RNA id: TU426878


Basic Information

Item Value
RNA id TU426878
length 7641
lncRNA type antisense_over
GC content 0.40
exon number 3
gene id G373722
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000176
NCBI id null
chromosome length 156485
location 31747 ~ 48881 (-)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome
species grasscarp
(Ctenopharyngodon idella)

Sequence

CTGAATTCTGAATATTTCTTCTCCTTATGTGAGCAGATCCTACTAATCAGCTTGCAATACTCCTCTCTGACCTGAAGCGGGCGAAACAAAACATGTTAAAAACACAATGATAACCAGAATACAGTCAAATGCTTTATGCAGGGAGTGAAGAGTCTGTCTGTTTGACTAAGGCCCTGTTTACACCTGGTATTAAGATGCGTAGTGTAGACGCTCATGTGGTTTAATGTTTTCAAACAGCTGCAAAAGATTGTCTACTGACCTAACGCGTGAACATGGGAAGCGCTCTAGCCAGATGGGATTTAAACTTTGTCAGCTGAAGACCAAAGTTTGGTTTGAAGATGAAAAACATACCAAGCACAATGTTTTCGCACCGTTCCTGATATCTTAACATTGTTCGGCTAGTTTCGCGGCTCATCAGAGCAAAACAAAAGCTGATGCTCTCTGTATGTGTTTCCGTCGTTTCCGTTCATATGTAAATTGCGTGACCTTATTTTGTCCATTAGATCGAAATATCTGACAAGACACCCATATACTTACACACCCATAGACCCTCCCCTCGAAGAAATCGGGACAGAAGTGGTTGAAAGTGGACACAAGAGACGGATTAAAACACCAGGTCTAAACGGGAATGTGTCTCGCTCGTCTACTTGTGATTCGATCAACCAAATATCAGGTGTAAACAGGGCCTTAGAGTTGATGAAATCTTTCAAATTTAGTAGAATCCAGACCATATTGTGTTTTCCTTTTTTGGGGCATGCCCATTTGTGTGTGTGTTTAAGTACCGGTTTGGAGAGCAGGCAGTGCATAATGAAGATGAGCGCCCCCTGGAGGCTGTTGAGGATGGTGAAGAGGTACAATAAAACCTGAGTTCCTTCATGCTGGAAGAGGAAACAGCCAAAAACCCACATCCCTCCAAGAACACACAACTGAGCCACTGCGGTCACCGTGAAACCCCTGAAAGTCACCAGAAATGCATTAGAACTTGACCGAATCTATTTTGGGCTTAAAGACACCCATTTACTCAACCTCGCGGTGTTACAAACCCACAAGACTTTCAAACTCATCTCTTCATGAACGTTTTGAGTTTTAGCTGAATAGACTTCCAGTGGAAGGATAGAAAGATCTCAGGTTTCATTAAAAGATCTTCATTTGTGTTCTGAAGGTGAACGAAAGTCTCACTTGTTTGGAATGACATGAGGGCGAGTTATTAATGACATTTTGGGTAAACGATCCCTTTAAGACATAAACGCACACACCTGATGTTGCGGAGATTGGAGAGGTCCGGGTTGAGGCTGGAGAACTTCTCGGCCAGTTTCCACACGGTGATGACGAAAACAAAGCTGTTGAGGACGACGATGATGCAGACGGGCGCGAAGAAACTCCACATAAATTCAAGAGAGAGCCAACAGCTGGAGCACAAACACATAAAATTACCATCAAAACAGCTGGAAAGCAATCGCTCACATGAATACTATAAACGCACAAACAGCGCTCACTGTCGATCAGTGCCGTATCCCCGCGGATAAGAGATGGCAGAGATAATGACGATGGCAAGAGGGACTCCATATCCCACAGCATACATATAGAGATGTTTTAATGTGGTGTGAAACACCAGCACAACCATCCGGTAGAGCTGAACCCCCTCCAGCAGCATCCAGCAGAACGCAGACAAGAAGAAGAAATGAAGCAGGCCGGCCACAATCGCACACGCTACCTGAGAGATAAACAGAGAGAGAAAACACAGTCAACATTGGTTCTTGTCATTAAAGTCTAACTTTTGGACTTCAAGGACCCCATATACAGAAGATATAAGACACACACCCTGTTGTGAGTGCTGGAGATCCCACAGAGGAAGACGAGGTCTGCGATGAAGAGGCACACGCACAGGTGAAGATGAATGCTGTTTCGGGTTCCTTGGATTGAGCGGCAGAACCGGAACGTCAGGATACATAGAAATAAACAGACCAGAGACAGAACTAAACCCACACGTGTGATCAACACCAGCTCAAACGTGTCCTGGAGGAGAGACAGAGGAAAAATTTGATCTACAATCTGAATTAAATATGTATAATCTCAGATTTCTGTGTCACAGATGTACCTGTACGGGATAAAGGGCCATCAGCACAGCGAAGCTACTGAGATGAGAGCAGGAACAGCCTGTATGAGTGCTGTTAGACCACGCCCTCTCACAGCCCCGCCCAGACCACACCCCCTCAGCCTCATTCCAGAACACACAGGAGTAAACCACGCTCCCAGATTCCGCTCTCTCCTGAAGAAATGAGAAGAAGAGTATGATTGACAGAAAAGGGGAAAGTCTGATCATCTGGATGAGCAGCTGTTCTCACCTCTCTTTATAACTAGCTTAAACAGAAGAAATTCTTTGGTCTTCCGGCTCCACCACAAAGACTATTATTGTCAACCAGCTACTCTATTTAAACCTATAACGTTTTTGAAACTACTGACCATTTTTAGAAACATTGGTTTTAGAAAAGTGAGTGCAGTTCTGTATTAAAGAAAACCCTCTGTGTGTGTGTGTTTGAATTTACAAGTTTGACAAGACATCCAGACATTTCAGAAAGGCATCCAGTTTTTAGATATCTTGCAGGCATCTGTCTAGCCACACCCAAGCAACCATTTAGAGCACTCCAGCAACGATATATAGAAAACATAAAAAAAGCCGTATCTCGGCACAAGAACAGAACAATTTAGTAACATAGGATTGGGCTTTATTGGCTTGATTAGCAATGCCCTAGCAACCACATAGCAACACCTTATTATTATCAGTGTAACAGTGAAAACGAAAACACCATGCTTCCTAATGAAATCTCTAAAGGGTAGCATGTACAGCGTGAAAAGCAACGGTCCTAGTACTGAGCCTTGTGGTACTCCATACTGAACTTGTGATCGATATATGACACCTCTTCATTTAATGTTACAAATTGATAACTGCTACAAACTGATAACTAAATGAAACCATTTCGTTTGTGAGTGTGTCTCCAGTGAGGTGCTGGTTGGTGTTTATGAGTGAGCAGATATGTCGGCATCTTCACCTCCGTGTGCGTAAAGACGAGCGTCACCGGCTCAGGCAGTTGTTTGGTTTCTGGATTACTGACGACGGCTGTCGCCACCTTTGAGTTGAGCTGATAAGTGACATGTTTCTTCTTCACATCAGATCTCTCTCTGCTCTCCTGCTCCTGTGATGTTCTGCTGATCTTGTGGAACTGATGGCTGGATGAGTCCAGATCTTTATAACTGACCAGCGCCACAAATGCAACCTGGATATGATTTCCCTACAACTGTTTCCCAGCTGGTGTTGAAGAGGGCGGAGTCTGTGCTCAGAATGACACTCCCAGTGGGCGGAGTCTGATTCCGTGTGACTGCAACCTCAGCGACTGTGATTCACATGATCATACAGAACAACTGCTTTCAGCACTTTCAGTACTCAGTATCTCTTTCATTGTACACATATTTTAAACACATTCAGTAACACATTGAGATGATGTTTGTGTCTCACAGGTGTTGTGCGTCTCCATCCTGGTCACAGGCTCTTTAAGCTGAGGTCCGATCAGACGCATGCTGTTCTCCACCGTGTCCAGAAACTGACTCAACGTCTCACCATCAGTGATGTTTCCATCCAACAGCAGCTCGTCGGTGGAGGTGAACAGGTTCTGGAGTCAAACACAGTGAAACTGAGAGGAATATTCCAGGTCAAGCAGCTCTATCATGGAAAAAAATTTCAACACAACAAATGCAGAAGAAACAAGAGGAAGCTGCGGTTTCACCTCCAGTAACTCTTCGCCGGCTTGACGGCCTCCATCTGGACCACTCAGAGACTCACAGCTCTTCCTCAACTGCGTCAGTAAATGCTTCAACTAGAAGAACACGCACAGATTATTCTCCATCTGATAAAATACTAATGAAAATAATCACAAGGAGACAGACGTTCTACCTTTTCCTCCATATCAGCCTCTATTTTAAACTCGTCACAGTTCATCTCTGCGCACAACAACACAACACGATTAATATTTTATTTAGCACATATATTTTTTAAACAGTGCTCTCTTCTTGAACACTCACTGATGCATTTTGACGGGTCATTGCCGTAGTTACTGTAACCCTGGTGACATTTGCATCTATAGCTGCCTGGTCGATTGATGCATTCAGCGTTTGTGCCGCAAATACCTGGATCTTTACATTCATTGATGTCTGTGAGAGAGAGAGAAGACTGTCAGTCACATGAATGCAGATTCAGTTGATAATATATTTTTGTTTAATAATATTGCTATGTTTTTTGATGTCATGACAGCAGACACACACAGCACGTTATGATGTTGATGTGATCGGCACTCAAACACTGTTGTAAGTATCATTAGCAGCAACACACTGACGTTTACCTTCACAGGTGCCGTTCTCAAGTTTATGAAACCCTGGATAACAGGTGCAGAAGAAACTGCCAGGTGTGTTAATGCAACTGCTGTGAACTGCACATACTGAGGACAAACACTCATCCACATCTGCAGCACACACACACACAGAGACGAGGGTTTCATTTAGACACAAGCACAAGTTCACACATACAGAAGTGAGATGTTAGAGGTTAGAGACACAATGACAGCTGTTTTATCAGGAAACAAAAATAAGCTTCACGTGGAAACACCTCAAATAACTTAATCAACTGCTGTAACATTAAAATAAATAGCAAGTCGTCCTAATTGTGTAACATATTTACTGTGCACAGTATCCAAAGTTACTGTTTGCATGGGAAACCCAAATAAACACAATACATTTGTAAAGATGCACCAAAAACATCAAAGCACATGGCAAGAGACACTTAATGTCACAATGAAACTCAACTTAATCCATTTCCGATGTGACAAATGACCGAAAAGTGATGTCAGCCTTTATATTATGAAATTTCCATGTTATGCAAATGTTTTAATGTTTTCCTAGATGATAAATGAACCGTACCTTTATGCAAAGTCATAGTGAAATCATGTGGC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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU426890 lncRNA upstream 3594 50543 ~ 68231 (-) True G373723
TU426907 lncRNA upstream 45842 92791 ~ 93175 (-) True G373733
TU426942 lncRNA upstream 93233 140182 ~ 140538 (-) False G373759
TU426944 lncRNA upstream 93233 140182 ~ 140746 (-) True G373759
CI01000176_00007025_00017149.mRNA mRNA downstream 14448 6744 ~ 17299 (-) True CI01000176_00007025_00017149
CI01000176_00062378_00087326.mRNA mRNA upstream 15351 62300 ~ 88846 (-) False CI01000176_00062378_00087326
TU426905 other upstream 8008 54957 ~ 65835 (-) True G373731
TU426896 other upstream 15130 62079 ~ 62201 (-) False G373724
TU426897 other upstream 15130 62079 ~ 63067 (-) False G373724
TU426898 other upstream 15130 62079 ~ 85063 (-) True G373724

Expression Profile