RNA id: TCONS_00021672


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021672
length 274
lncRNA type inter_gene
GC content 0.51
exon number 2
gene id XLOC_009627
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 3136158 ~ 3137243 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gtttttggactgtgggggaaaccggagcacccagaggaaacccacgcgaatgctgggagaacatgcaaattccacacagaaacgccaactgagccgaggttcgaaccagcaaccttcctgctgtgagatgacagcactacctactgcgccaccgcatcgcctggAGAAATTCAGGCTTTTCAGGTGGAGATGTTCGTCTGGAGTGGTGTGAGGCTGGCATTGAGGAAGCAGAGCCTGCTTTAATTAATCAAAGACATAAAAACCCTATTGTGAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00021868 lncRNA upstream 77067 3053424 ~ 3059091 (+) True XLOC_009625
TCONS_00021867 lncRNA upstream 960107 2121684 ~ 2176051 (+) True XLOC_009615
TCONS_00021866 lncRNA upstream 978151 2121671 ~ 2158007 (+) False XLOC_009615
TCONS_00021865 lncRNA upstream 1274998 1860384 ~ 1861160 (+) True XLOC_009614
TCONS_00021864 lncRNA upstream 1318610 1776515 ~ 1817548 (+) False XLOC_009613
TCONS_00021675 lncRNA downstream 10019 3147262 ~ 3149776 (+) False XLOC_009628
TCONS_00021674 lncRNA downstream 10019 3147262 ~ 3149776 (+) False XLOC_009628
TCONS_00021673 lncRNA downstream 10019 3147262 ~ 3149776 (+) False XLOC_009628
TCONS_00021869 lncRNA downstream 10118 3147361 ~ 3149817 (+) True XLOC_009628
TCONS_00021870 lncRNA downstream 45506 3182749 ~ 3192150 (+) True XLOC_009629
TCONS_00019323 mRNA upstream 39413 3067134 ~ 3096745 (+) False XLOC_009626
TCONS_00019324 mRNA upstream 40246 3068080 ~ 3095912 (+) True XLOC_009626
TCONS_00019322 mRNA upstream 108918 3004422 ~ 3027240 (+) True XLOC_009624
TCONS_00019321 mRNA upstream 145482 2905150 ~ 2990676 (+) True XLOC_009623
TCONS_00019320 mRNA upstream 208163 2899611 ~ 2927995 (+) False XLOC_009623
TCONS_00019325 mRNA downstream 48298 3185541 ~ 3189799 (+) True XLOC_009630
TCONS_00019329 mRNA downstream 845347 3982590 ~ 4001743 (+) True XLOC_009637
TCONS_00019330 mRNA downstream 918088 4055331 ~ 4071526 (+) True XLOC_009638
TCONS_00019331 mRNA downstream 940997 4078240 ~ 4088460 (+) False XLOC_009639
TCONS_00019332 mRNA downstream 941365 4078608 ~ 4131804 (+) False XLOC_009639
TCONS_00019314 other upstream 406669 2729373 ~ 2729489 (+) True XLOC_009620
TCONS_00019309 other upstream 851984 2284056 ~ 2284174 (+) True XLOC_009616
TCONS_00019306 other upstream 1395100 1740937 ~ 1741058 (+) True XLOC_009612
TCONS_00019299 other upstream 1915596 1220446 ~ 1220562 (+) True XLOC_009606
TCONS_00019298 other upstream 1923370 1212674 ~ 1212788 (+) True XLOC_009605
TCONS_00019326 other downstream 216258 3353501 ~ 3353617 (+) True XLOC_009631
TCONS_00019348 other downstream 1560570 4697813 ~ 4707300 (+) False XLOC_009649
TCONS_00019354 other downstream 1633136 4770379 ~ 4779952 (+) False XLOC_009652
TCONS_00019355 other downstream 1636890 4774133 ~ 4776956 (+) True XLOC_009652
TCONS_00019358 other downstream 1737121 4874364 ~ 4874481 (+) True XLOC_009654

Expression Profile

//