RNA id: TCONS_00021872


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00021872
length 389
lncRNA type inter_gene
GC content 0.58
exon number 2
gene id XLOC_009636
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007127.7
NCBI id CM002900.2
chromosome length 55266484
location 3928066 ~ 3948317 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTGATGAATGGCCAGAACTGGATAAAGTACACAGTAATAACCTCCAGGCAACCTGCAGCACAACGAGGCTGGTGAATGTGGGCCCGGAGTGCCCCCTGCTGCCAGGGAGCGGGATGGCTGACTCCATGCTCCACTGCTGAGAGAGAAACCAAGCATGAAATCACTCTGGCACCGGGCCCGCCATCCCCAGCCAAAGGCCCTCTTCCTGAGCGCCATCTGGAGCCTCCGAGGGATGAGGACTGGACGGCTGGTCCGACTGGGCTCCATCTCCATAAACAGAGCCCTAAACCTGAGGGACGTGACCACACAGGGCGCAGCTCAAAGACTCGTGCTCCCTCTCTCCACATGCCGGGATGTGCCCTTTAGGGTTGTATATTTCACATCTGCAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00019327 lncRNA upstream 113008 3809594 ~ 3815081 (+) True XLOC_009635
TCONS_00021677 lncRNA upstream 268672 3658327 ~ 3659417 (+) True XLOC_009634
TCONS_00021676 lncRNA upstream 334684 3591411 ~ 3593405 (+) True XLOC_009633
TCONS_00021871 lncRNA upstream 466296 3458215 ~ 3461793 (+) True XLOC_009632
TCONS_00021870 lncRNA upstream 735939 3182749 ~ 3192150 (+) True XLOC_009629
TCONS_00019333 lncRNA downstream 139474 4087791 ~ 4089002 (+) True XLOC_009639
TCONS_00021678 lncRNA downstream 184220 4132537 ~ 4139166 (+) False XLOC_009640
TCONS_00021679 lncRNA downstream 185439 4133756 ~ 4139166 (+) False XLOC_009640
TCONS_00021873 lncRNA downstream 204195 4152512 ~ 4156503 (+) False XLOC_009640
TCONS_00021680 lncRNA downstream 219934 4168251 ~ 4175024 (+) True XLOC_009640
TCONS_00019325 mRNA upstream 738290 3185541 ~ 3189799 (+) True XLOC_009630
TCONS_00019323 mRNA upstream 831344 3067134 ~ 3096745 (+) False XLOC_009626
TCONS_00019324 mRNA upstream 832177 3068080 ~ 3095912 (+) True XLOC_009626
TCONS_00019322 mRNA upstream 900849 3004422 ~ 3027240 (+) True XLOC_009624
TCONS_00019321 mRNA upstream 937413 2905150 ~ 2990676 (+) True XLOC_009623
TCONS_00019329 mRNA downstream 34273 3982590 ~ 4001743 (+) True XLOC_009637
TCONS_00019330 mRNA downstream 107014 4055331 ~ 4071526 (+) True XLOC_009638
TCONS_00019331 mRNA downstream 129923 4078240 ~ 4088460 (+) False XLOC_009639
TCONS_00019332 mRNA downstream 130291 4078608 ~ 4131804 (+) False XLOC_009639
TCONS_00019334 mRNA downstream 184220 4132537 ~ 4168294 (+) False XLOC_009640
TCONS_00019326 other upstream 574472 3353501 ~ 3353617 (+) True XLOC_009631
TCONS_00019314 other upstream 1198600 2729373 ~ 2729489 (+) True XLOC_009620
TCONS_00019309 other upstream 1643915 2284056 ~ 2284174 (+) True XLOC_009616
TCONS_00019306 other upstream 2187031 1740937 ~ 1741058 (+) True XLOC_009612
TCONS_00019299 other upstream 2707527 1220446 ~ 1220562 (+) True XLOC_009606
TCONS_00019348 other downstream 749496 4697813 ~ 4707300 (+) False XLOC_009649
TCONS_00019354 other downstream 822062 4770379 ~ 4779952 (+) False XLOC_009652
TCONS_00019355 other downstream 825816 4774133 ~ 4776956 (+) True XLOC_009652
TCONS_00019358 other downstream 926047 4874364 ~ 4874481 (+) True XLOC_009654
TCONS_00019362 other downstream 1236085 5184402 ~ 5231397 (+) False XLOC_009657

Expression Profile

//