTCACAAATTTAGGGACCGTCTCTAAAGTCACACACAACATTGGTATGCATGTTTCAAACTTCAACAGCATTTGAAGAGAATGACTTAGAGTCATAAAACCAACTGTAAAGTGTAGGTATTTAATAATATTAAACTGTCAAATCATATGTAAATATTGCTTTGTATTTCACTTACTGTATGCTCATATATACAATATGAAGCAAAAAAACAAAATGAATTATCCGCACACTAATGTAACTGCTCCTTAAAATATTTATTGTATAAATTGCAACGTTTTAACCAACTGGTCTTCGTCAGGCACAAACTTAGTGAACAAAGTTGTAAATTTACGGTTACTGAACTAAGCATTTCACTTAGAAAATACTTAACATGGTTTATTGTGATGATAAAAGACCAAATTCAGTATATACTATGTACAGTTAAGCAGAAGAGCCCAGAATATTAACGCAAAAACATTTTTCTTCCATACTATAAAGAAAACACTTAGCATGCAGTGTAGACTTTTGCATCAACAATCTGCTTGTTGAATATATATTATTGTGTGTATTGTAAATCAGTAAGGTACGAGATGTATGTTTTCAGGTTAAGTGTTGTTGGGGAATCCTGGAGTATGACGTATGACGGCAACCCCAATATTACAGCACAGCCTAGGGGTCTCATTTATAAAGCGTGCCCCATTTTGTGCGTACGCCAGTTCCCATGCAAAGGTTGTGATCTATAAAAAACAAACTTGATGGGAGAATGTGCGCACCTTTAAGCAAACTTTGAGCCGTGCGTACGCACATTCTGGAGACAAAGGGAATTGGCGTCACAGATGGTGAGCTAAGGGACTGACGGCAGATGAAGAAAAACCACTTTAAATCCCCATTATGAGTCATAATCATAAATACAGTGCATGTTCACAATAACAGTTTAAATAAAAGAATGATTTAAACTTGCATGGAAACTCACGTTTTCATTTTGATATACACATATACATTAATATTACACTTTCACTAATGGCGATAAGCACTGAAATTACATTACGCAGTCATTACGGAGAAGTTAATCAAACGTGATATGAATTTGGATAGTAGATGTGCAACTTTCGATCACTTTTCCTGTGACACGCTGTTTTAATGACAGCGAGGAGCGCTAGGAGCACAATATTCCTCATTAAACTAAACTGCAGATGTTATGACAAAATATTTTAGCAAAAACGACGATCAGTGATGCACACTTAACTTGGATATTAGTGACAGATTGAATAGGTCCAATGATAATAGCTTACTGTACAACCGCAGCTGCACGGTGGTGTTGATGTCGTGTGAAGGATCTTCAAACAATTACCACTGTATTTGAAGGATATAATTTGAGGAAAACGGTAAGATTTGCACGTTTCCTTTTTAAAATACTTTGTCAGTGACGCGCTGAGATAGACAACTGTATTTACACTGAAATAAATAAGTAGGCCTATCTGTTTCCACTAAAAATAGCCTATAGACTTCCTAAAAAATATGTTCACCTTATCAGCAAAACTGCATAAATTTGATTTGAATTGTTAAAAAACAATTAAAATACTATTTGGCCAGTGGAAATTAATGAAGCAACTCTATTCTAAAACCTTTATCTGAAGTATTTTATACAATTTTATGGATATTTTGATATATTTATTCTAAAATATAAAGAGGATATTGGATGATTTTTATCAATGTAGTATATTGCACAAATGGCATTTATATCTAGTATTTTCCAATGTCTCGTACCTTTGACGGTGTTAACCATGGTGTCACGTGGATGGGAACATGTATGGAAATGATATGCAGATGAGGTTATGAATAGTAAAACTAGGCGTCATAAGCTCCATATATGGTGATTTCAAGGAGGAGACAGGGTGGAGATGCACGTACGCACAATCTTCCGCTGACTGGGATTAATAAAGGGATTTGTGCGCAGGTTCTGGCGTACGCATGGTTTTATAAATCTGAATTTTTTTGTGCGTACGCAGAATCTAGCTTTTGCACGTACATACACTTTTAGGATGAAATCTATGCACAGTTTTATAAATGAGACCCCAGGGCTTTTTGCATATTACGACTAAAGTATGAATGAATTCTATGAATGTATCTGAAGGGAACTGACTGACTTGAGAAAAGTTTTGATGGCATTTTCTTTTCATCTCCCCTCCATGTAACGTAGTGTTTATAAGCAGCGCTGCTTTGTTTACTGAGGTTACTGTGGAAACAGCTCTATTTCTGATGTTTCATAAGCACCACCTACTGACAGAGAGTGGATTTAAATTTTCACTCAGCCTAGCTGCGGTTTTTGTTTGTGAAACCCAGACCACATTTTTATGCACTGTTGTACTGTACTTACCAGGATATTCGACAAAACGGGCATTTTGGCATAATTTTGTGTGTTTTTGTCCGTTCATTCACGAAAGAGAACTCAATGCGGCCAGTGTTAGTAGGTAGCACAATTCAACAATTCATAATGCGATGTTTGATATGTGATAGAATATTGCTTTAAGTGTGTAAAATTAATATAAATTATATATAAAAATATTTTAAAACTGAAAATTATATAACCAATATATATGTGTCGCATTCTTTCTGGGAAAATAAATCATCACTAAAATTTCTGAAAGTGACCAAAAAACAAATTATGCCAATATTTAAATACCAAAAACTCTTTGCTCGATAATATACAAAGTTCAGTCATGAAACTCTAACCGAGTGCTGATTGGTTCTTTCTATGCCGCGGCACCAGCCAATAAGAAGTAATTCCAAATCCACGCATCCATATATATCGTACCCTAGCCTGCGATCGACAAGTCAGGGGCAGTGAGTGAATTTCTCTTCTATCTTTTGTTGTTTGACAGAGAGCAGCAGGTTTACTCTTAGGCTGCTGTCCCTTTAAAGGGTTAGTTCACCGAAAAATGAAAATACTGTCATTTATTACTCACGCTCATGCCGTTCCACACCCATAAGACCTTCGTTAATCTTCGGAACGCAAATTGAGATATTTTTGTTGAAATCCGATGGCTCTGTGAGGCCTACATAGCCAGCAATGACATTTCCTCTCTCAAGATTCATAAAGGTACTAAAAACATATTTAAATCAGTTCATTGGTTCAATATTAATATTATAAAGTGACGAGAATATTTTTGGTGTGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU374133 lncRNA upstream 74228 2788427 ~ 2788857 (+) True G329153
TU374131 lncRNA upstream 77816 2785040 ~ 2785269 (+) True G329151
TU374125 lncRNA upstream 90344 2772501 ~ 2772741 (+) True G329145
TU374064 lncRNA upstream 209724 2650374 ~ 2653361 (+) True G329097
TU374065 lncRNA upstream 320788 2541667 ~ 2542297 (+) True G329098
TU374166 lncRNA downstream 32457 2901186 ~ 2901402 (+) True G329184
TU374172 lncRNA downstream 49220 2917949 ~ 2918168 (+) True G329190
TU374175 lncRNA downstream 58695 2927424 ~ 2930886 (+) False G329192
TU374177 lncRNA downstream 58695 2927424 ~ 2930886 (+) True G329192
TU374200 lncRNA downstream 77613 2946342 ~ 2949164 (+) True G329197
CI01000112_02774549_02777028.mRNA mRNA upstream 84454 2773456 ~ 2778631 (+) True CI01000112_02774549_02777028
CI01000112_02740099_02758394.mRNA mRNA upstream 104691 2740099 ~ 2758394 (+) True CI01000112_02740099_02758394
CI01000112_02659891_02661832.mRNA mRNA upstream 201070 2659891 ~ 2662015 (+) True CI01000112_02659891_02661832
CI01000112_02585528_02607525.mRNA mRNA upstream 255417 2584929 ~ 2607668 (+) True CI01000112_02585528_02607525
CI01000112_02565726_02573879.mRNA mRNA upstream 288979 2565508 ~ 2574106 (+) True CI01000112_02565726_02573879
CI01000112_02992698_02995752.mRNA mRNA downstream 121092 2989821 ~ 2996663 (+) True CI01000112_02992698_02995752
CI01000112_03085161_03094204.mRNA mRNA downstream 216432 3085161 ~ 3094406 (+) True CI01000112_03085161_03094204
CI01000112_03100235_03105799.mRNA mRNA downstream 230719 3099448 ~ 3106273 (+) True CI01000112_03100235_03105799
CI01000112_03112349_03117520.mRNA mRNA downstream 243620 3112349 ~ 3117587 (+) True CI01000112_03112349_03117520
CI01000112_03192658_03204707.mRNA mRNA downstream 322932 3191661 ~ 3205032 (+) True CI01000112_03192658_03204707
TU374096 other upstream 244934 2617704 ~ 2618151 (+) False G329125
TU374097 other upstream 244934 2617704 ~ 2618151 (+) False G329125
TU374098 other upstream 244934 2617704 ~ 2618151 (+) True G329125
TU373329 other upstream 1629967 1232022 ~ 1233118 (+) True G328456
TU374184 other downstream 51525 2920254 ~ 2931889 (+) True G329194
TU375960 other downstream 2215991 5084720 ~ 5096971 (+) True G330755

Expression Profile