RNA id: TCONS_00018477


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00018477
length 4813
RNA type mRNA
GC content 0.39
exon number 5
gene id XLOC_009398
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007126.7
NCBI id CM002899.2
chromosome length 48040578
location 35036368 ~ 35126632 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ctaatatccgatggcccgaaagtcattcattttttttataaattgttaaaattttggtatttttgatgcagcaagcccagagattgttgtgtacactatgactttatataaaattaactttaatgtgtgatatgaattgaaagtgatcataaacaaataatttctcaactcaaatgagtggcggcttggacccggtggtaacagtattacatacgtcaccaacacgtcatcacttaaGCGGATACTATAAAAGCGTCACCTCAAGCGACAGAACATCACGCTCCAAACAATTTACCAGCTGTTTTATCGTGGAGCGTCCTGCTAAGGTTAGTCATGCCTACTTGGGTGTCTAATTTAAGTTTGGCTTGTTATAATTATGAAAGGATTATATACATGTTTGATTTCAGATTATAAGCAGTTGTGGCGATGGCTGATGGCTGCAGaccatgtgtttttattttggttgTTTTACTGCTGCTGCCCTCAGCCATCATGGCGTACAGGCCAGTGCTTATTGTTCACGGGCTGTTTGGTGGACCTGTACAGATGACACCGTTGGTGAACTTAATTAAAGAGTCTCATCCAGGTACGAGTGTGACTGCACCATCTCTGTATGAATACGCAGCCAGTGTGAAGCCAATGTGGGTACAGGTGGAAGGCTTTAAAAAGGTCATTCAACCCATCATGGAGAGCGCTGAAGATGGTGTCCATCTCATCTGCTATTCGCAAGATGCAGAATCATGGCAAGCAACAAATTCCAGATCGTGGTTCAGGGAGAAGCCTCTGAAACGGACTCTGATGATGAAGTGTACATGACCTCTGCTCCCGCAGTCCCTGCGTCATTATCCTCCTCCTCGTCAGGGATGAAGGTGGCAGGAGAGGCATCGGAGACAGACAGCGAGGATGAGGAGGAGAGAGCGCGAAGACTGATCTCTGAAAGCCAACAGCAGATGCTCCGCAAAGATCTTCCTCCTCTCATCGTCATCAGAAACAGCCCAGCTACTGCCTGCGCACAGGAGgaGAGATCATCGCCTGTGTCCAGACCCGATGCAGGACGCTTCAACACGTTGCTCCAGCAGAAACTTCAGGAGAGTAATGCACGGCTGTGTGTGGATGTCAGTCAAAGCTTAAAACAGGTTTATCAGAACGCATCCAAAGACATCCGACAAGCGACCGGACACCTCAACAACTCTCAGACGGGCATCATCAATGCCTCGCACAGCATCAGACTCATTCTGGAGGACCTGAAGTCCGTTTCAGAGAAGATCGACATCATCACCAGCTGCAAACTGCTGCCAGACATTACAATGCCGAACCCAGGGTCCGTACAGCCCTTAGCCAATGCTGGACTCTGAGTTCAGGCAGATGCAGAGTTCAATTTCACCCGGCAACAACGTGATGTCATGAGCAGAGGGAGAAATCAGCCTATCAGAGAGTAGCCCGAGCAGCCATGAGCTCACAATTCTGTATCCTAGCAATGGCTAAATGGTAGTGGTGTGAACTTCCTGAGACAGTTGGGATTTATGCAACACACTTAGTAATCATGTCAGTGGATTTTGCACACTTTTTACAACCCAGCACACACATTCATCAGCTCCCAGATATATCTGCTGTAATGGACTGTTGCTTCGAGCCACTTGTTGGACATATTTTTACACTGTTGCAATATTGTTTGCTCAATTATGACTGGTGCACACAGTCTGCTTTTTAAATGACATAttcagttgaaaccagaagtttacatacactgtataaaaaggcacatagccatttaaaaagtcagatgttaatgtgactaaacttctTTTTTtcaggtaagttaggattatcaaatcaGTTTCTGTAATGCTTGATTGTAGAATAATGAGTGAGATATTTTtcgagaaattgttataacttttcttgatagtcaagtttacatacaataagattattctgcttctgaaaaagctcagatgatgatgtcaaggttttggaagtttttgattggctaattgacaacatttgagttaattggaggcttaactgtagaatagtacttaaggaaaacctcaaacccACTGCTTccttacactgggaaaaagaataatgtCCTGTGGACTGATGGAACTAAGATCAAACCGCTTGGCTATAATGACCATTGTTACACTTGTAGGAAAAATGGGAAAGCTTActagcctaggaacaccatcccaactgtgaagtatgagggcggcagcatcatgttgtggggctgttttgctgcaggagggactggtccacttcacagcatagatggcatcatgaagaaagaacattatgtagaaatactgaagccacatctcaacacatcagccaggaaattaaaactttgcCACAAAAAGGTCTTCCGAACAGACCATGACCTTAAGCATACAACCAAATtagtttaaatgtgctttaaggacaacaaagtgaatgttttggagtggccatcacaaagccctgataccaatcctatagaaaatttgtgggctaagttgaaaaagcttgtgcaagccTACAAATCTGTCTCAGTTACATCAATTCTGTCTGAAGGAATGGGctaaaattcctgcaaactattgtgagaagcttgtggaaggatacccaaaacatttgaccaaagttatacagtttaaaagcaaagctaaaaaaaataccaaggaaatgtgtgtaaacttttgaccatccaaaaattaataaaaaaattctcctAAAAAGTTCTCTCATTAtactggcatttagcaaatgtaagtcatttaggtaatcctaacggtcctaaaatagtaaatgttttgtatgatttaccatcagtcatttaaaaaatggttatgttcctttctttagagtgtatgtaaacttctggtttaacTGTACATGTATAAAGCCTACGGGAAAAACGAGGAGATACTTGAAAATTCAGTTTCTTTGGATTTTAATTACGTGttggtttgagtaaaatgtataaaaagatCAATTAAAAGTGTAATGTTATATCAGGTTAAAAATGTTGTACTTTTTTCAGAAAATGAGTATTTGTCAggagtgacacggtggctcagtggttagcactgtcgtcttacCGCAAGAAGGTAGCTGGATTGACTACCAGgcgggccagttggcatttctctatggagtttgcatgttctcaccgtgtttgcatgggtttcctttgggtgctctggtttcccccacagtccaaagacatgcgctatgctgtaggtgaattgaataaactaaactggccgtagtgtaagaatgtgtgtgtgtgaatgtgggtgtatgggtgtatcccagtattaaaatcagggttattccataAAAAATGTGGCTTTCTATACTCTTCTAAAGATAAAACATCAGTAAAATGTcacttaaaatgaataaatgtttcaaGATGGCACctattttattttaggcaaaatttAAATGGTCTAAAAGTTATcgaaagttaaaaaaatacattcatttattaattttccttcagcttagtcatttatttatcctgggctgccacagtggaatgaaccgccaactattcagcatatgttttatgtagcagatgcccttctggctgcaacccaatgctgggaaacacccatacactctcgcatacacacaagcactcattcactacggctaatttagtttatctaattcacctatagcacatgtctctggacagtggaggaaacccacgcgagcacaggaagaacatgcaaactccacacagaaatgccaactgacccagccgtgacttgaaccagcgaccttgttgtgaggtgacagtgctaaccactgtgccgccCTCAAACATAACTTATATTGTCATTTAGGGcttatattgattgattgattcattaattaattgcgtaaaataataaaaaattaattgtttcatgtttttaaatggctatatttgtaatattaagaGTCACTATATGGAATAACATTAAATTAATAGTGGATTAACCATGATTTTTAATCCccccccaaaataaaaacaatatttaatgaatttattaaatttgatgaaattaattaatgataattatttaattttaatataaaagttCCTTTATACTGGAAATTGCTTtaaatgaccacacacacacttcaaaatCCAGAGAAACTAAAAATTTTAAATGGTCTCTTAACTTCTTCCATGGCTGTACACTAATATAATGTACTttattcagctgtgtgtgtatagcaTTAAAACGGGATGTAATCCTGCAACGGGACTGCCACCCATTTCCTCCTATTCTGTGAAGAGCTGTTTAGGAAGCCACCTTTGTGTGTTTgagaaactgtgtgtgtgtgtgtgcctgtattCTAGCAATGGTTTATTTACTGCCAAAAGGACACATGCAGACAGTCAAGCGCATTTCTATTCTATTCACATTTCCTCAACGTTATGAGTGTAAAGCTATATGCATCTGAATGGGACCCTGCCTGTGCTATATTAAAGTAACTCTAACTTCTCCgttctgactgactgactgtatcTGTTTTATCACAGGAGAGATCTGTGTTTTTCTGTTACATGTTTAGATATGGAGGTAGTGGGATATCCTGTCAAACAACCATTTTAGCCATGAAAGCCTCATATCAACATGCTTCCTGTTATAACACTTCAAAATAGATTGAATCAAGGTCAATCAGACTCAATCAAATCTAGCTGCTTTTCTTTCGCTCTTTTGTGTTTCAGAGCACTTTCGATGTGTCTTTTTGATCTTTTGATTATTGTCACTACACTCTAAAATATctgtttgctttttgttcaaacaacttatttaaaatgagctga

