RNA id: TCONS_00021862


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021862
length 216
lncRNA type antisense_over
GC content 0.49
exon number 2
gene id XLOC_009611
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 1720759 ~ 1721414 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CACCTCTGCAGTCTCAGCTCCATGGGGTCAAAATGAAACGCACTTTCAGAGGATTCCCCATCATCTCCTCGTCTCTCGCGCTTTCTCTCCTTCTTCTCCTCTTTTCTGTAGATCTTCATCATCTGTTTCTCCTGCTCAGACTGGATGGTCACCTGACAGCCGTATGTGGGCATGTTGGATTCATCTCGCAGACCTTTAGGCTTTCCTgatgtttag

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00021861 lncRNA upstream 321841 1396223 ~ 1398918 (+) True XLOC_009610
TCONS_00021860 lncRNA upstream 684806 1032575 ~ 1035953 (+) True XLOC_009602
TCONS_00021671 lncRNA upstream 1077850 616213 ~ 642909 (+) True XLOC_009600
TCONS_00021670 lncRNA upstream 1208499 493850 ~ 512260 (+) True XLOC_009598
TCONS_00021859 lncRNA upstream 1263284 432970 ~ 457475 (+) False XLOC_009599
TCONS_00021864 lncRNA downstream 55101 1776515 ~ 1817548 (+) False XLOC_009613
TCONS_00021863 lncRNA downstream 55101 1776515 ~ 1817548 (+) False XLOC_009613
TCONS_00021865 lncRNA downstream 138970 1860384 ~ 1861160 (+) True XLOC_009614
TCONS_00021866 lncRNA downstream 400257 2121671 ~ 2158007 (+) False XLOC_009615
TCONS_00021867 lncRNA downstream 400270 2121684 ~ 2176051 (+) True XLOC_009615
TCONS_00019305 mRNA upstream 321431 1383914 ~ 1399328 (+) False XLOC_009610
TCONS_00019304 mRNA upstream 323653 1362250 ~ 1397106 (+) False XLOC_009610
TCONS_00019303 mRNA upstream 360856 1353894 ~ 1359903 (+) True XLOC_009609
TCONS_00019302 mRNA upstream 361643 1334431 ~ 1359116 (+) False XLOC_009609
TCONS_00019301 mRNA upstream 399168 1254390 ~ 1321591 (+) True XLOC_009608
TCONS_00019307 mRNA downstream 80893 1802307 ~ 2105556 (+) False XLOC_009613
TCONS_00019308 mRNA downstream 82048 1803462 ~ 2105556 (+) True XLOC_009613
TCONS_00019310 mRNA downstream 712282 2433696 ~ 2434462 (+) True XLOC_009617
TCONS_00019311 mRNA downstream 748475 2469889 ~ 2472577 (+) True XLOC_009618
TCONS_00019313 mRNA downstream 844019 2565433 ~ 2583278 (+) False XLOC_009619
TCONS_00019299 other upstream 500197 1220446 ~ 1220562 (+) True XLOC_009606
TCONS_00019298 other upstream 507971 1212674 ~ 1212788 (+) True XLOC_009605
TCONS_00019306 other downstream 19523 1740937 ~ 1741058 (+) True XLOC_009612
TCONS_00019309 other downstream 562642 2284056 ~ 2284174 (+) True XLOC_009616
TCONS_00019314 other downstream 1007959 2729373 ~ 2729489 (+) True XLOC_009620
TCONS_00019326 other downstream 1632087 3353501 ~ 3353617 (+) True XLOC_009631
TCONS_00019348 other downstream 2976399 4697813 ~ 4707300 (+) False XLOC_009649

Expression Profile

//