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko04131 Membrane trafficking

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000187324

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00019211 lncRNA downstream 367976 34658881 ~ 34668392 (-) True XLOC_009390
TCONS_00018836 lncRNA downstream 428962 34602522 ~ 34607406 (-) True XLOC_009389
TCONS_00018835 lncRNA downstream 557920 34468383 ~ 34478448 (-) True XLOC_009385
TCONS_00018440 lncRNA downstream 1071457 33957926 ~ 33964911 (-) True XLOC_009379
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TCONS_00018496 lncRNA upstream 287834 35414466 ~ 35661368 (-) False XLOC_009404
TCONS_00018837 lncRNA upstream 289992 35416624 ~ 35661131 (-) False XLOC_009404
TCONS_00019212 lncRNA upstream 291872 35418504 ~ 35421844 (-) False XLOC_009404
TCONS_00019213 lncRNA upstream 291872 35418504 ~ 35422791 (-) True XLOC_009404
TCONS_00018497 lncRNA upstream 314108 35440740 ~ 35468800 (-) True XLOC_009405
TCONS_00018475 mRNA downstream 4845 35004547 ~ 35031523 (-) True XLOC_009397
TCONS_00018474 mRNA downstream 101584 34899857 ~ 34934784 (-) True XLOC_009396
TCONS_00018472 mRNA downstream 102808 34899645 ~ 34933560 (-) False XLOC_009396
TCONS_00018473 mRNA downstream 105641 34899854 ~ 34930727 (-) False XLOC_009396
TCONS_00018471 mRNA downstream 143704 34886847 ~ 34892664 (-) True XLOC_009395
TCONS_00018486 mRNA upstream 3989 35130621 ~ 35134918 (-) True XLOC_009399
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TCONS_00018490 mRNA upstream 87914 35214546 ~ 35224481 (-) True XLOC_009401
TCONS_00018491 mRNA upstream 100041 35226673 ~ 35252548 (-) False XLOC_009402
TCONS_00018452 other downstream 756833 34279421 ~ 34279535 (-) True XLOC_009383
TCONS_00018421 other downstream 1302262 33706680 ~ 33734106 (-) True XLOC_009372
TCONS_00018418 other downstream 1373196 33663055 ~ 33663172 (-) True XLOC_009370
TCONS_00018399 other downstream 2972959 32063292 ~ 32063409 (-) True XLOC_009362
TCONS_00018396 other downstream 3488516 31547734 ~ 31547852 (-) True XLOC_009360
TCONS_00018488 other upstream 40663 35167295 ~ 35212237 (-) True XLOC_009400
TCONS_00018513 other upstream 1402833 36529465 ~ 36533247 (-) True XLOC_009417
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TCONS_00018590 other upstream 4942379 40069011 ~ 40069127 (-) True XLOC_009467

Expression Profile

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